BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg904083
Length=4155
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G11960.1 | Symbols: | Cleavage and polyadenylation specific... 6606 0.0
> AT3G11960.1 | Symbols: | Cleavage and polyadenylation specificity
factor (CPSF) A subunit protein | chr3:3786386-3793375
FORWARD LENGTH=4400
Length=4400
Score = 6606 bits (3577), Expect = 0.0
Identities = 3986/4176 (95%), Gaps = 57/4176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGCTCCGGAGGATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCTTC-CTCTGCCACAGCGGC 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||
Sbjct 46 ATGGCGGCTCCGGAGGATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCATCAC-CTGCCACGGCGGC 104
Query 60 TCCTACGCCTCCTCCGTCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCATTACCTAGCTAAGTG 119
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 105 TCCTACGCCTCCTCCTTCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCACTACCTAGCTAAGTG 164
Query 120 CATCCTCCGCCCCAGCGTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCTTTCCTC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 165 CATCCTCCGCCCCAGCGTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCCTTCCTC 224
Query 180 CCGCGACATAGTTTTCGGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGG 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 CCGCGACATAGTTTTCGGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGG 284
Query 240 GATTGTTGAATCGGTGTGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCAT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 GATTGTTGAATCGGTGTGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCAT 344
Query 300 ACCTCAGAGTAGCAAGCTATATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGT 359
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 ACCTCAGAGTAGCAAGCTTTATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGT 404
Query 360 TCTTTCTGATTCTGGAAACCTCTCATTCCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTC 419
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 TCTTTCTGATTCTGGAAAGCTCTCATTTCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTC 464
Query 420 GCCCATACAACATGTTCAACTTTCTACTCCAGGTAACTCACGGATTCAACTCGGAAGAAT 479
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 465 GCCAATACAACATGTTCAACTTTCTACTCCAGGTAACTCAAGGATTCAACTCGGAAGAAT 524
Query 480 GCTCACAATAGATTCCAGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGATCGTTTTGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 525 GCTCACAATAGATTCCAGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGACCGTTTTGC 584
Query 540 TCTGTTTTCCCTCTCAACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATGAGAGGATTTCTTATCC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 585 TCTGTTTTCCCTCTCAACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATCAGAGGATTTCTTATCC 644
Query 600 TTCTGAAGACGGAGGGAATGGTAGCTCTGTACAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCAT 659
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TTCTGAAGACGGAGGGAATGGTAGCTCTATTCAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCAT 704
Query 660 GTGTTTCATTTCTAAAGATTTTAATGATTCCGAATCCAAGGAGTATGCTCCTGTTCTTGC 719
||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 705 GTGCTTCATTTCTAAAGATTTT-A--A-T--GAATCCAAGGAGTATGCTCCTATTCTTGC 758
Query 720 CATTGTTATAAATAGGATTGGGTCTCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGT 779
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 CATTGTTATAAATAGGAAAGGGTCCCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGT 818
Query 780 CAAAGAGGAATCCATATGTTTAATATCAGAGTATGTTGAAGCTGGGGCTCTGGCACATAG 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 819 CAAAGAGGAATCCATATGTTTAATATCAGAGTATGTTGAAACTGGGGCTCTGGCACATAG 878
Query 840 TATTGTCGAAGTTCCTTACTCCTCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGCACT 899
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 879 TATTGTCGAAGTTCCTCACTCCTCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGTTCT 938
Query 900 CTTAATGGATCTTAGAGATCCTCAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATCT 959
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 939 CTTAATGGATCTAAGAGATCCTCAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATTT 998
Query 960 TGTTCCTGCTTCACTAGTGGAAGAGCATTTTGTCGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGG 1019
||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TGTTCCTGCTTCATTAATGGAAGAGCATTTTGTTGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGG 1058
Query 1020 AGACGATGAGGGTTTTAATGTTGCTGCATGTGCTTTGTTAGAG--C-----TC---A-GT 1068
|||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||| | || | ||
Sbjct 1059 AGACGATGAGGGCTGTAATGTTGTTGTATGTGCTTTGTTAGAGCTCAGGGATCATGAGGT 1118
Query 1069 ----GATCATGATCCCATGTTCATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAA 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 CAGGGATCATGATCCCATGTTCATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAA 1178
Query 1125 GCATGTCTCTTCATGGACTGGGGAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATATG 1184
| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1179 GAACGTCTCTTCATGGACTTGGGAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATTTG 1238
Query 1185 CTTAGATGATGGTGAATTTTACATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGT 1244
||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 CTTAGATAATGGTGATTTTTTCATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGT 1298
Query 1245 AAATCTATCAGAGTGTTTATACAAAGGTTTACCATGCAAGGAAATTTTATGGGTCGAAGG 1304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1299 AAATCTATCAGAGTGTTTATACAAAGGTTTACCATGCAAGGATATTTTATGGATCGAAGG 1358
Query 1305 TGGATT-CTTGGCTACTTTTGCGGAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTG 1363
|||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TGGATTCCTT-GCTACATTTGCAGAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTG 1417
Query 1364 AGAAGCTACATTGGATGAGTTCCATACAAAATATTGCTCCAATCTTGGATTTTTCGGTTA 1423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1418 AGAAGCTACATTGGATGAGTTCCATACAAAATATTGCTCCGATCTTGGATTTTTCGGTTA 1477
Query 1424 TGGATGACCAGAATGAGAAACGAGACCAAATATTTGCTTGCTGTGGTGTAACCCGTGAAG 1483
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1478 TGGATGACCAGAATGAAAAACGAGACCAAATATTTGCTTGTTGTGGTGTAACCCCTGAAG 1537
Query 1484 GCTCTCTGAGAATTATTCGTAGTGGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTG 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 GCTCTCTGAGAATTATTCGTAGTGGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTG 1597
Query 1544 TTTATCAAGGAATAACTGGTACTTGGACTCTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATT 1603
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 TTTATCAAGGAATAACTGGTACTTGGACTGTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATT 1657
Query 1604 CATTTCTTGTTTTGTCATTTGTTGAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTA 1663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 CATTTCTTGTTTTGTCATTTGTTGAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTA 1717
Query 1664 AAGATGTCACTGATTCAGTAGGTTTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTGGCATGTGGGCTTG 1723
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1718 AAGATGTCACTGATTCAGTTGGTTTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTCGCATGTGGGCTTG 1777
Query 1724 TTGCTGATGGTTTGTTGGTTCAGATTCACCAAGATGCAATAAGGCTGTGCATGCCCACCA 1783
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1778 TTGCTGATGGTTTGTTGGTTCAGATTCATCAAGATGCAATTAGGCTGTGCATGCCTACAA 1837
Query 1784 TGGATGCTCATTCTGATGGTATTCCTGGTTCTTCACCATTTTTCTCGTCGTGGTTTCCAG 1843
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1838 TGGATGCTCATTCTGATGGTATTCCTGTTTCTTCACCATTTTTCTCATCGTGGTTTCCAG 1897
Query 1844 AAAATGTCAGTATCAGCTTGGGGGCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTA 1903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 AAAATGTCAGTATCAGCTTGGGGGCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTA 1957
Query 1904 ACCCTTGTTTCTTGTCTATTCTTGGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCT 1963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 ACCCTTGTTTCTTGTCTATTCTTGGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCT 2017
Query 1964 ATGAAATCCAACGAGTAACATTGCAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAAC 2023
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018 ATGAAATTCAACGAGTAACATTGCAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAAC 2077
Query 2024 ATATTGGAAAAAAGCGATCCTGTGCTTCTTCGCCGGATAATAGTTT-CAAAGCTGCGATT 2082
|||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2078 ATATTGGAAAAAAGAGATCCCGTGATTCTTCCCCGGATAATT-TTTGCAAAGCTGCGATT 2136
Query 2083 CCTTCTGGTATGGAGCAAGGCTATTCATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAA 2142
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 CCTTCTGCTATGGAGCAAGGCTATACATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAG 2196
Query 2143 GTCCTGTCCTTCTCAGAAGATGGTGTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCG 2202
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 GTCCTTTCCTTCACAGAAGATGGTGTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCG 2256
Query 2203 CTAACAAATACAATGGGAGCTGTTATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTG 2262
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 CTAACAAATACAATGGGAACTGTTATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTG 2316
Query 2263 TTAGTTGATCAACTTTATGTCCTTTCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAG 2322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2317 TTAGTTGATCAACTTTATGTCCTTTCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAG 2376
Query 2323 TGG-CCCCTTTTTTCAAATGCATCCGGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTTACTGTAA 2381
||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2377 TGGGCCCCTTTTT-CAAATTCATCCGGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTCACTGTAA 2435
Query 2382 AGAAGAGATGGACATTGTTGTGGGCAAAAAAGACAATTTACCCA-TCAACCTTCTATTAA 2440
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||
Sbjct 2436 AGAGGAGATGGACACTGTTGTGGGCAAAAAAGACAATTTACC-AGTCAACCTTCTGTTAA 2494
Query 2441 TTGCTACTCGACGCATTGGCATCACACCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGG 2500
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 TTGCTACCCGACGCATTGGCATCACACCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGG 2554
Query 2501 ATTCAGACATCATAGCTCTTAGTGATAGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCC 2560
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 ATTCAGACATCATAGCTCTTAGTGACAGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCC 2614
Query 2561 TTTCTTATACTTCCATCTCATTCCAACCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTCTG 2620
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2615 TTTCCTATACTTCCATCTCATTCCAACCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTTTG 2674
Query 2621 AATGCCCTCAAGGAATTCTTTTTGTTTCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGC 2680
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 AATGCCCCCAAGGAATTCTTTTTGTTTCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGC 2734
Query 2681 ACAGCAAACGGCGTAATGCGCAAAAATTTCACCTTGGAGGCACCCCACGAAAGGTTATCT 2740
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2735 ACAGCAAACGGCGTAATGCGCAAAAGTTTCAGCTTGGAGGCACCCCGCGAAAGGTTATCT 2794
Query 2741 ACCATAGTGAAAGCAAACTATTGATTGTGATGAGAACTGATCTGTATGATACGTGTACGT 2800
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2795 ACCACAGTGAAAGCAAATTATTGATTGTGATGAGAACTGATCTGTATGATACATGTACGT 2854
Query 2801 CTGATATATGCTGTGTGGACCCGCTCGGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAAC 2860
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 CTGATATATGCTGTGTAGACCCGCTCAGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAAC 2914
Query 2861 CTGGAGAAATTGGGAAGTCAATGGAGCTTGTACGTGTGGGAAATGAGCATGTCCTTGTGG 2920
||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2915 CTGGAGAGACTGGAAAGTCAATGGAGCTTGTACGTGTGGGAAATGAACATGTCCTTGTGG 2974
Query 2921 TTGGGACGAGTTTGTCTTCTGGTCCTGCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAA 2980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2975 TTGGGACGAGTTTGTCTTCTGGTCCTGCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAA 3034
Query 2981 AAGGACGATTAATCATCCTCTGCCTAGAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGCTCAATGA 3040
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3035 AAGGACGAGTAATCATCCTCTGCTTAGAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGTTCAATGA 3094
Query 3041 CAATTTGCTCAAAGGCTGGTTCGTCTTCCCAACGTACATCACCTTTTCGTGATGTTGTGG 3100
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 3095 CAATTTGTTCAAAGGCTTGTTCGTCTTCCCAACGTACATCACCTTTCCATGATGTTGTGG 3154
Query 3101 GATACACAACAGAACAAC-TGTCAAGCAGTAGTCACTGCAGCAGTCCAGATGATAATAGC 3159
|||||||||||||| ||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3155 GATACACAACAGAA-AACCTATCAAGCAGTAGCCTCTGCAGCAGTCCAGATGATTACAGC 3213
Query 3160 TATGATGGAATCAAATTTGATGAAGCTGAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTGCAACC 3219
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3214 TATGATGGAATCAAACTTGATGAAGCTGAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTTCAACC 3273
Query 3220 ACTTGGCCGGGGATGGTACTTGCAATCTGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCGTCT 3279
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3274 ACTTGGCCGGGTATGGTACTTGCAATCTGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCATCT 3333
Query 3280 GCTGGCAATGCTTTCTATGTATGTAGTTTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGG 3339
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3334 GCCGGCAATGCTTTCTATGTCTGTGGTTTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGG 3393
Query 3340 TTTGCGGTGGGAAGGACTCGTTTCATGATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATT 3399
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3394 TTTGCGGTAGGAAGGACCCGTTTCATGATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATT 3453
Query 3400 GTAGTTGGGGATTGCCGTGATGGTGTTCTATTTTATTCTTATGACGAGGACTCGAAGAAA 3459
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 3454 GTTGTTGGGGATTGCCGTGATGGTGTTCTATTTTATTCTTATCACGAGGAATCAAAGAAA 3513
Query 3460 CTTCACCAAATATATTGTGATCCAGCGCAGAGGTTAGTTGCTGACTGCTTTCTAATGGAT 3519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3514 CTTCACCAAATATATTGTGATCCAGCGCAGAGGTTAGTTGCTGACTGTTTTCTAATGGAT 3573
Query 3520 GCCAATTCTGTTGCTGTATCTGATCGCAAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCCAAGAT 3579
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3574 GCTAATTCCGTTGCTGTATCTGATCGCAAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCAAAGAT 3633
Query 3580 CATTCAGAATTTGGTACGAAGCACTTAGCCTTTTCTCCTCGTGATGATCCAGAATATTCA 3639
|||||||| ||||||| ||||||| | || | | || | | | ||
Sbjct 3634 CATTCAGACTTTGGTATGAAGCAC----C-TT--------G--A--AT--A---T-T-CA 3669
Query 3640 AGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTATTACATGGGTGAGATTGCAATGGCT 3699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 3670 AGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTATTACATGGGAGAGATTGCCATGTCT 3729
Query 3700 ATCAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCTGATGATGTACTGCAAAGTTATGGT 3759
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3730 ATAAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCTGATGATGTACTGCGAAGTTATGGT 3789
Query 3760 CTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATCATAGCAGGCACGCTATTGGGAAGT 3819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3790 CTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATCATAGCAGGCACGCTATTGGGAAGT 3849
Query 3820 ATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATATGAGCTCTTAGAAGCTGTCCAAGCA 3879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3850 ATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATATGAGCTCTTAGAAGGTGTCCAAGCA 3909
Query 3880 AAGCTCGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTTGGTAATGATCATAATGAGTTCCGA 3939
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3910 AAGCTTGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTTGGTAATGATCATAATGAGTTCCGA 3969
Query 3940 GGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGACAAAGATATTGGATGGTGACATGCTTGCTCAGTTC 3999
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3970 GGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGAGAAAGATATTGGATGGTGACATGCTTGCTCAGTTC 4029
Query 4000 TTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTATCGACACCTCAGCCATCACCAAGC 4059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4030 TTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTATCGACACCTCAGCCATCACCAAGC 4089
Query 4060 ACATCAAAAGCAAGTTCAAAACAACGTTCTTCCCCGCCTCTCATGCTACATCAAGTTGTA 4119
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4090 ACATCAAAAGCAAGTTCAAAGCAACGTTCTTTCCCGCCTCTCATGCTACACCAAGTTGTA 4149
Query 4120 CAGTTGCTCGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAG 4155
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4150 CAGTTGCTTGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAG 4185
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 207089140704
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5