BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg905365
Length=2316
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23150.1 | Symbols: ETR2 | Signal transduction histidine kin... 3574 0.0
> AT3G23150.1 | Symbols: ETR2 | Signal transduction histidine kinase,
hybrid-type, ethylene sensor | chr3:8254663-8257735 FORWARD
LENGTH=2893
Length=2893
Score = 3574 bits (1935), Expect = 0.0
Identities = 2200/2328 (95%), Gaps = 18/2328 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTAAAGAAATATCTTATGGGTTCTTGATACTATCAATGGTGATGTTTGTTTCTCCG 60
||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 397 ATGGTTAAAGAAATAGCTTCTTGGTTATTGATACTATCAATGGTGGTGTTTGTTTCTCCG 456
Query 61 GTGATAGCTATAAACGGCGGTGGTTATCCACGGTGTAACTGTGAATACGAAGG-AACTAG 119
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||| ||
Sbjct 457 GTTTTAGCTATAAACGGCGGTGGTTATCCACGATGTAACTGCGAAGACGAAGGAAAC-AG 515
Query 120 TTTCTGGACTACAGAGAATATTCTTGAAACTCAAAGAGTAAGCGATTTCTTAATCGCAGT 179
|||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 TTTCTGGAGTACAGAGAACATTCTAGAAACTCAAAGAGTAAGCGATTTCTTAATCGCAGT 575
Query 180 AGCTTACTTCTCAATCCCTATTGAGTTACTTTACTTTGTGAGTTGTTCCAATGTTCCATT 239
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 AGCTTATTTCTCAATCCCTATTGAGTTACTTTACTTCGTGAGTTGTTCCAATGTTCCATT 635
Query 240 CAAATGGGTTCTCTTTGAGTTTATCGCCTTCATTGTTCTTTGTGGTATGACTCATCTTCT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 CAAATGGGTTCTCTTTGAGTTTATCGCCTTCATTGTTCTTTGTGGTATGACTCATCTTCT 695
Query 300 TCATGGTTGGACTTACTCTGCTCATCCATTTAGATTGATGATGGCGTTGACTGTTTTCAA 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 696 TCATGGTTGGACTTACTCTGCTCATCCATTTAGATTAATGATGGCGTTTACTGTTTTCAA 755
Query 360 GATGTTGACTGCTTTAGTCTCTTGTGCTACTGCGATTACGCTTATTACTTTGATTCCTCT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 GATGTTGACTGCTTTAGTCTCTTGTGCTACTGCGATTACGCTTATTACTTTGATTCCTCT 815
Query 420 GCTTTTGAAAGTTAAAGTTAGAGAATTTATGCTTAAGAAGAAGGCTCATGAGCTTGGACG 479
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 816 GCTTTTGAAAGTTAAAGTTAGAGAGTTTATGCTTAAGAAGAAAGCTCATGAGCTTGGTCG 875
Query 480 TGAAGTTGGATTGATTATGATTAAGAAAGAGACTGGCTTTCATGTTCGTATGCTTACTCA 539
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 TGAAGTTGGTTTGATTTTGATTAAGAAAGAGACTGGCTTTCATGTTCGTATGCTTACTCA 935
Query 540 AGAGATTCGTAAGTCTTTGGATCGTCATACGATTCTTTATACTACTTTGGTTGAGCTTTC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 AGAGATTCGTAAGTCTTTGGATCGTCATACGATTCTTTATACTACTTTGGTTGAGCTTTC 995
Query 600 CAAGACTTTAGGGTTGCAGAATTGCGCGGTTTGGATGCCGAATGACGG-GGAAACGGAGA 658
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 996 GAAGACTTTAGGGTTGCAGAATTGTGCGGTTTGGATGCCGAATGACGGTGGAA-CGGAGA 1054
Query 659 TGAATTTGACTCATGAGTTGAGAGGGAGAGGTGGTTATTGTGGTTGTTCTGTTTCTATGG 718
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1055 TGGATTTGACTCATGAGTTGAGAGGGAGAGGTGGTTATGGTGGTTGTTCTGTTTCTATGG 1114
Query 719 AGGATTTGGATGTTGTGAGGATTAGGGAGAGTGATGAAGTGAATGTGTTGAGTGTGGAGT 778
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1115 AGGATTTGGATGTTGTTAGGATTAGGGAGAGTGATGAAGTGAATGTGTTGAGTGTTGACT 1174
Query 779 CGTCTATTGCTCGGGCTAGCGGTGG-GG-----ATGTTAGTGAGATTGGTCCCGTGGCTG 832
|||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1175 CGTCCATTGCTCGAGCTAGTGGTGGTGGTGGGGATGTTAGTGAGATTGGTGCCGTGGCTG 1234
Query 833 CCATTAGAATGCCGATGCTTCGTGTTTCGGATTTTAATGGTGAGCCGAGTTATGCGATAC 892
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1235 CTATTAGAATGCCGATGCTTCGTGTTTCGGATTTTAATGGAGAGCTAAGTTATGCGATAC 1294
Query 893 TTGTGTGTGTGTTACCGAGCGGG-CAGCCTCGGGATTGGACTTATCAGGAAATTGAGATT 951
|||| ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1295 TTGTTTGTGTTTTACCGGGCGGGAC-GCCTCGGGATTGGACTTATCAGGAGATTGAGATT 1353
Query 952 GTTAAGGTTGTGGCTGATCAAGTAACGGTTGCGTTAGATCATGCAGCGGTT-TTGGAGGA 1010
||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |
Sbjct 1354 GTTAAAGTTGTGGCGGATCAAGTAACCGTTGCGTTAGATCATGCAGCGGTTCTTGAAG-A 1412
Query 1011 GTCTCAGCTTATGAGGGAGAAGCTGGCAGAACAGAACAGGGCGTTGCAAATGGCGAAGAG 1070
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1413 GTCTCAGCTTATGAGGGAGAAGCTGGCGGAACAGAACAGGGCGTTGCAGATGGCGAAGAG 1472
Query 1071 GGACGCGTTGAGGGCGAGCCAAGCGAGGAATGCGTTTCAGAAAACGATGAGTGAAGGGAT 1130
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1473 AGACGCGTTGAGAGCGAGCCAAGCGAGGAATGCGTTTCAGAAAACGATGAGCGAAGGGAT 1532
Query 1131 GAGGCGTCCGATGCATTCTATACTCGGTCTTTTGTCGATGATTCAAGACGAGAAGTTGAG 1190
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1533 GAGGCGTCCTATGCATTCGATACTCGGTCTTTTGTCGATGATTCAGGACGAGAAGTTGAG 1592
Query 1191 TGATGAGCAGAAGATGATTGTTGATACGATGGTGAAAACGGGGAATGTTATGTCGAATTT 1250
||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 TGACGAGCAGAAAATGATTGTTGATACGATGGTTAAAACAGGGAATGTTATGTCGAATTT 1652
Query 1251 GGTGGGGGACTCAATGGATGTGTCTGACGGTAGATTTG-TAACAGAGATGAAACCGTTTA 1309
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||
Sbjct 1653 GGTGGGGGACTCTATGGATGTGCCTGACGGTAGATTTGGTA-CGGAGATGAAACCATTTA 1711
Query 1310 GTCTGCATCGTACGGTCCATGAAGCAGCTTGTATAGCGAGGTGTTTGTGTCTATGCAATG 1369
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1712 GTCTGCATCGTACGATCCATGAAGCAGCTTGTATGGCGAGATGTTTGTGTCTATGCAATG 1771
Query 1370 GAATTAGGTTCTTGGTTGAAGCGGAGAAGTCTCTACCGGATAATGTAGTAGGCGACGAAA 1429
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 1772 GAATTAGGTTCTTGGTTGACGCGGAGAAGTCTCTACCTGATAATGTAGTAGGTGATGAAA 1831
Query 1430 GAAGGGTCTTTCAAGTGATACTTCATATGGTTGGTAGTTTAGTAAAGCCTAGAAAACGTC 1489
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 GAAGGGTCTTTCAAGTGATACTTCATATAGTTGGTAGTTTAGTAAAGCCTAGAAAACGTC 1891
Query 1490 AAGAAGGATCTTCATTGATGTTAAAGATTTTAAAAGAAAGAGGAAGCTTGGATAGGAGTG 1549
|||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 AAGAAGGATCTTCATTGATGTTTAAGGTTTTGAAAGAAAGAGGAAGCTTGGATAGGAGTG 1951
Query 1550 ATCAAAGATGGGCTGCGTGGAGATCACCGGCTTCTTCAGCAGATGGAGATGTGTATATAA 1609
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1952 ATCATAGATGGGCTGCTTGGAGATCACCGGCTTCTTCAGCAGATGGAGATGTGTATATAA 2011
Query 1610 GATTTGAAATGAATGTAGAGAATGATGATTCAAGTTCTCGATCATTTGCTTCTGTTTCGT 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 2012 GATTTGAAATGAATGTAGAGAATGATGATTCAAGTTCTCAATCATTTGCTTCTGTTTCCT 2071
Query 1670 CAAGAGATCAAGAAGTTGGTGATGTGAGATTCTCTGGCGGCTATGGGTTAGGACAAGACC 1729
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2072 CCAGAGATCAAGAAGTTGGTGATGTTAGATTCTCCGGCGGCTATGGGTTAGGACAAGATC 2131
Query 1730 TAAGCTTTGGTGTTTGTAAGAAAGTGGTCCAGTTGATTCATGGGAATATCTCGGTGGTCC 1789
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132 TAAGCTTTGGTGTTTGTAAGAAAGTGGTGCAGTTGATTCATGGGAATATCTCGGTGGTCC 2191
Query 1790 CTGGCTCGGATGGTTCACCTGAGACCATGTCGTTGCTCCTTCGGTTTCGACGTAGACCCT 1849
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2192 CTGGCTCGGATGGTTCACCGGAGACCATGTCGTTGCTCCTTCGGTTTCGACGTAGACCCT 2251
Query 1850 CTATATCTGTCCATGGATCCAGCGAGTCACCAGCACCTGACCACCACGCTCACCCTCATT 1909
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2252 CCATATCTGTCCATGGATCCAGCGAGTCGCCAGCTCCTGACCACCACGCTCACCCACATT 2311
Query 1910 CAAATTCTCTATTACGTGGCTTACAAGTTTTATTAGTAGACACCAATGATTCAAACCGAG 1969
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 2312 CGAATTCTCTGTTACGTGGCTTACAAGTTTTATTGGTAGACACCAACGATTCGAACCGGG 2371
Query 1970 CAGTTACACGTAAACTCTTACAAAAACTTGGATGCGATGTAACCGCGGTATCATCTGGAT 2029
|||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2372 CAGTTACACGTAAACTCTTAGAGAAACTCGGGTGCGATGTAACCGCGGTTTCCTCTGGAT 2431
Query 2030 TCGATTGCCT-ATCCGCCGTTGCTCCCGGCTCGTCCTCGTCTTCTACTTCGTTCCAAGTG 2088
|||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2432 TCGATTGCCTTA-CCGCCATTGCTCCCGGCTCGTCCTCGCCTTCTACTTCGTTTCAAGTG 2490
Query 2089 GTGGTGCTTGATCTTCAAATGGTAGAGATGGACGGTTATGAAGTGGCAATGAGGATCAGG 2148
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2491 GTGGTGCTTGATCTTCAAATGGCAGAGATGGACGGTTATGAAGTGGCCATGAGGATCAGG 2550
Query 2149 AGTCGATCTTGGCCGTTGATTGTGGCGACAACGGTGAGTTTGGATGAAGAAATGTGGGAC 2208
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 AGTCGATCTTGGCCGTTGATTGTGGCGACGACAGTGAGCTTGGATGAAGAAATGTGGGAC 2610
Query 2209 AAGTGTGCGCAGATTGGAATCAATGGAGTTGTGAGAAAGCCAGTGGTGTTAAGAGCCATG 2268
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2611 AAGTGTGCACAGATTGGAATCAATGGAGTTGTGAGAAAGCCAGTGGTGTTAAGAGCTATG 2670
Query 2269 GAGAGTGAGCTCCGGAGAGTATTGTTGCAAGCTGACCAACTTCTTTAA 2316
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2671 GAGAGTGAGCTCCGAAGAGTATTGTTGCAAGCTGACCAACTTCTCTAA 2718
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114959248050
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5