BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg904167
Length=2085
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G12770.1 | Symbols: MEF22 | mitochondrial editing factor 22... 3336 0.0
> AT3G12770.1 | Symbols: MEF22 | mitochondrial editing factor
22 | chr3:4057012-4059214 REVERSE LENGTH=2121
Length=2121
Score = 3336 bits (1806), Expect = 0.0
Identities = 1994/2087 (96%), Gaps = 4/2087 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGGAAGCATCTTGTCTTGCTTCTCCTTTTCTCTACACCAATTGTGGAATCCATTCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 22 ATGTCGGAAGCATCTTGTCTTGCTTCTCCTTTGCTCTACACCAATTCTGGAATCCATTCT 81
Query 61 GATTCTTTCTACGCTTCGCTTATTGATAGTTCCACTCATAAATCTCAGTTGAGGCAAATC 120
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||
Sbjct 82 GATTCTTTCTACGCTTCGCTTATTGATAGTGCCACTCATAAAGCTCAGCTGAAGCAAATC 141
Query 121 CACGCACGTTTA-TTGGTTCTGGGTTTGCAGTTCAGTGGTTTCTTGATCACCAAGCTCAT 179
|||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CACGCACGTTTACTT-GTTTTAGGTTTGCAGTTCAGTGGTTTCTTGATCACCAAGCTCAT 200
Query 180 TCACGCTAGCTCTTCCTTTGGTGACATTACTTTTGCACGCCAGGTGTTCGACGATTTACC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 201 TCACGCTAGCTCTTCCTTTGGTGACATTACTTTTGCACGCCAAGTGTTCGACGATTTACC 260
Query 240 TCGTCCTCAAGTATTCCCCTGGAATGCTATTATCAGGGGTTATTCGAGAAACAATCACTT 299
|||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 261 TCGTCCTCAAATATTCCCTTGGAATGCTATAATCAGGGGTTATTCAAGGAACAATCACTT 320
Query 300 CCAAGATGCTCTCCTCATGTATTCCAAGATGCAACTCGCTCGTGTTTCTCCTGATTCTTT 359
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 CCAAGATGCTCTTCTCATGTATTCCAATATGCAACTCGCTCGTGTTTCTCCTGATTCTTT 380
Query 360 CACTTTCCCTCATCTTCTTAAAGCTTGCGGCGGTTTGTCTCACCTTCAGATGGGTAGATT 419
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 381 CACTTTCCCTCATCTTCTTAAAGCTTGCAGCGGTTTGTCTCATCTTCAGATGGGTAGATT 440
Query 420 TGTTCATGCTCAGGTGTTCAGGCTTGGATTTGAAGCGGATGTGTTTGTTCAGAATGGTCT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 441 CGTTCATGCTCAGGTGTTCAGGCTTGGATTTGATGCGGATGTGTTTGTTCAGAACGGTCT 500
Query 480 CATTGCCTTGTATGCGAAATGTAGGCGTTTGGGATGTGCGAGAACTGTGTTTGAAGGACT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 CATTGCCTTGTATGCGAAATGTAGGCGTTTGGGATCTGCGAGAACTGTGTTTGAAGGACT 560
Query 540 GCCATTGCCAGAGAGGACGATTGTCTCATGGACGGCTATCGTTTCAGCCTATGCGCAGAA 599
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 561 GCCATTGCCAGAGAGGACGATAGTCTCATGGACTGCTATCGTTTCAGCTTATGCTCAGAA 620
Query 600 CGGTGAGCCTGTGGAGGCTCTTGAGATTTTCAGTCAGATGAGGAAGATGGATGTGAAGCC 659
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 CGGTGAGCCTATGGAGGCTCTTGAGATTTTTAGTCAGATGAGGAAGATGGATGTGAAGCC 680
Query 660 TGACTGGGTAGCTCTCGTCAGCGTTCTCAATGCTTTCACTTGCTTGCAGGATTTGGAGCA 719
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 681 TGACTGGGTAGCTCTTGTCAGCGTTCTCAATGCTTTCACTTGCTTGCAGGATTTGAAGCA 740
Query 720 AGGGAGATCTATTCATGCTTCTGTTGTGAAGATGGGTCTTGAAACAGAGCCTGACTTGCT 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 741 AGGGAGATCTATTCATGCTTCTGTTGTGAAGATGGGTCTTGAAATAGAGCCTGACTTACT 800
Query 780 CATCTCTCTCAACACCATGTATGCAAAATGTGGCCAAGTAGCAACCGCCAAGATTCTGTT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 801 CATCTCTCTCAACACCATGTATGCAAAATGTGGCCAAGTTGCAACTGCCAAGATTCTGTT 860
Query 840 TGATAAGATGAAGTCACCTAACCTGATTTTGTGGAACGCCATGATCTCTGGCTATGCGAA 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TGATAAGATGAAGTCACCTAACCTGATTTTGTGGAACGCCATGATCTCTGGCTATGCGAA 920
Query 900 GAACGGTTTTGCCAAGGATGCTATTGATTTGTTTCATGAGATGATCAATAAAGATGTCAG 959
|||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 921 GAACGGTTATGCCAGGGAAGCTATTGATATGTTTCATGAGATGATCAATAAAGATGTTAG 980
Query 960 ACCTGACACCATCTCTATAACATCTGCCATTTCAGCTTGCGCTCAAGTAGGTTCTCTTGA 1019
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 ACCCGACACCATCTCTATAACATCTGCCATTTCGGCTTGCGCTCAAGTAGGTTCTCTTGA 1040
Query 1020 GCAGGCCCGCTGGATGGATGAATATGTAAGCAGGAGTGACTACAAGGATGACGTTTTCAT 1079
|||||| ||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1041 GCAGGCTCGCAGTATGTATGAATATGTAGGCAGAAGTGACTACAGGGATGACGTTTTCAT 1100
Query 1080 AAGCAGCGCTTTAATCGATATGTTTGCTAAATGCGGAAGTGTAG-AGTGCGCAAGATCAG 1138
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| | |
Sbjct 1101 AAGCAGCGCATTAATCGATATGTTTGCTAAATGTGGAAGTGTAGAAG-GCGCAAGGTTGG 1159
Query 1139 TTTTTGACCGAACACTTGACAGGGATGTTGTGGTGTGGAGTGCTATGATTGTCGGGTATG 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1160 TTTTTGACCGAACACTTGACAGGGATGTTGTGGTGTGGAGTGCTATGATTGTTGGGTATG 1219
Query 1199 GATTGCACGGGCAGGCAAGAGAAGCAATCAGTCTGTACCGTGCAATGGAGTGTGGTGGAG 1258
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1220 GATTGCACGGGCGGGCAAGAGAAGCAATCAGTCTGTACCGTGCAATGGAGCGTGGTGGAG 1279
Query 1259 TACATCCCAATGACGTCACTTTTCTGGGGCTTCTCATGGCCTGTAACCATTCAGGCATGG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TACATCCCAATGACGTCACTTTTCTGGGGCTTCTCATGGCCTGTAACCATTCAGGCATGG 1339
Query 1319 TAAGAGAAGGCTGGTGGTTTTTCAACCGGATGGCGGATCACAAAATAAATCCGCAACAGC 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1340 TAAGAGAAGGCTGGTGGTTTTTCAACCGGATGGCGGATCACAAAATAAATCCACAACAGC 1399
Query 1379 AACACTATGCATGCATCATTGATCTACTTGGTCGTGCTGGTCATCTAGATCAAGCTTATG 1438
|||| |||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1400 AACATTATGCATGTGTCATTGATCTTCTCGGGCGTGCTGGTCATCTGGATCAAGCTTATG 1459
Query 1439 AAGTGATCAAATGCATGCCAGTCCAGCCCGGTGTAACGGTTTGGGGAGCACTCCTAAGCG 1498
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 AAGTGATCAAATGCATGCCGGTCCAGCCCGGTGTAACGGTTTGGGGAGCACTCCTAAGCG 1519
Query 1499 CTTGCAAAAAGCATCGCCACGTTGAACTGGGAAAATACGCAGCTCAGCAGCTATTCTCAA 1558
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1520 CTTGCAAGAAGCATCGCCACGTTGAACTGGGAGAATATGCAGCTCAACAGCTTTTCTCAA 1579
Query 1559 TAGACCCATCCAACACAGGCCACTATGTGCAGCTCTCTAATCTGTATGCTGCAGCGCGTT 1618
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1580 TAGACCCATCCAACACAGGCCACTATGTACAGCTCTCTAATCTGTATGCTGCAGCACGTT 1639
Query 1619 TGTGGGACTGTGTTGCAGAGGTGCGAGTGAGGATGAGGGAGAAAGGATTGAACAAAGACG 1678
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TGTGGGACCGTGTTGCAGAGGTGCGAGTGAGAATGAAGGAGAAAGGATTGAACAAAGACG 1699
Query 1679 TTGGATGTAGCTGGGTTGAAGTAAGGGGAAGGTTGGAGGCTTTCAGAGTGGGTGATAAGT 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1700 TTGGATGTAGCTGGGTTGAAGTAAGGGGAAGGTTGGAGGCTTTCCGAGTGGGTGATAAGT 1759
Query 1739 CACATCCGAGATACGAAGAGATAGAGAGACAAGTAGAGTGGATAGAGAGTAGACTGAAGG 1798
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1760 CACATCCGAGATATGAAGAGATAGAGAGACAAGTAGAGTGGATAGAGAGTAGATTGAAGG 1819
Query 1799 AAGGTGGATTTGTGGCTAACAAGGATGCTTCATTGCACGATCTCAACGATGAAGAAGCTG 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 AAGGTGGATTTGTGGCTAACAAGGATGCTTCATTGCACGATCTCAACGATGAAGAAGCTG 1879
Query 1859 AAGAGACTCTGTGCAGCCACAGCGAGAGGATCGCAATTGCATATGGGCTTATAAGTACAC 1918
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1880 AAGAGACTTTGTGCAGCCACAGCGAGAGGATCGCGATTGCGTATGGGCTTATAAGTACAC 1939
Query 1919 CCCAAGGGACAACACTGCGGATCACAAAGAATCTGAGAGCATGCGTGAACTGTCATGCCG 1978
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1940 CCCAAGGCACACCACTGCGGATCACAAAGAATCTGAGAGCATGCGTAAACTGTCATGCTG 1999
Query 1979 CTACAAAGCTTATCTCGAAGCTTGTGGGCAGAGAGATTGTTGTGAGAGACACAAATAGGT 2038
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2000 CTACAAAGCTTATCTCGAAGCTAGTGGACAGAGAGATTGTTGTGAGAGATACAAATAGGT 2059
Query 2039 TCCACCATTTTAAGGATGGAGTTTGTTCGTGTGGTGATTATTGGTAA 2085
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2060 TCCACCATTTTAAGGATGGAGTTTGTTCCTGTGGTGATTATTGGTAA 2106
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103362922155
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5