BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg910344
Length=1800
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G06560.1 | Symbols: | NOL1/NOP2/sun family protein | chr1:2... 2826 0.0
> AT1G06560.1 | Symbols: | NOL1/NOP2/sun family protein | chr1:2007615-2012006
FORWARD LENGTH=2027
Length=2027
Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0
Identities = 1714/1804 (95%), Gaps = 8/1804 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTTGCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 46 ATGAGTAAAGCGAGGGTTCTGCTAAAACCCTCTTCCCTCACCACTTGCTTAACCAGAGCC 105
Query 61 TCGACCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTTACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGGAG 120
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 106 AAGGCCTTCTTCTCCTCTGTTTCTCAGTCACGCTCTATCTCTCATCAGATGGAGATGG-G 164
Query 121 -CCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTCAAGTGGA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 165 TCCTTCCGATTCGGAGCGTTACTGTTATGATCCGGTACTGCGATGGAATCCTGAAGTTGA 224
Query 180 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCTGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 239
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 AGACTACTTCACTAAAGCTTATGGACCCGATCACTTTGCTCGCATTTCAAAGGCTCTCAC 284
Query 240 GCGCCCATCTTCCTACTCCTGCATTAGGGTGAACACAGTTAAAACAACAAGTGATGCTGT 299
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||
Sbjct 285 GCGCCCATCTTCATACTCCTGCATTAGGGTGAACACTGTTAAAACGACGAGTGATGCGGT 344
Query 300 TATCGAAAAGCTTACAAAAATTTTAAACGATTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTCGTACAACC 359
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 345 TATCGAAAAGCTTACGAAAATTTTAAACGACTCGGAGGAGGGCTTGAAGCTAGTACAACC 404
Query 360 AGATGGAAGTAGTCCCATCGCCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGT-TTTGG 418
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 405 AGATGGAAGTAGTCCCGTCACCAAGTGTCAGATACCTGGTTTGGATTATGTTGTCTTT-G 463
Query 419 TCAATGGTTCAGGCCCACAT-AGAATTGAATATGACTCTGGTCTTGAAAACCCTCCCAAG 477
|||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 464 TCAATGGTTCAGGCCCACATAAG-ATAGAATATGATTCTGGTCTTGAAAACCCTCCAAAG 522
Query 478 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTAAGAGGAGCCCAGGTCTATGTT 537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 523 GAGGTACTAGTGAGCAGGAAGTGTGCTGAAGCAGTTCTCAGAGGAGCCCAGGTCTATGTG 582
Query 538 CCTGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 597
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 CCAGGTGTACTGGCTTGCACTGCCCATGTTGAGAAAGGAGATGCGGTTGCTGTCTGTGTT 642
Query 598 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 GCTATGGAACAACCTGGTGATGAAGGTGACTGGAGTGTTAATATGACTCGTGGGACCACT 702
Query 658 CTCCAGGGTCTGTCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 717
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 CTCCAGGGGCTGCCAACAGATCCTTACTATCGTGAACGCAGTGGACTATATATCGGCATG 762
Query 718 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCATCATGGAATTGCGGTGGAT 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 763 GGAACAGCTATGTTGTCAAGGGCTGGGATGTTTCGTGTTCCTAATGGAATTGCGGTGGAT 822
Query 778 TTGAGCAATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATGTCCTTGAGGGGGAAATCTTT 837
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 823 TTGAACCATAGAGTTTTCAGATTGCCTTCTTTACATAATATCCTTGAGGGGGAAATATTT 882
Query 838 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAGAAAGGGGAGAGA 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 883 CTTCAAAACCTGCCAAGTATTATTGTTGCTCATGCTCTTGATCCTCAAAAAGGGGAGAGA 942
Query 898 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 ATATTAGATATGTGTGCAGCACCTGGAGGGAAGACTACTGCAATTGCTATACTTATGAAT 1002
Query 958 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGAATGTCCAAAAA 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1003 GATGAGGGAGAGATAGTGGCAGCAGATAGATCTCATAACAAGGTGCTGGTTGTCCAGAAC 1062
Query 1018 TTGTCTGCTGAAATGGGATTAAGCTGCATAACAACATGTAAATTGGATGCACTAAAATCT 1077
||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1063 TTGTCTGCTGAAATGGGTTTTACCTGCATAACAACATGTAAATTAGATGCACTAAAATCT 1122
Query 1078 GTCTGTATTCCAAACC-CACCCAATGATTCCACAACAATAGTTAACAGTGATAATAGTAG 1136
|||||| |||| | || ||| |||||| ||||||| | || ||||| |||||||||||||
Sbjct 1123 GTCTGTCTTCCGA-CCACACTCAATGAGTCCACAATATTAATTAACGGTGATAATAGTAG 1181
Query 1137 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAGCGAAGAAATGACATCACTTGCTTCTAG 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1182 TTCCATGACCAGCCATTCTGAATTATCATCAAACGAGGAAATGACATCTGTTACTTCTAG 1241
Query 1197 AAAATCCAAGGCTGACAAATCATGGGAGGAAAATGCCAGCCCTGAACAGACAAATGGAGG 1256
|| |||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1242 AAGATCCGAGGCTGACAAATCATGTGAGAAAAATGACAGCACTGAACAGCCAAATGGAGG 1301
Query 1257 GAATAATGTTAGCCAAGCTGACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGCGG 1316
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1302 GGATAATGTTAGCCAAGCTTACATCAGGAAGAATAAAGGAAGGTTGAAAAATGGTCGTGG 1361
Query 1317 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGGGTTGGAAAGTCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1376
|||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 AAGAACTCAATGCCAAGGTGGAAGAGCTGGAAAATCACAAGGTTTCCCGCCTAATAGTTT 1421
Query 1377 CGATAGGGTTCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1436
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 CGATAGGGTCCTTTTAGATGCTCCTTGTTCTGCCCTTGGCTTGAGACCTCGTCTTTTCGC 1481
Query 1437 TGGACTGGAGACTGTCATATCTTTGAGAGACCATGGACGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1496
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TGGACTGGAGACTGTTGTATCTTTGAGAAACCATGGATGGTACCAGCGGAAAATGTTGGA 1541
Query 1497 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTCGTATACTCAACGTGCACGATTAA 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1542 CCAGGCTGTTCAATTGGTTCGCGTTGGTGGAATTCTTGTATACTCAACGTGCACAATTAA 1601
Query 1557 CCCTAGCGAGAATGAGGCTGTGGTTCGCTATGCTCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1616
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 CCCTAGCGAGAATGAGGCCGTGGTTCGCTATGCCCTGGATAAATACAGATTTCTTTCTTT 1661
Query 1617 AGCACCACAGCATCCTAGGATTGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCCGA 1676
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1662 AGCACCACAGCATCCTAGGATCGGAGGACCTGGTCTAGTTGGTCGATGTGAATTCCCAGA 1721
Query 1677 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAAATGGTTCAGAAATTCGACCC 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1722 CGGATATATCGAGGAGTGGTTAAAACCCGGTGAAGAAGAACTGGTTCAGAAATTCGACCC 1781
Query 1737 ATCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCTAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GTCATCTGAGCTCGATACCATCGGGTTCTTTATAGCAAAGTTCAGCGTCGGCCCCAAGGA 1841
Query 1797 TTAG 1800
||||
Sbjct 1842 TTAG 1845
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89055766830
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5