BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg902925
Length=1917
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G01580.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2987 0.0
> AT3G01580.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:223529-225511 REVERSE LENGTH=1983
Length=1983
Score = 2987 bits (1617), Expect = 0.0
Identities = 1798/1888 (95%), Gaps = 2/1888 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGAAGAGAACCTTGTACCAGTGGAATACTCTTCTTAAGAGTTTATCCAGAGATAAA 60
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 58 ATGACGAAGAGAAGCTTGTACCAGTGGAATACTCTTCTTAAGAGTTTATCCAGAGAGAAA 117
Query 61 CATTGGGAACAAGTCATGTGTCACTTTAGTCAGATGTTTCGTGATGAAGAAAAGCCTGAT 120
|| |||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 118 CAATGGGAAGAAGTCTTGTATCACTTTAGTCATATGTTTCGCGATGAAGAAAAGCCTGAT 177
Query 121 AATTTCACGCTTCCAGTTGCTCTCAAGGCCTGCGGGGAGTTGCGAGAAGTTAAGTACGGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||
Sbjct 178 AATTTCACGCTTCCAGTTGCTCTCAAGGCCTGCGGGGAGCTGCGGGAAGTTAATTATGGT 237
Query 181 GAAATGATTCATGGGTCCGTGAAGAAGAATGTCACTCTTGGGTCGGACCTATATGTTGGA 240
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 238 GAAATGATTCATGGGTTCGTGAAGAAGGATGTCACTCTTGGGTCTGACCTTTATGTTGGA 297
Query 241 TCTTCTCTGATATATATGTATGTGAAATGTGGGAGGATGACT-GAAGCTTTGAGGATGTT 299
||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| | |||||||||||||||||
Sbjct 298 TCTTCTCTGATATATATGTATATCAAATGTGGAAGAATGA-TCGAAGCTTTGAGGATGTT 356
Query 300 CAATGAGTTGGAGAAGCCTGATATAGTGACATGGTCTTCTATGGTTTCTGGGTTTGAGAA 359
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 CGATGAATTGGAGAAGCCTGATATAGTGACATGGTCTTCTATGGTTTCTGGGTTTGAGAA 416
Query 360 AAACGGGTCTCCCTATCAGGCCGTAGAGTTTTTCAGGAGAATGGCGACGGCTTCGGATGT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||
Sbjct 417 AAACGGGTCTCCCTATCAGGCCGTAGAGTTTTTCAGGAGAATGGTGATGGCTTCCGATGT 476
Query 420 TACTCCTGATCGGGTAACTTTAATCACACTAGTTTCTGCTTGTACAAAGCTATCGAATTC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 477 TACTCCTGATCGGGTAACTTTAATCACACTAGTTTCTGCTTGTACAAAGCTTTCGAATTC 536
Query 480 AAGGCTTGGGAGATGTGTTCATGGTTTTGTGATGAGGAGAGGATTTTCAAATGATTTGTC 539
||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 537 AAGGCTTGGAAGATGTGTGCATGGTTTTGTGATTAGGAGAGGATTTTCAAATGACTTGTC 596
Query 540 TTTAGTAAATTCTCTATTGAATTGTTACGCGAAGTCGAGAGCTTTCAAGGAAGCGGTTAA 599
||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TTTGGTAAATTCGCTATTGAATTGTTATGCAAAGTCAAGAGCTTTCAAGGAAGCGGTTAA 656
Query 600 TTTGTTCAAGATGATGGCAGAGAAAGATGTTATATCTTGGAGCACAGTGATTGCTTGCTA 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TTTGTTCAAGATGATAGCAGAGAAAGATGTTATATCTTGGAGCACAGTGATTGCTTGCTA 716
Query 660 CGTTCAAAATGGAGCTGCCGCTGAAGCATTGCGTGTCTTCAATGAAATGATCGATGATGG 719
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 717 CGTTCAAAATGGAGCTGCCGCTGAAGCGTTGCTTGTCTTCAATGATATGATGGATGATGG 776
Query 720 AACAGAACCTAATGTAGCTACTGTGCTCTGTGTTTTACAAGCTTGTGCGGCTGCTAATGA 779
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 777 AACAGAACCTAATGTAGCTACCGTGCTCTGTGTTTTACAAGCTTGTGCAGCTGCTCATGA 836
Query 780 TTTAGAGCAAGGTAGGAAGACTCATGAATTAGCCATTAGGAAAGGTTTAGAGACAGAAGT 839
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTTAGAGCAAGGTAGGAAGACTCATGAATTGGCCATTAGGAAAGGTTTAGAGACAGAAGT 896
Query 840 GAAAGTCTCTACAGCTCTAGTTGATATGTATATGAAGTGTTTCTCCCCCGAAGAAGCTTA 899
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 897 GAAAGTCTCTACTGCTCTAGTTGATATGTATATGAAGTGTTTCTCCCCTGAAGAAGCTTA 956
Query 900 TGCTGTATTCTCCAGGATACCaaaaaaaGATGTGGTCTCTTGGGTTGCGTTGATAAGTGG 959
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 957 TGCTGTATTCTCCAGGATACCAAGAAAAGATGTAGTCTCTTGGGTTGCGCTGATAAGTGG 1016
Query 960 CTTTACATTAAATGGAATGGCTCACAGATCAATTGAGGAGTTTTCTATCATGTTGCTGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1017 CTTTACATTAAATGGAATGGCTCACAGATCAATTGAGGAATTTTCCATCATGTTGCTGGA 1076
Query 1020 AAATAATACTAGGCCTGATGCTATTCTTATGTTGAAGGTTCTTGGGTCCTGTTCGGAGTT 1079
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1077 AAATAATACCAGGCCTGATGCTATTCTTATGGTGAAGGTTCTTGGGTCATGTTCGGAGTT 1136
Query 1080 AGGCTTTCTCAAACAAGCTGAATGCTTTCATAGTTATGTAATCAAATATGGATTTGACAG 1139
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AGGCTTTCTCGAACAAGCTAAATGCTTTCATAGTTATGTTATCAAATATGGATTTGACAG 1196
Query 1140 TAACCCATTCATCGGAGCTTCTCTTGTAGAGCTTTACTCGAGGTGTGGGAGTCTAGGCAA 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TAACCCATTCATCGGAGCTTCTCTTGTAGAGCTTTACTCGAGGTGTGGGAGTCTAGGCAA 1256
Query 1200 TGCTTCTAAAGTATTCAATGAGATTGCTTTAAAAGACACTGTGGTTTGGACATCTTTGAT 1259
|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TGCTTCTAAAGTATTCAATGGGATTGCTTTAAAGGACACTGTGGTTTGGACATCTTTGAT 1316
Query 1260 CACTGGTTATGGAATCCATGGGAAGGGCACTAAAGCACTCGAAACATTTAATCACATGGT 1319
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CACTGGTTATGGCATCCATGGAAAGGGCACTAAAGCACTGGAAACATTTAATCACATGGT 1376
Query 1320 CAGGAGCTCAGAAGTTAAGCCTAACGAAGTGACATTTCTCTCAATCTTATCTGCTTGTAG 1379
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1377 CAAGAGCTCAGAAGTTAAGCCTAATGAAGTGACATTTCTCTCAATATTATCTGCTTGTAG 1436
Query 1380 TCACGCAGGTTTGATACACGAGGGGTTGAGAATATTTGAATTGATGGTGAATGACTATAG 1439
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TCACGCAGGTTTGATACATGAGGGGTTGAGAATATTTAAATTGATGGTGAATGACTATAG 1496
Query 1440 ACTTGCTCCTAACTTAGAACACTACGCTGTATTGGTTGATCTTCTTGGTCGTGTAGGAGA 1499
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACTTGCTCCCAACTTAGAACACTATGCTGTATTAGTTGATCTTCTTGGTCGTGTAGGAGA 1556
Query 1500 ACTAGATACTGCAATTGAAATCACAAAGCGGATGCCTTTTTCACCAACACCTCAAATCTT 1559
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1557 TCTAGATACTGCCATTGAAATCACAAAGCGGATGCCTTTTTCACCGACACCTCAAATCTT 1616
Query 1560 GGGTACTCTTTTAGGCGCCTGTAGGATTCATCAGAATGGTGAGATGGCAGAAACTGTTGC 1619
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GGGTACTCTTTTAGGCGCGTGTAGGATTCATCAGAATGGTGAGATGGCAGAAACTGTTGC 1676
Query 1620 AAAGAAGCTTTTTGAATTGGAATCTAATCATGCTGGTTATTACATGTTAATGTCGAATAT 1679
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1677 AAAGAAGCTTTTCGAATTGGAATCTAATCATGCTGGCTATTACATGTTAATGTCGAATGT 1736
Query 1680 GTATGGAGTTAAGGGAGAATGGGAGAATGTGGAAAAGTTGAGAAATTCAGTGAAGCAGAG 1739
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1737 GTATGGGGTTAAGGGAGAATGGGAGAATGTGGAGAAGTTGAGAAATTCGGTGAAGCAGAG 1796
Query 1740 AGGAATTAAGAAAGGACTGGCAGAGAGTTTGATTGAGATTAGAAGAAAGGTACACAAATT 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 1797 AGGAATTAAGAAAGGACTGGCAGAGAGTTTGATTGAGATTAGAAGAAAAGTACATAGATT 1856
Query 1800 TGTGGCGGATGATGATTTGCATCCTGAGAAAGAGCCGGTTTATGGATTGCTGAAAGAGCT 1859
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TGTGGCGGATGATGAATTGCATCCTGAGAAAGAGCCGGTTTATGGATTGCTGAAAGAGCT 1916
Query 1860 GGATTTACATATGAAAGAAAATTTGGAA 1887
||| || |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 GGACTTGCATATGAAAGAAGATTTGGAA 1944
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94929230595
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5