BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg903624 Length=2595 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G07290.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3413 0.0 > AT3G07290.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr3:2321740-2324382 REVERSE LENGTH=2643 Length=2643 Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0 Identities = 2024/2110 (96%), Gaps = 7/2110 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2 TGCTGATACATATCAGAATTCCTCGAAAGATCTTAGCTTTGAGGCGTCATGTTTTTCCGC 61 |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 5 TGCTGATACATATCAGAAGTACTCGAAAGATCTTAGCTTTGGGGCGTCATGTTTTT---C 61 Query 62 CTTATAATGCGTTCTTCTCCGTCTCTTCTCGACCTTCTCAGTTTTCCTCGGACCAAGTGG 121 ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| Sbjct 62 CTTCTAATGCCTTCTTCTCCGTCTCTTCTCGACCTTCTCTGTCTTCCTCGGACGAAGTGG 121 Query 122 CGGCTCACAATGTTGCATCTTTACTAAAAAGCCCCAATTGGGAGAAGAACAGTTCTCTTA 181 ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 122 CGGCTCATGATGTCGCATCTTTGCTAAAAACCCCCAATTGGGAGAAGAACAGTTCTCTTA 181 Query 182 AATCTCTAGTCTCTCACATGAGCCCAAATGTCGCTTCACAGGTCATTTCGCTTCAACGCA 241 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 182 AATCTCTAGTCTCTCACATGAATCCAAATGTCGCTTCACAGGTCATTTCGCTTCAACGCA 241 Query 242 GTGACAATGACATTTGCGTTCGCTTTTTCATGTGGGTCTGCAAGCATTCGTCGTACTGTT 301 ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 242 GTGACAACGATATTTGCGTTCGCTTTTTCATGTGGGTCTGCAAGCATTCGTCGTATTGTT 301 Query 302 TTGACCCAGCTCAGAAAAATCAGCTTTTGAAACTGACTGTTTCTTCCGGATTGTTTCGAG 361 | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 302 TCGACCCAACTCAGAAAAATCAGCTTTTGAAACTGATTGTTTCTTCCGGATTGTATCGAG 361 Query 362 TTGCGCATGATGTTATTGTTGCGTTGATCAGGGAATGTAGTAGATGCGAGAAAGAGATGT 421 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 362 TTGCGCATGCTGTTATTGTTGCGTTGATCAAGGAATGTAGTAGATGCGAGAAAGAGATGT 421 Query 422 TGAAACTAAT-AAGTTGTTTTGATGAGCTGAGAGAGGTTTCTGGGTTCCGGTTAAATTAC 480 |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 422 TGAAACTAATGTA-TTGTTTTGATGAGCTGAGAGAAGTTTTTGGGTTCCGGTTAAATTAC 480 Query 481 CCTTGTTACAGCTCTCTTTTGATGTCCTTGGCTAAACTTGATTTAGGATTTTTAGCTTAC 540 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 481 CCTTGTTACAGCTCTCTTTTGATGTCCTTAGCTAAACTTGATTTAGGATTTTTGGCTTAC 540 Query 541 GTGACTTACAGAAGAATGGAAGCTGACGGATTTGTTGTTGGTATGATTGATTATAGAACC 600 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 541 GTGACTTATAGAAGAATGGAAGCTGACGGATTTGTTGTTGGTATGATTGATTACAGAACC 600 Query 601 ATTGTCAATGCTCTGTGTAAGAATGGATACACGGAAGCCGCTGAGATGTTCATGTGTAAG 660 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 601 ATTGTCAATGCTCTGTGTAAGAATGGATACACGGAAGCCGCTGAGATGTTCATGTCTAAG 660 Query 661 ATTCTTAAAGTTGGGTTTCTGTTAGATTCCCATATAGTCACTTCTCTGTTGCTGGGTTTC 720 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| Sbjct 661 ATTCTTAAAATTGGGTTTGTGTTAGATTCCCATATAGGCACTTCTTTGTTACTGGGTTTT 720 Query 721 TGCCGTGGATTGAATCTTAGAGATGCACTCAAGGTGTTTGATGTAATGTCTAGGGAGGGA 780 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 721 TGCCGTGGATTGAATCTCAGAGATGCACTCAAGGTGTTTGATGTAATGTCTAAGGAGGTA 780 Query 781 ACTTGTGCACCAAACTCTGTTAGTTACTCCATTTTGATTCACGGGTTGTGTGAAGTAGGG 840 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 ACTTGTGCACCGAACTCTGTTAGTTACTCCATTTTGATTCACGGGTTGTGTGAAGTAGGG 840 Query 841 AGACTTGAAGAAGCCTTTGGCTTAAAAGATCAAATGGGTGAGAAAGGTTGCCAACCAAGC 900 |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 AGACTTGAAGAAGCATTTGGCCTAAAAGATCAAATGGGTGAGAAAGGTTGCCAACCAAGC 900 Query 901 ACACGTACATATACTGTGCTTATTAAAGCCTTGTGCGATAGAGGTTTGATTGATAAAGCT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ACACGTACATATACTGTGCTTATTAAAGCCTTGTGCGATAGAGGTTTGATTGATAAAGCT 960 Query 961 TTTAACTTGTTTGATGAGATGATTGCTAGAGGGTGCAAACCAAACGTTCACACTTACACC 1020 |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 961 TTTAACTTGTTTGATGAGATGATTCCTAGAGGGTGTAAACCAAACGTCCACACTTACACT 1020 Query 1021 GTTTTGATTGATGGGTTATGTAGAGACGGAAAGATTGAAGAGGCTAATGGGGTTTGTCGA 1080 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 GTTTTGATTGATGGGTTGTGTAGAGACGGAAAGATTGAAGAGGCTAATGGGGTTTGTCGA 1080 Query 1081 AAGATGGTTAAAGACGGGATATTTCCCAGTGTAATAACTTACAATGCGTTGATAAATGGC 1140 ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 AAGATGGTTAAAGACAGGATATTTCCTAGTGTAATAACTTACAATGCGTTGATAAATGGC 1140 Query 1141 TACTGCAAAGATGGACGGGTTGTTCCCGCTTTTGAGCTTCTTACTGTAATGGGGAAGAGG 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1141 TACTGCAAAGATGGACGGGTTGTTCCCGCTTTTGAGCTTCTTACTGTAATGGAGAAGAGG 1200 Query 1201 GCTTGCAAACCAAATGTAAGAACTTTTAACGAGCTTATGGAAGGGTTGTGTAGAGTTGGG 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1201 GCTTGCAAACCAAATGTAAGAACTTTTAACGAGCTTATGGAAGGGTTGTGTAGAGTCGGG 1260 Query 1261 AAACCGTACAAGGCCGTGCACCTTTTGAAGAGAATGCTGGACAATGGCCTGTCACCTGAC 1320 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 AAACCGTACAAGGCTGTGCACCTTTTGAAGAGAATGCTGGACAATGGCCTGTCACCTGAC 1320 Query 1321 ATTGTGAGCTATAATGTTTTGATCGATGGGCTTTGTAGAGAAGGCCATATGAATGTGGCG 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1321 ATTGTGAGCTATAATGTTTTGATCGATGGGCTTTGTAGAGAAGGCCATATGAATACGGCT 1380 Query 1381 TACAAGCTACTTACCTCGATGAACTCCTTTGACCTTGAGCCTGATTGTCTTACATTCACC 1440 ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TACAAGCTACTTAGCTCGATGAACTGCTTTGACATTGAGCCTGATTGTCTTACATTCACC 1440 Query 1441 GCTATAATAAATGCTTTCTGCAAACAAGGGAAGGCTGACGTTGCTAGCGCGTTCTTAGGT 1500 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1441 GCTATAATAAATGCTTTCTGCAAACAAGGGAAGGCTGACGTTGCTAGCGCGTTTTTAGGT 1500 Query 1501 TTGATGCTTAGAAAAGGAATAAGCCTAGATGAAGTAACAGGTACAACTCTTATTGATGGT 1560 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1501 TTGATGCTTAGAAAAGGAATAAGCCTAGATGAAGTAACAGGTACAACTCTTATCGATGGT 1560 Query 1561 GTCTGCAATGTCGGTAAAACCCGTGACGCATTGTTTATCCTGGAGACGTTGGTTAAAATG 1620 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1561 GTCTGTAAAGTCGGTAAAACCCGTGACGCATTGTTTATCCTGGAGACATTGGTTAAAATG 1620 Query 1621 AGAATGTTGACAACTCCTCACTCCCTGAACGTGATTCTTGATATGCTCAGTAAAGGTTGT 1680 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 AGAATTTTGACAACTCCTCACTCCCTGAATGTGATTCTTGATATGCTCAGTAAAGGTTGT 1680 Query 1681 AAACTGAAGGAGGAATTAGCAATGCTTGGGAAAATCAATAAGCTTGGTTTAGTTCCTTCT 1740 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 AAAGTGAAGGAGGAATTAGCAATGCTTGGGAAAATCAATAAGCTTGGTTTAGTTCCTTCT 1740 Query 1741 GTAGTGACTTACACAACATTGGTTGATGGGTTGATTCGATCAGGTGATATTAGC-GGTTC 1799 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 1741 GTGGTGACATACACAACATTGGTTGATGGGTTGATTCGATCAGGTGATATTA-CTGGTTC 1799 Query 1800 CTTCAGGATGCTAGAACTGATGAAGTTAAGTGGTTGTTTGCCGAATGTCTATCCATACAC 1859 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 CTTCAGGATCCTAGAACTGATGAAGTTAAGTGGGTGTTTGCCGAATGTCTATCCATACAC 1859 Query 1860 AATCATCATCAATGGTCTTTGTCAATTTGGGAGAGTCGAGGAAGCAGAGAAGCTTCTTTC 1919 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 AATCATCATAAATGGTCTTTGTCAATTTGGAAGAGTCGAGGAAGCAGAGAAGCTTCTTTC 1919 Query 1920 TGCTATGCAAGATTCAGGAGTTTCACCAAACCATGTTACTTATACCGTTATGGTGAAAGG 1979 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 TGCTATGCAAGATTCAGGAGTTTCACCAAACCATGTCACTTATACCGTTATGGTGAAAGG 1979 Query 1980 ATATGTCAATAATGGAAAACTAGACCGTGCTCTTGAAACAGTAAGAGCAATGGTTGAAAG 2039 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1980 ATATGTCAACAATGGAAAACTAGACCGTGCTCTTGAAACAGTAAGAGCAATGGTTGAAAG 2039 Query 2040 AGGATATGAACTAAATGACCGTATCTATTCTTCTTTGTTACGGGGATTTGTCTTATCTCA 2099 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2040 AGGATATGAACTAAATGACCGTATCTATTCTTCATTGTTACAGGGATTTGTCTTATCTCA 2099 Query 2100 AAAAGGTATT 2109 ||| |||||| Sbjct 2100 AAAGGGTATT 2109 Score = 737 bits (399), Expect = 0.0 Identities = 466/497 (94%), Gaps = 9/497 (2%) Strand=Plus/Plus Query 2108 TTAGAGAAACCGATCCTGAATGTATCAAAGAACTCATATCTGTGGTAGAACAACTTGGTG 2167 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2147 TTAGAGAAACCGATCCTGAATGTATCAACGAACTCATATCTGTGGTTGAACAACTTGGTG 2206 Query 2168 GGTCTACCAGCGGGTTATGTATTTTCTTGGTCACACGGTTATGCAAAGAGGGAAGAACGG 2227 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2207 GGTGTATCAGCGGGTTATGTATTTTCTTGGTCACACGGTTATGCAAAGAGGGAAGAACGG 2266 Query 2228 ATGAGTCCAACGGTCTAGTCCAAACTATACTCAAGAGCGGTGTTTTTCTCGAGAAGGCCA 2287 |||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 2267 ATGAGTCCAACGATCTAGTCCAAAATGTACTCGAGAGAGGTGTTTTTCTTGAGAAGGCCA 2326 Query 2288 TCGACATCATCATGGAATCTTATTGCAGCAAGAAGAAACACACCAAGTGTGTGGAGCTGA 2347 | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2327 TGGACATCATTATGGAATCTTATTGCAGCAAGAAGAAACACACCAAGTGTATGGAGCTGA 2386 Query 2348 TAACACTTGTTCTCAAATCCGGGTTTGTCCCGAGTTTCAAATCTTTCTGCCTAGTGATTC 2407 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2387 TAACACTTGTTCTCAAATCCGGATTTGTCCCGAGTTTCAAATCCTTCTGCCTAGTGATTC 2446 Query 2408 AAGGTTTGAAGAAGGAAGGAGATACAGAGCGGGCGCGTGAGCTCGTAATGGAGCTTCTTA 2467 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 2447 AAGGTTTGAAGAAGGAAGGAGATGCAGAGCGGGCGCGGGAGCTTGTAATGGAGCTTCTTA 2506 Query 2468 CCTCGAATGGAGTTGTAGAGAAAAGTGGAGTGTTGCCTTATGTTGAGTGTCTCATGGAA- 2526 |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2507 CCTCAAATGGAGTTGTAGAGAAAAGTGGAGTGTTGACTTATGTTGAGTGTCTCATGGAAG 2566 Query 2527 -A-------CTGGTGATTGCAGTGAAGTCATAGATTTGGTGGATCAATTGCACAGCAGAG 2578 | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 2567 GAGATGAAACTGGTGATTGCAGTGAAGTCATAGATTTGGTTGATCAATTGCACTGCAGAG 2626 Query 2579 AAAGACCCACCTTCTAA 2595 ||||||||||||||||| Sbjct 2627 AAAGACCCACCTTCTAA 2643 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 128828709624 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5