BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg906831
Length=3546
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G18760.1 | Symbols: CHR8 | chromatin remodeling 8 | chr2:812... 5637 0.0
> AT2G18760.1 | Symbols: CHR8 | chromatin remodeling 8 | chr2:8129154-8133502
FORWARD LENGTH=3564
Length=3564
Score = 5637 bits (3052), Expect = 0.0
Identities = 3402/3567 (95%), Gaps = 39/3567 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAGGATCAGTTTTTGTTGACTAGCTTAGGTGTGACATCGGCCAATCCTGAAGATCTTGAA 63
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 13 GAGGATCAGTTTTTGTTGAGTAGCTTAGGTGTGACATCGGCCAATCCTGAAGATCTAGAA 72
Query 64 CAGTCGATACTCGATGAGGCGACGAAGAAACTAGATAACGATGAGGGTGGGAGTGTGGA- 122
||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 73 CAGAAGATACTCGATGAGGCGACGAAGAAACCAGACAACGATGAGGGTGGGAGTGTGGAG 132
Query 123 G-G-AG-----A-AGCTTGAAGGAAGCAATCTGCTTTCATCCAGCCAGAACGAGCTTTTG 174
| | || | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 133 GAGAAGTCTACACAGCTTGAAGGAACCAATCTGCTTTCATCTAGCCAAAACGAGCTTTTG 192
Query 175 AATAAATTGAGGGCTGTGAAGTTTGAAATAGATGCTGTTGCATCAACTGTTGAGCATGTG 234
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 193 AATAAATTGAGGGCTGTAAAGTTTGAAATAGATGCTGTTGCATCAACTGTTGAGAACGTC 252
Query 235 GACGAGATTGCAGCAGAAAACGGCTCAAAGAATAAAGATGATGAATCAGAAGTT-CATGG 293
|||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| | || || ||
Sbjct 253 GACGAGATTGCAGCAGAAAAGGGCTTAAAG---AAAGATGATGAATCAG-ATTTACAAGG 308
Query 294 GTTACATAGTGGTTCTGCACTCCAGCATGCCCTTGCCACAGACCGTCTAAGAAGTCTTAA 353
||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 309 GTTGCATAGTGGTTCTGCTCTTCAGCATGCCCTTGCCACAGACCGGCTAAGAAGTCTTAA 368
Query 354 GAAGAGAAAAATTCAACTTGAAAAGGAACTTACTGGTCTACATGGTCAGATTGCGTCTAG 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 369 GAAGAGAAAAATTCAACTTGAAAAGGAACTTACTGGTCTTCATGGTCAGAGTGCGTCTAG 428
Query 414 TAGTGCTGATCACGATAATCTACTGCGAGATCTGGTGAAGGAGAAGCCTAGTCTTAAGAG 473
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TAGTGCTGATCACGGTAATCTACTGCGAGATTTGGTGAAGGAGAAGCCTAGTCTTAAGAG 488
Query 474 AAAATTGAAAGAGACTCGGAAACCAAGTAGAAGAGAAGGGAAGAAGGTGAAAGTAGTTTC 533
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 489 AAAATTGAAAGAGATTCGGAAACCAAGCAGAAGAGATGGGAAGAAGGTGAAAGTAGTCTC 548
Query 534 ATTTCGTGAAGACACAGATTTTGATGCTGTTTTCGATGCTGCTTCAGCAGGTTTTGTTGA 593
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 549 CTTTCGTGAGGACACAGATTTTGATGCTGTTTTTGATGGAGCTTCAGCTGGTTTTGTTGA 608
Query 594 AACGGAAAGAGATGAATTGGTGAGAAAAGGAATTTTAACTCCGTTTCACAAGCTCGATGG 653
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 609 AACGGAAAGAGATGAACTGGTGAGAAAAGGAATTTTAACTCCATTTCACAAGCTCGATGG 668
Query 654 TTTTGAACGCCGACTTCAACAACCTGGACCGTCAAACTCGCGCAACCTACCTGAAGGAGA 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 669 TTTTGAACGCCGACTTCAACAACCTGGACCGTCAAACTCACGCAACCTACCTGAAGGAGA 728
Query 714 CGACGAAAATGACAAAAGTGAGGACTCCAACAGTATTGATAGAGCTGTCCAATCAATGTC 773
|||| | |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 729 CGAC------G--AAAA-TGAGGACTCCAGCATTATTGATAGAGCTGTCCAATCTATGTC 779
Query 774 GTTGGCTGCAAAGGCTCG-CCCTACAACCAAGCTACTTGATGCAGAAGACTTGCCAAAGC 832
| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCTGGCTGCAAAGGCTCGTCCC-ACAACCAAGCTACTTGATGCAGAAGACTTGCCAAAGC 838
Query 833 TTGAACCGCCCACTGCTCCTTTTAGAAGGCTAAGAAAGCTTTACAAGACGCCTGATTCTC 892
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 839 TTGAACCGCCCACTGCTCCTTTTAGAAGGCTGAGAAAGCTTTACAAGACTCCTAATTCTC 898
Query 893 CGGATAATGAAGTAAAGAAAAGTAAAGCTGGGAAGAAGAGCAAAAAGAAGCGGCCTTTGC 952
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 899 CGGATAATGAAGCAAAGAAACGTAAAGCTGGGAAGAAGAGCAAAAAGACGCGGCCTTTGC 958
Query 953 CTGAAAAGATATGGAGAAAGCGAATCTCTCGTGAAGACTCTAGTCTTCAAGAAAGTGGAG 1012
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 959 CTGAAAAGAAATGGAGAAAGCGAATCTCTCGTGAAGACTCTAGTCTTCAAGGAAGTGGAG 1018
Query 1013 ATGAAAGGAGAATCTTGACCACTTCCAGTTGTGAGGAAGAAGAGCTAGCTGATTTTGATG 1072
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1019 ATGGAAGGAGAATCTTGACCACTTCCAGTTGCGAGGAAGAAGAGCTAGATGATTTTGATG 1078
Query 1073 ATGCAGATGACAACGAAACATCTTCTGTACAGCTTGAAGGTGGATTAAACATTCCTGAAT 1132
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGCAGATGACAACGAAAGATCTTCTGTACAGCTTGAAGGTGGATTAAACATTCCTGAAT 1138
Query 1133 GCATATTTCGTAAACTTTTTGAGTACCAAAGAGTTGGGGTGCAATGGCTTTGGGAACTTC 1192
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GCATCTTTCGTAAACTTTTTGACTACCAAAGAGTTGGGGTGCAATGGCTTTGGGAACTTC 1198
Query 1193 ATTGCCAAAGGGCTGGTGGCATTATCGGGGACGAGATGGGTCTTGGTAAAACTATACAGG 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATTGCCAAAGGGCTGGTGGCATTATCGGGGACGAGATGGGTCTTGGTAAAACTATACAGG 1258
Query 1253 TCTTATCTTTTCTCGGATCCTTGCATTTCAGTAAGATGTACAAACCGAGTATTATCATAT 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCTTATCTTTTCTCGGATCCTTGCATTTCAGTAAGATGTACAAACCGAGTATTATCATAT 1318
Query 1313 GTCCTGTTACACTTTTGCGTCAATGGAGAAGAGAAGCACAGAAATGGTACCCAGATTTTC 1372
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GTCCTGTTACACTCTTGCGTCAATGGAGAAGAGAAGCACAGAAATGGTACCCAGATTTTC 1378
Query 1373 ACGTGGAAATACTCCATGACTCAGCACAAGATTCTGGGCATGGCAAAGGACAAAGCAAGG 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||
Sbjct 1379 ACGTGGAAATACTCCATGACTCAGCACAAGATTCTGGGCACGGCAAAGGTCAAGGCAAGG 1438
Query 1433 CCAATGAAAGCGATTATGACAGTGAGTGTTCAGTTGATAGTGATCATGAGCAAAAGTCTA 1492
|| |||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1439 CCTCTGAAAGTGATTACGACAGTGAGAGTTCCGTTGATAGTGATCATGAGCCAAAGTCTA 1498
Query 1493 AGAACACCAAGAAATGGGATTCTTTGATAAACCGGGTTCTAAATTCTGAGTCGGGGCTCC 1552
||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1499 AGAACACCAAGAAGTGGGATTCTTTGTTAAACCGGGTTCTAAATTCTGAGTCAGGGCTCC 1558
Query 1553 TCATCACCACATATGAGCAATTGAGGCTGCAGGGTGAGAAGCTACTCAATATTGAGTGGG 1612
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 TCATCACCACATATGAGCAATTGAGGTTGCAGGGTGAGAAGCTGCTCAATATTGAGTGGG 1618
Query 1613 GTTATGCAGTACTGGACGAAGGCCATCGGATCCGGAACCCAAATTCTGATATTACTTTGG 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1619 GTTATGCAGTACTGGACGAAGGCCATCGGATCCGGAACCCAAATTCTGACATTACTTTGG 1678
Query 1673 TGTGCAAACAGTTACAGACCGTCCATCGAATTATTATGACTGGGGCACCAATCCAGAATA 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TGTGCAAACAGTTACAGACCGTCCATCGAATTATTATGACTGGGGCACCAATCCAGAATA 1738
Query 1733 AACTAACAGAACTCTGGTCCTTGTTCGATTTTGTTTTCCCGGGAAAACTGGGGGTCCTGC 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AACTAACAGAACTCTGGTCCTTGTTCGATTTTGTTTTCCCGGGAAAACTGGGGGTCCTGC 1798
Query 1793 CTGTGTTTGAGGCAGAGTTTTCTGTTCCCATAACTGTGGGTGGCTATGCCAATGCTTCTC 1852
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTGTGTTTGAGGCAGAATTTTCTGTTCCCATAACTGTGGGTGGTTATGCCAATGCTTCTC 1858
Query 1853 CTTTACAAGTGTCGACTGCCTATCGGTGTGCTGTTGTTCTTCGTGATTTGATCATGCCGT 1912
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1859 CTTTACAAGTGTCGACTGCCTATAGGTGTGCTGTTGTTCTCCGTGATTTGATTATGCCGT 1918
Query 1913 ACCTTCTCCGCCGTATGAAGGCTGATGTGAACGCACATCTTACAAAAAAGACTGAACACG 1972
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ACCTCCTCCGCCGTATGAAGGCCGATGTAAACGCACATCTTACAAAAAAGACTGAACACG 1978
Query 1973 TTCTCTTTTGCAGCCTAACTGTGGAGCAGCGATCTACCTACAGGGCATTCCTTGCGAGCT 2032
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1979 TTCTCTTTTGCAGTCTCACTGTGGAGCAGCGATCTACCTACAGGGCATTCCTTGCAAGCT 2038
Query 2033 CCGAAGTAGAACAGATTTTGGATGGCAACAGGAATTCGCTTTATGGGATTGATGTGATGC 2092
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CCGAAGTAGAACAGATTTTTGATGGCAACAGGAATTCGCTTTATGGGATTGATGTGATGC 2098
Query 2093 GTAAGATATGCAACCACCCTGATCTACTTGAGAGAGAACATTCTCACCAGAACCCAGATT 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GTAAGATATGCAACCACCCTGATCTACTTGAGAGAGAACATTCTCACCAGAACCCAGATT 2158
Query 2153 ATGGGAACCCGGAACGCAGTGGGAAGATGAAGGTTGTTGCAGAAGTGCTCAAGGTCTGGA 2212
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATGGAAACCCAGAACGCAGTGGGAAGATGAAGGTTGTTGCAGAAGTGCTCAAGGTCTGGA 2218
Query 2213 AGCAGCAAGGACACCGTGTACTTCTGTTTTCACAGACTCAGCAAATGCTTGACATCCTCG 2272
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AACAGCAAGGACACCGTGTACTTCTGTTTTCACAGACTCAGCAAATGCTTGACATCCTCG 2278
Query 2273 AGAGCTTCTTGGTTGCAAATGAGTATAGTTACCGGAGGATGGATGGTCTTACACCCGTGA 2332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2279 AGAGCTTCTTGGTTGCAAATGAGTATAGTTACCGGAGGATGGATGGTCTTACTCCAGTGA 2338
Query 2333 AACAGAGAATGGCTTTAATTGATGAGTTTAATAATTCAGATGATGTGTTTGTTTTCGTTC 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2339 AACAGAGAATGGCTTTAATTGATGAGTTTAATAATTCAGAAGACATGTTTGTTTTCGTTC 2398
Query 2393 TGACGACGAAGGTGGGTGGTTTGGGAACAAATTTGACTGGTGCGAACAGGGTCATTATCT 2452
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TGACGACGAAGGTTGGTGGTTTGGGAACAAATTTGACTGGTGCGAACAGGGTCATTATCT 2458
Query 2453 TTGACCCGGATTGGAACCCCTCAAATGATATGCAGGCAAGGGAACGAGCATGGCGTATTG 2512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2459 TTGACCCGGATTGGAACCCCTCAAATGATATGCAGGCAAGGGAACGTGCATGGCGTATTG 2518
Query 2513 GGCAGAAGAAGGATGTTACCGTTTACAGATTGATCACTCGAGGCACAATTGAGGAGAAGG 2572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GGCAGAAGAAGGATGTTACCGTTTACAGATTGATCACTCGTGGCACAATTGAGGAGAAGG 2578
Query 2573 TATATCATAGACAGATTTATAAACATTTTCTCACCAATAAGATCTTGAAGAATCCACAAC 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TATATCATAGACAGATTTATAAACATTTTCTCACCAATAAGATCTTGAAGAATCCACAAC 2638
Query 2633 AGAGAAGATTCTTCAAAGCTCGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTGAAAGATGATGGCG 2692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 AGAGAAGATTCTTCAAAGCTCGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTGAAAGATGATGGCG 2698
Query 2693 ATAGCAACGCCTCCACGGAAACCTCTAACATTTTCAGTCAGCTGGCTGAAGAGATAAACA 2752
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2699 ATAGCAACGCCTCCACGGAAACCTCTAACATCTTCAGTCAGCTGGCGGAAGAGATAAACA 2758
Query 2753 TCGTAGGAGCTCAATCAGATAAAAAACCTGAATCCGCTACACAACTCGCTCTTCACAATA 2812
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2759 TCGTAGGAGTTCAATCAGATAAAAAACCTGAATCCGATACACAACTTGCTCTTCACAAAA 2818
Query 2813 CTGCAGAGGGATCCTCGGAGCAAACAGATGTGGAAACGACTGATAAAACTGGTGAAGCCA 2872
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CTGCAGAGGGATCCTCAGAGCAAACAGATGTGGAAATGACTGATAAAACTGGTGAAGCCA 2878
Query 2873 TGGATGAAGAGACAAATATCTTAAAGAGTCTCTTTGACGCACATGGAATACATAGTGCTG 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2879 TGGATGAAGAGACAAATATCTTAAAGAGTCTCTTTGATGCGCATGGAATACATAGTGCTG 2938
Query 2933 TGAATCACGACGCCATTATGAATGCAAACGATGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAACACC 2992
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TGAATCACGACGCCATAATGAATGCAAACGACGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAACACC 2998
Query 2993 AAGCATCTCAAGTGGCA-AGAAGAGCTGCAGAAGCATTGCGCGAATCACGAATGCTGCGT 3051
||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2999 AAGCATCTCAAGTGGCACA-AAGAGCTGCGGAAGCATTGCGCCAATCACGAATGCTGCGT 3057
Query 3052 AGCCGCGAAAGCATCTCAGTGCCCACATGGACGGGAAGATCTGGTTGTGCAGGTGCACCA 3111
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 AGCCGCGAAAGCATCTCAGTGCCTACATGGACGGGAAGATCTGGTTGTGCAGGTGCACCA 3117
Query 3112 TCATCTGTACGGAGGAGATTTGGATCAACTGTCAATTCCCGGTTAACCCAGAGTGGAGAC 3171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3118 TCATCTGTACGGAGGAGATTTGGATCAACTGTCAATTCCCGGTTAACCCAGACTGGAGAC 3177
Query 3172 AAACCATCAGTGATCAAGAACGGAATCAGTGCGGGTCTATCTTCAGGCAAAGCACCATCT 3231
|||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 AAACCATCAGCGATTAAGAATGGAATCAGTGCGGGTCTATCTTCAGGCAAAGCACCATCT 3237
Query 3232 TCCGCAGAGCTTCTCAACAGAATACGCGGAAGCAGAGAACAAGCCATTGGTGTTGGCCTT 3291
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3238 TCCGCAGAGCTTCTCAACAGAATCCGCGGAAGCAGAGAACAAGCCATTGGCGTTGGGCTT 3297
Query 3292 GAGCAGC-----T----A--CCGT-CTTCTTCGGCTTCAAGCAGCAGAGTAGGTTCGTTG 3339
||||||| | | || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 GAGCAGCCACAGTCTTCATTCCCTTCTTCTTCGGGTTCAAGCAGCAGAGTAGGTTCGTTG 3357
Query 3340 CAGCCCGAGGTCCTGATCCGAAAGATATGCAGCTTTGTACAGCAAAAAGGTGGAAGTGCG 3399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358 CAGCCCGAGGTCCTGATCCGAAAGATATGCAGCTTTGTACAGCAAAAAGGTGGAAGTGCA 3417
Query 3400 GACACGACCAGCATCGTCAACCATTTCAGGGACATAGTTTCTTTTAATGACAAGCCGTTG 3459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3418 GACACGACCAGCATCGTCAACCATTTCAGGGACATAGTTTCTTTTAATGACAAGCAGTTG 3477
Query 3460 TTTAAGAATCTCTTGAGAGAGATTGCAACGCTTAAGAAGGATCAAAATAGATCGTTTTGG 3519
|||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3478 TTTAAGAATCTCTTGAAAGAGATTGCCACGCTTGAGAAGGATCAAAATAGATCGTTTTGG 3537
Query 3520 GTCCTCAAATCAGAGTATAAAGATTAA 3546
||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3538 GTCCTCAAATCAGAGTATAAAGACTAA 3564
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 176537472417
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5