BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg897208
Length=3054
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G44530.1 | Symbols: HIRA | homolog of histone chaperone HIRA... 3583 0.0
> AT3G44530.1 | Symbols: HIRA | homolog of histone chaperone HIRA
| chr3:16115682-16121484 FORWARD LENGTH=3758
Length=3758
Score = 3583 bits (1940), Expect = 0.0
Identities = 2145/2241 (96%), Gaps = 26/2241 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTGCGGAGAAACCCTCTTGGGTTAAACATGAAGGGGTACAGATATTCTCCATTGAT 60
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 345 ATGATTGCGGAGAAGCCCTTTTGGGTTAAACATGAAGGGTTACAGATATTCTCCATTGAT 404
Query 61 GTTCAGCCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACAGGCGGTGGTG---AC------C-------- 103
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 405 GTTCAACCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACTGGCGGTGGTGACCACAAGGTTCGTATATGG 464
Query 104 -AC---AAGTCTGTTGACAAGGATTTGCAAAACTTAGATACAAAAGAGAGGCTTCTCGCA 159
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 465 AACATGAAGTCTGTTGACAAGGATTTGCAAAACATAGATACAAAAGAGAGGCTTCTTGCA 524
Query 160 ACTCTTCGTGACCACTTTGGGTCAGTCAACTGTGTTAGGTGGGCCAAGCACAGTAGGTAT 219
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 525 ACTCTTCGTGACCATTTTGGGTCAGTCAACTGTGTTAGGTGGGCCAAGAACAGTAGGTAT 584
Query 220 GTAGCATCTGGTTCTGATGATCAAGTGATACAAATTCATGAGAGGAAGCCTGGTTCAGGC 279
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 GTAGCATCTGGTTCTGATGATCAAGTGATTCAAATCCATGAGAGGAAGCCTGGTTCAGGC 644
Query 280 ACCACTGAGTTTGGTAGTGGAGAAGCCCCCGATGTTGAGAACTGGAAAGCTGTAATGACT 339
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 ACCACTGAGTTTGGTAGTGGAGAAGCCCCTGATGTTGAGAACTGGAAAGCTGTAATGACT 704
Query 340 TTAAGGGGACACACTGCCGATGTGGTGGATCTTAATTGGTCTCCAGATGATTCGATGCTG 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 TTAAGGGGACACACTGCCGATGTGGTGGATCTTAATTGGTCTCCAGATGATTCGATGCTG 764
Query 400 GCTAGTGGGAGTTTGGACAACACAGTCCATATCTGGAATATGCGCACTGGTATGTGCACT 459
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 GCTAGTGGGAGTTTGGACAACACAGTGCATATATGGAATATGCGCACTGGTATGTGCACC 824
Query 460 ACTGTTCTCAGGGGTCACTTGAGCTTGGTTAAAGGTGTAACTTGGGATCCAATCGGGTCA 519
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 825 ACTGTTCTCAGGGGTCACTTGAGTTTGGTTAAAGGTGTAACTTGGGATCCAATTGGGTCA 884
Query 520 TTTATTGCTAGCCAATCTGATGACAAAACTGTGATAATATGGCGAACAAGCGATTGGGGC 579
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 885 TTTATTGCTAGCCAGTCGGATGACAAAACTGTGATAATATGGCGAACAAGTGATTGGGGC 944
Query 580 ATGGCTCACAGAACAGATGGTCACTGGGCAAAATCGCTTGGATCCACATTTTTCAGGCGA 639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 ATGGCTCACAGAACAGATGGTCACTGGGCAAAATCGCTTGGATCCACATTTTTCAGGCGA 1004
Query 640 CTTGGGTGGTC-CCCTTGTGGCCACTTCCTTACTACTACTCATGGATTTCAGAAGCCGAA 698
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1005 CTTGGGTGGTCACCCT-GTGGCCACTTCCTTACTACCACTCATGGGTTTCAGAAGCCGAA 1063
Query 699 GCATTCTGCTCCAGTTTTAGAAAGAGGGGAATGGTCTGTAGCATATGACTTCTTAGGACA 758
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1064 GCATTCTGCTCCTGTTTTAGAAAGAGGGGAATGGTCTGTAGCATATGACTTCTTAGGTCA 1123
Query 759 TAGTGCTCCAATCATTGTTGTTAGGTTCAATCATTCAATGTTCAAAAGAATATCCTCTAG 818
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1124 TAGTGCTCCAATCATTGTTGTTAGATTCAATCATTCAATGTTCAAAAGAATCCCCTCTAG 1183
Query 819 TACCCAGGAAACTAAACAAGTTGGGTGGAGCAATGGAACATCAAAGACAGGGGGGAAAGA 878
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1184 TACCCATGAAACTAAACAAGTTGGGTGGAGCAATGGAACATCAAAGTCAGGGGAGAAAGA 1243
Query 879 TTTGCAGTCATACAATGTTATTGCAATGGGGAGTCAAGACCGTACTATAACCGTATGGAC 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TTTGCAGTCATACAATGTTATTGCAATGGGGAGTCAAGACCGTACTATAACCGTATGGAC 1303
Query 939 AACTGGAAGTGCGCGTCCTCTTTTTGTCGCGAAGCATTTCTTTGGCCAAAGTGTTGTGGA 998
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 AACTGGAAGTGCGCGTCCTCTTTTTGTCGCCAAGCATTTCTTTGGCCAAAGTGTTGTGGA 1363
Query 999 TCTATCATGGAGTCCAGACGGATATTCACTTTTCGCATGTTCCTTGGACGGAACAGTGGC 1058
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1364 TCTATCATGGAGTCCCGACGGATATTCACTTTTCGCATGTTCCTTGGACGGAACGGTGGC 1423
Query 1059 GATGATTCACTTTGACCCAAAAGAACTAGGCGTCAGGCTAACCAATACTGAACTTGACGA 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1424 GATGATTCACTTTGACCCAAAAGAACTAGGCGTCAGGCTAACCGATACTGAACTCGACGA 1483
Query 1119 ATTGAAGAAAAGTCGATATGGAGATGTCAGAGGCCGGCAAGCAAACTTAGTTGAGAGCCC 1178
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 ATTGAAGAAATCTCGATATGGAGATGTCAGAGGCCGGCAAGCAAACTTAGTTGAGAGCCC 1543
Query 1179 TGCCCAGTTATTACTTGAAACAGCCTCGACAAAGCAAACCGGTAGTAAGAGGGCGGCATC 1238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 AGCCCAGTTATTACTTGAAACAGCCTCGACAAAGCAAGCCGGTAGTAAGAGGGCGGCATC 1603
Query 1239 GGATGTTCAACAAAATCAGGTGACAACAAAACCATCTGCTAGTGTGGAGAGTACTGCAAA 1298
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GGATGTTCAACAAAATCAGGTGACTACAAAACCATCTGTTAGTGTGGAGAGTACTGCAAA 1663
Query 1299 AAGGCGTAAATCGCAAGTCGATGATCCGAATAAGGCAGCAGAGGCTACTGGTCACACATT 1358
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1664 GAGGCGTAAATCGCAAGTCGATGATCGGAATAAGGCAGCAGAGTCTACTGGTCAAACATT 1723
Query 1359 AAATAAAGCATCAACCTTAAATCGTGTATCTAGTCCTGTGAATCAAAAAGTGTATAGAAG 1418
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 AAATAAAGCATCAACCTTAAATCGAGTATCTAGTCCTGTGAATCAAAAAGTGTATAGAAG 1783
Query 1419 GCCTGACGGAAGAAAGAGGATCATTCCTGAAGCTGTTGGAGTTCCCCAACAGGAGAATAA 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 GCCTGACGGAAGAAAGAGGATCATTCCTGAAGCTGTTGGAGTTCCCCAACAGGAGAATAA 1843
Query 1479 TGTCATGATTAATGGGCAATCACATAATTTTCTGCCTGCTTCCGCTGCTGCTCCTAG-TA 1537
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1844 TATCATGATTAATGGGGAATCACATAATTTTCTGCCTGCTTCCGCTGCTGCTCCT-GCTA 1902
Query 1538 AGGGAGATAGTGGAGATTTTCCTGTGGAGATTAGCAATATAGATTTGTCCGGGAAAGAAA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1903 AGGGAGATAGTGGAGATTTTCCTGTGGAGATTAGCAATAGGGATTTGTCCGGGAAAGAAA 1962
Query 1598 TAGTGTGCAGGAACCCTGATCTGAAAGAGCGTTCAAGGATTACAGCTCGTGCTACCATTA 1657
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 TAGTTTGCAGGAACCCTGATCTGAAAGAGCGTTCAAGGATTACAGCTCGTGCTACCATTA 2022
Query 1658 CTGAGAGCCTTATTATTGAGAAGGTTCCTGGAACCTCTGGTAGAGATGGAGTTTTAAATG 1717
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2023 CTGAGAGCCTTGTTATTGAGAAGGTTCCTGGAACCTCTGGTAGGGATGGAGTTTTAAATG 2082
Query 1718 TTGAGCAATCTGTAGGTATAAAAGAATCTTCTAGCACAGATCTGTTGATAAGGGTATTCG 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TTGAGCAATCTGTAGGTATAAAAGAATCTTCTAGCACTGATCTGTTGATAAGGGTATTCG 2142
Query 1778 ATTGGAAAGATGGGGAAGCCGCACCACCTGTTTGCTTAGAAGCTTGTCCACGGGAGCATG 1837
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2143 ATTGGAAAGATGGGGAAGCTGCACCACCTGTTTGCTTAGAAGCTTGTCCAAGGGAGCATG 2202
Query 1838 CTCTGGACACTGTTGGTGCAATAAGTACATCTATGGTCAAGGAAACTGAGATTTCTTGCA 1897
|| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 CTTTGGACACTGTTGGTGCAGTAAGTACATCAATGGTCAAGGAAACTGAGATTTCTTGCA 2262
Query 1898 AAAAATCAGGCGAAACTCTTTGGTCTGATCGGATTATGGGGAGAGTCACTGTTTTGGCTG 1957
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 AAAAGTCAGGCGAAACTCTTTGGTCTGATCGGATTATGGGGAGAGTCACTGTTTTGGCTG 2322
Query 1958 GAAATCCAAATTTTTGGGCTGTTGGATGCGAAGACGGAAGCCTCCAGGTGTACACTAAGT 2017
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2323 GAAATCCAAATTTTTGGGCTGCTGGATGCGAAGACGGAAGCCTCCAGGTTTACACTAAGT 2382
Query 2018 GTGGAAGGCGTGCTATGCCTACAATGATGATGGGGTCTGCTGCAACATTTATTGATTGCG 2077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2383 GTGGAAGGCGTGCTATGCCTACAATGATGATGGGGTCTGCTGCAACTTTTATTGATTGTG 2442
Query 2078 ACGATAGCTGGAAATTGTTGCTTGTAACAAGAAAAGGATCTCTATATGTATGGGATCTAT 2137
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 ACGATAGCTGGAAGTTGTTGCTTGTAACAAGAAAAGGATCTCTATATGTATGGGATCTAT 2502
Query 2138 TCAATAGGAAATGCGTTCTCCATGACTCTCTATCTTCTTTGGTCTCTTCCAATGTCAATT 2197
||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2503 TCAATAGGAAATGCGTTCTTCACGACTCTTTATCTTCTTTGGTCTCTTCCGATGTCAATT 2562
Query 2198 TATCTTCCACAGTAGAAGGTA 2218
||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2563 TATCTTCCACAGT-GAAAGTA 2582
Score = 1356 bits (734), Expect = 0.0
Identities = 805/840 (96%), Gaps = 2/840 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2216 GTACGATAAAAGTGATATCTGTGAAATTATCCAAATCTGGTTCACCACTTGTTGTTCTAG 2275
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2683 GTACAATAAAAGTGATATCTGTGAAATTATCCAAATCTGGTTCACCGCTTGTTGTTCTAG 2742
Query 2276 CCACACGTCATGCATTCCTCTTCGACACGAGTCTAATGTGTTGGCTGAGAGTGGCTGATG 2335
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2743 CCACACGTCATGCATTCCTTTTTGACACTAGTCTAATGTGTTGGCTGAGAGTGGCTGATG 2802
Query 2336 ACTGCTTTCCGGCCTCAAATTTCAGTAGCTCCTGGAATTTGGGCTCAGCCCCATGCGGCG 2395
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2803 ACTGCTTCCCGGCCTCAAATTTTAGTAGCTCCTGGAATTTGGGCTCAGCTCCATGCGGCG 2862
Query 2396 AGCTTGCTGGTTTGCAGGTTGATGTCAGAAAGTACATGGCTAGAAAGCCAGGGTGGAACA 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 AGCTTGCTGGTTTGCAGGTTGATGTCAGAAAGTACATGGCTAGAAAGCCAGGGTGGAACA 2922
Query 2456 GGATAACTGATGATGGAATGCAAACACGTGCACATTTGGAATCTCAACTTGCATCTTCTC 2515
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 GGATAACTGATGATGGAACGCAAACACGTGCACATTTGGAATCTCAACTTGCATCTTCTC 2982
Query 2516 TTGCACTTGAGTCTCCTTTTGAATACCGCCAGTGCCTCCTTGCCTATGTGAGGTTTCTAG 2575
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2983 TTGCACTTGAGTCTCCTAATGAATACCGCCAGTGCCTCCTTGCCTATGTGAGGTTTCTAG 3042
Query 2576 CAAGAGAGGCAGACGAGTCCAGATTAAGAGAAGTCTGCGAGAGCTTTCTTGGACCTCCAA 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 3043 CAAGAGAGGCAGACGAGTCCAGATTAAGAGAAGTCTGTGAGAGCTTTCTTGGACCTCCCA 3102
Query 2636 CTGGTATGGCTGAAGCAGCATCTTCAGACACAAACTTGTCTTGGGATCCTAATGTTCTGG 2695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3103 CTGGTATGGCTGAAGCAGCATCTTCAGACACAAACTTGTCTTGGGATCCTTATGTTCTGG 3162
Query 2696 GGGTGAAGAAGCATAAACTTTTGAGAAACGATATTCTCCCTGCAATGGCGTCAAACAGAA 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3163 GGGTGAAGAAGCATAAACTTTTGAGAAACGATATTCTACCTGCAATGGCGTCAAACAGAA 3222
Query 2756 AAGTGCAGCGTCTACTCAATGAGTTTATAGATCTCTTATCTGAATATGAAGACGCAGAAA 2815
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3223 AAGTGCAGCGTCTACTCAATGAGTTTATAGATCTCTTATCTGAATATGAAGACGTAGAAA 3282
Query 2816 CAGCAGATCCTGCCCCCAAGGGCTCGACACCTACCATGAACTGTGGTGGAGCCCCATCTT 2875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3283 CAGCAGATCCTGCCCCCAAGGGCTCGACACCTACCATGAACTGTGGTGGAGTCCCATCTT 3342
Query 2876 CACTTGATCAAATGGGCTCTGATCCACCAGCCATGACAGCTACTACCCCTATGAC-AGTA 2934
|||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 3343 CACTGGATCAAATTGGCTCTGATCCTCCAGCCATGACAGCTACTACTCCTATGACTA-TA 3401
Query 2935 GACAATGACAAACCAGTTTCTGTGGCGAATTCAGTGGCTTTGGAGATAGGCGTGTGTGAG 2994
||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 3402 GACAATGACAAACCAGTCTCTCTGGAGAATCCAGCGGCTTTGGATATAGGTGTGTGTGAG 3461
Query 2995 AAACCGGGTTCTGAAGACCGGGATAGACAAGACCAGAACTCAAGAGACCCAGGCTCTTGA 3054
||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 3462 AAAACGGGTTCTGAGGACCGGGATAAACAAGACCAGAACTCAAGAGACTCGGGCTCTTGA 3521
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151855336461
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5