BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg901488
Length=2826
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G36370.1 | Symbols: | ubiquitin-protein ligases | chr2:1524... 4272 0.0
> AT2G36370.1 | Symbols: | ubiquitin-protein ligases | chr2:15247793-15252967
FORWARD LENGTH=2965
Length=2965
Score = 4272 bits (2313), Expect = 0.0
Identities = 2641/2802 (94%), Gaps = 12/2802 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 29 TCGTGACTCTCGTCGTGAAGAATCCATGTTATCAACAAGACGACGCATCTTCTTCGAGTC 88
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 TCGTGATTCTCGTCGTGAAGAACCCATGTTATCAACAAGACGACGCATCTTCTTCGATTC 60
Query 89 AAGATATTTCGATCTCAGCTTCTGAAATTGCTTCCTGGAATTTGTCAGAGATACTCTCTT 148
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAGATTTCGATCTCAGCTTCTGAAATTGCTTCCTGGGATATGTCAGAGATACTCTCTT 120
Query 149 ACGGAAGAGTAAAAGTTCGAGCTCATCGAACTAGGCTTA-TCGAGGAATCCTCGTATTTC 207
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGGAAGTGTAAAAGTTCGAGCTCATCGAACTAGGCTTATTC-AGGAATCCTCGTATTTC 179
Query 208 CATGGTCTTTTAAGCGGAAGCTTCAGTGAATCAGGCCTTGATCATATCTCTGTTGAATGG 267
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CATGGCCTTCTAAGCGGAAGCTTCAGTGAATCAGGCCTTGATCATATCTCTGTTGAATGG 239
Query 268 AATCC-AGAGACTTTCTTGAATCTTCTCATGTTTTTGTATGGTTACGATATAGAGATTAC 326
|| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AA-CCTAGAGAGTTTCTTGAATCTTCTCATGTGTTTGTATGGTTACGATATAGAGATTAC 298
Query 327 ATCCACTAGTTTCTTACCTTTGTTTGAGACTGCGCTCTATTTTGGGGTGGAGAAGCTTCT 386
||||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ATCCAGTAGTTTCTTACCTCTATTTGAGTCTGCACTCTACTTTGGGGTGGAGAAGCTTCT 358
Query 387 CTCTAAATGCAAAAGCTGGCTTTCAGTGTTGGCATTATCGAATGATACCGCATTACCGAA 446
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 359 CTCTATATGCAAAAACTGGCTTTCAGTGTTGGCATCATCGAATGACAACGCATTACCGAA 418
Query 447 ACTAGAATTGTCTGACCTTATTCAGATGTGGAGTTTTGGTCTCGAGCATGCTGGAGAATT 506
| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AGTAGAATTATCTGACCTTATTCAGATTTGGAGTTTTGGTCTCGAGCATGCTGGAGAATT 478
Query 507 TGTACCAGATCTCTGTGTGGCCTATCTTGCAAAGAATTTCATGTTGGTGAAATCTGATAA 566
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TGTGCCAGATCTCTGTGTGGCCTATCTTGCAAAGAATTTCATGTTGGTGAAATCTGATAA 538
Query 567 GTATTTTGGAAATGTTCCGTATGAGTTGTTGATGTGTTGCATTAAACATTCC-CACCTGA 625
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||
Sbjct 539 GTATTTTGGAAATGTTCCATATGAGTTGTTGATGTGGTGCGTTAAACA-TCCTCACCTGA 597
Query 626 CTGTACACAGCGAGATGCATCTTGCTGATGCACTTCTTGTTTGGCTTGATACCGGCAGAA 685
|||||||||| |||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||
Sbjct 598 CTGTACACAGTGAGATGGACCTTGTTGATGGACTTCTTATTTGGCTTGATGCCGGTGGAA 657
Query 686 GAATGTCTGACTTGTCGGATAGTAGTCAAGATAACACAATCAACTTGATGGAACAGGTCC 745
|| |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GATTGTCTGACTTACCAGAGAGTAGTCAAGATAACACAATCAACTTGATGGAACAGGTCC 717
Query 746 GTTTTAGTCTTTTGCCGCTGTGGTTTATTGCTGGAAGAAGCAAGTCTCATGGATTCTCAA 805
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 718 GTTTTAGTCTTTTGCCGCTGTGGTTTATTGCAGGAAGAAGCAAGTCTCATGGTTTCTCAA 777
Query 806 AGTTTGCTGATCAAAGCATTGAATTGGTGACTAAACTAATGAAAATGCCATCCACATGCT 865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGTTTGCTGATCAAAGCATTGAATTGGTGACTAAACTAATGAAAATGCCATCCACATGCT 837
Query 866 TGGTCGATAGTCTAACAGATGGCCCTCCTACTGATCTTAGAGTTCGGCTGACCGAATACT 925
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 838 TGGTCGATAGTCTAACCGATGGCCCTCCAACTGATGTTAGAGTTCGGCTGACTGAATACA 897
Query 926 CTGAGATATTGGATCTCTCAGGATGTCCACAGTTAAATGAAGCCAGTCTGCTACTGTCAA 985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 898 GTGAGATATTGGATCTCTCAGGATGTCCACAGTTAAATGAAGCCAGCCTGCTACTGTCAA 957
Query 986 TACCGCCTAACTCGTATTTCGCAAACCTCAGGTGGAGAAAGAGTTTGAAAAGTTTCCTAA 1045
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 958 TACTGCCTAACTCGTATTTCGCAAACCTCAGGTGGAGGAAGAGTTTGGAAAGTTTCCTAA 1017
Query 1046 AGAACCCTGATGACGATGAAAGACATCAAGAACAATTATCTCACAGAACTTTACCAATTT 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGAACCCTGATGACGATGAAAGACATCAAGAACAAATATCTCACAGAACTTTACCAATTT 1077
Query 1106 TGTCTTTCGAATCGGTGAAAGAGATTGATATTTCCAAGTGCCAGAGGCTTGATTATAAAG 1165
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TGTCTTTTGAATCGGTGAAAGAGATTGATATTTCCAAGTGTCAGAGGCTTGATTATAAAG 1137
Query 1166 CTGTGATCAAGTGCTTCTCTAAGTCATTCCCATCATTAAGAAAACTGAGAGCTGCTTATC 1225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1138 TTGTGATCAAGTGCTTCTCTAAGTCATTCCCATCATTAAGAAAACTAAGAGCTGCTTATC 1197
Query 1226 TCTTAAACATCAAGGTGTCCACAATGCTTGAACTTCTCCAGAATTTTCGTGAGCTCACTG 1285
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1198 TCTTAAACATCAAGGTGTCTACCCTGCTTGAACTTCTCCTGAATTTTCGCGAGCTCACTG 1257
Query 1286 AAGTTGATTTAACAGTTGATTTCGCTCCTATAATACCGGTTCAAGCATCGGTGTTTTACT 1345
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1258 AAGTTGATTTAACAGTTGATGTCTCTCCTATAATACCGGTTCAAGCATCTGTGTTTTACT 1317
Query 1346 CTGGCCAAGGTCATTGTTCGCTATCGAATATCACAAGACTAACGCTGGAGGGTAGAAGTG 1405
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTGGCCAAGGTCATTGTTTGCTATCGAGTATCACAAGATTAACGCTGGAGGGTAGAAGTG 1377
Query 1406 ACATATGTGATATGGAACTACGGAGCATCTCTAGAGTATGTGATTCGTTATGTTACCTGA 1465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1378 ACATATGTGATATGGAACTACGGAGCATCTCTAGAGTATGTGAGTCGTTATGTTACCTGA 1437
Query 1466 ACATAAAAGGGTGTGCACTACTCTCAGATGCATGTATAGCATATGTTATACAGAGGTGTA 1525
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1438 ACATAAAAGGGTGTGCACTACTCTCAGATGCATGTATAGCATCTGTTATACAGAGGTGTA 1497
Query 1526 AGAAATTATGCTCTCTCATAGTTTGCTATACCTCTTTCTCGGAAAATTCGATTTTGGCAC 1585
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 AAAAATTATGCTCTCTCATAGTTTGCTATACCTCTTTCTCGGAAAATTCGATTTTGGCAC 1557
Query 1586 TATGCGCTACTATTTCTATGACCAATGAGCATATGGAT-TCAAGCTCATTAGCATCCAGT 1644
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| |
Sbjct 1558 TATGCGCTACTATATCTATGACCAATGAGCATATGGATATAAAT-TCAGTAGCATCCAAT 1616
Query 1645 CTTCAAA-TGCTTCACATGAGTAAATGCGAGGGAAGTAGTGAGACATCACTTCTAAAGTT 1703
||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| || ||
Sbjct 1617 CTTCAAACT-CTGCACATGAGTAAATGCGAGGGAATTAGTGAGACGTCGCTTCTTAACTT 1675
Query 1704 AATAACTCAGACACAAAAAATGAAGAGTCTTTGCTTAAGGGATACAAAAGTTTCAGACAG 1763
|||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GATAACTCATTCACAGAAAATGAAAAGTCTTTGCTTAAGGGATACAAAAGTTTCAGACAG 1735
Query 1764 TGTGCTGTGTGAATTACCCGGCTCTTCCTTGGAAGCACTTGATATTTCAAATACCATGAT 1823
|||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1736 TGTGCTATGTGAATTCCCCGGCTCTACCTTGGAAGCACTTGATATTTCAAATACCACGAT 1795
Query 1824 ATCTAGGATGGCTCTTACTCATGTAATTAGCAGAAATCCTAATCTAAAAAGCCTCAAAGC 1883
|||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1796 ATCTTGGATGGCTCTTGCTCGTGTAATTAGCAGAAATCCTAATCTAAAAACCCTCAAAGC 1855
Query 1884 AAGGGGATGTAAAAATCTGCTTCAATTACAAGTTGATGGGAGAACTGAAAATTCCTCTCC 1943
||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |||||||| |||| ||||||
Sbjct 1856 CAGGGGATGTAAAAATCTACTCCAATTAGAAGTTGACGGCAGAACTGACAATTTCTCTCC 1915
Query 1944 ATTGTTTTCTGGTCAAGAGGTGTTTAAATGTTTAAGCAAGGGGAGTGGATTGGAGGAACT 2003
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1916 GTTGGTTTCTGGTCAAGAGGTGTTTAAATGTTTAAGCAAGGGGAGTGGATTGGAGGAGCT 1975
Query 2004 TGAGATTAGTTGGGGGTTTTCTTATTTCTCTCTTGAGTCTTTGAGACCTGCAGCTTCGTT 2063
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TGAGATTGGTTGGGGGTTTTCTTATTTCTCTTTTGAGTCTTTGAGACCTGCAGCTTCGTT 2035
Query 2064 TCTACGAGTTATAAGTGTGGGTTTGGGTGCTTCCTTAGGTGAAGATGCTTTAAAGCTTCT 2123
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2036 CCTACGAGTTATAAGTGTGGGTTTGGGTGCTTCCTTAGGTGAAGATGTTTTAAAGCTTCT 2095
Query 2124 ATCTTTAACTTGTCCTTTGCTAGAGTCTATCGTCCTCTGTTTTCAGGAAATATCTGATTC 2183
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 ACCTTCAACTTGTCCTTTGCTAGAGTCTATCGTCCTCCATTTTCAGGAAATATCTGATTC 2155
Query 2184 TGCCTTGACAAGTATCCTGACATCATCAAAGCACCTGCAAGAGTTAGCTTTGTCCTATTG 2243
||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGCCTTGACAAGTGTCCTGACATCGTTGAAGCACCTGCAAGAGTTAGCTTTGTCCTATTG 2215
Query 2244 TTTCGGTGACATATCCCTTCAAAGTTTCAAGTTCTCTATGCCGAACCTGAGAAAACTTAG 2303
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2216 CTTCGGTGAAATATCCCTTCAAAGTTTCAAGTTCTCTATGCCGAACCTGAGAAAACTAAG 2275
Query 2304 GCTTGAGAGGGTATCTCGTTGGATGACCAATGATGATTTACTTGTTCTCACACAAAGCTG 2363
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 GCTTGAGAGGGTAACTCGTTGGATGACCAATGATGATTTACTTGTTCTCACACAAAGCTG 2335
Query 2364 TCCGAACTTGACCGAGCTTTCGTTAGTAGGATGTTTACACTTAAATTCAGATTGTCAACC 2423
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2336 TCCGAACTTGACCGAGCTTTCATTAGTAGGATGTTTACACTTAACTTCAGATTGTCAACC 2395
Query 2424 TATCATCTCAGCTGGATGGCCGGGAATGATTTCTCTTCATCTAGAGGAATGTGGAAGTAT 2483
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TATCATCTCAGCTGGATGGCCAGGAATGATTTCTCTTCATCTAGAGGAATGTGGAAGTAT 2455
Query 2484 AACAGAGAATGGTGTCGCTTCTCTCTATGGTTGCGTTGCTCTGGAAGACCTTTTGCTTCG 2543
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2456 AACAGAGAATGGTGTCGCTTCTCTCTATGGTTGCATTGCTCTTGAAGACCTTTTTCTTCG 2515
Query 2544 CCACAACGGCTCTGGAATACAGAAAAGCTTCCTTCTTGATGCTACGTTGAAGTTTCCGAA 2603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2516 CCACAACGGCTCTGGAATACAGAAAAGCTTCCTTCTTGATGCTACTTTGAAGTTTCCGAT 2575
Query 2604 GCTTCGGCTGGTATCTCTGGACATGTGTGATGCAAAGGAAGGCGGCTTCGATGTCCCAGA 2663
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2576 GCTCCGGCTGGTATCTCTGGACATGTGTGATGCAAAGGAAGGCGGTTTTGATGTCCCAGA 2635
Query 2664 GGAGAAAGAAGAAGGTCGTAGTCTAAGCATAGTGAAGATCAGTAGATGCAAGTCTGAGAG 2723
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2636 GGAGAAAGAAGAAGGTCGTAGTCTAAGCATAGTCAAGATCAGTAGATGCAAGTCTGATAG 2695
Query 2724 AAGCGCGCTGGGAAGAGGCGTGGCTCCAGAT-CATAGAGAGACGCTGGTCATGTTATGGA 2782
| || ||||||||||| | | ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2696 ATGCTCGCTGGGAAGACGTGCGGCTCCA-ATGCATAGAGAGACGCTGGTTATGTTATGGA 2754
Query 2783 ATGGCCAAAACTTCACTAAAACGCTACTAAAACAAAGACTTT 2824
||||||||| | |||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 2755 ATGGCCAAACCCTCACTAAAACACTGCTCAAACAAAGACTTT 2796
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140417273457
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5