BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg901754
Length=2016
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G38410.1 | Symbols: | ENTH/VHS/GAT family protein | chr2:16... 2222 0.0
> AT2G38410.1 | Symbols: | ENTH/VHS/GAT family protein | chr2:16086630-16090208
REVERSE LENGTH=2459
Length=2459
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1417/1513 (94%), Gaps = 44/1513 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 547 GGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACATCAATCTGGTTATGGAGTACCTCAA 606
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GGCTATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACATCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAA 725
Query 607 GCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 726 GCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCGGGGTATGGAATACCT 785
Query 667 CAAGTGGGTTATGGAATGCCCAGCGGTTCTTCGAGAAGGCTTGATGAAGCAATGGCAACT 726
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 CAAGTGGGCTATGGAATGCCCAGTGGTTCTTCGAGAAGGCTTGATGAAGCAATGGCAACT 845
Query 727 GAGGTTGAGGGCTTAAGCTTGTCAAGTCTCGAGTCCATGAGGGACGTGATGGATCTCTTG 786
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 846 GAGGTTGAGGGCTTAAGCTTGTCAAGTATTGAATCCATGAGGGATGTGATGGATCTCTTG 905
Query 787 AGCGACATGCTACAAGCCGTGGATCCCAGTGACCGTGCGGCTGTGAAAGATGAAGTCATT 846
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 GGCGACATGCTACAAGCTGTGGATCCCAGTGACCGTGAGGCTGTGAAAGATGAAGTCATT 965
Query 847 GTTGACTTGGTCGAGCGTTGTCGTTCCAATCAGAAAAAGCTGATGCAGATGCTAACCTCC 906
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 GTTGACTTGGTTGAGCGTTGTCGTTCCAATCAGAAAAAGCTGATGCAGATGCTAACCTCC 1025
Query 907 ACTGGGGATGATGAACTTTTAGGCCGAGGACTCGATCTAAATGACAGTCTTCAAATTCTG 966
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 ACTGGGGATGATGAACTTTTAGGCCGGGGGCTCGATCTAAATGACAGTCTTCAAATTCTG 1085
Query 967 CTAGCTAAGCATGATGCAATAGCTTCTGGTTCTCCTCTGCCTGTTCAGGCTTCTGGTTCT 1026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 CTAGCTAAGCATGATGCAATAGCTTCTGGTTCTCCTCTGCCTGTTCAGGCTTCTGGTTCT 1145
Query 1027 CCTCTGTCAGTTCAGGCTTCAAAACCTGCTGATTCGAGCCCCAAATCTTCTGAAGCTAAA 1086
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 CCTCTGTCAGTTCAGGCTTCGAAACCTGCTGACTCGAGCCCCAAATCTTCTGAAGCTAAA 1205
Query 1087 GATTCTAGTTCCATAGCTGGTTCTAGTTCCCCAATACCAGCCACTGTTTCTACAGGGAAA 1146
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1206 GATTCTAGTTCCATAGCTGGTTCCAGTTCCCCAATACCAGCCACTGTTTCTACAGGAAAA 1265
Query 1147 AGCCCAATTGATGAGGAGTACGAAGATGAGGAAGATGAGTTTGCGCAATTAGCTCGAAGG 1206
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1266 AGCCCAATTGATGAGGAGTACGAAGAGGAGGAAGATGAGTTTGCACAATTAGCTCGAAGG 1325
Query 1207 CATTCCAAACCGCCAGCATCTGTGATTACAGACCCTACCAGTTCAGAGTCTCATAATGCT 1266
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1326 CATTCCAAACCGCCAGCATCTGTGACTACAGACCCTACCAGTTTAGAGTCTCATAATGCT 1385
Query 1267 GCAAGCAATGCTCTTGCTCTTGCTCTGCCTGACCCGCCTCCTCCAGTGAACACCACAAAG 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GCAAGCAATGCTCTTGCTCTTGCTCTGCCTGACCCCCCTCCTCCAGTGAACACCACAAAG 1445
Query 1327 GAACAAGATATGATTGACCTATTGAGTATCACACTGTCTACACCATCAACTCCACCGCCT 1386
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1446 GAACAAGACATGATTGACCTATTGAGTATCACACTGTGTACACCGTCAACTCCACCGGCT 1505
Query 1387 CCATCCTCTCAGCCTTCTCCTCCTCCTCCCGCTGTCTCAGATCAAAACACCCATATCTAT 1446
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 CCATCCTCTCAGCCTTCTCCTCCTCCTCCCGCTGGCTCAGATCAAAACACCCATATCTAT 1565
Query 1447 CCACAGCCTCCGCCACGGTTTGATAGCTATGTCGCTCC-TTGG----G---CA-C-A--G 1494
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || | || | | |
Sbjct 1566 CCACAGCCTCAGCCACGGTTTGATAGCTATGTCGCTCCATGGGCACAGCAACAGCAACCG 1625
Query 1495 CAACAG---CAA-C-C-GCA-----A----C--C-GCAACAGCCTCAAGC-ACAGCAGGG 1535
|||||| ||| | | ||| | | | ||||||| |||| | ||| |||||
Sbjct 1626 CAACAGCCTCAAGCACAGCAGGGCTATTCTCAACATCAACAGCATCAA-CAACAACAGGG 1684
Query 1536 CTATTCTCAA--T----A---TCAACAACAACAGGGCTATTCTCAACTGCAACAGCCTCA 1586
|||||||||| | | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 CTATTCTCAACCTCAACATTCTCAACAACAGCAGGGCTACTCTCAACTGCAACAGCCTCA 1744
Query 1587 ACCACAGCAGAGCTATTCTCAATCGCAACCGCAAGCACAGGTCCAGATACAACCGTCAAC 1646
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1745 ACCACAGCAGGGCTATTCTCAATCGCAACCGCAAGCACAGGTCCAGATGCAACCGTCAAC 1804
Query 1647 TCGACCTCAGAACCCGTATGAATATCCGCCTCCGCCATGGGCTTCAACATCAGCAAATGC 1706
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 TCGACCTCAGAACCCGTATGAATATCCGCCTCCACCATGGGCTTCAACATCAGCAAATGC 1864
Query 1707 ATACTATACTCCACGGGCTAATGCAAGTGCGTCATACACAGACACATCTGCCCTAGCCGG 1766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1865 ATACTATACTCCACGGGCTAATGCAAGTGCGTCATACACAGACACATCGGCCCTAGCCGG 1924
Query 1767 AAGATCACTGCAGCAATCCAACTCATTCCCCACAAGAGCTGGAGATCCCCAGGCTACTTC 1826
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1925 AAGATCACTACAGCAATCCAACTCATTCCCCACACGAGCTGGAGATCCTCAGGCTACTTC 1984
Query 1827 AACTGCTAGCAACCCAGGTGTATCTGTAGGACAGAAGCCGTTTGTTCCATCATACAGATT 1886
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 AACTGCAAGCAATTCAGGTGTATCTGTAGGACAGAAGCCGTTTGTTCCATCATACAGATT 2044
Query 1887 GTTTGAAGATCTGGATGTGTTTGGGAGCGCAGACGGGAAG-A-A-TAAGCCGACTAATAG 1943
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| | || ||
Sbjct 2045 GTTTGAAGATCTGGATGTGTTTGGGAGCGCAGACGGGAAGCATAATAAACCGGCGAACAG 2104
Query 1944 TAGTAATGGTTCTCAAAGCTTGTCCGGGTCTCAGACGCAGCAGAGTATGATAGGAGGAAG 2003
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TAGTAATGGTTCTCAAAACTTGTCTGGGTCTCAGACGCAGCAGAGTATGATAGGAGGAAG 2164
Query 2004 GAAAATGATTTAA 2016
|||||||||||||
Sbjct 2165 GAAAATGATTTAA 2177
Score = 1020 bits (552), Expect = 0.0
Identities = 612/641 (95%), Gaps = 4/641 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCGTCTTCAGCTTCGGCGACGGTGGCTGTTGATAAAGCAACCAGCGATCTTTTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 162 ATGGCGTCGTCTTCAGCTTCGGCGACGGTGGCTGTTGATAAAGCTACCAGCGATCTTTTG 221
Query 61 TTAGGTCCTGATTGGACTACGAACATGGAAATCTGCGATTCTGTCAATTCTCTTCACTGG 120
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 222 TTAGGTCCTGATTGGACTACGAATATGGAAATCTGCGATTCTGTTAATTCTCTTCACTGG 281
Query 121 CAGGCGAAAGATGTCGTTAAAGCTGTGAAAAAGAGGCTGCAACATAAGAGCCCCAGAGTT 180
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 282 CAGGCGAAAGATGTAGTTAAAGCTGTGAAAAAGAGGCTGCAACATAAGAGTTCGAGAGTT 341
Query 181 CAACTACTTGCTCTTACGCTTTTGGAGACGTTAGTAAAGAACTGTGGAGATTATTTGCAC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 CAACTACTTGCTCTTACGCTTTTGGAGACGTTGGTAAAGAACTGTGGAGATTATTTGCAC 401
Query 241 CATCAAGTTGCAGAGAAAAAC-TTATTGGGGGAAATGGTCAAAATTGTGAAAAAGAAGGC 299
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CATCAAGTTGCAGAGAAAAACATT-TTAGGGGAAATGGTCAAAATTGTGAAAAAGAAGGC 460
Query 300 GGATATGCAAGTAAGAGATAAGATATTGGTCATGCTGGACTCTTGGCAGCAAGCTTTTGG 359
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 AGATATGCAAGTAAGAGATAAGATATTGGTCATGGTGGACTCTTGGCAGCAAGCTTTTGG 520
Query 360 GGGTCCTGAGGGAAAATATCCGCAATATTATTGGGCATACGATGAGTTAAGGCGCTCTGG 419
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 521 GGGTCCAGAGGGAAAATATCCACAATATTATTGGGCATACGATGAGTTAAGGCGTTCTGG 580
Query 420 AGTTGAATTCCCCCGGCGTTCACCTGATGCGTCCCCTATAATAACACCACCAGTGAGTCA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 581 AGTTGAATTCCCCCGGCGTTCACCTGATGCGTCCCCTATTATAACACCACCAGTGAGTCA 640
Query 480 TCCACCGTTAAGACAGCCTCAGGGGGGCTATGGAGTACCTCCAGGTGGCTATGGAGTACC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 641 TCCACCGTTAAGACAGCCTCAGGGGGGCTATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACA 700
Query 540 TCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACATCAATCTGGTTATGGAGT 599
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |||| ||||||||
Sbjct 701 TCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGT 760
Query 600 ACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGG-CTATGGA 639
|||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 761 ACCTCAAGCGGGGTATGGAATACCTCAAG-TGGGCTATGGA 800
Score = 117 bits (63), Expect = 4e-25
Identities = 82/91 (90%), Gaps = 2/91 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 592 TATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCG 651
||||||||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 669 TATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACATCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAAGCG 728
Query 652 GGTTATGGAATACCTCAAG-TGGGTTATGGA 681
||||||||||||||||||| ||| | |||||
Sbjct 729 GGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCT-ATGGA 758
Score = 95.3 bits (51), Expect = 2e-18
Identities = 70/79 (89%), Gaps = 2/79 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 508 TATGGAGTACCTCCAG-GTGGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGC 566
||||||||||||| || | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 TATGGAGTACCTCAAGCG-GGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGC 769
Query 567 TGGCTATGGAGTACATCAA 585
|| |||||| ||| ||||
Sbjct 770 GGGGTATGGAATACCTCAA 788
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99899084550
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5