BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg902707
Length=1710
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G46570.1 | Symbols: LAC6 | laccase 6 | chr2:19126872-1912906... 2848 0.0
AT2G46572.1 | Symbols: | other RNA | chr2:19126872-19129105 RE... 1016 0.0
> AT2G46570.1 | Symbols: LAC6 | laccase 6 | chr2:19126872-19129069
FORWARD LENGTH=1710
Length=1710
Score = 2848 bits (1542), Expect = 0.0
Identities = 1655/1711 (97%), Gaps = 2/1711 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACCGA-TTCAGCTGCCCCTTGCTTGTTCCGGCTTAGCTTTTTCTTGTTCACTCTTCA 59
|||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACC-AGTTCAGCTGTCCCGTCCTTGTTCCGGCTTAGCTTTCTCTTGTTCACTCTTCA 59
Query 60 AGTCATGAATGTTGGCAGGGTTAGCGCTACAACTAGGTTCTACCAATTCAAGGTACAAAC 119
||| |||||| |||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AGTAATGAATATTGGCAGGATTGGCGCTGCAACTAGATTCTACCAATTCAAGGTACAAAC 119
Query 120 AATAAGACTCACCAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACGGGAAATTCCC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 120 AATAAGACTCACCAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACAAGAAATTCCC 179
Query 180 TGGCCCGGCGATATCTGCTCAAGAAGATGACAGAATTGTCGTTAAAGTCATCAATATGAC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 180 TGGCCCGGCGATATCTGCTCAAGAAGATGACAGAATTGTCATTAAAGTCATCAACATGAC 239
Query 240 CCCCTATAATACCACAATTCATTGGCATGGTATTAAGCAAAAATTATCATGTTGGTATGA 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 240 TCCCTATAATACCACAATTCATTGGCATGGTATTAAGCAAAAACGATCATGTTGGTATGA 299
Query 300 TGGTCCATCTTATATCACACAATGTCCAATTCAGAGTGGACAAAGTTTCACATACAACTT 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGGTCCATCTTATATCACACAATGTCCAATTCAGAGTGGACAAAGTTTCACATACAACTT 359
Query 360 CAAAGTGGCACAACAAAAGGGCACCTTTTTATGGCATGCACACTTTTCTTGGCTTAGAGC 419
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CAAAGTGGCACAACAAAAGGGCACATTTTTATGGCATGCACACTTTTCTTGGCTTAGAGC 419
Query 420 TACAGTATATGGTCCGCTTATTGTATATCCTAAAGCATCTGTTCCTTACCCATTCAAGAA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TACAGTATATGGTCCGCTTATTGTATATCCTAAAGCATCTGTTCCTTACCCATTCAAGAA 479
Query 480 ACCCTTCAACGAGCATACAATTCTTCTAGGAGAGTATTGGCTTAAGAACGTGGTAGAGCT 539
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACCCTTCAACGAGCATACAATTCTCCTAGGAGAGTATTGGCTTAAGAACGTGGTAGAGCT 539
Query 540 GGAACAACATGTACTGGAAAGTGGAGGACCTCCTCCTCCAGCAGACGCATTCACAATTAA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 540 TGAACAACATGTACTGGAAAGTGGAGGACCTCCTCCTCCAGCAGATGCATTCACAATTAA 599
Query 600 TGGTCAACCAGGACCTAACTACAATTGCTCCTCTAAAGATGTTTATGAGATTCAGATAGT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGTCAACCAGGACCTAACTACAATTGCTCCTCTAAAGATGTTTATGAGATTCAGATAGT 659
Query 660 ACCAAGGAAGACATACCTGCTAAGGCTGATAAATGCTGGCATTAACATGGAGACATTCTT 719
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 660 ACCAAGGAAGATATACCTGCTAAGACTGATAAATGCTGGTATTAACATGGAGACCTTCTT 719
Query 720 CACCATAGCTAATCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAACCTTA 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 CACCATAGCTAATCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAGCCTTA 779
Query 780 TACAACAGAGCGTGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TACAACAGAGCGTGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGA 839
Query 840 TCAAGCCGTTGGGAGATACTCCATGGCCATGGGTCCATACGAGTCTGCAAAGAACGTCGA 899
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 TCAAACCGTTGGGAGATACTCCATGGCCATGGGTCCGTACGAGTCTGCAAAGAACGTCAA 899
Query 900 GTTTCAAAACACATCAGCGATAGCTAATTTCCAATACATTGGTGCATTGCTTAACAGTAT 959
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 900 GTTTCAAAACACATCAGCAATAGCTAATTTCCAATACATTGGTGCATTGCCTAACAATGT 959
Query 960 AACAGTACCAGCTAAGTTACCTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AACAGTACCAGCTAAGTTACCTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGA 1019
Query 1020 TGGGCTCAGAAGTCTAAATGCAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTAT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGGGCTCAGAAGTCTAAATGCAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTAT 1079
Query 1080 CACAATCGGGATAAATGTAAACAAGTGTAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGG 1139
|||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CACAATCGGGCTAAATGTAAACAAATGCAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGG 1139
Query 1140 GCCCAGAAAAGGACGACTAGCAGCTTCAATGAACAACATCAGCTTCGTCGAACCTAAAAT 1199
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
Sbjct 1140 GCCCAGAAAAGGAAGACTAGCAGCTTCAATGAACAACATAAGCTTCATCGAACCTAAAGT 1199
Query 1200 CTCGATTTTAGAAGCTTATTACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAAC 1259
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTCGATTTTGGAAGCATATTACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAAC 1259
Query 1260 CACGCCGGAAAAAGCCTATGACTTTGTCAATGGGGCACCTAATGACATAGCCAATGACAC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CACGCCGGAAAAAGCCTATGACTTTGTCAATGGGGCACCCAATGACATAGCCAATGACAC 1319
Query 1320 GCAGGCTGCAAATGGGACAAGAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCAT 1379
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCAGGCTGCAAATGGGACCAGAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCAT 1379
Query 1380 CTTCCAGAATACTGGCACACTCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CTTCCAGAATACTGGCACACTCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAG 1439
Query 1440 CTTTTATGTTATTGGCTATGGCACAGGTAACTATGATCAACAGACAGCACAATTTAACCT 1499
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1440 CTTTTATGTCATTGGCTATGGCACAGGAAACTATGATCAACAAACAGCAAAATTTAACCT 1499
Query 1500 GGAGGATCCTCCTTACATGAACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGATGGGCGGCAATTCG 1559
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 GGAGGATCCTCCTTACTTGAACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGTTGGGCGGCAATTCG 1559
Query 1560 GTTTGTTGCCAACAATCCAGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTCGACATCCATCAAAC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1560 GTTTGTTGCCAACAATCCAGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTTGACATCCATCAAAC 1619
Query 1620 ATGGGGAATGAGCACGATGTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTCTACC 1679
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1620 ATGGGGAATGAGCACAATGTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTTTGCC 1679
Query 1680 TCATCCTCCTGCAGATCTACCAAAGTGCTAG 1710
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCATCCTCCTGCAGATCTACCAAAGTGCTAG 1710
> AT2G46572.1 | Symbols: | other RNA | chr2:19126872-19129105
REVERSE LENGTH=1214
Length=1214
Score = 1016 bits (550), Expect = 0.0
Identities = 584/601 (97%), Gaps = 0/601 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 980 CTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGATGGGCTCAGAAGTCTAAATG 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 CTATTTTCAATGATAATATTGCTGTTAAGACTGTCATGGATGGGCTCAGAAGTCTAAATG 787
Query 1040 CAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTATCACAATCGGGATAAATGTAA 1099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 786 CAGTTGATGTTCCAAGAAACATTGACGCTCATCTCTTTATCACAATCGGGCTAAATGTAA 727
Query 1100 ACAAGTGTAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGGGCCCAGAAAAGGACGACTAG 1159
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 726 ACAAATGCAACTCTGAAAATCCAAACAACAAGTGCCAAGGGCCCAGAAAAGGAAGACTAG 667
Query 1160 CAGCTTCAATGAACAACATCAGCTTCGTCGAACCTAAAATCTCGATTTTAGAAGCTTATT 1219
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||
Sbjct 666 CAGCTTCAATGAACAACATAAGCTTCATCGAACCTAAAGTCTCGATTTTGGAAGCATATT 607
Query 1220 ACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAACCACGCCGGAAAAAGCCTATG 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 ACAAGCAACTGGAAGGTTACTTCACTTTAGATTTCCCAACCACGCCGGAAAAAGCCTATG 547
Query 1280 ACTTTGTCAATGGGGCACCTAATGACATAGCCAATGACACGCAGGCTGCAAATGGGACAA 1339
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 546 ACTTTGTCAATGGGGCACCCAATGACATAGCCAATGACACGCAGGCTGCAAATGGGACCA 487
Query 1340 GAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCATCTTCCAGAATACTGGCACAC 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 GAGCAATAGTTTTCGAGTATGGGAGCAGGATACAAATCATCTTCCAGAATACTGGCACAC 427
Query 1400 TCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAGCTTTTATGTTATTGGCTATG 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 426 TCACAACAGAAAATCATCCAATTCATCTTCATGGACACAGCTTTTATGTCATTGGCTATG 367
Query 1460 GCACAGGTAACTATGATCAACAGACAGCACAATTTAACCTGGAGGATCCTCCTTACATGA 1519
||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 366 GCACAGGAAACTATGATCAACAAACAGCAAAATTTAACCTGGAGGATCCTCCTTACTTGA 307
Query 1520 ACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGATGGGCGGCAATTCGGTTTGTTGCCAACAATCCAG 1579
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 ACACTATTGGAGTCCCAGTAGGAGGTTGGGCGGCAATTCGGTTTGTTGCCAACAATCCAG 247
Query 1580 G 1580
|
Sbjct 246 G 246
Score = 357 bits (193), Expect = 2e-97
Identities = 207/214 (97%), Gaps = 0/214 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 672 ATACCTGCTAAGGCTGATAAATGCTGGCATTAACATGGAGACATTCTTCACCATAGCTAA 731
||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1058 ATATCTGCTAAGACTGATAAATGCTGGTATTAACATGGAGACCTTCTTCACCATAGCTAA 999
Query 732 TCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAACCTTATACAACAGAGCG 791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 998 TCACAGGTTGACCATAGTGGAAGTAGATGGCGAATACACCAAGCCTTATACAACAGAGCG 939
Query 792 TGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGATCAAGCCGTTGG 851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 938 TGTGATGCTTGTACCTGGACAGACAATGAACATTCTTGTCACAGCTGATCAAACCGTTGG 879
Query 852 GAGATACTCCATGGCCATGGGTCCATACGAGTCT 885
|||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 878 GAGATACTCCATGGCCATGGGTCCGTACGAGTCT 845
Score = 224 bits (121), Expect = 2e-57
Identities = 129/133 (97%), Gaps = 0/133 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1578 AGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTCGACATCCATCAAACATGGGGAATGAGCACGAT 1637
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 169 AGGGCTCTGGTTATTGCATTGTCATTTTGACATCCATCAAACATGGGGAATGAGCACAAT 110
Query 1638 GTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTCTACCTCATCCTCCTGCAGATCT 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 109 GTTTATAGTGAAAAATGGCAAGAAGGTGCAAGAGAGTTTGCCTCATCCTCCTGCAGATCT 50
Query 1698 ACCAAAGTGCTAG 1710
|||||||||||||
Sbjct 49 ACCAAAGTGCTAG 37
Score = 115 bits (62), Expect = 1e-24
Identities = 69/72 (96%), Gaps = 1/72 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 132 CAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACGGGAAATTCCCTGGCCCGGCGAT 191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 CAGGCTATGCCAAACAAACGAGATTGTAACAGTCAACAAGAAATTCCCTGGCCCGGCGAT 1057
Query 192 ATCTGCTCAAGA 203
||||||| ||||
Sbjct 1056 ATCTGCT-AAGA 1046
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84537717780
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5