BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg902806
Length=2958
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G47500.1 | Symbols: | P-loop nucleoside triphosphate hydrol... 4987 0.0
> AT2G47500.1 | Symbols: | P-loop nucleoside triphosphate hydrolases
superfamily protein with CH (Calponin Homology) domain
| chr2:19492995-19498160 FORWARD LENGTH=3482
Length=3482
Score = 4987 bits (2700), Expect = 0.0
Identities = 2873/2958 (97%), Gaps = 6/2958 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGGCTACTGCGACGGAGGATGGAGGATTAAGCTTCACGGTGGCTTCGGTAATGGAG 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 253 ATGGCGGCTACTGCGACGGAGGATGGAGGATTAAGCTTCACTGTGGCTTCAGTAATGGAG 312
Query 61 GATGTGTTGCAGCAACATGGAAATGGGCTTAGAGATCATGATCTAGTGTCTCGTCGAGCT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 313 GATGTGTTGCAGCAACATGGAAATGGGCTTAGAGATCATGATTTAGTGTCTCGTCGAGCT 372
Query 121 GAAGAAGCTGCATCGAGGAGATATGAGGCGGCTAATTGGCTGAGAAAGATGGTTGGAGTT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 373 GAAGAAGCTGCATCGAGGAGATATGAGGCGGCTAATTGGCTGAGAAGGATGGTTGGAGTT 432
Query 181 GTTGGAGCTAAGGATTTGCCTGCTGAGCCAACAGAGGAAGGGCTTAGGCTTGGATTAAGA 240
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 433 GTTGGAGCTAAGGATTTGCCTGCAGAGCCAACAGAAGAAGGGCTTAGGCTTGGTTTAAGA 492
Query 241 AGTGGAATTATCCTTTGCAAAGTTCTCAATAAGGTTCAACCTGGAGCTGTCTCAAAGGTT 300
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 AGTGGAATTATCCTTTGTAAAGTCCTCAATAAGGTTCAACCTGGAGCTGTCTCAAAGGTT 552
Query 301 GTGGAAAGTCCTTGTGATGCCATTCTTGTTGCGGATGGAGCTCCGTTATCAGCATTTCAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 GTGGAAAGTCCTTGTGATGCCATTCTTGTTGCGGATGGAGCTCCGTTATCAGCATTTCAG 612
Query 361 TATTTTGAGAATGTTAGGAACTTCCTTGTTGCTATACAGGAAATGGGGTTCCCAACATTT 420
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 613 TATTTTGAGAATGTTAGGAACTTTCTTGTTGCTATACAGGAAATGGGGTTTCCAACATTT 672
Query 421 GAGGCATCTGATCTTGAGCAAGGAGGAAATGCTTCTCGAGTTGTGAATTGTGTTTTGGCA 480
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 GAGGCATCTGATCTCGAGCAAGGAGGAAATGCTTCTCGAGTTGTGAATTGTGTTTTGGCT 732
Query 481 ATCAAATCCTATGATGAATGGAAACAAAGTGGTGGAATTGGAGTTTGGAAATTTGGTGGC 540
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 ATCAAATCATATGATGAATGGAAACAAAGTGGTGGAATTGGAGTTTGGAAATTTGGTGGC 792
Query 541 AACATAAAGCCTCCTGCACTTGGGAAATCCTCATTTGTGAGAAAAAACTCAGAGCCATTC 600
||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 793 AACATTAAGCCTCCTGCACTTGGGAAGTCATCTTTTGTCAGAAAAAACTCAGAGCCATTC 852
Query 601 ATGAACTCTTTATCGAGAACCTCTTCGATCAACAATGAGAAATCTCCCTCCGAGAATGAT 660
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 853 ATGAACTCTTTATCGAGAACCTCCTCGATCAACAATGAGAAAGCTCCCTCTGAGAATGAT 912
Query 661 TCTAACAAGCTGTCCAGTCCCGGTTCCTTGAGCACACTTGTTCGCGCTGTTCTATCAGAT 720
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 TCTAACAAGCTGTCCAGTCCCAGTTCCTTGAGCACACTTGTTCGCGCTGTTCTATCAGAT 972
Query 721 AAAAAGCCCGAGGATGTGCCTAAACTGATTGAATCTCTGCTGAGCAAAGTAGTCGAAGAG 780
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 973 AAAAAGCCTGAGGATGTGCCCAAACTGATTGAATCTCTGCTGAGTAAAGTAGTCGAAGAG 1032
Query 781 TTTGAAAATCGAGTTACAAATCAGTATGAGTTGGTTAGAGCAGCTCCAAGAGAATCAACT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TTTGAAAATCGAGTTACAAATCAGTATGAGTTGGTTAGAGCAGCTCCAAGAGAATCAACT 1092
Query 841 TCGTCACAGAACAACAGATCATTTCTTAGACCTCTTGGAGAAAGAGAGAGGGAAGAGAAG 900
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 TCGTCACAGAACAACAGATCATTTCTTAAACCTCTTGGTGAAAGAGAGAGGGAAGAGAAG 1152
Query 901 AGTTTCAAAGCAATAAAGAAAGATGAAACTAATCACAAAAGTCAGATTCTTGACGAAGAG 960
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1153 AGTTTCAAAGCAATAAAGAAAGATG------ATCACAATAGTCAGATTCTTGACGAAAAG 1206
Query 961 ATGAAAAATCGACAATTTAAACAACTGACAATCTTCAACCAACAACAAGAAGATCTAGAA 1020
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1207 ATGAAAACTCGCCAATTTAAACAACTGACAATCTTCAACCAACAACAAGAAGATATAGAA 1266
Query 1021 GGACTAAGACAGACACTCTACACAACAAGGGCTGGTATGCAATATATGCAGAAGAAATTT 1080
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1267 GGACTAAGACAGACGCTCTACACAACAAGGGCTGGTATGCAATTTATGCAGAAGAAATTT 1326
Query 1081 CAAGAAGAGTTCTCTTCTCTTGGTATGCACGTTCATGGCCTTGCTCATGCTGCTTCTGGC 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CAAGAAGAGTTCTCTTCTCTTGGTATGCACGTTCATGGCCTTGCTCATGCTGCTTCTGGC 1386
Query 1141 TATCACCGAGTTCTTGAAGAAAACCGAAAACTTTATAATCAAGTGCAGGACCTCAAGGGT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1387 TATCACCGAGTTCTTGAAGAAAACCGAAAACTTTATAATCAAGTGCAGGATCTCAAGGGT 1446
Query 1201 AGCATCCGTGTTTATTGTCGGGTGCGCCCATTTTTGCCTGGACAATCCAGCTTTTCTAGT 1260
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 AGCATCCGTGTTTATTGTCGGGTGCGGCCATTTTTGCCTGGACAATCCAGCTTTTCTAGT 1506
Query 1261 ACAATTGGGAACATGGAGGATGATACCATAGGGATTAATACTGCATCTAGACATGGAAAA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 ACAATTGGGAACATGGAGGATGATACCATAGGGATCAATACTGCATCTAGACATGGAAAA 1566
Query 1321 TCACTCAAATCCTTCACTTTCAACAAAGTCTTTGGCCCATCTGCAACTCAAGAAGAGGTA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 TCACTCAAATCCTTCACTTTCAACAAAGTCTTTGGCCCATCTGCAACTCAAGAAGAGGTA 1626
Query 1381 TTTTCTGATATGCAGCCATTGATCCGTTCTGTTCTTGATGGATACAATGTCTGCATATTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 TTTTCTGATATGCAGCCATTGATCCGTTCTGTTCTTGATGGATACAATGTCTGCATATTT 1686
Query 1441 GCATATGGTCAAACTGGATCAGGAAAAACATTTACAATGAGTGGACCAAGAGATCTAACG 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 GCATATGGTCAAACTGGATCAGGAAAAACATTCACAATGAGTGGACCAAGAGATCTAACG 1746
Query 1501 GAGAAGAGCCAGGGAGTTAATTACAGAGCACTTGGTGATCTGTTTCTTCTTGCGGAACAA 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1747 GAGAAGAGCCAGGGAGTTAATTACAGAGCACTTGGTGATCTGTTTCTTCTTGCTGAACAA 1806
Query 1561 AGAAAAGACACATTCCGCTACGATATTGCTGTTCAGATGATTGAGATTTACAATGAGCAA 1620
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 AGAAAAGACACATTCCGCTACGATATTGCAGTTCAGATGATTGAGATTTACAATGAGCAA 1866
Query 1621 GTCAGAGACCTTTTGGTTATTGATGGAAGCAACAAAAGGTTAGAGATCAGGAATAACTCT 1680
|| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1867 GTTAGAGACCTTTTGGTTACTGATGGAAGCAATAAAAGGTTAGAGATCAGGAATAGCTCT 1926
Query 1681 CAAAAGGGTCTAAGTGTGCCGGATGCAAGTCTTGTTCCAGTCTCTTCAACATTTGATGTT 1740
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 CAAAAGGGTCTAAGTGTACCGGATGCAAGTCTTGTTCCAGTCTCTTCAACATTTGATGTT 1986
Query 1741 ATTGATCTAATGAAAACTGGGCATAAGAATCGAGCCGTTGGATCAACAGCCTTGAATGAT 1800
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 ATTGATCTAATGAAAACTGGGCACAAGAATCGAGCCGTTGGATCAACAGCCTTGAATGAT 2046
Query 1801 CGAAGCAGTCGTTCTCATAGCTGCTTGACTGTTCATGTTCAAGGAAGAGACTTGACTTCA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 CGAAGCAGTCGTTCTCATAGCTGCTTGACTGTTCATGTTCAAGGAAGAGACTTGACTTCA 2106
Query 1861 GGAGCTGTTCTTCGAGGATGTATGCATCTTGTGGATCTAGCAGGCAGTGAAAGGGTAGAC 1920
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2107 GGAGCTGTGCTTCGAGGATGCATGCATCTTGTGGATCTAGCAGGCAGTGAGAGGGTAGAC 2166
Query 1921 AAATCCGAGGTTACTGGAGACAGACTAAAAGAAGCACAGCACATTAATAGATCTCTCTCT 1980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2167 AAATCCGAGGTTACTGGAGACAGACTAAAAGAAGCACAGCACATCAATAGATCGCTCTCT 2226
Query 1981 GCTTTGGGAGATGTGATTGCTTCGCTAGCTCACAAGAACCCACATGTTCCTTACAGAAAC 2040
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227 GCTTTAGGAGATGTGATTGCTTCGCTAGCTCACAAGAACCCACATGTTCCTTACAGAAAC 2286
Query 2041 AGCAAACTCACACAACTCCTTCAGGACTCTCTTGGAGGACAAGCAAAGACATTAATGTTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2287 AGCAAACTCACACAACTCCTTCAGGACTCTCTTGGAGGACAAGCAAAGACATTGATGTTT 2346
Query 2101 GTCCACATTAGTCCTGAGGCAGATGCAGTTGGGGAAACAATAAGCACTTTGAAGTTTGCA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2347 GTCCACATTAGTCCTGAGGCAGATGCAGTTGGGGAAACAATAAGCACTTTGAAGTTTGCA 2406
Query 2161 GAGAGAGTAGCTACGGTTGAGCTCGGTGCTGCACGAGTGAACAATGATACTTCAGATGTT 2220
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2407 GAGAGAGTAGCTACGGTTGAGCTTGGGGCTGCACGAGTGAACAATGATACTTCAGATGTT 2466
Query 2221 AAGGAACTCAAAGAACAGATTGCTACTCTAAAAGCAGCACTCGCGAGAAAAGAAGCAGAG 2280
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467 AAGGAACTCAAAGAACAGATTGCTACTCTTAAAGCAGCACTCGCGAGAAAAGAAGCAGAG 2526
Query 2281 TCACAGCAGAATAACATCTTGACAACTCCTGGTGGCTCTGAGAAACACAAAGCCAAAACT 2340
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2527 TCACAGCAGAACAACATCTTGAAAACTCCTGGTGGCTCTGAGAAACACAAAGCCAAAACT 2586
Query 2341 GGTGAAGTAGAGATTCATAACAATAACATCATGACAAAGAAATCTGAGAGCTGTGAAGTG 2400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2587 GGTGAAGTAGAGATTCATAACAATAACATCATGACAAAGAAATCTGAGAGTTGTGAAGTG 2646
Query 2401 GAGGAGATTACAGTGAACTCACCACCTTGGCCACCAGTAGCAAGTCCAGGGCAAGCCTAC 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2647 GAGGAGATTACAGTGAACTCACCACCTTGGCCACCAGTAGCAAGTCCAGGACAAGCCTAC 2706
Query 2461 AGAGAAGATGACCGAAGTTTCGGGTCCAGCGAGTGGGTTGATAAGGTGATGGTGAATAAC 2520
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2707 AGAGAGGATGACCGAAGTTTCGGGTCCAGCGAGTGGGTTGACAAGGTGATGGTGAATAAC 2766
Query 2521 AGGCAAGACGAGATGAGAAGAGTGGAGAGTCTTTGGGGAGGAGCCACAACAGACAATGGG 2580
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2767 AGACAAGACGAGATGAGAAGAGTGGAGAGTCTTTGGGGAGGAGCCACAACAGAGAATGGT 2826
Query 2581 ATTGGTATTCTGCCGGAAGATTTTTACAGGAGAGATTTGGCTTCAGACACTTCAAGAATA 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2827 ATTGGTATTCTGCCGGAAGATTTTTACAGGAGAGATTTGGCTTCAGACACTTCAAGAATA 2886
Query 2641 TTCTCTGAACATTCTTACAACATCTTCATGGGAAACAACAACATCACAGACGATCTAGAT 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2887 TTCTCTGAACATTCTTACAACATCTTCATGGGAAACAACAACAGCACAGACGATCTAGAT 2946
Query 2701 GCAGCCACAAGTGACTCATCTGAGCCAGATTTGCTCTGGCAATTTAACCATTCCACCAAG 2760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2947 GCAGCCACAAGTGACTCATCTGAGCCAGATTTGCTCTGGCAATTCAACCAGTCCACCAAG 3006
Query 2761 ATACCTACAAGAAGCAATATTGAGTCAAAACCCAAGAAACCCGTCTCAATACCGATAAGA 2820
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3007 ATACCTACAAGAAGCAATATTGAGTCAAAACTCAAGAAACCCGTCTCAAAACCTATAAGA 3066
Query 2821 AGTCCTCAATCCAGGAACAACTCAAAGAACACGGTTTCACGACCTTCAGCTTCACAGAAG 2880
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 3067 AGTCCTCAATCCAGGAACAACTCAAACAACACGGTTTCACGTCCTTTGGCTTCACAGAAG 3126
Query 2881 GTAGGGAATGGTCCTCGTGGCACGAAACAGTTAGGTCCTGCTGATATGAAGCGGAAAGCT 2940
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3127 GTAGGGAATGGTCCTCGTGGCATGAAACAGTTCGGTCCTGCTGATATGAAGCGGAAAGCT 3186
Query 2941 ACTAACGCCAGACATTGA 2958
||||||||||||||||||
Sbjct 3187 ACTAACGCCAGACATTGA 3204
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147039309933
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5