BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg905049
Length=2712
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20440.2 | Symbols: EMB2729, BE1 | Alpha amylase family prot... 4449 0.0
> AT3G20440.2 | Symbols: EMB2729, BE1 | Alpha amylase family protein
| chr3:7123197-7130436 REVERSE LENGTH=3178
Length=3178
Score = 4449 bits (2409), Expect = 0.0
Identities = 2619/2718 (96%), Gaps = 24/2718 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTTCCCTCTCTAATCAAACCAGATTCTCTTTCCACCCAAACAACCTTTTCCTTTCC 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||
Sbjct 73 ATGGTGTCCCTCTCTAATCAAACCAGATTCTCTTTCCACCCAAACAATCTTGTCGTTTCC 132
Query 61 GAGAATA-GGCGTCTGGGAATCTCAGGAGTCAATTTTCCCAGGAAAATCAATG-TGAAAA 118
||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct 133 GAGAA-ACGGCGCCTGGGAATCTCAGGAGTCAATTTTCCCAGGAAGATCAA-GTTGAAAA 190
Query 119 TCACTTGCTTCGCCGCCGAGAGACCACGCCAGGAGAAACAGAAAAAGAAGAGTCAGAGCC 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 TCACTTGCTTCGCCGCCGAGAGACCACGCCAGGAGAAACAGAAAAAGAAGAGTCAGAGCC 250
Query 179 AGAGCACTAGTGACGCTGAAGCTGGAGTCGACCCAGTTGGGTTTCTCACCAGACTGGGAA 238
|||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 251 AGAGCACTAGCGACGCTGAGGCTGGAGTTGACCCTGTTGGGTTTCTCACCAGACTCGGAA 310
Query 239 TTGCTGACAGAATCTTTGCTCAATTTCTCCGAGAAAGGCATAAAGCTTTGAAAGACCTTA 298
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 TTGCTGACAGAATCTTTGCTCAATTTCTCCGGGAAAGGCATAAAGCTTTGAAAGACCTTA 370
Query 299 AAGATGAGATTCTCAAACGCCACTTCGATTTCAGAGATCTTGCTTCAGGATTTGAGTTAC 358
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AAGATGAGATTTTCAAACGCCATTTCGATTTCAGAGATTTTGCTTCAGGATTTGAGTTA- 429
Query 359 TT-GGGATGCATCGACATATGGAACACCGGGTTGACTTCATGGACTGGGGTCCAGGTGCT 417
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 430 TTGGGGATGCATCGACATATGGAACACCGGGTTGACTTTATGGACTGGGGTCCAGGTTCT 489
Query 418 CGTTATGGTGCTATAATCGGAGATTTTAATGGATGGTCACCTACAGAAAATTCAGCCAGA 477
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||
Sbjct 490 CGTTATGGGGCTATAATCGGAGATTTCAATGGATGGTCGCCTACAGAAAATGCAGCTAGA 549
Query 478 GAGGGCCTATTTGGCCATGATGATTTTGGGTATTGGTTCATTATTCTTGAGGATAAGTTA 537
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 550 GAGGGCCTATTTGGCCATGATGATTATGGGTATTGGTTCATTATTCTTGAAGATAAGTTA 609
Query 538 AGAGAGGGTGAAGAACCAGACGAACTATACTTCCAGCAGTATAACTATGTCGATGACTAT 597
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 AGAGAGGGTGAAGAACCAGATGAACTATACTTTCAGCAGTATAACTATGTCGATGACTAT 669
Query 598 GATAAGGGTGATAGTGGTGTATCAGCTGAAGAAATCTTCCAGAAAGCTAATGATGAGTAT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GATAAGGGTGATAGTGGTGTATCAGCTGAAGAAATCTTCCAGAAAGCTAATGATGAGTAT 729
Query 658 TGGGAACCTGGTGAGGACCGGTTTATTAAAAACCGCTTTGAAGTTCCTGCCAAACTATAC 717
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 TGGGAACCTGGTGAGGATCGGTTTATTAAAAACCGCTTTGAAGTTCCTGCCAAACTATAC 789
Query 718 GAGCAGATGTTTGGCCCGAACAGTCCACAAACTTTAGAAGAG-TTAGGAGATATACCAGA 776
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 790 GAGCAGATGTTTGGCCCGAACAGTCCACAAACGTTAGAAGAGCTT-GGAGATATACCAGA 848
Query 777 TGCAGAAACGAGATATAAACAGTGGAAAGAGGAGCATAAAAATGATCCGCCAAGTAATCT 836
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 849 TGCAGAAACGAGATATAAACAGTGGAAAGAGGAGCATAAAGATGACCCGCCAAGTAATCT 908
Query 837 ACCTCCATGCGACATCATTGATAAAGGTCAAGGAAAGCCATATGATATTTTTAATGTCGT 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 ACCTCCATGCGACATCATTGATAAAGGTCAAGGAAAGCCATATGATATTTTTAATGTCGT 968
Query 897 GACATCTCCAGAATGGACAAAGAAATTTTATGAGAAAAAACCTCCAATTCCATATTGGTT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 969 GACATCTCCAGAATGGACAAAGAAATTTTATGAGAAAGAACCTCCGATTCCATATTGGTT 1028
Query 957 AGAGACACGTAAAGGAAGAAAGGCATGGTTaaaaaaaTACATTCCAGCTGTTCCACATGG 1016
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 AGAGACACGTAAAGGAAGAAAGGCATGGTTGCAAAAATATATTCCAGCTGTTCCACATGG 1088
Query 1017 AAGCAAGTATAGATTGTATTTCAATACTCCTGATGGACCGCTTGAACGAGTGCCTGCTTG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 AAGCAAGTATAGATTGTATTTCAATACTCCTGATGGACCGCTTGAACGAGTGCCTGCTTG 1148
Query 1077 GGCTACATATGTGCAACCAGAGGATGAAGGAAAGCAAGCTTACGCAATTCACTGGGAACC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1149 GGCTACATATGTGCAACCAGAGGATGAAGGAAAGCAAGCTTACGCAATTCATTGGGAACC 1208
Query 1137 TTCTCCTGAAGCTGCATACAAGTGGAAAAACTCCAAGCCAAAAGTTCCCA-AGTCCTTGC 1195
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1209 TTCTCCTGAAGCTGCATACAAGTGGAAATATTCCAAGCCAAAAGTTCC-AGAGTCCTTGC 1267
Query 1196 GCATATACGAATGTCATGTTGGAATCAGTGGGTCCGAGGCAAAAATTTCAACTTTCGAAG 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1268 GCATATACGAATGTCATGTTGGAATCAGTGGGTCCGAGCCAAAAGTTTCAACTTTCGAAG 1327
Query 1256 AATTTACTAAGAAGGTCCTTCCTCATGTGAAAAGAACTGGATACAATGCAATTCAGCTGA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1328 AATTTACTAAGAAGGTCCTTCCTCATGTGAAAAGAGCTGGATACAATGCAATCCAGTTGA 1387
Query 1316 TTGGTATCCCTGAGCACAAGGATTATTTTACTGTTGGTTATAGGGTTACTAATTTCTTTG 1375
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1388 TTGGTGTCCCTGAGCACAAGGATTATTTTACTGTTGGTTATAGGGTTACGAACTTCTTTG 1447
Query 1376 CTGCTAGTAGCCGATATGGCACGCCAGATGATTTCAAACGGTTGGTTGATGACGCACATG 1435
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1448 CTGCCAGTAGCCGATATGGCACGCCAGATGATTTCAAACGGTTGGTTGATGAGGCACATG 1507
Query 1436 GCCTAGGACTTCTTGTCTTTTTGGACATCGTGCATTCTTATGCAGCAGCTGATCAGATGG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 GCCTAGGACTTCTTGTCTTTTTGGACATCGTGCATTCTTATGCAGCAGCTGATCAGATGG 1567
Query 1496 CTGGGCTTTCTCTTTTCGATGGTTCAAATGACTGCTATTTTCATTATGGTAAAAGGGGGC 1555
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 TTGGGCTTTCTCTCTTCGATGGTTCAAATGATTGCTATTTTCATTATGGTAAAAGGGGGC 1627
Query 1556 ATCACAAACACTGGGGCACCCGGATGTTCAAATACGGTGATTTGGATGTTCTTCATTTTC 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 ATCACAAACACTGGGGCACCCGGATGTTCAAATACGGTGATTTGGATGTTCTTCATTTTC 1687
Query 1616 TCATATCAAATTTGAACTGGTGGATTACAGAGTATCAAGTTGATGGTCT-CCAGTTTCAC 1674
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||
Sbjct 1688 TAATATCAAATTTGAACTGGTGGATTACAGAGTATCAAGTTGATGGT-TACCAATTTCAC 1746
Query 1675 TCGCTTGCCTCGATGATTTACACGCACAATGGTTTTGCTTCATTTAACAACGATTTGGAC 1734
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 TCGCTTGCCTCGATGATTTACACGCACAATGGGTTTGCTTCATTTAACAACGATTTGGAT 1806
Query 1735 GACTATTGCAATCAGTATGTTGACCGAGATGCTCTGATGTACCTCATTTTGGCCAATGAA 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 GACTATTGCAATCAGTATGTTGACCGAGATGCTCTGATGTACCTCATTTTGGCCAATGAA 1866
Query 1795 ATCCTGCACGTTCTACATCCAAATATAATAACAATTGCTGAGGATGCAACATATTACCCT 1854
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 ATCCTGCACGTTCAACATCCAAATATAATAACAATTGCTGAGGATGCAACATATTACCCT 1926
Query 1855 GGGTTGTGTGAGCCAGTTTCTCAAGGTGGACTTGGATTTGATTATTATGTGAATCTCTCT 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1927 GGGTTGTGTGAGCCAGTTTCTCAAGGTGGACTTGGATTTGATTATTATGTGAATCTTTCT 1986
Query 1915 GCGTCAGAAATGTGGGTTTCTCTCCTCGACAGTGTACCGGATAATGAATGGAGCATGAGC 1974
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 GCGTCAGAAATGTGGGTTTCTCTCCTCGACAATGTACCGGATAATGAATGGAGCATGAGC 2046
Query 1975 AAGCCAGTGCTGCAGATTGTCAGTACATTGGTGGCTAACAAAGAGTATGCAGACAAGATG 2034
||| | | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 AAG--A-T--TG----T---CAGTACATTGGTGGCTAACAAAGAGTATGCAGACAAGATG 2094
Query 2035 GTCAGCTATGCCGAAAATCACAACCAATCCATATCAGGAGGGCGTTCATTTGCTGAAATC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CTCAGCTATGCCGAAAATCACAACCAATCCATATCAGGAGGGCGTTCATTTGCTGAAATC 2154
Query 2095 TTGTTTGGTGGAGTCGATAATGGTTCTCCTGGAGGAAAAGAATTGCTAGACAGGGGAGTT 2154
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2155 TTATTCGGTGGAGTCGATAATGGTTCTCCTGGAGGAAAAGAATTGCTAGACAGGGGAATT 2214
Query 2155 TCACTACATAAGATGATTAGACTGATTACTTTTACAAGTGGTGGGCGTGCTTACCTCAAT 2214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2215 TCACTACATAAGATGATTAGACTGATTACTTTTACAAGTGGTGGCCGTGCATACCTCAAT 2274
Query 2215 TTCATGGGAAATGAATTTGGACATCCTGAGAGGGTTGAGTTTCCAACACAGAGCAATAAC 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2275 TTCATGGGAAATGAATTTGGACATCCTGAGAGGGTTGAGTTTCCAACGCAGAGCAATAAC 2334
Query 2275 TTCTCGTTTTCACTTGCTAACCGCCGCTGGGACCTGCTGGAAAGTGGAGTGCATCATCAC 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 TTCTCGTTTTCACTTGCTAACCGCCGCTGGGACCTGCTGGAAAGTGGAGTGCATCATCAC 2394
Query 2335 TTGTTTTCCTTTGACAAGGAGCTAATGGACTTGGATAAAGGCAAGGGTATCCTTTCAAGA 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 TTGTTTTCCTTTGACAAGGAGCTAATGGACTTGGATAAAAGCAAGGGTATCCTTTCAAGA 2454
Query 2395 GGTCTGCCCAGCATCCACCATGTGAATGATGCAAATATGGTGATTTCGTTCTCGAGGGGT 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2455 GGTCTGCCCAGCATCCACCATGTGAATGATGCAAATATGGTGATTTCTTTCTCAAGGGGT 2514
Query 2455 CCTTTCCTATTTATCTTTAACTTCCACCCATCAAATTCATATGAAAAGTATGATGTTGGT 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2515 CCTTTCCTATTTATCTTTAACTTCCACCCATCAAATTCATATGAAAAGTATGATGTCGGT 2574
Query 2515 GTAGAGGAAGCTGGTGAATATACTATGATACTGAACTCCGATGAAGTAAAGTATGGGGGT 2574
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GTAGAGGAAGCTGGTGAATATACCATGATACTGAACTCCGATGAAGTAAAGTATGGGGGT 2634
Query 2575 CAAGGGCTTGTAACGGAGGACCAGTATCTTCAACGGTCAATTAGCAAGAGAATTGATGGT 2634
|||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 CAAGGGATTGTAACAGAAGACCACTATCTTCAACGGTCAATTAGCAAGAGAATTGATGGT 2694
Query 2635 CAAAGAAATTGCTTAGAGGTGTTTTTGCCTAGCAGGACTGCCCAAGTTTACAAGTTGACC 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 CAAAGAAATTGCTTAGAGGTGTTTTTGCCTAGCCGGACTGCCCAAGTTTACAAGTTGACC 2754
Query 2695 CGGATCCTCCGAATATGA 2712
||||||||||||||||||
Sbjct 2755 CGGATCCTCCGAATATGA 2772
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134698241955
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5