BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg910040 Length=2631 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G03750.1 | Symbols: CHR9 | switch 2 | chr1:937920-941162 FOR... 4198 0.0 > AT1G03750.1 | Symbols: CHR9 | switch 2 | chr1:937920-941162 FORWARD LENGTH=2683 Length=2683 Score = 4198 bits (2273), Expect = 0.0 Identities = 2520/2636 (96%), Gaps = 29/2636 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACCTTGAAGCCTTGTGGCAATTTTCCATCATCT 60 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||| Sbjct 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACATTGAAGCCCTGTGGTAGTTTTCCGTCATCA 60 Query 61 TCATCGTTGCGAGTCTCATCTACCCAAGAATTTGAACCATCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120 |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TCATCGTTGCGAGTTTCATCCACACAAGAATTGGAACCGTCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120 Query 121 TCTCTCTCACAGCAGCTACTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCCAAGCACGAA 180 || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 121 TCGCTCTCGCAGCAGCTTCTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCAAAGCACGAA 180 Query 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTGGAAGATTTTGAAT-TTAACGAAGATGATCACAAAAG 239 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTCGAAGATTTTG-ATCATAACGAAGATGATCACAAAAG 239 Query 240 AAACATCAAGTTTGACGAAGAGGAAGAAGAT-GATGAAGACGATGAGAAATCAATCGAAT 298 |||||||||||| |||| | | ||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||| Sbjct 240 AAACATCAAGTTCGACG-A-A-GAAGAAG-TAGATGAAGACGATGAGAGATCAATTGAAT 295 Query 299 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTT 358 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 296 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTA 355 Query 359 TGCTGTCATCAATGGGAGAGATTCCGATCATACAGGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 418 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 356 TGCTGTCATCAATTGGAGAGATTCCGATCATACATGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 415 Query 419 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 475 Query 479 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGATTAGGCAAAACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 538 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 476 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGGTTAGGCAAGACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 535 Query 539 CTGGAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGACGTCTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 598 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| Sbjct 536 CTGCAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGTCATGTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 595 Query 599 GTCCTGTACTAATTATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 658 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 596 GTCCTGTACTAATAATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 655 Query 659 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACCGAGATATGATTCTGG 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 656 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACAGAGATATGATTCTGG 715 Query 719 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACTTTTCGAATCC 778 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 716 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACGTTTCGAATCC 775 Query 779 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 776 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 835 Query 839 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 895 Query 899 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTATTTGAGT 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 896 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTTTTTGAGT 955 Query 959 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGAATTCTATGACGAACCAC 1018 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 956 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGACTTCTATGATGAACCAC 1015 Query 1019 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCCCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1078 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCTCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1075 Query 1079 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTGCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1138 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTCCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1135 Query 1139 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1195 Query 1199 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGCTGCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1258 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGATTCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1255 Query 1259 ACAATCCGTGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1318 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 ACAATCCATGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1315 Query 1319 CTGATGGAACTATCTGGAGTTACCTTCATCGAGGCAACCCCGATGGTTGTGATTCTTGTC 1378 |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CTGATGGAACCATCTGGAGTTACCTTCATCGAGACAACCACGATGGTTGTGATTCTTGTC 1375 Query 1379 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTTTGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1438 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTATGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1435 Query 1439 TTATTAAACCTAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGATTTTGTAT 1498 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1436 TTATTAAACCAAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGAGTTTGTAT 1495 Query 1499 CTGCAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTAGTAGGAGGAATTTCCGCAAGCAAGAGCTTCA 1558 || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||| Sbjct 1496 CTACAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTATTAGGCGGAATATCTGCAAGCAAGAGCTTCA 1555 Query 1559 TGGACCTGAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1618 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 TGGACCTTAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1615 Query 1619 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCCGTCAGGATGCTGGACA 1678 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1616 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCTGTCAGGATGCTGGACA 1675 Query 1679 TACTGGAGAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCAAGACTTGATGGTTCTACTC 1738 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1676 TACTGGAAAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCTAGACTTGATGGTTCTACTC 1735 Query 1739 CGACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTAGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1798 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 CAACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTGGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1795 Query 1799 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTAGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1796 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTTGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1855 Query 1859 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1915 Query 1919 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1975 Query 1979 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1976 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2035 Query 2039 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAACAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2098 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2036 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAAGAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2095 Query 2099 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGACAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2158 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGATAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2155 Query 2159 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGA-GA--TCATTGCTTGAGACAGGTG 2215 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| Sbjct 2156 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGAAGAGATCACTGCTTGAGACAGGTG 2215 Query 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCTTGTGTTCTTATAAACCCGAGATAGAGAAAC 2275 ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||||| Sbjct 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCATGTGCTCTTACAAACCCGAAATGGAGAAAC 2275 Query 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACGGTG 2335 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACATTG 2335 Query 2336 GAGAGACGACAATATCAACATCTCAGAGGCTATATGGAGACAGTGACAGTGATGAGAACT 2395 ||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||| | | | | | | Sbjct 2336 GAGAGACAACAACATCAACATCTCAGAGGTTAAATGGAGAC-G-G----T-A--A---C- 2382 Query 2396 TAGAGTGTGCGGATCGAAAGAAGAAGAAGAGAAAAGGTTGTGGTGAAGAGGAGGATATGT 2455 || || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2383 -AG--TG--CGGATCGAAAGAAAAAGAAGAGAAAAGGTTGTAGTGAAGAGGAGGATATGT 2437 Query 2456 CTTCTTCAAACCGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATATTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2515 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2438 CTTCTTCAAATAGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATGTTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2497 Query 2516 TGGAGATATTAGAATTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCTTCTCTATCTGACAGAGAGAAGC 2575 |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| Sbjct 2498 TGGAGATATTGGAGTTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCGTCTCCATTTGACAGAGAGAAGC 2557 Query 2576 TACTTCAAGACTTTTTTGGAAAGAGTCAAGTAACAATATCAGATTTCTTGATTTAG 2631 |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || ||| Sbjct 2558 TACTTCAAGACTTTTTAG-AAAGAGTCAAGTAACAATGTCAGATTTTTTTATGTAG 2612 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 130634719572 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5