BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg900749
Length=2223
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G29760.1 | Symbols: OTP81 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-l... 3458 0.0
> AT2G29760.1 | Symbols: OTP81 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:12712884-12715852 FORWARD LENGTH=2733
Length=2733
Score = 3458 bits (1872), Expect = 0.0
Identities = 2111/2227 (95%), Gaps = 14/2227 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATCTTCTCCACAGCACAACCACTCTCTCTGCCACGTCATCCAAACTTCTCCAAT 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTATCTTCTCCACAGCACAACCTCTCTCTCTGCCACGTCATCCAAACTTCTCCAAT 60
Query 61 CCGAATCAACCAACTACCAATAACGAACGTTCCCGCCACACTATTTCTCTGATCGACCGA 120
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 61 CCGAATCAACCAACTACCAATAACGAACGCTCCCG-C-CAC-ATTTCTCTCATCGAACGA 117
Query 121 TGT-TCGTCTCTCCGACAACTGAAGCAAACCCATGCTCACATGATCCGTACAGGTATGTT 179
||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 118 TGTGT-GTCTCTCCGACAACTAAAGCAAACCCATGGTCACATGATCCGTACCGGTACGTT 176
Query 180 TTCCGATCCTTACTCAGCTAGCAAGCTATTCGCAATCGCGGCGCTCTCTTCCTTCGCGAG 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 177 TTCCGATCCTTACTCAGCTAGCAAGCTATTCGCAATGGCTGCGCTCTCTTCCTTCGCTAG 236
Query 240 CCTCGAGTATGCACGCAAGGTGTTTGATGAAATTCCTCAACCAAATTCTTTCACTTGGAA 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 237 TCTCGAGTATGCACGCAAGGTGTTTGATGAAATTCCTAAACCAAATTCTTTCGCTTGGAA 296
Query 300 TACTCTTATTCGTGCTTATGCTTCTGGACCAGACCCTGTT-TGTAGCATCTGGGCTTTCT 358
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 297 TACTCTTATCCGTGCTTACGCTTCTGGACCAGACCCTGTTCT-TAGCATCTGGGCTTTCT 355
Query 359 TGGATATGGTTTCGGCGGAGAGTCAGTGTTATCCGAATAAGTACACTTTCCCTTTCCTCA 418
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TGGATATGGTTT---CGGAGAGTCAGTGTTATCCAAATAAGTACACTTTCCCTTTCCTCA 412
Query 419 TTAAAGCTGCTGCAGAAGTTTCATCTTTGTCTTTGGGTCAATCTCTTCATGGGATGGC-G 477
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 413 TTAAGGCAGCTGCAGAAGTTTCATCTTTGTCTTTGGGTCAATCTCTTCATGGGATGGCTG 472
Query 478 ATTAAGTCAGCTGTTGGAAGTGATGTTTTCGTTGCGAATTCTTTGATACATTGTTATTTC 537
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 -TTAAGTCAGCAGTTGGAAGTGATGTTTTCGTTGCTAATTCTTTGATACATTGTTATTTC 531
Query 538 TCTTGCGGGGATTTAGATTCGGCTTGTAAAGTGTTTACTACAATCAAAGAAAAAGACGTT 597
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 532 TCTTGTGGGGATTTAGATTCAGCTTGTAAAGTGTTTACTACGATCAAAGAAAAGGATGTT 591
Query 598 GTTTCGTGGAATTCGATGATTAATGGGTTTGTGCAAAAGGGTTCTCCAGATAAAGCTTTG 657
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 GTTTCATGGAATTCGATGATTAATGGGTTTGTGCAAAAGGGTTCTCCAGATAAAGCTTTG 651
Query 658 GAGCTGTTTAAGAAGATGGAGTCAGAAGATGTTAAGGCAAGTCATGTGACAATGGTTGGT 717
||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GAGCTTTTTAAGAAGATGGAGTCAGAGGACGTTAAGGCAAGTCATGTGACAATGGTTGGT 711
Query 718 GTCTTATCTGCTTGTGCAAAGATACGGGATCTAGAGTTTGGGAGGCGGGTCTGCTCTTAT 777
||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| || ||||||
Sbjct 712 GTCTTGTCTGCTTGTGCAAAGATACGGAATTTAGAGTTTGGGAGGCAGGTTTGTTCTTAT 771
Query 778 ATCGAAGAAAACAGGGTTAACGTGAACTTGACGTTGGCTAATGCGATGCTTGATATGTAC 837
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 ATCGAAGAAAACAGGGTTAACGTGAACTTGACATTGGCTAATGCGATGCTTGATATGTAC 831
Query 838 ACAAAGTGTGGAAGCATAGAGGACGCAAAAAGACTGTTTGATGCAATGGAGGAGAAAGAT 897
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 ACAAAGTGTGGAAGCATAGAAGATGCTAAAAGACTGTTTGATGCAATGGAGGAGAAAGAT 891
Query 898 AACGTCACATGGACAACAATGCTTGATGGGTATGCTATTTCAGAAGACTACGAAGCAGCT 957
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 AACGTTACATGGACAACAATGCTTGATGGGTATGCAATTTCAGAAGACTACGAAGCAGCT 951
Query 958 AGAGAGGTTCTTAACTCTATGCCTAAGAAAGACATTGTTGCTTGGAATGCTCTTATATCT 1017
|||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 AGAGAGGTTCTTAATTCTATGCCTCAGAAAGATATTGTTGCTTGGAATGCTCTTATATCT 1011
Query 1018 GCTTATGAGCAGAATGGTAAACCTAATGAGGCACTGTTAGTGTTCCATGAGCTGCAACTT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GCTTATGAGCAGAATGGTAAACCTAATGAGGCATTAATAGTGTTCCATGAGCTGCAACTT 1071
Query 1078 CAGAAGAACATAAAGCTGAACCAGATCACACTGGTAAGTACTTTATCAGCTTGTGCCCAG 1137
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1072 CAGAAGAACATGAAGCTGAACCAGATCACACTGGTAAGTACTTTATCAGCTTGTGCTCAG 1131
Query 1138 GTAGGGGCACTGGAATTAGGTAGATGGATCCATAGCTACATCAAAAAGAACGGCATTAAG 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
Sbjct 1132 GTAGGGGCACTGGAATTAGGTAGATGGATCCATAGCTACATCAAAAAGCACGGTATTAGG 1191
Query 1198 ATGAATTTTTATGTTACAAGCGCACTGATTCATATGTATTCGAAATGCGGAGATCTTGAA 1257
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 ATGAATTTTCATGTTACAAGCGCACTGATTCATATGTATTCGAAATGCGGAGATCTTGAA 1251
Query 1258 AAGGCGCGTGAAGTGTTTAATTCTGTAGAGAAGAGAGATGTGTTTGTGTGGAGTGCAATG 1317
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 AAGTCCCGTGAAGTGTTTAATTCTGTAGAGAAGAGAGATGTGTTTGTGTGGAGTGCAATG 1311
Query 1318 ATTGGTGGCCTGGCAATGCACGGATGTGGAAATGAAGCTGTTGATATGTTTTATAAAATG 1377
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ATTGGTGGCTTGGCAATGCACGGATGTGGAAATGAAGCTGTTGATATGTTTTATAAAATG 1371
Query 1378 CAAGAGGCTAATGTAAAGCCTAATGGTGTGACATTCACCAATGTCTTCTGTGCTTGTAGC 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 CAAGAGGCTAATGTAAAGCCTAATGGTGTGACCTTCACCAATGTCTTCTGTGCTTGTAGC 1431
Query 1438 CATACCGGTTTAGTGGATGAGGCTGAGTCGTTATTTTACAAAATGGAATCGAGTTATGGT 1497
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||| |||||||
Sbjct 1432 CATACCGGTTTGGTGGATGAAGCTGAGTCTTTATTCCACCAGATGGAATCGAATTATGGT 1491
Query 1498 ATTGTCCCCGAGGATAAGCATTATGCTTGCATAGTTGATGTTCTCGGCCGCTCGGGTTAT 1557
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATTGTCCCTGAGGAAAAGCATTATGCTTGCATAGTTGATGTTCTCGGCCGCTCGGGTTAT 1551
Query 1558 CTGGAAAAAGCTGTGAAGTTCATAGAGGCGATGCCAATTCCTCCAAGCACTTCTGTCTGG 1617
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TTGGAAAAAGCAGTGAAGTTCATAGAGGCGATGCCGATTCCTCCAAGCACTTCTGTCTGG 1611
Query 1618 GGAGCGCTTCTAGGAGCTTGTAAGATCCATGCCAATCTGAGTCTTGCTGAAATGGCGTGT 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1612 GGAGCGCTTCTAGGAGCTTGTAAGATCCATGCCAATCTGAATCTTGCTGAAATGGCTTGT 1671
Query 1678 ACCCGTTTGCTTGAACTGGAACCTAGGAATGATGGCGCGCATGTGCTCCTATCAAACATA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 ACCCGTTTGCTTGAACTGGAACCTAGGAATGATGGCGCGCATGTGCTCCTATCAAACATA 1731
Query 1738 TACGCTAAATCCGGGAAA-TGGGACAACGTTTCTGAGCTAAGAAAGCATATGAGAGTCAC 1796
|| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 TATGCTAAATT-GGGTAAGTGGGAAAACGTTTCTGAGCTGAGAAAGCATATGAGAGTCAC 1790
Query 1797 TGGACTGAAAAAAGAACCAGGATGCAGCTCAATTGAAATCGATGGCATGATTCATGAGTT 1856
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TGGACTTAAGAAAGAACCAGGATGCAGCTCAATTGAAATCGATGGCATGATTCATGAGTT 1850
Query 1857 TCTCTCTGGAGATAACGCTCACCCGATGTCTGAGAAGGTTTACGGGAAGTTACATGAGGT 1916
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1851 TCTCTCTGGAGATAACGCTCATCCTATGTCTGAGAAGGTTTACGGGAAGTTACACGAGGT 1910
Query 1917 TATGGAGAAATTGAAATCAAATGGTTATGAGCCAGAGATGTCACAGGTTCTGCAGATCAT 1976
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1911 TATGGAGAAACTGAAATCAAATGGTTATGAGCCAGAGATATCTCAGGTTCTGCAGATCAT 1970
Query 1977 TGAAGAAGAAGAAATGAAAGAACAATCTCTGAATCTGCACAGCGAGAAGCTGGCGATTTG 2036
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1971 CGAGGAAGAAGAAATGAAGGAACAATCTCTAAATCTCCACAGCGAGAAGCTGGCTATTTG 2030
Query 2037 TTATGGACTGATATCAACGGAAGCTCCAAAGGCGATCAGAGTTATTAAGAATCTAAGGGT 2096
|||||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 TTATGGACTGATATCAACAGAGGCTCCAAAGGTGATCCGAGTTATTAAGAATCTAAGGGT 2090
Query 2097 GTGTGGAGATTGTCATTCAGTGGCTAAACTAATATCACAGCTCTACGATAGAGAGATAAT 2156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2091 GTGTGGAGATTGTCATTCAGTGGCTAAACTAATATCTCAGCTTTATGATAGAGAGATTAT 2150
Query 2157 AGTGAGGGACCGGTATCGGTTTCACCATTTCAGAAATGGGCAGTGTTCCTGTAACGATTT 2216
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 AGTGAGGGACCGGTATAGGTTTCATCATTTCAGAAATGGGCAGTGTTCCTGTAACGATTT 2210
Query 2217 CTGGTGA 2223
|||||||
Sbjct 2211 CTGGTGA 2217
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110290597365
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5