BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg910368
Length=2826
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G06840.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 4580 0.0
> AT1G06840.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr1:2097747-2103479 REVERSE LENGTH=3240
Length=3240
Score = 4580 bits (2480), Expect = 0.0
Identities = 2665/2756 (97%), Gaps = 6/2756 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 TGAGGGCTTTGCGAGTGATCAAAGAAAGTTTGAAGGATCCTGTTCATAGATTGAGAAATT 130
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 TGAGGGCTTTGCGAGTGATCAAAGAAAGTTTGAACGATCCTGTTCATAGATTGAGAAATT 443
Query 131 GGAAGCATGGAGACCCGTGCAATTCGAATTGGACTGGTGTTGTCTGCTTCAATTCCACTC 190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 444 GGAAGCATGGAGACCCGTGCAATTCGAATTGGACTGGTGTTGTCTGCTTCAACTCCACTC 503
Query 191 TTGATGACGGTTATCTTCATGTCAGCGAATTGCAATTGTTCAGTATGAATCTCTCAGGGA 250
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 TTGATGATGGTTATCTTCATGTCAGCGAATTGCAATTGTTCAGTATGAATCTCTCAGGGA 563
Query 251 ATTTGTCTCCGGAGCTTGGCCGGTTGACTCGTCTTACTGTCCTGAGTTTCATGTGGAACA 310
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 564 ACTTGTCTCCGGAGCTTGGCCGGTTGTCTCGTCTTACTATCCTGAGTTTCATGTGGAATA 623
Query 311 AGATCACCGGTAGTATACCAAAGGAAATTGGGAATATCAAGTCCTTAGAACTCTTGCTCT 370
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 AGATCACCGGAAGTATACCAAAGGAAATTGGGAATATCAAGTCCTTAGAACTCTTGCTCC 683
Query 371 TGAATGGAAATCTATTAACTGGAAACTTACCTGAGGAGCTTGGGTTTCTTCCAAACTTGG 430
||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 684 TGAATGGAAATCTGTTAAATGGAAACTTACCAGAGGAGCTAGGGTTTCTTCCAAACTTGG 743
Query 431 ACAGAATACAGATTGATGAAAACCGTATATCAGGACCACTTCCCAAATCGTTTGTAAACT 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 744 ACAGAATACAGATTGATGAAAACCGTATATCAGGACCACTTCCCAAATCTTTTGCAAACT 803
Query 491 TAAACAAGACGAAGCATTTTCACATGAACAATAATTCAATTAGCGGGCAGATACCACCAG 550
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 TAAACAAAACGAAGCACTTTCACATGAACAATAATTCTATTAGCGGGCAGATACCACCAG 863
Query 551 AGATTGGAAGCCTACCATCAATTGTTCACATCCTTCTTGACAACAACAATTTATCAGGCT 610
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 864 AGCTTGGAAGCCTACCATCCATTGTTCACATCCTTCTTGATAACAACAATTTATCAGGCT 923
Query 611 ATCTTCCCCCTGAGTTATCAAACATGCCACATTTGCTTATCCTACAATTAGATAACAATC 670
|||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 ATCTTCCCCCTGAGTTATCAAACATGCCGCGTTTACTTATCCTACAATTAGATAACAATC 983
Query 671 ACTTTGATGGGACTACGATTCCACAATCTTATGGAAACATGTCTAAACTTTTGAAGATGA 730
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 ACTTTGACGGGACTACGATTCCACAATCTTATGGAAACATGTCTAAACTTTTGAAGATGA 1043
Query 731 GTCTTAGGAACTGCAGCTTGCAAGGGCCAGTGCCTGATCTTAGCAGTATACCGAACCTTG 790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1044 GTCTTAGGAACTGCAGCTTGCAAGGGCCAGTGCCTGATCTTAGCAGCATACCGAACCTTG 1103
Query 791 GTTATTTGGACCTAAGTCAAAATCAGTTAAATGGATCTATACCTACAGGGAAGCTTTCTG 850
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1104 GTTATTTGGACCTAAGTCAAAATCAGTTAAATGGATCTATACCTGCAGGGAAGCTTTCTG 1163
Query 851 ATAATATCACAACCATCGATCTATCCAGCAACAGTCTAACTGGAACCATTCCAACAAATT 910
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 ATAGTATCACAACCATCGATCTATCCAATAACAGTCTAACTGGAACCATTCCAACAAATT 1223
Query 911 TCTCAGGCCTTCCTCGGCTTCAAAAGTTGTCGCTTGCAAACAATGCTCTGAGTGGTTCCA 970
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 TCTCAGGCCTTCCACGGCTTCAAAAGCTGTCGCTTGCAAACAATGCTCTGAGTGGTTCCA 1283
Query 971 TTCCCTCTAGAATATGGCAGGAAAGAGAGCTGAATTCAACCGAGAGTATTATTGTGGATC 1030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1284 TTCCCTCTAGAATATGGCAGGAAAGAGAGCTGAATTCAACCGAGAGTATTATCGTGGATC 1343
Query 1031 TGCGGAACAATAGGTTTTCAAATATCTCTGGCAGATCCGATCTCCGCCCAAATGTGACCG 1090
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1344 TGCGGAACAATGGGTTTTCAAATATCTCTGGCAGATCCGATCTCCGTCCAAATGTGACCG 1403
Query 1091 TCTGGCTTCAGGGAAATCCGTTATGCTCAGATGGAAATCTGCTTCGACTGTGTGGACCTA 1150
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1404 TCTGGCTTCAGGGGAATCCGTTGTGCTCAGATGGAAATCTGCTTCGATTGTGTGGACCTA 1463
Query 1151 TAACTGAGGAAGACATTAATCAGGGACAGGGTTCAACCAATTCTTATACTACAACTTGTT 1210
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1464 TAACTGAGGAAGACATTAAT------CAGGGTTCAACCAATTCTAATACTACAATTTGTT 1517
Query 1211 CGGACTGCCCACCCCCTTATGAATTTTCACCAGAACCTCTTAGACGGTGCTTTTGTGCTG 1270
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1518 CTGACTGCCCACCCCCTTATGAATTTTCACCAGAACCTCTTAGACGTTGCTTTTGTGCTG 1577
Query 1271 CTCCTCTGCTTGTTGGATATCGGTTGAAAAGTCCTGGTTTCTCGGATTTTGTTCCTTATA 1330
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1578 CTCCTCTGCTTGTTGGATATCGGTTGAAAAGTCCTGGTTTCTCGGACTTTGTTCCTTACA 1637
Query 1331 GATCCGAATTTGAGCAATATATCACCTCTGGTCTTAGTTTGAATCTGTATCAGCTGCGCC 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1638 GATCCGAATTTGAGCAATATATCACCTCTGGTCTTAGTTTGAATCTGTATCAGCTACGCC 1697
Query 1391 TTGACTCATTCCAGTGGCAAAAAGGACCTAGACTTCGAATGTATTTGAAGTTCTTTCCTG 1450
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 TTGACTCATTCCAGTGGCAGAAAGGACCTAGACTTCGAATGTATTTGAAGTTCTTTCCTG 1757
Query 1451 TTTTTGGTTCAAATGCCAACAATTCTTTCATATTCAATCGTAGCGAGGTTCGACGAATAA 1510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1758 TTTTTGGTTCAAATGCCAACAATTCTTTCATATTCAATCGTAGCGAGGTTCGGCGAATAA 1817
Query 1511 GGGGCATGTTCACTGGATGGCATATTCGAGACGAAGATCTGTTTGGTCCTTATGAGCTTA 1570
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GGGGCATGTTCACTGGATGGAATATCCGAGACGAAGATCTCTTTGGTCCTTATGAGCTTA 1877
Query 1571 TGAATTTCACATTGTTAGATGTCTACAGAGATGTGTTTCCTTCAGCTTCACCATCTGGTT 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1878 TGAATTTCACATTGTTAGATGTCTACAGAGATGTGTTTCCTTCAGCTTCGCCATCTGGTC 1937
Query 1631 TAAGTAAGGGTGCAGTTGCGGGAATAGTTCTTGGTTCTGTTGCAGCTGCAGTTACGCTAA 1690
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1938 TAAGTAATGGTGCAGTTGCGGGAATAGTTCTTGGTTCTGTTGCAGCTGCAGTAACGCTAA 1997
Query 1691 CTGCTATCATTGCCCTTATCATTATGAGAAAACGTATGAGAGGATACAGTGCGGTTGCTA 1750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1998 CTGCTATCATTGCCCTTATCATTATGAGAAAACGTATGAGAGGATACAGTGCAGTTGCTA 2057
Query 1751 GAAGAAAGCGATCTTCCAAAGCTTCTTTGAAAATCGAAGGTGTGAAGAGCTTTACTTATG 1810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2058 GAAGAAAGCGATCTTCCAAAGCTTCTTTGAAAATCGAAGGTGTGAAGAGCTTCACTTATG 2117
Query 1811 ATGAGTTGGCTCTGGCTACAGACAATTTTAATAGTTCCACTCAAATTGGGCAAGGGGGTT 1870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CTGAGTTGGCTCTGGCTACAGACAATTTTAATAGTTCCACTCAAATTGGGCAAGGGGGTT 2177
Query 1871 ATGGAAAGGTCTACAAAGGTACCCTTGGGAGTGGAACGGTTGTGGCAATTAAAAGAGCAC 1930
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 ATGGAAAGGTATACAAAGGTACACTTGGGAGTGGAACGGTTGTGGCAATTAAAAGAGCAC 2237
Query 1931 AAGAGGGATCATTGCAGGGCGAGAAAGAGTTCCTAACTGAAATTGAATTGTTATCGAGAT 1990
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 AAGAGGGATCATTGCAGGGTGAGAAGGAGTTCCTAACTGAAATTGAATTGTTATCGAGAT 2297
Query 1991 TGCATCACAGAAACCTTGTTTCGTTGCTTGGATTCTGTGATGAAGAAGGGGAACAGATGC 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2298 TGCATCACAGAAACCTTGTTTCGTTGCTTGGATTCTGTGATGAAGAAGGCGAACAGATGC 2357
Query 2051 TGGTTTATGAGTACATGGAAAATGGTACTTTGCGAGACAACATTTCTGTTAAATTAAAAG 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 TGGTTTATGAGTACATGGAAAATGGTACTTTGCGAGACAACATTTCTGTTAAATTAAAAG 2417
Query 2111 AGCCTCTAGACTTTGCGATGAGACTACGGATTGCTTTAGGTTCAGCCAAGGGAATCCTGT 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2418 AGCCTCTAGACTTTGCGATGAGACTACGGATTGCTTTAGGTTCAGCCAAGGGAATCTTGT 2477
Query 2171 ATTTACACACCGAAGCTAATCCCCCAATATTCCATCGCGATATCAAAGCAAGCAACATAT 2230
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 ATTTACACACGGAAGCTAATCCCCCGATATTTCATCGCGATATCAAAGCAAGCAACATAT 2537
Query 2231 TGTTGGACTCCAGATTCATCGCAAAGGTTGCAGATTTTGGACTCTCAAGACTTGCCCCAG 2290
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TGTTGGACTCCAGATTCACCGCAAAGGTTGCAGATTTTGGACTCTCAAGACTTGCCCCAG 2597
Query 2291 TACCTGATATGGAAGGCATCTCACCTCATCACGTGTCTACTGTTGTAAAAGGGACTCCGG 2350
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2598 TACCTGATATGGAAGGCATCTCACCTCAGCACGTGTCTACTGTTGTAAAAGGGACTCCTG 2657
Query 2351 GTTACCTTGACCCGGAATATTTCTTGACTCATCAATTGACGGACAAAAGCGATGTATATA 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2658 GTTACCTTGACCCGGAATATTTCTTGACTCATCAATTGACGGACAAAAGTGATGTATATA 2717
Query 2411 GTCTAGGCGTAGTGTTCTTAGAGCTCTTTACTGGAATGCAGCCAATCACACATGGCAAGA 2470
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 GTCTAGGCGTAGTGTTGTTAGAGCTCTTTACTGGAATGCAGCCAATCACACATGGCAAGA 2777
Query 2471 ACATTGTTCGAGAGATCAACATTGCTTACGAGTCTGGTTCAATATTATCCGCTGTGGATA 2530
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||
Sbjct 2778 ACATTGTGCGAGAGATCAACATTGCCTACGAGTCTGGTTCGATATTATCAACCGTGGATA 2837
Query 2531 AGAGAATGAGCTCAGTTCCAGACGAATGCCTTGAAAAGTTTGCAACTTTAGCGCTGCGAT 2590
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 AGAGAATGAGCTCAGTTCCAGACGAATGCCTCGAAAAGTTTGCAACTTTAGCGCTGCGAT 2897
Query 2591 GCTGCAGAGAGGAGACAGATGCGAGGCCTTCAATGGCGGAAGTTGTAAGAGAACTGGAAA 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2898 GCTGCAGAGAGGAGACAGATGCGAGGCCTTCAATGGCAGAAGTTGTAAGAGAACTAGAAA 2957
Query 2651 TCATATGGGAACTGATGCCGGAATCTCATGTAGCCAAAACAGCGGATCTGTCTGAGACAA 2710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2958 TCATATGGGAACTGATGCCGGAATCTCATGTAGCCAAGACAGCGGATCTCTCTGAGACAA 3017
Query 2711 TGACTCATCCATCATCGTCATCGAATTCTTCAATCATGAAGCATCCTTATACATCGATGG 2770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3018 TGACTCATCCATCATCGTCATCGAATTCTTCAATCATGAAGCATCATTATACATCGATGG 3077
Query 2771 ATGTCTCCGGCTCTGACCTTGTCAGTGGAGTTGCTCCCTCCGTTGCACCTAGATAG 2826
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3078 ATGTCTCCGGCTCTGACCTCGTCAGTGGAGTTGCTCCCTCAGTTGCACCTAGATAG 3133
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140417273457
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5