BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg905901
Length=1911
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G38020.1 | Symbols: VCL1, MAN, EMB258 | vacuoleless1 (VCL1) ... 2988 0.0
> AT2G38020.1 | Symbols: VCL1, MAN, EMB258 | vacuoleless1 (VCL1)
| chr2:15909908-15914710 REVERSE LENGTH=2875
Length=2875
Score = 2988 bits (1618), Expect = 0.0
Identities = 1724/1774 (97%), Gaps = 11/1774 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 148 ATGGAAACAAAACAAATTGCTATTAACTACTCTTGTGAGTCAGCCCTTCCTCCGCAGCAA 207
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 ATGGAAACAAAACAAATTGCTATTGACTACTCTTGTGAGTCAGCCCTTCCTCCGCAGCAA 972
Query 208 ATGGCTTGGTGTGGAATGGATAGCGTTCTTCTCTATTGGGATGAGGATTTAATGA---T- 263
||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 973 ATGGCTTGGTGTGGAATGGATAGTGTGCTGCTATATTGGGATGAGGATTTAATGATGGTG 1032
Query 264 GG---TG--GGAGACCCAGTTCACTATTTCTATGATGAACCTGTAATTCTTATCCCAGAA 318
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1033 GGTCCTGTAGGAGACCCAGTTCACTATTTCTATGATGAACCTATAATTCTTATCCCAGAA 1092
Query 319 TGCGATGGAGTGAGAATATTATCTAACACGAATCTTGAATTTCTGCAAAGAGTACCTGAT 378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 TGCGATGGAGTGAGAATATTATCTAACACGAATCTTGAATTTCTGCAAAGAGTACCTGAT 1152
Query 379 TCTACTGAGTCAATCTTTAAGATTGGAAGCACATCACCTGCAGCTTTGCTATATGATGCT 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 TCTACTGAGTCAATCTTTAAGATTGGAAGCACATCACCTGCAGCTTTGCTATATGATGCT 1212
Query 439 TTGGATCATTTTGACCGGCGAAGTGCTAAGGCAGATGAAAATTTGAGATTAATTCGTTCA 498
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TTGGATCATTTTGACAGGCGAAGTGCTAAGGCAGATGAAAATTTGAGATTAATTCGTTCA 1272
Query 499 TCATTGTCTGAGGCTGTTGAATCCTGTATTGATGCCGCTGGACATGAATTTGATGTAACT 558
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 TCACTGTCGGAGGCTGTTGAATCCTGTATTGATGCCGCTGGACATGAATTTGATGTAACT 1332
Query 559 CGTCAGAGGGCTCTGGTACGAGCAGCAAGCTATGGACAAGCTTTCTGCAGCAATTTTCAG 618
||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CGTCAGAGGGCTCTGTTACGAGCGGCAAGTTATGGACAAGCTTTCTGCAGCAATTTTCAG 1392
Query 619 CGTGATCGTGTCCAAGAGACTTGTAGAACGTTACGGGTTTTAAATGCGGTAT-GTGATTC 677
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 1393 CGTGAACGTGTCCAAGAGACTTGTAGAACGTTACGGGTTTTAAATGCGGT-TCGTGATCC 1451
Query 678 TGCTATTGGCATACCTCTTAGCATTCAGCAGTACAAGTTACTGACACCAGTGGTTTTGAT 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 TGCTATTGGCATACCTCTTAGCATTCAGCAGTACAAGTTACTGACACCAGTGGTTTTGAT 1511
Query 738 TAGTCGCCTTATTAATGCTCATTGCCACTTTCTTGCTCTGCGGATATCTGAGTACTTAGA 797
||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 TAGTCGCCTTATTAATGCTAATTGTCACCTTCTTGCTCTGCGGATATCTGAGTACTTAGA 1571
Query 798 TATGAATAAAGAAGTGGTGATAATGCATTGGGCATGTGCAAAGATAACTGCTTCACCATC 857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 TATGAATAAAGAAGTGGTGATAATGCATTGGGCATGTGCAAAGATAACTGCTTCACCATC 1631
Query 858 AACTCCAGATTCTCATCTTCTTGAAATTTTACTTGATAAGCTCCAACTATGCAAAGGAAT 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AACTCCAGATTCTCATCTTCTTGAAATTTTACTTGATAAGCTCCAACTATGCAAAGGAAT 1691
Query 918 ATCGTATGCTGCAGTGGCCACTCATGCTGATAACTGTGGGCGTCGAAAGTTAGCTGCAAT 977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 ATCGTATGCTGCAGTGGCCACTCATGCTGATAACTGTGGCCGTCGAAAGTTAGCTGCAAT 1751
Query 978 GCTAGTTGAACATGAACCACGCTCCACAAAACAGGTACCTCTTCTATTAAGCATTGGGGA 1037
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1752 GCTAGTTGAACATGAACCACGCTCCACGAAACAGGTACCTCTTTTATTAAGCATTGGGGA 1811
Query 1038 GGAAGACACTGCTTTAGTGAAAGCAACTGAGAGCGGTGACACCGACCTGGTTTATCTGGT 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1812 GGAAGACACTGCTTTAGTGAAAGCAACTGAGAGTGGTGACACTGACCTGGTTTATCTGGT 1871
Query 1098 CATATTTCATATCTGGCAAAAGAGGCCTCCTTTGGAATTCTTTGCGATGATCCAAGGAAG 1157
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 CATATTTCATATATGGCAAAAGAGGCCTCCTTTGGAATTCTTTGCGATGATCCAAGGAAG 1931
Query 1158 AGTTTTGGCACGTGATCTATTTGTAGCTTATGCACGGTGTCATAAACATGAATTTCTGAA 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1932 AGTTTTGGCACGTGATCTATTTGTAGCTTATGCACGGTGTCATAAGCATGAATTTCTGAA 1991
Query 1218 GGATTTCTTCTTATCTACGGGCCTGATTCATGTGGTAGCTTTTCTATTATGGAAAGAATC 1277
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1992 GGATTTCTTCTTATCTACGGGCCAGATTCATGAGGTAGCTTTTCTTTTATGGAAAGAATC 2051
Query 1278 ATGGGATATGGGGAAAAACCCAACGGCAAGCAAAGGATCTCCGTTGCATGGTCCGCGCAT 1337
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2052 ATGGGATATGGGGAAAAACCCAATGGCTAGCAAAGGATCTCCATTGCACGGTCCGCGCAT 2111
Query 1338 AAAACTAATAGAGAAGGCTAGAAACCTTTTCTCCCAGACAAAGGAACACACTTTCGAGTC 1397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 AAAACTAATAGAGAAGGCTAGAAACCTTTTCTCCCAAACAAAGGAACACACTTTCGAGTC 2171
Query 1398 TAAGGCTGCTGAGGAACATGCAAAACTCCTGAAGATACAACATGAGCTAGAAGCTTGTAC 1457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2172 TAAGGCTGCTGAGGAACATGCAAAACTCCTGAAGATACAACATGAGCTAGAAGCTAGTAC 2231
Query 1458 GAAGCAGGCTATCTTTGTTGATTCAAGCATCAATGATACTATACGCACATGTATTGTCCT 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 GAAGCAGGCTATCTTTGTTGATTCAAGCATCAATGATACTATACGCACATGTATTGTCCT 2291
Query 1518 GGGTAATAACCGTGCTGCAATAAAAGTGAAGACAGAATTCAAGGTCAGTGATAAAAGATG 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 GGGTAATAACCGTGCTGCAATAAAAGTGAAGACAGAATTCAAGGTCAGTGATAAAAGATG 2351
Query 1578 GTATTGGCTTAAAGCATTTGCTCTCGCTAGAATCAAAGACTGGGCAGCGCTTGAAAAGTT 1637
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GTATTGGCTTAAAGCATTTGCTCTCGCTACAATCAAAGACTGGGCAGCGCTTGAAAAGTT 2411
Query 1638 TTCAAAGGAAAAGAGACCACCAATGGGGTTTCGTCCATTTGTGGAGGCATGCATTGATGC 1697
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 TTCGAAGGAAAAGAGACCACCAATGGGGTTTCGTCCATTTGTGGAGGCATGCATTGATGC 2471
Query 1698 AGATGAGAAAGCGGAAGCTCTAAAATACATCCCCAAACTGTCAGATCTTGTGGAAAGAGG 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2472 AGATGAGAAAGCGGAAGCTCTAAAATACATCCCCAAACTGTCTGATCTTGTGGAAAGAGG 2531
Query 1758 CGAGGCTTATGCTCGTATTGGAATGGCAAAGGAAGCGGCTGATTGCGCAGCTCAGGCAAA 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 CGAGGCTTATGCTCGTATTGGAATGGCAAAGGAAGCGGCTGATTGCGCAGCTCAGGCAAA 2591
Query 1818 TGATGGAGGAGAATTGCTTGAGAGATTCAGGAAGACGTTTGTACAGAATGCTATTTTCGA 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 TGATGGAGGAGAATTGCTTGAGAGATTCAGGAAGACGTTTGTACAGAATGCTATTTTCGA 2651
Query 1878 TACCTTGAAAATGCCTTTCCAAGGAGCCTCTTAG 1911
||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2652 TACCTTGTTAATGCCTTTCCAAGGAGCCTCCTAG 2685
Score = 272 bits (147), Expect = 8e-72
Identities = 147/147 (100%), Gaps = 0/147 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTGGGATTGCTGAGGTGTTGGTAGCAGTTGGCGATGATATTTTTGTTGTGGAGGAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 ATGTCTGGGATTGCTGAGGTGTTGGTAGCAGTTGGCGATGATATTTTTGTTGTGGAGGAG 747
Query 61 GACATGGTTCAAACTATTAGGTTTGATGAGCCTAGTGTTGATGACTCTGAGATGCAGAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 GACATGGTTCAAACTATTAGGTTTGATGAGCCTAGTGTTGATGACTCTGAGATGCAGAAT 807
Query 121 GATGATTCTGGGAATTTGATTGGAGTG 147
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 GATGATTCTGGGAATTTGATTGGAGTG 834
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94628027325
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5