BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg906774
Length=2544
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G16440.1 | Symbols: MCM4 | Minichromosome maintenance (MCM2/... 4156 0.0
> AT2G16440.1 | Symbols: MCM4 | Minichromosome maintenance (MCM2/3/5)
family protein | chr2:7126357-7130685 REVERSE LENGTH=2743
Length=2743
Score = 4156 bits (2250), Expect = 0.0
Identities = 2452/2550 (96%), Gaps = 12/2550 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCCGATTCTTCTCCCGGCAAC-CCTAACGACGCAGGTCCGTCC-TCTCCCGGAG 58
|||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| | ||||| ||| ||||||||||
Sbjct 21 ATGGCTTCTGATTCTTCTCTCGGCAACACC-AACGA--C-GGTCC-TCCTTCTCCCGGAG 75
Query 59 AAAACGTTTCAAGCCCTATCGAAAACACATACTCTTCCCCCGCCGCACTCCACCGTCGCC 118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 76 AAAACGTTTCAAGCCCTATCGAAAACACATACTCTTCCCCCGCCGCACTTCACCGTCGCC 135
Query 119 GGCGAGGAAGATCCTCTACTCCCACGCAATTCGCAACTCCTCCACCACCGCCTTCAAGTC 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 136 GGCGAGGAAGATCCTCTACTCCCACGCAATTCGCAACTCCTCCACCACCGCCTTCACGTC 195
Query 179 TCGCATCATCCAATTCCACTCCTCCAACATCTCGTCCTTCCGCCGCCAGATCTAATGGAA 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 196 TCGCATCATCCAATTCCACTCCTCCAACATCTCGTCCTTCCGCCGCCAGATCTAAAGGAA 255
Query 239 GAAATGAACGCGGTGGCGGCGGAGGTGGCGGCGGT---GGAGACCCAGGGACACCACTGT 295
|||||| || ||| || ||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 256 GAAATGGACACGGAGGTGGCGGTGGTGGCGGTGGTGGCGGAGACCCAGGGACGCCAATGT 315
Query 296 CTACTGACGAACCACTGCCTTCTTCCGATGACGGTGAAGACGACGG-CGCTGATGATACT 354
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||
Sbjct 316 CCACTGACGAGCCACTGCCTTCTTCCGATGACGGTGAAGAAGACGGAGGC-GACGATACT 374
Query 355 ACTCCGACTTTCGTCTGGGGCACTAACATCAGTGTGCAAGATGTTAAATCTGCGATTGAA 414
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 ACTCCGACTTTCGTTTGGGGAACTAACATCAGTGTGCAAGATGTTAAATCTGCGATTGAA 434
Query 415 ATGTTTGTTAAGAATTTTAGAGAAGCTAGAGAGAATAGTGAGGATTTGTTTAGAGAAGGG 474
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 435 ATGTTTGTTAAGCATTTCAGAGAAGCTAGAGAGAATAGTGATGATTTGTTTAGAGAAGGG 494
Query 475 AAGTATATGGTTTCGATAAGGAAGGTGATTGAAATTGAAGGAGAATGGATTGATGTTGAT 534
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 AAGTATATGGTTTCGATAAGGAAGGTGATTGAGATTGAAGGAGAATGGATTGATGTTGAT 554
Query 535 GCGTTTGATGTGTTTGATTATGATCCTGATTTGTATAACAAGATGGTTCGGTATCCGTTG 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 555 GCGTTTGATGTGTTTGATTATGATCCTGATTTGTATAACAAGATGGTTCGTTATCCTTTG 614
Query 595 GAAGTTCTCGCTATCTTCGATATTGTGCTGATGGATATTGTTTCCACCATTAATCGTTTG 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 615 GAAGTTCTCGCTATCTTCGATATTGTGCTGATGGATATTGTTTCCACGATTAATCGTTTG 674
Query 655 TTCGAGAAACATGTTCAAGTGAGGATTTTTAACCTCAGGACTTCCACTTCCATGAGAAAT 714
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 675 TTCGAGAAACATGTTCAAGTTAGGATTTTTAACCTCAGGACATCTACTTCCATGAGAAAT 734
Query 715 CTCAATCCATCTGATATCGAGAAGATGATCTCTTTGAAAGGTATGATAATTCGGAGTAGC 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 CTCAATCCATCTGATATCGAGAAGATGATCTCTTTGAAAGGTATGATAATTCGGAGTAGC 794
Query 775 TCTATCATTCCTGAAATCAGAGAAGCTGTGTTTAGATGCCTCGTTTGTGGATACTTCTCT 834
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 795 TCTATCATTCCTGAAATAAGGGAAGCTGTGTTTAGATGCCTTGTTTGTGGTTACTTCTCT 854
Query 835 GACCCCATTATCGTTGATAGAGGGAAAATAAGTGAGCCTCCTACTTGCTTGAAACAAGAG 894
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 GACCCCATCATCGTTGATAGAGGGAAAATAAGTGAGCCTCCTACTTGCTTGAAACAAGAG 914
Query 895 TGCATGGCTAAGAACTCCATGACACTAGTGCACAACCGATGCAGGTTTGCTGATAAGCAG 954
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TGCATGACCAAGAACTCCATGACACTAGTGCACAACCGATGCAGGTTTGCTGATAAGCAG 974
Query 955 ATTGTGAGGCTTCAAGAAACGCCTGATGAGATTCCAGAAGGAGGAACACCTCACACAGTT 1014
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 ATTGTGAGGCTTCAGGAAACACCTGATGAGATTCCAGAAGGAGGAACACCTCACACAGTT 1034
Query 1015 AGCTTGTTGCTGCATGATAAGCTAGTTGATAATGGGAAACCTGGTGATAGAATTGAGGTC 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AGCTTGTTGCTGCATGATAAGCTAGTTGATAATGGGAAGCCTGGTGATAGAATTGAGGTC 1094
Query 1075 ACCGGAATTTACAGAGCAATGACCGTTCGAGTGGGGCCTGCTCATAGGACTGTGAAATCT 1134
||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1095 ACCGGAATTTACAGAGCAATGACTGTCCGAGTGGGACCTGCTCACAGGACTGTGAAATCT 1154
Query 1135 GTGTTTAAGACCTACATCGATTGCCTTCACATAAAGAAAGCAAGTAAGTTAAGAATGTCT 1194
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GTGTTTAAGACCTATATCGATTGCCTTCACATAAAGAAAGCAAGTAAGTTAAGAATGTCT 1214
Query 1195 GCTGAGGATCCTATGGATGTTGACAATAGTCTGCGTAGAGTCGATGAAGATGTCGAGCTA 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1215 GCTGAGGATCCTATGGATGTTGACAATAGTCTGCGTAGAGTTGATGAAGATGTCGAGTTA 1274
Query 1255 GATGAAGAGAAGCTGAGGAAGTTTCAGGAACTCTCCAAACAACCAGATATATATGAGAGG 1314
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 GATGAGGAGAAGCTGAGGAAGTTTCAGGAACTCTCTAAACAACCAGATATATATGAGAGG 1334
Query 1315 CTTAGTAGATCACTAGCACCAAACATCTGGGAGTTGGATGATGTTAAAAAGGGTCTTCTG 1374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 CTTAGTAGATCACTAGCACCAAACATCTGGGAGTTGGATGATGTTAAAAAGGGTCTTCTA 1394
Query 1375 TGCCAGCTTTTTGGAGGGAATGCTTTGAACTTGGCATCTGGTGCTAATTTTCGTGGTGAT 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 TGCCAGCTTTTTGGAGGGAATGCTTTGAACTTAGCATCTGGTGCTAATTTTCGTGGTGAC 1454
Query 1435 ATTAACATCTTACTTGTTGGTGACCCTGGTACGAGCAAGTCCCAGCTGCTCCAGTACATT 1494
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 ATCAACATCTTACTTGTTGGTGACCCTGGTACGAGCAAGTCCCAGCTGCTCCAGTACATT 1514
Query 1495 CATAAGCTTTCACCCCGTGGAATTTATACTAGTAGGCGAGGGAGCTCAGCTGTTGGTTTG 1554
|||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 CATAAGCTTTCACCCCGTGGCATTTACACAAGTGGGCGAGGGAGCTCAGCTGTTGGTTTA 1574
Query 1555 ACAGCTTATGTTGCTAAAGATCCTGAGACTGGAGAAACTGTTTTGGAGAGTGGAGCTCTT 1614
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 ACAGCTTATGTAGCTAAAGATCCTGAGACAGGAGAAACTGTTTTGGAGAGTGGAGCTCTT 1634
Query 1615 GTTCTTAGTGACCGAGGTATCTGCTGTATTGATGAATTTGACAAAATGTCTGAAAGTGCG 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1635 GTTCTTAGTGACCGAGGTATCTGCTGTATTGATGAATTTGACAAAATGTCTGACAGTGCG 1694
Query 1675 AGGAGCATGCTGCATGAGGTGATGGAACAGCAGACTGTTTCAATAGCAAAGGCTGGTATT 1734
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 AGGAGCATGCTACACGAGGTGATGGAACAGCAGACTGTTTCAATAGCAAAGGCTGGTATT 1754
Query 1735 ATTGCATCTCTAAATGCCAGAACCTCTGTGTTGGCTTGTGCAAATCCTAGTGGCTCACGC 1794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 ATTGCATCTCTAAATGCCAGAACCTCTGTGTTGGCTTGTGCAAATCCTAGTGGCTCACGT 1814
Query 1795 TATAATCCCCGGCTTTCTGTTATCGAGAATATTCACCTTCCTCCGACCTTGCTTTCTAGA 1854
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1815 TATAATCCCCGGCTTTCTGTTATTGAGAATATTCACCTTCCTCCAACCTTGCTATCTAGA 1874
Query 1855 TTCGATTTGATCTACTTGATTCTTGACAAGCCCGATGAGCAGACTGACCGAAGGCTTGCA 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 TTCGATTTGATCTACTTGATTCTTGACAAGCCCGATGAGCAGACTGACCGAAGGCTTGCA 1934
Query 1915 AAGCATATTGTGGCCCTTCATTTTGAGAACGCCGAGAGTGCTCAGGAGGAAGCTATAGAT 1974
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 AAGCATATTGTGGCCCTTCACTTTGAGAACGCTGAGAGTGCTCAGGAGGAAGCTATAGAT 1994
Query 1975 ATTACTACACTGACAACTTATGTTAGCTATGCCCGCAAGAACATTCATCCTAAATTATCA 2034
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1995 ATTACTACACTGACAACTTATGTTAGCTATGCCCGCAAGAACATTCATCCTAAACTGTCA 2054
Query 2035 GATGAAGCTGCAGAGGAGTTGACCCGAGGATATGTTGAGATGAGAAAAGCAGGGAAGTTT 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 GATGAAGCTGCAGAGGAGTTGACCCGAGGATATGTTGAGCTGAGAAAAGCAGGGAAGTTT 2114
Query 2095 GCCGGTAGTAGCAAAAAGGTCATAACAGCAACTCCTAGGCAGATTGAAAGTTTGATCAGA 2154
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 GCTGGCAGTAGCAAAAAGGTCATAACAGCAACTCCTAGGCAGATTGAAAGTTTGATCAGA 2174
Query 2155 CTTAGTGAGGCCTTGGCTCGGATGCGCTTCTCCGAATGGGTTGAAAAACATGACGTGGAC 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2175 CTTAGTGAGGCCTTGGCTCGGATGCGCTTCTCCGAATGGGTTGAAAAGCATGACGTGGAC 2234
Query 2215 GAGGCATTTCGACTTCTCAGAGTTGCAATGCAGCAATCAGCAACCGATCACGCCACAGGG 2274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2235 GAGGCATTTCGACTTCTCAGAGTTGCAATGCAGCAATCAGCAACGGATCACGCCACAGGG 2294
Query 2275 ACCATTGACATGGACCTGATAAATACCGGAGTGTCAGCAAGTGAACGAATGAGACGGGAT 2334
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2295 ACCATTGACATGGACCTGATAAATACTGGAGTGTCAGCAAGTGAACGAATGAGGCGGGAT 2354
Query 2335 ACCTTTGTGTCGTCAATTCGAGACATAGCTCTGGAGAAGATGCAAATTGGAGGATCATCA 2394
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 ACCTTTGCGTCGTCAATTAGAGACATAGCTCTGGAGAAGATGCAAATTGGAGGATCATCA 2414
Query 2395 ATGCGCTTATCAGAGTTACTTGAAGAACTGAAGAAGCATGGAGGCAACATAAACACCGAA 2454
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 ATGCGCTTATCCGAGTTACTTGAAGAACTGAAGAAGCATGGAGGCAACATAAACACCGAA 2474
Query 2455 ATTCATCTTCATGATGTAAGAAAAGCGGTCGCAACGCTAGCGAGTGAAGGATTTCTGGCA 2514
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2475 ATTCATCTTCATGATGTTAGAAAAGCAGTCGCGACGCTAGCGAGTGAAGGATTTCTGGTA 2534
Query 2515 GTTGAAGGTGATAGAATCAAGAGAGTATAA 2544
| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 GCTGAAGGTGATAGAATCAAGAGAGTATAA 2564
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126270195531
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5