BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg905049 Length=2712 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G20440.2 | Symbols: EMB2729, BE1 | Alpha amylase family prot... 4449 0.0 > AT3G20440.2 | Symbols: EMB2729, BE1 | Alpha amylase family protein | chr3:7123197-7130436 REVERSE LENGTH=3178 Length=3178 Score = 4449 bits (2409), Expect = 0.0 Identities = 2619/2718 (96%), Gaps = 24/2718 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGTTTCCCTCTCTAATCAAACCAGATTCTCTTTCCACCCAAACAACCTTTTCCTTTCC 60 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| Sbjct 73 ATGGTGTCCCTCTCTAATCAAACCAGATTCTCTTTCCACCCAAACAATCTTGTCGTTTCC 132 Query 61 GAGAATA-GGCGTCTGGGAATCTCAGGAGTCAATTTTCCCAGGAAAATCAATG-TGAAAA 118 ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| Sbjct 133 GAGAA-ACGGCGCCTGGGAATCTCAGGAGTCAATTTTCCCAGGAAGATCAA-GTTGAAAA 190 Query 119 TCACTTGCTTCGCCGCCGAGAGACCACGCCAGGAGAAACAGAAAAAGAAGAGTCAGAGCC 178 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 191 TCACTTGCTTCGCCGCCGAGAGACCACGCCAGGAGAAACAGAAAAAGAAGAGTCAGAGCC 250 Query 179 AGAGCACTAGTGACGCTGAAGCTGGAGTCGACCCAGTTGGGTTTCTCACCAGACTGGGAA 238 |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 251 AGAGCACTAGCGACGCTGAGGCTGGAGTTGACCCTGTTGGGTTTCTCACCAGACTCGGAA 310 Query 239 TTGCTGACAGAATCTTTGCTCAATTTCTCCGAGAAAGGCATAAAGCTTTGAAAGACCTTA 298 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 311 TTGCTGACAGAATCTTTGCTCAATTTCTCCGGGAAAGGCATAAAGCTTTGAAAGACCTTA 370 Query 299 AAGATGAGATTCTCAAACGCCACTTCGATTTCAGAGATCTTGCTTCAGGATTTGAGTTAC 358 ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 371 AAGATGAGATTTTCAAACGCCATTTCGATTTCAGAGATTTTGCTTCAGGATTTGAGTTA- 429 Query 359 TT-GGGATGCATCGACATATGGAACACCGGGTTGACTTCATGGACTGGGGTCCAGGTGCT 417 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 430 TTGGGGATGCATCGACATATGGAACACCGGGTTGACTTTATGGACTGGGGTCCAGGTTCT 489 Query 418 CGTTATGGTGCTATAATCGGAGATTTTAATGGATGGTCACCTACAGAAAATTCAGCCAGA 477 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| Sbjct 490 CGTTATGGGGCTATAATCGGAGATTTCAATGGATGGTCGCCTACAGAAAATGCAGCTAGA 549 Query 478 GAGGGCCTATTTGGCCATGATGATTTTGGGTATTGGTTCATTATTCTTGAGGATAAGTTA 537 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 550 GAGGGCCTATTTGGCCATGATGATTATGGGTATTGGTTCATTATTCTTGAAGATAAGTTA 609 Query 538 AGAGAGGGTGAAGAACCAGACGAACTATACTTCCAGCAGTATAACTATGTCGATGACTAT 597 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 610 AGAGAGGGTGAAGAACCAGATGAACTATACTTTCAGCAGTATAACTATGTCGATGACTAT 669 Query 598 GATAAGGGTGATAGTGGTGTATCAGCTGAAGAAATCTTCCAGAAAGCTAATGATGAGTAT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 670 GATAAGGGTGATAGTGGTGTATCAGCTGAAGAAATCTTCCAGAAAGCTAATGATGAGTAT 729 Query 658 TGGGAACCTGGTGAGGACCGGTTTATTAAAAACCGCTTTGAAGTTCCTGCCAAACTATAC 717 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 730 TGGGAACCTGGTGAGGATCGGTTTATTAAAAACCGCTTTGAAGTTCCTGCCAAACTATAC 789 Query 718 GAGCAGATGTTTGGCCCGAACAGTCCACAAACTTTAGAAGAG-TTAGGAGATATACCAGA 776 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 790 GAGCAGATGTTTGGCCCGAACAGTCCACAAACGTTAGAAGAGCTT-GGAGATATACCAGA 848 Query 777 TGCAGAAACGAGATATAAACAGTGGAAAGAGGAGCATAAAAATGATCCGCCAAGTAATCT 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 849 TGCAGAAACGAGATATAAACAGTGGAAAGAGGAGCATAAAGATGACCCGCCAAGTAATCT 908 Query 837 ACCTCCATGCGACATCATTGATAAAGGTCAAGGAAAGCCATATGATATTTTTAATGTCGT 896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 909 ACCTCCATGCGACATCATTGATAAAGGTCAAGGAAAGCCATATGATATTTTTAATGTCGT 968 Query 897 GACATCTCCAGAATGGACAAAGAAATTTTATGAGAAAAAACCTCCAATTCCATATTGGTT 956 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| Sbjct 969 GACATCTCCAGAATGGACAAAGAAATTTTATGAGAAAGAACCTCCGATTCCATATTGGTT 1028 Query 957 AGAGACACGTAAAGGAAGAAAGGCATGGTTaaaaaaaTACATTCCAGCTGTTCCACATGG 1016 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1029 AGAGACACGTAAAGGAAGAAAGGCATGGTTGCAAAAATATATTCCAGCTGTTCCACATGG 1088 Query 1017 AAGCAAGTATAGATTGTATTTCAATACTCCTGATGGACCGCTTGAACGAGTGCCTGCTTG 1076 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1089 AAGCAAGTATAGATTGTATTTCAATACTCCTGATGGACCGCTTGAACGAGTGCCTGCTTG 1148 Query 1077 GGCTACATATGTGCAACCAGAGGATGAAGGAAAGCAAGCTTACGCAATTCACTGGGAACC 1136 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1149 GGCTACATATGTGCAACCAGAGGATGAAGGAAAGCAAGCTTACGCAATTCATTGGGAACC 1208 Query 1137 TTCTCCTGAAGCTGCATACAAGTGGAAAAACTCCAAGCCAAAAGTTCCCA-AGTCCTTGC 1195 |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 1209 TTCTCCTGAAGCTGCATACAAGTGGAAATATTCCAAGCCAAAAGTTCC-AGAGTCCTTGC 1267 Query 1196 GCATATACGAATGTCATGTTGGAATCAGTGGGTCCGAGGCAAAAATTTCAACTTTCGAAG 1255 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1268 GCATATACGAATGTCATGTTGGAATCAGTGGGTCCGAGCCAAAAGTTTCAACTTTCGAAG 1327 Query 1256 AATTTACTAAGAAGGTCCTTCCTCATGTGAAAAGAACTGGATACAATGCAATTCAGCTGA 1315 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| Sbjct 1328 AATTTACTAAGAAGGTCCTTCCTCATGTGAAAAGAGCTGGATACAATGCAATCCAGTTGA 1387 Query 1316 TTGGTATCCCTGAGCACAAGGATTATTTTACTGTTGGTTATAGGGTTACTAATTTCTTTG 1375 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 1388 TTGGTGTCCCTGAGCACAAGGATTATTTTACTGTTGGTTATAGGGTTACGAACTTCTTTG 1447 Query 1376 CTGCTAGTAGCCGATATGGCACGCCAGATGATTTCAAACGGTTGGTTGATGACGCACATG 1435 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1448 CTGCCAGTAGCCGATATGGCACGCCAGATGATTTCAAACGGTTGGTTGATGAGGCACATG 1507 Query 1436 GCCTAGGACTTCTTGTCTTTTTGGACATCGTGCATTCTTATGCAGCAGCTGATCAGATGG 1495 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1508 GCCTAGGACTTCTTGTCTTTTTGGACATCGTGCATTCTTATGCAGCAGCTGATCAGATGG 1567 Query 1496 CTGGGCTTTCTCTTTTCGATGGTTCAAATGACTGCTATTTTCATTATGGTAAAAGGGGGC 1555 |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1568 TTGGGCTTTCTCTCTTCGATGGTTCAAATGATTGCTATTTTCATTATGGTAAAAGGGGGC 1627 Query 1556 ATCACAAACACTGGGGCACCCGGATGTTCAAATACGGTGATTTGGATGTTCTTCATTTTC 1615 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1628 ATCACAAACACTGGGGCACCCGGATGTTCAAATACGGTGATTTGGATGTTCTTCATTTTC 1687 Query 1616 TCATATCAAATTTGAACTGGTGGATTACAGAGTATCAAGTTGATGGTCT-CCAGTTTCAC 1674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| Sbjct 1688 TAATATCAAATTTGAACTGGTGGATTACAGAGTATCAAGTTGATGGT-TACCAATTTCAC 1746 Query 1675 TCGCTTGCCTCGATGATTTACACGCACAATGGTTTTGCTTCATTTAACAACGATTTGGAC 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1747 TCGCTTGCCTCGATGATTTACACGCACAATGGGTTTGCTTCATTTAACAACGATTTGGAT 1806 Query 1735 GACTATTGCAATCAGTATGTTGACCGAGATGCTCTGATGTACCTCATTTTGGCCAATGAA 1794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1807 GACTATTGCAATCAGTATGTTGACCGAGATGCTCTGATGTACCTCATTTTGGCCAATGAA 1866 Query 1795 ATCCTGCACGTTCTACATCCAAATATAATAACAATTGCTGAGGATGCAACATATTACCCT 1854 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1867 ATCCTGCACGTTCAACATCCAAATATAATAACAATTGCTGAGGATGCAACATATTACCCT 1926 Query 1855 GGGTTGTGTGAGCCAGTTTCTCAAGGTGGACTTGGATTTGATTATTATGTGAATCTCTCT 1914 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1927 GGGTTGTGTGAGCCAGTTTCTCAAGGTGGACTTGGATTTGATTATTATGTGAATCTTTCT 1986 Query 1915 GCGTCAGAAATGTGGGTTTCTCTCCTCGACAGTGTACCGGATAATGAATGGAGCATGAGC 1974 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1987 GCGTCAGAAATGTGGGTTTCTCTCCTCGACAATGTACCGGATAATGAATGGAGCATGAGC 2046 Query 1975 AAGCCAGTGCTGCAGATTGTCAGTACATTGGTGGCTAACAAAGAGTATGCAGACAAGATG 2034 ||| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2047 AAG--A-T--TG----T---CAGTACATTGGTGGCTAACAAAGAGTATGCAGACAAGATG 2094 Query 2035 GTCAGCTATGCCGAAAATCACAACCAATCCATATCAGGAGGGCGTTCATTTGCTGAAATC 2094 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2095 CTCAGCTATGCCGAAAATCACAACCAATCCATATCAGGAGGGCGTTCATTTGCTGAAATC 2154 Query 2095 TTGTTTGGTGGAGTCGATAATGGTTCTCCTGGAGGAAAAGAATTGCTAGACAGGGGAGTT 2154 || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2155 TTATTCGGTGGAGTCGATAATGGTTCTCCTGGAGGAAAAGAATTGCTAGACAGGGGAATT 2214 Query 2155 TCACTACATAAGATGATTAGACTGATTACTTTTACAAGTGGTGGGCGTGCTTACCTCAAT 2214 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 2215 TCACTACATAAGATGATTAGACTGATTACTTTTACAAGTGGTGGCCGTGCATACCTCAAT 2274 Query 2215 TTCATGGGAAATGAATTTGGACATCCTGAGAGGGTTGAGTTTCCAACACAGAGCAATAAC 2274 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2275 TTCATGGGAAATGAATTTGGACATCCTGAGAGGGTTGAGTTTCCAACGCAGAGCAATAAC 2334 Query 2275 TTCTCGTTTTCACTTGCTAACCGCCGCTGGGACCTGCTGGAAAGTGGAGTGCATCATCAC 2334 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2335 TTCTCGTTTTCACTTGCTAACCGCCGCTGGGACCTGCTGGAAAGTGGAGTGCATCATCAC 2394 Query 2335 TTGTTTTCCTTTGACAAGGAGCTAATGGACTTGGATAAAGGCAAGGGTATCCTTTCAAGA 2394 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2395 TTGTTTTCCTTTGACAAGGAGCTAATGGACTTGGATAAAAGCAAGGGTATCCTTTCAAGA 2454 Query 2395 GGTCTGCCCAGCATCCACCATGTGAATGATGCAAATATGGTGATTTCGTTCTCGAGGGGT 2454 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 2455 GGTCTGCCCAGCATCCACCATGTGAATGATGCAAATATGGTGATTTCTTTCTCAAGGGGT 2514 Query 2455 CCTTTCCTATTTATCTTTAACTTCCACCCATCAAATTCATATGAAAAGTATGATGTTGGT 2514 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2515 CCTTTCCTATTTATCTTTAACTTCCACCCATCAAATTCATATGAAAAGTATGATGTCGGT 2574 Query 2515 GTAGAGGAAGCTGGTGAATATACTATGATACTGAACTCCGATGAAGTAAAGTATGGGGGT 2574 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2575 GTAGAGGAAGCTGGTGAATATACCATGATACTGAACTCCGATGAAGTAAAGTATGGGGGT 2634 Query 2575 CAAGGGCTTGTAACGGAGGACCAGTATCTTCAACGGTCAATTAGCAAGAGAATTGATGGT 2634 |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2635 CAAGGGATTGTAACAGAAGACCACTATCTTCAACGGTCAATTAGCAAGAGAATTGATGGT 2694 Query 2635 CAAAGAAATTGCTTAGAGGTGTTTTTGCCTAGCAGGACTGCCCAAGTTTACAAGTTGACC 2694 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2695 CAAAGAAATTGCTTAGAGGTGTTTTTGCCTAGCCGGACTGCCCAAGTTTACAAGTTGACC 2754 Query 2695 CGGATCCTCCGAATATGA 2712 |||||||||||||||||| Sbjct 2755 CGGATCCTCCGAATATGA 2772 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 134698241955 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5