BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg902294
Length=2484
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G42890.1 | Symbols: AML2, ML2 | MEI2-like 2 | chr2:17849819-... 4098 0.0
> AT2G42890.1 | Symbols: AML2, ML2 | MEI2-like 2 | chr2:17849819-17854553
FORWARD LENGTH=3138
Length=3138
Score = 4098 bits (2219), Expect = 0.0
Identities = 2403/2492 (96%), Gaps = 11/2492 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGCTAGAACCCAAGAAATCACTATCTGCTGACATGCCATCTTTGCTGAGTAGATCA 60
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ATGGAGCTAGAACCCAATAAATCACTATCTGCTGATATGCCATCTTTGCTGAGTAGATCA 357
Query 61 TCTGAAGCTTTTAATGGAGGCAGTGGATATCGTTCTGCAAGTGATCTCAGCATGTTCTCA 120
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TCTGAAGCTTTTAATGGAGGCACTGGATATCGTTCTTCAAGTGATCTCAGCATGTTCTCA 417
Query 121 AGCTCATTGCCTACACTTTTTCATGAAAAGCTGAATATGACTGATTCAGATAGTTGGCTC 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AGCTCATTGCCCACACTTTTTCATGAAAAGCTGAATATGACTGATTCAGATAGTTGGCTC 477
Query 181 TCCTTTGATGATAGCTCACCCAATCTGAACAAACTTGGCATAGGAAACTCAGAGAAGGAT 240
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 478 TCCTTTGATGAAAGCTCACCCAATCTGAACAAACTTGTCATAGGAAACTCAGAGAAAGAT 537
Query 241 TCTTTGGAAGATGTTGAACCCGATTCTTTAGATATCTTGCTTCCTGAGGATGAAAATGAG 300
|||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 538 TCTTTGGAAGATGTTGAACCCGATGCTTTAGAAATATTGCTGCCTGAGGATGAAAATGAG 597
Query 301 CTCCTTCCTGGCCTCATTGACGAACTTAATTTTACCGGGTTGCCTGATG-A---G--GAT 354
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 598 CTCCTTCCTGGCCTCATTGATGAGCTTAATTTTACCGGGTTGCCTGATGAACTTGACGAT 657
Query 355 CTTGAAGAGTGTGATGTCTTTTGCACAGGAGGGGGTATGGAGTTGGATGTTGAATCCCAA 414
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTCGAAGAGTGTGATGTCTTTTGCACGGGAGGGGGTATGGAGTTGGATGTTGAATCCCAA 717
Query 415 GATAATCATGCTGTTGATGCATCAGGGATGCAGATATCTGATCGCGGTGCTGCAAATGCA 474
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GATAATCATGCTGTTGATGCGTCAGGGATGCAGATTTCTGATCGCGGTGCTGCAAATGCA 777
Query 475 TTTGTTCCTCGTAAACGTCCCAATACGGCTGGTAGAGTTTCAGTGGAACATCCGAACGGT 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 TTTGTTCCTCGTAAACGTCCCAATACGGCTGGTAGAGTTTCAGTGGAACATCCAAACGGT 837
Query 535 GAACATCCTTCAAGGACATTATTTGTGAGGAATATCAACAGCAGTGTTGAGGATTCTGAG 594
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 838 GAACATCCTTCAAGGACATTATTTGTTAGGAATATCAACAGCAGTGTCGAGGATTCTGAG 897
Query 595 TTAAGCGCCCTTTTTGAGCCGTTTGGGGAGATCAGAAGTTTGTATACTGCATGCAAAAGC 654
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 898 TTAAGCGCCCTTTTTGAGCCGTTTGGGGAGATCAGAAGTTTGTACACTGCATGTAAAAGC 957
Query 655 AGGGGTTTTGTAATGATATCCTACTACGATATTCGAGCTGCTCATGCCGCAATGCGTGCA 714
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AGGGGGTTTGTTATGATATCCTACTACGATATTCGAGCTGCTCATGCCGCAATGCGTGCA 1017
Query 715 CTACAGAACACACTCTTAAGAAAAAGGACACTAGACATTCACTTTTCCATTCCTAAAGAA 774
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CTACAGAACACACTTTTAAGAAAAAGGACACTGGACATTCACTTTTCCATTCCTAAAGAA 1077
Query 775 AATCCATCAGAGAAGGATATGAATCAAGGAACTCTTGTGATTTTTAATGTGGATACAACA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1078 AATCCATCAGAGAAGGATATGAATCAAGGAACTCTTGTGATTTTTAATGTGGACACAACA 1137
Query 835 GTATCAAACGATGAGCTCCTTCAACT-TTTCGGTGCCTATGGTGAAATAAGAGAGATTAG 893
||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GTATCGAATGATGAGCTCCTTCAGCTGTTT-GGTGCCTATGGTGAAATAAGAGAGATTAG 1196
Query 894 AGAAACCCCGAACAGACGATTTCACAGGTTCATTGAGTACTATGATGTTAGAGATGCAGA 953
||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AGAAACCCCAAACAGGCGATTCCACAGGTTCATTGAGTACTATGATGTTAGAGATGCAGA 1256
Query 954 AACAGCCTTGAAAGCACTGAATAGAAGCGAGATAGGTGGAAAATGTATAAAGCTCGAACT 1013
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GACAGCCTTGAAAGCACTGAATAGAAGCGAGATAGGTGGAAAATGTATAAAGCTCGAACT 1316
Query 1014 TAGTCGTCCTGGAGGGGCTCGTCGACTGTCGGTCCCGTCACAAAGTCAAGATTTGGACAG 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1317 TAGTCGTCCTGGAGGGGCTCGTCGACTGTCGGTCCCGTCACAAAGTCAAGATTTGGAGAG 1376
Query 1074 AAACGAAGTTACAAATTTCTACAATCAAGTAGGTTCACATGTTGCTAATTCTCCACCAGG 1133
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AACCGAAGTTACAAATTTCTACAATCAAGTAGGTTCACATGTTGCTAATTCTCCACCAGG 1436
Query 1134 TAACTGGCCAATTGGCAGCCCAGTGAAGGGCTCTCCTTCGCATGCCTTTACGAGGCCACA 1193
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TAACTGGCCAATTGGTAGCCCAGTGAAGGGCTCTCCTTCGCATGCCTTTACGAGGCCACA 1496
Query 1194 TGGTCTAGGAATGGTCAGGCCAGTTAACTCAGATAATATGCCGGGACTGGCTTCTATTCT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1497 TGGTCTAGGAATGGTCAGGCCAGTTAACTCAGACAATATGCCAGGACTGGCTTCAATTCT 1556
Query 1254 TCCTGCTCATCCCTCTAGCTTTCATGGATTTTCACCAGTCAGTAATGACCAAGGGCTATT 1313
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TCCTGCTCATCCTTCTAGCTTTCATGGATTTTCACCAGTCAGTAATGACCAAGGGCTATT 1616
Query 1314 GAATCATCCAAACCAAACTATTCTGAATAAGGGATTGATGCACAATGTTGCCTATGGGCA 1373
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1617 GAATCATTCAAACCAAACTATTCTGAATAAGGGATTGATGCACAACATTTCCTATGGGCA 1676
Query 1374 ACCTCATTCTTTGCCAGAGCATATAACAGGGGGAATTTCCAACTCCATGAGGTTTATAGC 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ACCTCATTCTTTGCCAGAGCATATAACAGGGGGAATTTCCAACTCCATGAGGTTTATAGC 1736
Query 1434 TCCACACTCCTCAGGATTTGGGACTTCATCTGATCACCGCTATCGCTGGGGAAGCCCTCC 1493
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCCACACTCCTCAGGATTCGGGACTTCATCTGATCACCGCTATCGCTGGGGAAGCCCTCC 1796
Query 1494 TCAGCATATGAATTATCCTGGTTACACTGGAGTGTCGTCGTCATCGTCATCTACTGAACG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TCAGCATATGAATTATCCTGGTTACACTGGAGTGTCGTCGTCATCGTCATCTACTGAACG 1856
Query 1554 TCCTTTCACTGTCAGGCATGGTTTTCCATTTGCTGAGAGGCAAGCTTCATTGCTTGGAAA 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1857 TCCTTTCACTGTCAGGCATGGTTTTCCATTTGCTGAGAGGCAGGCTTCATTGCTTGGAAA 1916
Query 1614 ATACCAGCATCATGTAGGCTCTGCTCCCTCAAGCATTCATTTTAATACCCAAATGAATTG 1673
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1917 ATACCAGCATCATGTGGGCTCTGCTCCCTCAAGCATTCATTTTAATACACAAATGAATTG 1976
Query 1674 CTACCCGGGATCACCAGAGATACCCCTTGGATTTGGTGATATGGGAATCAACAGA---TA 1730
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1977 CTACACGGGATCACCAGAGATACCCCTTGGATTTAGTGATATGGGAATCAACAGAAACTA 2036
Query 1731 TAACAATGCCCATGGAAAAGCAAACCTTGGTGTTAGTCTACCGGGAAACCGTAGTGAACA 1790
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2037 TAACAGTGCTCATGGAAAAGCAAACCTTGGTGTTAGTCTACCGGGGAACAGTAGTGAACA 2096
Query 1791 GAAATTCACTGGCTTTGGCATGTCTTCAATGCCTACAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGG 1850
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GGATTTCACTGGCTTTGGCATGTCTTCAATGCCTACAGTTCCTTTCGGTGGGAGTAGAGG 2156
Query 1851 ATTACAATCAGTAAGGCCTGAACCTTTTGATGAGCAGGGTAGGATCCATAACCACGAGAC 1910
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2157 ATTACAATCAGTAAGGCCTGAACCTTTTGCTGAGCAGGGTAGGATACATAACCACGAGAG 2216
Query 1911 TCACAACCAGAATCAGTTCATAGATGGTGGGAGATATCATATTGACTTGGATAGGATTGC 1970
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2217 TCACAATCAGAATCAGTTCATAGATGGTGGGAGATATCATATCGACTTGGATAGGATTGC 2276
Query 1971 TAGTGGAGATGAAATCCGGACTACATTAATCATTAAAAACATCCCAAACAAGTACACTTA 2030
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TAGTGGAGATGAAATCCGAACTACATTAATCATCAAAAACATCCCAAACAAGTACACTTA 2336
Query 2031 CAAGATGCTGGTGGCTGAAATCGACGAAAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTATGCTT 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CAAGATGCTGGTGGCTGAAATCGACGAAAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTATGCTT 2396
Query 2091 ACCGACAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATGGGTCACGCTTTTATCAACTTGGTCTCTCC 2150
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2397 GCCGACAGACTTTAAGAATAAATGCAACATGGGTCACGCTTTTATCAACATGGTCTCTCC 2456
Query 2151 ATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACTTTCAGTGGTAAAATATGGGAGAAATTCAACAG 2210
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 ATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACTTTCAATGGTAAAATATGGGAGAAATTCAACAG 2516
Query 2211 TGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATCCAAGGAAAGTCTGCTCTTGCGTCATA 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2517 TGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATCCAAGGAAAGTCTGCCCTTGCGTCATA 2576
Query 2271 CATGCAGACTCCAAGTTCTATGAAGGAAGATAAGCAATTGTTTCCAGAAGTCTCCTACCA 2330
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 CATGCAGACTCCAAGTTCTATGAAGGAACAAAAGCAATTGTTTCCAGAAGTCTCCTACCA 2636
Query 2331 TGATGAGGGTCAAGACGCCAATGATCACGAGCAACTTTTTTCAAGCATTTGGAACATAAC 2390
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 TGATGATGGTCAAGACGCCAATGATCACGAGCAACTGTTTTCAAGCATTTGGAACATAAC 2696
Query 2391 CGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATCTTCTCGAAAGTACGAGGGAGAACGG 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||
Sbjct 2697 CGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACACAATGGATCTTATCGAAAATCCGAGGGAGAACGG 2756
Query 2451 TAACTCCAAGAATCCTGCAGAAGAGTCCTCTT 2482
||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2757 TAACTCCAAGAATGCTGCAGAAGAGTCCTCTT 2788
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123260178951
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5