BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg900724
Length=1428
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G29560.1 | Symbols: ENOC | cytosolic enolase | chr2:12646560... 2449 0.0
> AT2G29560.1 | Symbols: ENOC | cytosolic enolase | chr2:12646560-12649906
FORWARD LENGTH=1715
Length=1715
Score = 2449 bits (1326), Expect = 0.0
Identities = 1394/1428 (98%), Gaps = 0/1428 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTGTGCAAGAGTATTTAGACAAGCACATGCTTTCTCGGAAAATCGAAGACGCCGTT 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 76 ATGTCTGTGCAAGAGTATTTAGACAAGCATATGCTTTCTCGGAAAATCGAAGACGCCGTT 135
Query 61 AATGCCGCCGTTAGGGCTAAAACCTCAGATCCCGTTCTCTTCATCGCGAATCATATGAAG 120
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 136 AATGCCGCCGTAAGGGCTAAAACCTCAGATCCCGTTCTCTTCATCGCTAATCATCTGAAG 195
Query 121 AAAGCTGTATCATCGGTGATAACGAAGGTTAAAGCACGACAGATCCTTGATAGCAGAGGA 180
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 196 AAAGCTGTATCATCTGTGATAACGAAGGTTAAAGCACGACAGATCCTTGACAGCAGAGGA 255
Query 181 ATTCCAACAGTTGAAGTTGATCTTCACACTAACAAAGGCGTTTTTCGTGCTTCTGTTCCC 240
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 ATTCCAACAGTTGAAGTTGATCTGCACACGAACAAAGGCGTTTTTCGTGCTTCTGTTCCC 315
Query 241 AGTGGTGATTCTTCTGGAACGTATGAAGCTATTGAGCTACGTGATGGAGACAAAGGAATG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 AGTGGTGATTCTTCTGGAACGTATGAAGCTATTGAGCTACGTGATGGAGACAAAGGAATG 375
Query 301 TATCTTGGAAATAGTGTGGCGAAAGCTGTTAAGAACATAAATGATAAAATCTCAGAGGCG 360
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 376 TATCTTGGAAACAGTGTGGCTAAAGCTGTTAAGAACATAAATGAAAAAATTTCTGAGGCG 435
Query 361 TTGATTGGTATGGACCCAAAACTTCAGGGTCAGATAGATCAGGCTATGATAGATTTGGAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 TTGATTGGTATGGACCCAAAACTTCAGGGTCAGATAGATCAGGCTATGATAGATTTGGAT 495
Query 421 AAAACTGAAAAGAAGAGTGAACTTGGTGCTAATGCTATACTTGCTGTGTCAATTGCGGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 AAAACTGAAAAGAAGAGTGAACTTGGTGCTAATGCTATACTTGCTGTGTCAATTGCGGCA 555
Query 481 TGCAAGGCTGGAGCTGCTGAGAAAGAAGTCCCTCTGTGCAAGCACCTTTCTGATCTCAGT 540
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 556 TGCAAGGCTGGAGCTGCTGAGAAAGAGGTCCCTTTGTGCAAGCATCTTTCTGATCTTAGT 615
Query 541 GGCAGAGCAAACATGGTGTTACCTGTACCTGCGTTCACTGTTTTGAGTGGCGGGAAGCAT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 616 GGCAGAGCAAACATGGTGTTACCTGTACCTGCGTTCACTGTTTTGAGTGGTGGGAAGCAT 675
Query 601 GCTTCGAATACTTTTGCCATTCAGGAAATTATGATTCTCCCAATTGGAGCAAGTAGATTT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 GCTTCGAATACTTTTGCCATTCAGGAAATTATGATTCTCCCAATTGGAGCAAGTAGATTT 735
Query 661 GAGGAGGCCCTGCAATGGGGATCTGAGACATATCATCATTTAAAGGCTGTTATTGCAGAA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 736 GAGGAGGCCCTGCAATGGGGATCTGAGACATATCATCATTTAAAGGCTGTCATTTCAGAA 795
Query 721 AAGAATGGTGGTTTGGGGTGTAATGTTGGTGAAGATGGTGGCCTTGCTCCAGATATCTCG 780
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 796 AAGAATGGTGGTTTGGGATGTAATGTTGGTGAAGATGGTGGTCTTGCTCCAGATATCTCG 855
Query 781 AGCCTCAAGGAAGGTTTGGAGCTTGTAAAAGAAGCTATCAACCGAACAGGGTACAATGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 AGCCTCAAGGAAGGTTTGGAGCTTGTAAAAGAAGCTATCAACCGAACAGGGTACAATGAT 915
Query 841 AAGATAAAGATAGCCATTGATGTTGCCGCCACTAATTTTTGTTTAGGTACCAAGTATGAT 900
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 AAGATAAAGATAGCCATTGATATTGCCGCCACTAATTTTTGTTTAGGTACCAAGTATGAT 975
Query 901 CTAGATGTCAAGTCTCCAAATAAATCTGGGCAAAATTTCAAGTCAGCGGACGATATGATA 960
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 976 TTAGATATCAAGTCTCCAAATAAATCTGGGCAAAATTTCAAGTCAGCGGAAGATATGATA 1035
Query 961 GATATGTACAAAGAAATTTGTAATGAGTATCCAATTGTGTCTATCGAAGACCCTTTTGAC 1020
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1036 GATATGTACAAAGAAATTTGTAATGATTATCCAATTGTGTCTATAGAAGACCCTTTTGAC 1095
Query 1021 AAAGAGGACTGGGAACACACCAAGTATTTTTCCAGTCTTGGAATATGTCAGGTGGTAGGT 1080
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 AAGGAGGACTGGGAACACACCAAGTATTTTTCGAGTCTTGGAATATGTCAGGTGGTAGGT 1155
Query 1081 GACGATTTGTTGATGTCAAATTCAAAACGTGTTGAGCGTGCCATACAGGAGTCTTCTTGT 1140
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 GACGATTTGTTGATGTCAAATTCAAAACGAGTTGAGCGTGCCATACAGGAGTCTTCTTGT 1215
Query 1141 AATGCTCTTCTTCTCAAGGTGAATCAGATTGGTACAGTAACAGAAGCCATTGAAGTAGTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 AATGCTCTTCTTCTCAAGGTGAATCAGATTGGTACAGTAACAGAAGCCATTGAAGTAGTG 1275
Query 1201 AAAATGGCAAGGGATGCCCAGTGGGGTGTGGTGACATCTCATAGATGTGGAGAAACAGAG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 AAAATGGCAAGGGATGCCCAGTGGGGTGTGGTGACATCTCATAGATGTGGAGAAACAGAG 1335
Query 1261 GACTCTTTCATCTCTGACTTATCCGTGGGTCTCGCAACAGGTGTGATAAAAGCTGGTGCT 1320
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1336 GACTCTTTCATCTCTGACTTATCTGTGGGTCTCGCAACAGGTGTGATTAAAGCTGGTGCT 1395
Query 1321 CCTTGCAGAGGAGAACGTACTATGAAGTATAACCAGTTGCTACGGATAGAGGAAGAGCTC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 CCTTGCAGAGGAGAACGTACTATGAAGTATAACCAGTTGCTACGGATAGAGGAAGAGCTT 1455
Query 1381 GGGGATCAAGCAGTGTATGCTGGAGAAGATTGGAAGCTATCTCTCTAA 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 GGGGATCAAGCAGTGTATGCTGGAGAAGATTGGAAGCTATCTCTCTAA 1503
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70381164090
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5