BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg910040
Length=2631
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G03750.1 | Symbols: CHR9 | switch 2 | chr1:937920-941162 FOR... 4198 0.0
> AT1G03750.1 | Symbols: CHR9 | switch 2 | chr1:937920-941162 FORWARD
LENGTH=2683
Length=2683
Score = 4198 bits (2273), Expect = 0.0
Identities = 2520/2636 (96%), Gaps = 29/2636 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACCTTGAAGCCTTGTGGCAATTTTCCATCATCT 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| |||||
Sbjct 1 ATGTCGTTGTTACACACTTTCAAAGAGACATTGAAGCCCTGTGGTAGTTTTCCGTCATCA 60
Query 61 TCATCGTTGCGAGTCTCATCTACCCAAGAATTTGAACCATCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120
|||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCATCGTTGCGAGTTTCATCCACACAAGAATTGGAACCGTCGAGAAAACCTCCCAAATCG 120
Query 121 TCTCTCTCACAGCAGCTACTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCCAAGCACGAA 180
|| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TCGCTCTCGCAGCAGCTTCTGCGTCTCGATGATTCTTACTTTTTACCCTCAAAGCACGAA 180
Query 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTGGAAGATTTTGAAT-TTAACGAAGATGATCACAAAAG 239
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTAAAATCTCAAAAACCCAAGTCGAAGATTTTG-ATCATAACGAAGATGATCACAAAAG 239
Query 240 AAACATCAAGTTTGACGAAGAGGAAGAAGAT-GATGAAGACGATGAGAAATCAATCGAAT 298
|||||||||||| |||| | | ||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 240 AAACATCAAGTTCGACG-A-A-GAAGAAG-TAGATGAAGACGATGAGAGATCAATTGAAT 295
Query 299 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTT 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TCGGGAGACCCGGGTTAAGCCGGGCTGAATTTGACTATTCCGGTCCTTATGAACCACTTA 355
Query 359 TGCTGTCATCAATGGGAGAGATTCCGATCATACAGGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 418
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TGCTGTCATCAATTGGAGAGATTCCGATCATACATGTACCGGCTTCTATCAACTGTAGAT 415
Query 419 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TGCTTGAACATCAGCGAGAGGGAGTGAAGTTTATGTATAATCTCTATAAAAACAACCATG 475
Query 479 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGATTAGGCAAAACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 538
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GTGGCATTCTTGGCGATGACATGGGGTTAGGCAAGACCATTCAGACAATTGCATTTCTTG 535
Query 539 CTGGAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGACGTCTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 598
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 536 CTGCAGTGTATGGAAAAGACGGTGACGCTGGTGAGTCATGTCTTTTAGAGTCTGATAAGG 595
Query 599 GTCCTGTACTAATTATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 658
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GTCCTGTACTAATAATCTGTCCATCTTCGATTATTCACAACTGGGAGAGTGAGTTTTCTC 655
Query 659 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACCGAGATATGATTCTGG 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 656 GATGGGCAAGCTTCTTCAAGGTTTCGGTGTACCACGGATCAAACAGAGATATGATTCTGG 715
Query 719 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACTTTTCGAATCC 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 716 AGAAACTCAAGGCACGCGGTGTTGAGGTACTTGTAACCAGCTTTGATACGTTTCGAATCC 775
Query 779 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AAGGCCCCGTTTTGTCCGGGATTAATTGGGAGATAGTGATTGCTGATGAGGCACACCGGT 835
Query 839 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TAAAGAATGAAAAATCGAAACTTTATGAAGCATGCCTTGAGATCAAGACTAAGAAGAGGA 895
Query 899 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTATTTGAGT 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 896 TTGGTCTCACGGGTACAGTGATGCAGAACAAGATCAGTGAGCTATTCAATCTTTTTGAGT 955
Query 959 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGAATTCTATGACGAACCAC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 956 GGGTAGCACCGGGATCACTAGGCACTCGTGAACATTTCCGAGACTTCTATGATGAACCAC 1015
Query 1019 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCCCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1078
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TTAAGCTAGGGCAGAGAGCTACTGCTCCGGAAAGATTTGTCCAGATTGCAGATAAGAGGA 1075
Query 1079 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTGCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1138
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 AACAGCATTTGGGCAGTCTTCTCCGTAAGTATATGTTGAGGAGGACAAAGGAGGAAACCA 1135
Query 1139 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TTGGGCATCTCATGATGGGGAAAGAAGATAATGTAGTCTTTTGTCAAATGAGTCAATTGC 1195
Query 1199 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGCTGCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1258
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AGAGACGGGTTTATCAAAGAATGATTCAACTCCCAGAAATTCAGTGCCTTGTGAATAAGG 1255
Query 1259 ACAATCCGTGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1318
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 ACAATCCATGCGCTTGTGGAAGCCCGCTTAAGCAATCAGAGTGCTGCAGAAGGATTGTTC 1315
Query 1319 CTGATGGAACTATCTGGAGTTACCTTCATCGAGGCAACCCCGATGGTTGTGATTCTTGTC 1378
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CTGATGGAACCATCTGGAGTTACCTTCATCGAGACAACCACGATGGTTGTGATTCTTGTC 1375
Query 1379 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTTTGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1438
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CTTTCTGCTTGGTGCTTCCATGCCTTATGAAACTTCAGCAGATAAGCAATCATCTGGAGC 1435
Query 1439 TTATTAAACCTAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGATTTTGTAT 1498
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1436 TTATTAAACCAAACCCAAAAGATGAGCCAGAGAAACAGAAGAAGGACGCAGAGTTTGTAT 1495
Query 1499 CTGCAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTAGTAGGAGGAATTTCCGCAAGCAAGAGCTTCA 1558
|| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1496 CTACAGTGTTTGGGACAGATATTGATCTATTAGGCGGAATATCTGCAAGCAAGAGCTTCA 1555
Query 1559 TGGACCTGAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1618
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGACCTTAGTGATGTTAAACATTGTGGGAAAATGAGAGCTTTGGAGAAGTTGATGGCTT 1615
Query 1619 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCCGTCAGGATGCTGGACA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1616 CTTGGATTTCAAAGGGTGATAAGATACTTCTATTCAGTTACTCTGTCAGGATGCTGGACA 1675
Query 1679 TACTGGAGAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCAAGACTTGATGGTTCTACTC 1738
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TACTGGAAAAGTTTCTAATTAGAAAAGGTTATAGCTTTGCTAGACTTGATGGTTCTACTC 1735
Query 1739 CGACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTAGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1798
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CAACTAATCTGCGACAGTCTCTTGTGGATGATTTCAATGCGAGTCCTAGCAAACAGGTTT 1795
Query 1799 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTAGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTCTGATATCAACTAAAGCTGGTGGGTTGGGACTAAACCTTGTGAGCGCGAACCGTGTGG 1855
Query 1859 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TTATATTTGACCCAAATTGGAACCCGTCTCATGACTTGCAAGCGCAAGATAGATCATTTC 1915
Query 1919 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GGTATGGACAGAAACGTCATGTGGTGGTTTTTCGTTTGTTGAGTGCTGGTTCCCTTGAGG 1975
Query 1979 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 AACTAGTTTATACAAGACAAGTATACAAACAACAGCTCTCAAACATTGCGGTTGCAGGGA 2035
Query 2039 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAACAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AAATGGAGACAAGGTACTTTGAAGGCGTCCAGGACTGTAAAGAGTTTCAAGGCGAGCTAT 2095
Query 2099 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGACAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TCGGGATTTCAAATCTGTTCCGTGATCTCTCTGATAAGCTCTTCACTAGCGATATTGTTG 2155
Query 2159 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGA-GA--TCATTGCTTGAGACAGGTG 2215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||
Sbjct 2156 AGTTGCATAGGGATAGTAACATCGATGAGAATAAGAAGAGATCACTGCTTGAGACAGGTG 2215
Query 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCTTGTGTTCTTATAAACCCGAGATAGAGAAAC 2275
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 2216 TTTCAGAAGATGAAAAAGAAGAAGAGGTCATGTGCTCTTACAAACCCGAAATGGAGAAAC 2275
Query 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACGGTG 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2276 CTATCCTTAAGGACTTGGGCATTGTGTATGCACATCGAAATGAAGACATCATCAACATTG 2335
Query 2336 GAGAGACGACAATATCAACATCTCAGAGGCTATATGGAGACAGTGACAGTGATGAGAACT 2395
||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||| | | | | | |
Sbjct 2336 GAGAGACAACAACATCAACATCTCAGAGGTTAAATGGAGAC-G-G----T-A--A---C- 2382
Query 2396 TAGAGTGTGCGGATCGAAAGAAGAAGAAGAGAAAAGGTTGTGGTGAAGAGGAGGATATGT 2455
|| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2383 -AG--TG--CGGATCGAAAGAAAAAGAAGAGAAAAGGTTGTAGTGAAGAGGAGGATATGT 2437
Query 2456 CTTCTTCAAACCGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATATTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2515
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2438 CTTCTTCAAATAGGGAACAAAAACGAGAGAAGTACAAGATGTTAGCCGAGTTTAAAGGCA 2497
Query 2516 TGGAGATATTAGAATTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCTTCTCTATCTGACAGAGAGAAGC 2575
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||
Sbjct 2498 TGGAGATATTGGAGTTTAGTAGATGGGTATTGTCAGCGTCTCCATTTGACAGAGAGAAGC 2557
Query 2576 TACTTCAAGACTTTTTTGGAAAGAGTCAAGTAACAATATCAGATTTCTTGATTTAG 2631
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || |||
Sbjct 2558 TACTTCAAGACTTTTTAG-AAAGAGTCAAGTAACAATGTCAGATTTTTTTATGTAG 2612
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130634719572
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5