BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg898366
Length=6132
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G54280.2 | Symbols: RGD3 | DNA binding;ATP binding;nucleic a... 9507 0.0
> AT3G54280.2 | Symbols: RGD3 | DNA binding;ATP binding;nucleic
acid binding;binding;helicases;ATP binding;DNA binding;helicases
| chr3:20091976-20104257 FORWARD LENGTH=6632
Length=6632
Score = 9507 bits (5148), Expect = 0.0
Identities = 5546/5734 (97%), Gaps = 44/5734 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 420 GGAGTACGACATTTTGAATGACAATTCCAAGAATCCAAAGGATCGAGTGGCTCGTCAGAA 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 651 GGAGTACGACATTTTGAATGACAATTCCAAGAATCCAAGGGATCGAGTGGCTCGTCAGAA 710
Query 480 AAAGAATCTCCGACGACGTCTAGGTTTGGACATGTGCGAGCAGTTCATGGATGTCAATGA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 AAAGAATCTCCGACGACGTCTAGGTTTGGACATGTGCGAGCAGTTCATGGATGTCAATGA 770
Query 540 AATGATTAGAGATGAGGATCTTATTGAGCAGAAGTCCAATGTTCCTGCGAATGGGGTTGG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 771 AATGATTAGAGATGAGGATCTTATTGAGCAGAAGTCCAATGTTCCTGCCAATGGGGTTGG 830
Query 600 GAACAGATTATACGCAAACTATTCTCCACATCATATTCAACAATTCGTTTCAAGGATGGT 659
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 831 GAACAGATTATACGCAAACTGTTCTCCACATCATATCCAGCAATTCGTTTCAAGAATGGT 890
Query 660 TCCCCGTGTCAATTCTAGGAGGCCAAGCGCAAGGGAATTGAATTTACTGAAACGAAAAGC 719
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 TCCCCGCGTCAATTCTAGGAGGCCAAGCGCAAGGGAATTGAATTTACTGAAACGAAAAGC 950
Query 720 AAAAATAAGCTCAAAAGATCAAGCTAAAGGTAGCTGCGAAGTAGCAGATGTTGAGATGCC 779
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 951 AAAAATAAGCTCTAAAGATCAAGCTAAAGGTAGCTGCGAAGTAGCAGATGTTGAGATGTC 1010
Query 780 ATCGTCTCA---TGCCTCAACCTCAAAAAGAATATCGTCCGACTCATTGGACTCGAACAA 836
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1011 ATCGTCTCATGTTGCCTCAACCTCAAAAAGAATATTGTCCGACTCATTGGACTCGAGCAA 1070
Query 837 GGCGGACATTGGTAATGAGGATGATATCGAGCCTGATGGGGATGGAAAATGGCCTTTCCA 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GGCGGACATTGGTAATGAGGATGATATCGAGCCTGATGGGGATGGAAAATGGCCTTTCCA 1130
Query 897 TAGTTTTGTTGAGCAACTTATTCTTGACATGTTTGACCCTGCATGGGAGATCCGCCATGG 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TAGTTTTGTTGAGCAACTTATTCTTGACATGTTTGACCCTGCATGGGAGATCCGCCATGG 1190
Query 957 AAGTGTAATGGCTCTCAGAGAAATATTAATGCTTCATGGTGGTTCTGCTGGAGTGTCAAC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 AAGTGTAATGGCTCTCAGAGAAATATTAATGCTTCATGGTGGTTCTGCTGGAGTGTCAAC 1250
Query 1017 AGAAGAGTTTAGCTCAGATAATGGGTTTGAGTTGAAAGAAGTCTTGAACAAAGTAACACG 1076
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1251 AGAAGAGTTTAGTTCAGATAATGGGTTTGAGTTGAAAGACGTCTTGAATAAAGTAACACG 1310
Query 1077 AGAAAGAGAAATCGACTTAAATATGCAGGTTTCAGAAAATGAGCTGGAGCCACTTCGGAA 1136
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 AGAAAGAGAAATCGACTTGAATATGCAGGTTTCAGAAAATGAGCTGGAGCCACTTCGGAA 1370
Query 1137 AAGACCTAAGATTGAAGATCCATCAAAATCATTTATTGATAACACTGTTTTAGAAGTTAT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 AAGACCTAAGATTGAAGATCCATCAAAATCTTTTATTGATAACACTGTTTTAGAAGTTAT 1430
Query 1197 TGGGGGTTACTCTGATATTAATGTTAAAGATGAAGATGCTGAGTTTTTACTGCCACCAGT 1256
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1431 TGGGGGTGACTATGATATTAATGTTAAAGATGAAGATGCTGAGTTTTTGCTGCCACCAGT 1490
Query 1257 GAAGGTCAATGGTCAAACTGACTCTAATTCTACGAAAGTGGAACCTCAATCTTCTATGGA 1316
||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GAAGGTCAATGGTCAAACTGACTGTAGTTCTACGAAACTGGAACCTCAATCTTCTATGGA 1550
Query 1317 TGATTCGTCATCTCACTCTGAAATAAACCATGTGGCAGAGGTTAACAATCATTTTGAAGA 1376
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TGACTCGACATCTCACTCTGAAATAAACCATGTGGCAGAGGTTAACAATCATTTTGAAGA 1610
Query 1377 TAAGAGTTTTATTGAGGAAGC-AGTTATACCTAAGCATCAGGAAGAAAATCTCGAAGTGT 1435
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TAAGAGTTTTATTGAGGA-GCCAGTTATACCTAAGCAACAGGAAGAAAATCTCGAAGTGT 1669
Query 1436 TGGATTTGGTTAAACAAGCTAGGCATTCTTGGATAAAAAATTTTGAATTTCTCCAGGATT 1495
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 TGGATTTGGTCAAACAAGCTAGGCATTCTTGGATAAAAAATTTTGAATTTCTCCAGGATT 1729
Query 1496 GCACCATTCGCTTCTTATGTGTGCTTTCACTTGACCGATTTGGGGATTATATTTCTGATC 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 GCACCATTCGCTTCTTATGTGTGCTTTCACTTGACCGATTTGGGGATTATATTTCTGATC 1789
Query 1556 AGGTAGTTGCTCCTGTGCGGGAAGCTTGTGCCCAAGCACTTGGTGCTACTTTCAAATACA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 AGGTAGTTGCTCCTGTGCGGGAAGCTTGTGCCCAAGCACTTGGTGCTACTTTCAAATACA 1849
Query 1616 TGAATCCCTCGGTGATTTATGAGACATTAAATATCTTGCTTCAGATGCAGCGCCGGCCTG 1675
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 TGAATCCCTCGTTGATTTATGAGACATTAAATATCTTGCTTCAGATGCAGCGCCGGCCTG 1909
Query 1676 AATGGGAAATTCGTCATGGAAGTCTTTTGGGCATCAAGTACTTGGTTGCTGTGCGACAGG 1735
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 AATGGGAAATTCGTCATGGAAGTCTTTTAGGCATCAAGTACTTGGTTGCTGTGCGACAGG 1969
Query 1736 AAATGCTCCAAGATTTGCTTGGCTATATTCTTCCGGCGTGTAAAGCAGGGTTGGAGGATT 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AAATGCTCCAAGATTTGCTTGGCTATATTCTTCCGGCGTGTAAAGCAGGGTTGGAGGATT 2029
Query 1796 CTGACGATGATGTGCGAGCAGTTGCTGCTGATGCTCTTATACCGGCAGCAGCTGCTATTG 1855
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 CTGACGATGATGTGCGAGCAGTTGCCGCTGATGCTCTTATACCGGCAGCAGCTGCTATTG 2089
Query 1856 TCTCTTTGAGAGGACAGACATTACTTTCCATTGTCATGCTACTGTGGGATATCTTGCTTG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2090 TCTCTTTGAGAGGACAGACATTACTTTCCATTGTCATGCTACTGTGGGATATCTTACTTG 2149
Query 1916 AGTTGGATGACTTAAGTCCATCAACCAGCAGTGTTATGAACCTCCTGGCAGAAATCTATT 1975
||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2150 AGTTGGATGACTTAAGTCCATCAACAAGCAGTATTATGAACCTCCTGGCAGAAATTTATT 2209
Query 1976 CTCAAGATGACATGACCCTGGTGATGCATGAGGAATTATCACTGGGGGAGGAACAAAATA 2035
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 CTCAAGATGACATGACCCTAGTGATGCATGAGGAATTATCACTGGGGGAGGAACAAAATA 2269
Query 2036 TTGACCTCAATGAAATGGGTCCTATCGAGAGTATTGGAGAAAGAAGAGATGTCAAGGAAA 2095
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2270 TTGAACTCAATGAAATGGGTCATATCGAGAGTATTGGAGAAAGAAGAGATGTAAAGGAAA 2329
Query 2096 GCCCTTATGCATTATCAGGTTTAGCCCCTAGGTTGTGGCCATTTACGAGGCACGACATTA 2155
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 2330 GCCCTTATGCATTATCAGGTTTGGCCCCTAGGTTGTGGCCATTCACGAGGCATGACATAA 2389
Query 2156 CATCAGTTCGATTTTCTGCTATTCGAACTCTGGAACGACTTCTTGAAGCTGGATGCAGAA 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 CATCAGTTCGATTTTCTGCTATTCGAACTCTGGAACGACTTCTTGAAGCTGGATGCAGAA 2449
Query 2216 AGAACATTTCTGAGCAGTCTAAAAGTTCTTTTTGGCCATCTTCTATTTTAGGGGACACCC 2275
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 AAAACATTTCTGGGCAGTCTAAAAGTTCTTTTTGGCCATCTTCTATTTTAGGGGACACCC 2509
Query 2276 TGAGAATCGTCTTTCAAAATCTTTTGCTTGAATCAACTGAGGAGATTCTGGAGTGTTCGG 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2510 TGAGAATCGTCTTTCAAAATCTTTTGCTTGAATCAACTGAGGAGATTCTGGAGTGTTCAG 2569
Query 2336 AGAGAGTGTGGAGACTATTGGTTCAGTGCCCAGTGGATGATTTAGAAGACGCTGCAAAAT 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 2570 AGAGAGTGTGGAGACTATTGGTTCAGTGCCCAGTGGATGATCTAGAAGACACGGCAAAAT 2629
Query 2396 TCTATATGGCTTCGTGGATAGAACTTGCAGCTACTCCTTATGGCTCCACATTGGATGCTA 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 TCTATATGGCTTCGTGGATAGAACTTGCAGCTACTCCTTATGGCTCCACATTGGATGCTA 2689
Query 2456 CGAAAATGTTTTGGCCAGTAGCTCCCCCTCGTAAGAGTCATTTCAAAGCTGCTGCTAAGA 2515
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 CAAAAATGTTTTGGCCAGTAGCTCCCCCTCGTAAGAGTCATTTCAAAGCTGCTGCTAAGA 2749
Query 2516 TGAAAGCTGTCAAACTTGAGAACGAAGCTTCTAGCATTCTGGGATTTGATTATGCAAGAA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2750 TGAAAGCTGTCAAACTTGAGAACGAAGCTTCTAGCATTCTGGGATTTGATTATGCAAGAA 2809
Query 2576 GTTCTGCTTCCCTCGAAAAACATGAAGATGCTTCTGCCAGGTCCACTAAAATTATCGTCG 2635
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2810 GTTCTGCTTCCCTTGAAAAACAGGAAGATGCTTCTGCCAGGTCCACTAAAATTATTGTCG 2869
Query 2636 GCTCTGATATGGAAATGTCAGTGACCCGCACCCGGGTAGTTACAGCATCTGCATTAGGTA 2695
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 GCTCTGATATGGAGATGTCAGTGACCCGTACCCGGGTAGTTACAGCATCTGCATTAGGTA 2929
Query 2696 TCTTTGCATCCCGGTTGCGAGAGGGTTCAATGCAGTTTGTGGTAGATCCACTGAGTAGTA 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 TCTTTGCATCCCGGTTGCGAGAGGGTTCAATGCAGTTTGTGGTAGATCCACTGAGTAGTA 2989
Query 2756 CTCTTACTTCTCTGTCCGGTGTTCAGCGCCAGGTTGCGTCCATTGTGCTCATCTCTTGGT 2815
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 CTCTTACTTCTATGTCCGGTGTTCAGCGCCAGGTTGGGTCCATTGTGCTCATCTCTTGGT 3049
Query 2816 TCAGAGAAACAAAATGCAAGGCCCCTTCTGATGGAAGTGGAAGTTTGCCTGGTTTTCCTA 2875
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3050 TCAGAGAAACTAAATGCAAGGCCCCTTCTGATGGAAGTGGAAGTTTGCCTGGTTTCCCTA 3109
Query 2876 GTCCTCTTAAAAAATGGCTGCTAGATTTGTTAGCTTGCTCAGACCCTGCTTTCCCTACTA 2935
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 GTCCTCTGAAAAAATGGCTGCTAGATTTGTTAGCTTGCGCAGACCCTGCTTTCCCTACTA 3169
Query 2936 AAGACATACTTCTTCCTTATGCTGAGCTCTCAAGAACATACACGAAAATGAGGAATGAAG 2995
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3170 AAGACATATTTCTTCCTTATGCTGAACTCTCAAGAACATACACTAAAATGAGGAATGAAG 3229
Query 2996 CTTCTCAGTTTTTGCATACAGTTGAAACCTGCCATTGTTTTGATAAGTTATTATCAACGA 3055
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3230 CTTCTCAGTTGTTGCATACAGTTGAAACCTGCCATTGTTTTGATAAGTTATTATCAACGA 3289
Query 3056 ATAAACTCAATGTGGAGAGCGTGACTGCCGATGAGACAATTGACTTTGCATCAACACTAG 3115
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 ATAAACTCAATGTGGAGAGCGTGACTGCTGATGAGACAATTGACTTTGCATCAACACTAG 3349
Query 3116 CTTTGTGGAACAAAGAAAGTGTTGGAAATGAATCCTTAGAAAAGCAAGTTTTTGAAGATG 3175
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3350 ATTTGTGGAACAAAGAAAGTGCTGGAAATGAATCCTTAGAAAAGCAAGTTTTTGAAGACG 3409
Query 3176 TGGAGTCATCTAGGCAACAGCTATTAAGTACTGCTGGTTATTTAAAGTGTGTTCAGAGTA 3235
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3410 TGGAGTCATCTAGGCAACAGCTATTAAGTACTGCTGGTTATTTAAAGTGTGTCCAGAGTA 3469
Query 3236 ATCTACATATCACAGTCACCTCCCTGATCGCTGCTGCAGTTGTTTGGATGTCAGAATTTC 3295
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3470 ATCTACATATCACAGTCACCTCCCTGGTCGCTGCTGCAGTTGTTTGGATGTCAGAATTTC 3529
Query 3296 CTGCTAGACTTAATCCAATCATCTTGCCGCTGATGGCTTCGATTAAAAGAGAGCAGGAAC 3355
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3530 CTGCTAGACTTAATCCAATAATCTTGCCGCTGATGGCTTCGATTAAAAGAGAGCAGGAAC 3589
Query 3356 AAATACTACAGCAAATAGCTGCTGAGGCTCTTGCAGAGCTCATTGCATACTGCGTAGATC 3415
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 AAATACTACAACAAATAGCTGCTGAGGCTCTTGCAGAGCTCATTGCATACTGCGTAGATC 3649
Query 3416 GGAAGCCAAGCCCCAATGACAAGTTAATCAAGAATATCTGTAGCTTGACGTGCATGGATC 3475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3650 GGAAGCCAAGCCCCAATGACAAGTTAATCAAGAATATCTGTAGCTTGACGTGCATGGATC 3709
Query 3476 CTAGCGAAACACCTCAAGCTAGCATCATTAGCTCTATGGATATCATTGATGATATGGATT 3535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3710 CTAGCGAAACACCTCAAGCTAGCATCATTAGCTCTATGGATATCGTTGATGATATGGATT 3769
Query 3536 TTCTGTCCTCGCGGAGTAACGCAGGAAAACAAAAAGCAAAAGTCGTGTTGGCTGGTGGCG 3595
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3770 TTCTGTCCTCACGGAGTAACACAGGAAAACAAAAAGCAAAAGTCGTGTTGGCTAGTGGCG 3829
Query 3596 AAGATAGGTCTAAAGTTGAGGGTTTTATCACGAGGAGAGGATCTGAACTCGCGTTGAAGC 3655
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3830 AAGATAGGTCTAAAGTTGAGGGTTTTATCACGAGAAGAGGATCTGAACTCGCGTTGAAGC 3889
Query 3656 ATTTAAGCTTGAAATTTGGTGGTTCCTTGTTTGACAAACTCCCAAAATTGTGGGAGTGCC 3715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3890 ATTTAAGCTTGAAATTTGGTGGTTCCTTGTTTGACAAACTCCCAAAATTATGGGAGTGCC 3949
Query 3716 TCACTGAGGTTCTTGTTCCTGAAATTCCTGCTGATCAACAGAATATTGACCTTAAAATAG 3775
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3950 TCACTGAGGTTCTTGTTCCTGAAATTCCTTCAGATCAACAGAAGATTGACCTTAAAATAG 4009
Query 3776 AATCTATTTCGGATCCACAGGT------------------GGT---ACGTTCAATAGCAC 3814
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 4010 AATCTATTTCGGATCCACAGGTCTTAATAAACAACATCCAGGTGGTACGTTCAATAGCAC 4069
Query 3815 CAGTGATGGAAGAAACACTTAAACCTAGACTACTCAGTCTCCTGCCTTGTATTTTCAAAT 3874
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4070 CAGTGATGGAAGAAACACTGAAACCTAGACTGCTCAGTCTTCTGCCTTGTATTTTCAAAT 4129
Query 3875 GCGTTCGCCATTCCCATGTAGCTGTTAGATTGGCTGCTTCTAGATGTGTTATGACAATGG 3934
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4130 GTGTTCGCCATTCCCATGTGGCTGTTAGATTGGCTGCTTCTAGATGTGTTATGACAATGG 4189
Query 3935 CTAAATCAATGACAACAAATGTCATGGCAGCAGTAGTGGAAGGTGCTATTCCAATGTTGG 3994
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4190 CTAAATCAATGACAACAGATGTCATGGCAGCAGTAGTGGAAAGTGCTATTCCAATGTTGG 4249
Query 3995 GAGATTTGACATGCATTAATGCTAGACAAGGCGCAGGAATGCTTATTGGTTTACTTGTTC 4054
||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 4250 GAGATTTAACATGCATTAGTGGTAGACAAGGCGCAGGAATGCTTATTGGTTTGCTTGTGC 4309
Query 4055 AAGGGCTGGGTGTTGAACTGGTTCCATATTCTCCTCTATTGGTTGTTCCCCTCCTAAGAT 4114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 4310 AAGGGCTGGGTGTTGAACTGGTTCCATATTCTCCTCTATTGGTTGTTCCTCTCCTGAGAT 4369
Query 4115 GCATGAGCGATGTTGACAGTTCAGTCAGGCAGAGCGTGACACGTAGCTTTGCTGCCCTTG 4174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4370 GCATGAGCGATGTTGACAGTTCAGTCAGGCAGAGCGTAACACGTAGCTTTGCTGCCCTTG 4429
Query 4175 TGCCTATGCTTCCATTAGCACGTGGCGCACCCCCTCCTGTCGGGTTGAGCAAGGATCTAT 4234
| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 4430 TACCTATGCTTCCATTAGCACGTGGTGTTCCCCCTCCCGTCGGGTTGAGCAAAGATCTAT 4489
Query 4235 CTAGCAATGCAGAGGATGCAAAATTTTTGGAACAGCTACTTGACAACTCCCATATAGATG 4294
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4490 CTAGCAATGCAGAGGATGCAAAATTTTTGGAGCAGCTTCTTGACAACTCCCATATCGATG 4549
Query 4295 ATTACAAGCTTTGCACTGAGCTAAAAGTTCAATTAAGAAGGTATCAACAAGAAGGAATCA 4354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4550 ATTACAAGCTTTGCACTGAGCTAAAAGTTCAATTAAGAAGGTATCAACAAGAAGGAATCA 4609
Query 4355 ATTGGTTAGGATTCCTGAAGCGTTTTAAGCTCCATGGAATTCTCTGCGATGATATGGGGC 4414
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4610 ATTGGTTAGGATTCCTAAAGCGTTTTAAGCTCCATGGAATTCTCTGCGATGATATGGGGC 4669
Query 4415 TTGGTAAGACGCTTCAAGCATCTGCAATTGTGGCATCTGATGCAGCAGAGCGTCGTGGTT 4474
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4670 TTGGTAAGACTCTTCAAGCATCTGCAATTGTGGCATCCGATGCAGCAGAGCGTCGTGGTT 4729
Query 4475 CAACAGATGAACCAGATGTTTTTCCATCTATAATTGTTTGCCCTTCAACATTAGTTGGTC 4534
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4730 CAACAGATGAACTGGATGTTTTTCCATCTATAATTGTTTGCCCTTCAACATTAGTTGGTC 4789
Query 4535 ATTGGGCATTTGAAATTGAGAAGTATATCGACCTTTCTCTGCTAAGCGTGTTGCAGTATG 4594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4790 ATTGGGCATTTGAAATTGAGAAGTATATCGACCTTTCTCTGCTAAGCGTGTTGCAATATG 4849
Query 4595 TTGGCTCTGTTCAAGACCGTGTTTCTCTCCGTGAACAGTTCAACAACCACAATGTCATTA 4654
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4850 TTGGCTCTGCTCAAGACCGCGTTTCTCTCCGTGAACAGTTCAACAACCATAATGTCATTA 4909
Query 4655 TAACATCTTATGATGTGGTCCGCAAGGATGTTGATTATCTGACACAATTTTCATGGAACT 4714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4910 TAACATCTTATGATGTGGTCCGCAAGGATGTTGATTATCTGACGCAATTTTCATGGAACT 4969
Query 4715 ACTGTATCCTGGATGAGGGGCACATAATTAAGAATGCTAAATCTAAAATAACTTCAGCAG 4774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 4970 ACTGTATCCTGGATGAGGGGCACATAATTAAGAATGCTAAATCTAAAATTACTGCAGCAG 5029
Query 4775 TAAAACAATTGAAGGCCCAGCACCGACTTATCCTTAGTGGAACACCAATACAGAATAATA 4834
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5030 TCAAACAATTGAAGGCCCAGCACCGGCTTATCCTTAGTGGAACACCAATACAGAATAATA 5089
Query 4835 TCATGGAGCTGTGGTCCCTTTTTGACTTCTTGATGCCTGGATTTCTTGGGACAGAGAGAC 4894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5090 TCATGGAGCTGTGGTCCCTTTTTGACTTCTTGATGCCTGGATTTCTTGGGACAGAGAGAC 5149
Query 4895 AGTTTCAAGCATCTTATGGAAAACCGTTGCTGGCAGCTAGAGATCCTAAATGCTCTGCTA 4954
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5150 AGTTTCAAGCATCTTATGGAAAACCATTGCTGGCAGCTAGAGATCCTAAATGCTCTGCTA 5209
Query 4955 AGGATGCTGAAGCGGGTGTACTGGCAATGGAAGCACTCCATAAGCAGGTTATGCCATTCT 5014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5210 AGGATGCTGAAGCGGGTGTACTGGCAATGGAAGCACTCCATAAGCAGGTTATGCCATTCT 5269
Query 5015 TACTCAGACGTACGAAAGAGGAAGTCCTCTCTGATTTGCCAGAAAAAATCATTCAGGACA 5074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5270 TACTCAGACGTACGAAAGAGGAAGTCCTCTCTGATTTGCCAGAAAAAATCATTCAGGACA 5329
Query 5075 GATACTGTGACCTTAGTCCTGTGCAGTTGAAGCTTTATGAGCAATTTTCTGGTTCAAGTG 5134
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5330 GATATTGTGACCTTAGTCCTGTCCAGTTGAAGCTTTATGAGCAATTTTCTGGTTCAAGTG 5389
Query 5135 CTAAGCAAGAAATATCTAGTATCATAAAAGTTGATGGGTCAGCAGATTCTGGAAATGCAG 5194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5390 CTAAGCAAGAAATATCTAGTATCATAAAAGTTGATGGGTCAGCAGATTCCGGAAATGCAG 5449
Query 5195 ATGTTGCGCCAACAAAAGCATCCACACACGTTTTCCAGGCACTGCAGTACCTGCTTAAAC 5254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5450 ATGTTGCGCCAACAAAAGCATCCACACACGTTTTCCAGGCACTACAGTACCTGCTTAAAC 5509
Query 5255 TCTGCAGTCATCCGCTTCTTGTTCTTGGGGATAAGGTTACAGAGCCGGTGGCTTCTGATT 5314
||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5510 TCTGCAGTCATCCGCTTCTTGTTCTAGGCGATAAGGTCACAGAGCCGGTGGCTTCTGATT 5569
Query 5315 TGTCAGCAATGATAAATGGATGTTCGGATATTATCACTGAGCTTCACAAAGTTCAACACT 5374
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5570 TGGCAGCAATGATAAATGGATGTTCGGACATTATCACTGAGCTTCATAAAGTTCAACACT 5629
Query 5375 CTCCAAAGCTTGTTGCTCTTCAGGAAATTTTAGAAGAATGTGGAATAGGTTCTGATGCTT 5434
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5630 CTCCAAAGCTTGTAGCTCTTCAGGAAATTTTAGAAGAATGTGGAATAGGTTCTGATGCTT 5689
Query 5435 CTAGTTCAGATGGCACTCTTAGTGTAGGCCAGCACAGAGTTCTGATATTTGCACAGCACA 5494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5690 CTAGTTCAGATGGCACTCTTAGTGTAGGCCAGCACAGAGTTCTGATATTTGCACAGCACA 5749
Query 5495 AAGCTTTGCTGGATATCATTGAAAAGGACTTGTTTCAAGCCCACATGAAAAGTGTCACAT 5554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5750 AAGCTTTGCTGGATATCATTGAAAAGGACTTGTTTCAAGCCCACATGAAAAGTGTCACAT 5809
Query 5555 ATATGCGACTAGATGGTTCAGTTGTACCGGAGAAAAGGTTTGAGATTGTGAAGGCCTTTA 5614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5810 ATATGCGACTAGATGGTTCAGTTGTACCGGAGAAAAGGTTTGAGATTGTGAAAGCCTTTA 5869
Query 5615 ATTCAGATCCTACAATTGATGTTCTGCTCCTGACAACACATGTTGGTGGGCTTGGGTTGA 5674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5870 ATTCAGATCCTACAATTGATGTTCTGCTCCTGACAACACATGTTGGTGGGCTTGGGTTGA 5929
Query 5675 ACCTGACCTCTGCTGATACACTTGTATTTATGGAGCATGATTGGAATCCAATGCGTGATC 5734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5930 ACCTGACCTCTGCTGATACACTTGTATTTATGGAGCATGATTGGAACCCAATGCGTGATC 5989
Query 5735 ATCAGGTGAACAAACTGTGGCAGGCGATGGACAGAGCGCATAGATTGGGACAGAAGAGAG 5794
|||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5990 ATCAGG----C-----G----A-----TGGACAGAGCGCATAGATTGGGACAGAAGAGAG 6031
Query 5795 TTGTAAATGTACACCGTCTGATAATGCGTGGCACACTTGAAGAGAAAGTGATGAGTCTCC 5854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6032 TTGTAAATGTACACCGTCTGATAATGCGTGGCACACTTGAAGAGAAAGTGATGAGTCTCC 6091
Query 5855 AAAGATTCAAAGTGTCGGTTGCCAATACAGTAATCAATGCTGAGAATGCAAGTATGAAGA 5914
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 6092 AAAAATTCAAAGTGTCGGTTGCCAATACGGTAATCAATGCTGAGAATGCGAGTATGAAGA 6151
Query 5915 CAATGAACACTGATCAGTTGCTCGACTTATTTGCTTCAGCTGAAACTTCTAAAAAGGGTG 5974
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 6152 CAATGAACACTGATCAGTTGCTTGACTTGTTTGCTTCAGCTGAAACGTCTAAAAAGGGTG 6211
Query 5975 GTGCGTCTTCGAAGAATGGATCAGAGGAGAATGACCAGATTGCTGGAACTGGAAAAGGAC 6034
||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6212 GTGGGTCTTCGAAGAAGGGATCAGAGGATAATGATCAGATTGCTGGAACTGGAAAAGGAA 6271
Query 6035 TGAAGGCAATTCTAGGAAACTTAGAAGAACTGTGGGATCAATCACAGTACACAGAAGAGT 6094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6272 TGAAGGCAATTCTAGGAAACTTAGAAGAACTGTGGGATCAATCACAGTACACAGAAGAGT 6331
Query 6095 ACAATCTTAGCCAGTTCTTAGCTAAGCTCAACGG 6128
|||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 6332 ACAATCTTAGCCAGTTCTTAACTAAGCTCAACGG 6365
Score = 717 bits (388), Expect = 0.0
Identities = 410/421 (97%), Gaps = 0/421 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCACATCAACAATCTTCCCGACTCAATCGTCTCCTTACTTTGTTGGACACTGGTTCA 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 ATGGCACAGCAACAATCTTCCCGACTCAATCGTCTCCTTACTTTGTTGGACACTGGTTCA 198
Query 61 ACTCAAGCTACTCGGCTAACTGCAGCCAAGCAGATCGGGGATATTGCAAAGTCTCATCCT 120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 ACACAAGCTACTCGGCTAACTGCAGCCAAGCAGATCGGGGATATTGCAAAGTCTCATCCT 258
Query 121 CAGGACTTGAGCTCTCTTCTGAGAAAGGTTTTGCATCACCTCCGTAGTAAAAAGTGGGAT 180
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 259 CAGGACTTGAGCTCTCTTTTGAGAAAGGTTTTGCATCACCTCCGTAGTAAAAAGTGGGAT 318
Query 181 ACGAGGGTTGCTGCTGCTCATGCTATTGGTGCCATTGTTTTGAATGTCAAACATCCTTCA 240
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 319 ACGAGGGTTGCTGCTGCTCATGCCATTGGTGCCATTGTTCTGAATGTCAAACATCCTTCA 378
Query 241 TTGAGTGAACTGTTAAATTCTTTAGCAACGAAGTTGGGTGAGGCCGGGATATCTGATAAT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 379 TTGAGTGAACTGTTAAATTCTTTAGCAACGAAGTTGGGTGAGGCAGGGATATCTGATAAT 438
Query 301 GTAGATGAAGTGGTGGCTTTGCGCAATCTTCAGTCCAAGATTCTGGCAAATGCACCCTTT 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 439 GTAGATGAAGTGGTGGCTTTCCGCAATCTTCAGTCAAAGATTCTGGCAAATGCGCCCTTT 498
Query 361 AGAAGCTTTGAGATGAATAAGGTTTTAGAGTTTGGCGCTTTGTTGGCATCTGGTGGACAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 499 AGAAGCTTTGAGATGAATAAGGTTTTAGAGTTTGGCGCTTTGTTGGCTTCTGGTGGGCAG 558
Query 421 G 421
|
Sbjct 559 G 559
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 306013913464
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5