BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg909381
Length=2565
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77550.1 | Symbols: | tubulin-tyrosine ligases;tubulin-tyro... 3964 0.0
> AT1G77550.1 | Symbols: | tubulin-tyrosine ligases;tubulin-tyrosine
ligases | chr1:29138299-29143011 REVERSE LENGTH=2805
Length=2805
Score = 3964 bits (2146), Expect = 0.0
Identities = 2440/2580 (95%), Gaps = 27/2580 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCAAAATCGAGAGCTTTGATGATTTCGTGAAAGTACATGGAATACTATTGGCGGCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 47 ATGAGCAAAATCGAGAGCTTTGATGATTTCGTCAAAGTACATGGAATACTTTTGGCGGCT 106
Query 61 TCCGGTTTGCCGTCGAAACTTTACCCACGCCTCTTCCACAAACTTGCTTCCGATACTTTT 120
|| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 107 TCAGGTTTGCCGCCGAAGCTTTACCCACGCCTCTTCGAGAAACTTGCTTACGATACTTTT 166
Query 121 GATGGCGGCGATTACTTCCAAATCGAATCCT-CTGAGGATGATCGGCGACGGAGGCTTCT 179
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 167 GATGGCGGCGATTACTTCCAAATCGAATCCTGC-GAGGATGATCAGCGACGGAAGCTTCT 225
Query 180 CCTCACTTCCCAATCTATGCCTAAAGATTCTGACGTCTTCCTTGTCGATCACGCCTGGAC 239
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 CCTCACTGCCGAATCTATGCCTAAAGATTCTGACGTCTTCCTTGTCGATCACGCCTGGAC 285
Query 240 TTTTCGCCTTCCCGATGCCTATAAGCAGCTTAAGGAAATTCCGGGATTGGCTGAGAGGAT 299
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 286 TTTTCGTCTTCCCGATGCCTATAAGCAGCTTAAGGAAATTCCTGGATTGGCTGAGAGGAT 345
Query 300 GGCTTCTTTGATGAGTGTTGACATTGATGTGGA-GACT---GAAGAAGAA---GAAGAGG 352
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||| | |||||
Sbjct 346 GGCTTCTTTGATGAGTGTTGATATTGATGTGGATG-CTGGAGAAGAAGAAGTGGCAGAGG 404
Query 353 AACTCTCTGTTTATCAGATAATAGACAATGAAATTCGTTATGCAGCAGATAAAGGATATG 412
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 AACTCTCTGTTGATCAGATAATTGACAATGAAATTCGTTATGCAGCAGATAAAGGATATG 464
Query 413 ACTCTTTAAGATGGTTGGAGTTGGAGGGTCTTGGAATTGTTGATGACTCATTGCTCTCCC 472
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||
Sbjct 465 ACTCTTTGAGATGGTTGGAGTTGGAGGGTCTTGG---TGTTGATGACTCATTGTTGTCCC 521
Query 473 TGCATTTGCCTAGTCAATTTCAGGCA--T--TGGCGCTTAGTCTTATCGGGAACAAAATC 528
|||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 TGCATTTGCCTAGTAAATTTCAGG-ATTTAGTGGCGCTTAGTCTTATCGGGAACAAAATA 580
Query 529 GAGAGTGTGGATGTGGTTATACAAGAGGTTATCAAGTTTAAGAATCTGAAGGCTTTGTGG 588
||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 GAGAGTGCGGATGTGGTTATACAAGAGATTGTGAAGTTTAAGAATCTGAAGGCTTTGTGG 640
Query 589 CTGAATGACAATCCTGTTCTTCATAAGAGTGAACGTCAGATGGCTGACGAAATACTGCAA 648
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 641 CTGAATGACAATCCTGTTCTTCAGAAGAGTGAACGTCAGATGGCTGACGAAATATTGCAA 700
Query 649 GGCTGTCCGAGTCTTGAAATCTACAACTCGTGTTTTACCCCTAATTATGGGTTATGGGCA 708
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 GGCTGTCCGAGTCTTGAGATTTACAACTCGTGTTTTACCCCTAATTATGGGTTATGGGCA 760
Query 709 CTTGGTTTCTGTGGAGATATCTTTGGGGAGGATAATCCTGCTTGTGTTCAGCAGGATCAA 768
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 761 CTTGGTTTCTGTGGAGATATCTTTGGGAAGGATAATCCTGGTTGTGTTCAGCAGGATCAA 820
Query 769 CCCTTGTGCAATGTCACCTCACTTGACCTTTCAAACCGGTCAATACACAATCTAGTCAAT 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 CCCTTGTGCAATGTCACCTCACTTGACCTTTCAAACCGGTCAATACACAATCTAGTCAAT 880
Query 829 AAGGCATTCTCTGTGCACGAGATGCCATTACTGTCTCATTTAAATATCCGTGGAAACCCA 888
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 881 AAGGCATTCTCTGTGCACGAGATGCCATTACTTTCTCATTTAAATATTCGTGGAAACTCA 940
Query 889 TTGGATCAGAATTCTGTTGGAGAAATACTTGAAGTCTTGAAGCTCTTCCCTTCACTGTCT 948
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 TTGGATCAGAATTCTGTTGGAGAACTACTTGAAGTCTTGAAGCTCTTCCCTTCACTGTCT 1000
Query 949 TCCTTAGAAGTTGACATACCTGGACCTCTTGGAAACAATGCTCTAGAGATTCTTGCATCG 1008
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1001 TCATTAGAGGTTGACATACCTGGACCTCTTGGAATTAATGCTCTAGAGATTCTTGAATCG 1060
Query 1009 CTCTCAAACCTCTCTTTGTTAAATGGCGTTGATACAGCTAAAATATTTGAAAA-TGGAAA 1067
||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||
Sbjct 1061 CTCTCAAACCTTTCTTTACTAAATGGCGTTGATACGGCAAAAAT-TTTGGAAACTGGAAA 1119
Query 1068 GCATGT-GATTGACTCAATGCTTCAACCACGCATTCCTGAGCTAAATCCTGAGGATACTC 1126
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1120 GCATGTTG-TTGACTCAATGCTTCAACCACGCATTCCTGAGCTGAATCCTGATGATACTC 1178
Query 1127 TTGTTGACCGTATTCTTGATGCAATGTGGTTGTATGCGCTGAATTATCGCCTTGCGGATG 1186
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 TTGTTGATCGTGTTCTTGATGCAATGTGGTTGTATGCGCTGAATTATCGCCTTGCGGATG 1238
Query 1187 AGGAAAAGCTTGATGAAACTTCTTTGTGGTATGTGATGGACGAACTGGGTTCAGCTTTGA 1246
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1239 ATGAAAAGCTTGATGAAACTTCTTTATGGTATGTGATGGATGAATTGGGTTCAGCTTTGA 1298
Query 1247 GGCATAGCGATGAACCCAATTTCAAAGTGGCTCCATTCCTTTTCATGCCTTCTGGGAAAC 1306
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 GGCATAGTGATGAACCCAATTTCAAAGTAGCTCCCTTCCTTTTCATGCCTTCTGGGAAAC 1358
Query 1307 TAGAGTCTGCTGTGAGCTATTCGGTAATGTGGCCTATAAAAAATTCTCAAAAAGGTGATG 1366
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TAGAATCTGCTGTGAGCTATTCGGTAATGTGGCCTATAAAGCATTCTCAAAAAGGTGATG 1418
Query 1367 AGTGCACTCGTGATTTTTTATCTGGTATTGGGGAGGACAAACATCGGTCTGCCAGGCTCA 1426
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||
Sbjct 1419 AGTGCACTCGTGATTTTCTATCTGGTATTGGGGAGGACAAACAGCGGTCTGCGAGACTCA 1478
Query 1427 CAGCCTGGTTTCAAACTCCCGAGAACTATTTTATTCATGAATTTGAGAAATACCAACAAA 1486
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1479 CAGCCTGGTTTCAAACTCCTGAGAATTATTTTATTCATGAATTTGAGAAATACCAACAGA 1538
Query 1487 AACTGCAGGCTAAAGCTTTCGAGTCATTACCAACCAACCCTTCACTTTCACGAAGCATAC 1546
|||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1539 AACTGCAGGCCAAAGCCTTCGAGTCAAAACCTTCCAACCCTTCAGTTTCCCGAAGCATAC 1598
Query 1547 -GACATAGTGATGGGTCCCCTTTGCTGGTTTACACGGATCTACCTCAAGTTGAAGAATTT 1605
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 AG-CATAGTGATGGGTCTCCTTTGCTGGTTTACACGGATCTACCTCAAGTTGAAGAATTT 1657
Query 1606 CTGACACGCCCAGAATTTGTGATCACAAATGAACCAAAAGATGCAGACATATTATGGACG 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 CTGACACGCCCAGAATTTGTGATCACAAATGAACCAAAAGATGCAGACATATTATGGACA 1717
Query 1666 AGTGTACAGGTGGATGAGGAGCTCAAAAAAGAGGTGGGAATAACAGATGACCAATACCTA 1725
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1718 AGTGTACAGGTGGATGATGAGCTCAAAAAAGAGGTGGGAATAACAGATGACCAGTACATA 1777
Query 1726 AATCAGTTTCCCTTTGAGGCTTGTCTTGTTATGAAGCATCATCTTGCAGAGACTATTCAA 1785
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 AATCAGTTTCCCTTTGAGGCATGTCTTGTTATGAAGCATCATCTTGCAGAGACTATTCAA 1837
Query 1786 ATGGGTTATGGATCTCCAAAATGGTTGCAGCCTACTTATAATCTTGAAACACAGTTGTCC 1845
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1838 ATGGGTTATGGATCTCCAAAATGGTTACAGCCTACCTATAATCTTGAAACCCAATTGTCC 1897
Query 1846 CAGTTTATTGGGGACTATTATGTCCGCAAACGTGATCAATTGAACAATTTGTGGATCTTG 1905
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 CAGTTTATTGGGGACTATTGTGTCCGCAAACGTGATCAATTGAACAATTTGTGGATCTTG 1957
Query 1906 AAACCATGGAACATGGCACGGACAATCGATACAAGTATAACCGATAATTTAGCTGCTATC 1965
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1958 AAACCATGGAACATGGCACGGACAATCGACACAAGTATAACCGATAATTTATCTGCTATC 2017
Query 1966 ATCCGCATGATGGAAACTGGTCCCAAGATCTGCCAGAAGTACATAGAGCACCCCGCTTTG 2025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2018 ATCCGCATGATGGAAACTGGTCCCAAGATCTGCCAGAAGTACATAGAGCACCCTGCTTTG 2077
Query 2026 TTCAAGGGGAAAAAGTTTGATCTGCGATATGTTGTCCTAGTGCGGAGTATTGACCCGCTG 2085
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 TTCAAGGGGAACAAGTTTGATCTGCGATATGTTGTGCTAGTGCGGAGTATTGACCCGCTG 2137
Query 2086 GAGATTTACCTAACAGAGATTTTTTGGGTTAGGTTGTCCAATAACCCATATTCATTGGAA 2145
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2138 GAGATTTACCTAATAGAGATATTTTGGGTTAGGTTGTCCAACAATCCATATTCATTGGAA 2197
Query 2146 AAGCACAGTTTCTTTGAATATGAAACACACTTCACTGTCATGAACTATGGTGGTCGGAAA 2205
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2198 AAGCACAGTTTCTTTGAATATGAAACTCACTTCACTGTCATGAACTATGGT---CGGAAG 2254
Query 2206 TTGACTCACAAGCCCACGGCAGAGTTTGTGAGAGAATTTGAACAAGAACATAATGTTAAA 2265
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2255 TTGAATCACAAGCCCACGGCAGAGTTTGTGAGAGAATTTGAACAAGAACATAACGTTAAA 2314
Query 2266 TGGATGGATATCCATGAGAAGGTGAAGCAAGTGATACGGGCAGTGTTTGAGGCAGCAGCT 2325
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2315 TGGATGGATATCCATGAGAAGGTGAAGCAGGTGATACGGGCAGTGTTTGAGGCGGCAGCT 2374
Query 2326 CTCACGCACCCAGAGATGCAATCGCCCAAATCTAGAGCAATGTACGGAGTAGATGTAATG 2385
||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 CTCGCGCATCCAGAGATGCAATCCCCCAAATCTAGAGCAATGTACGGAGTAGATGTAATG 2434
Query 2386 CTCGATAGCTCCTTCGAGCCAAAAATCTTGGAGGTTACATACTGTCCTGATTGCATGCGG 2445
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2435 CTCGATAGCTCCTTCGAGCCAAAAATTTTGGAGGTTACATACTGTCCTGATTGCATGCGG 2494
Query 2446 GCTTGCAAATACGACATGGAAACCGTAGATGGAAAAGGTATTGTTAAAGGCAGAGATTTC 2505
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2495 GCTTGCAAATATGACATGGAAACCATAGATGGAAAAGGTATTGTTAAAGGCGGAGATTTC 2554
Query 2506 TTCAATTATGTATTCGGGTGCCTCTTCTTAGACGAGACTGCGCACGTTACTCCCTTGTGA 2565
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2555 TTCAATAATGTATTCGGGTGCCTCTTCTTAGACGAGACTGCACACGTTACTCCATTGTGA 2614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127323701334
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5