BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg911846
Length=2337
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G20150.1 | Symbols: | Subtilisin-like serine endopeptidase ... 3620 0.0
> AT1G20150.1 | Symbols: | Subtilisin-like serine endopeptidase
family protein | chr1:6987332-6990361 REVERSE LENGTH=2343
Length=2343
Score = 3620 bits (1960), Expect = 0.0
Identities = 2210/2331 (95%), Gaps = 15/2331 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATGAAATGCCTCACTGTCACCGTCATTTTCTTTGTGTTTCTTTTTCTGTCTGTGAT- 59
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Sbjct 1 ATGATGAGATGCCTCACTATCACCATCATGTTCTTTATGTTTTTTTTTCTGTCTGTGATC 60
Query 60 C---TGTG-AA-TCTGAAACAAGCAAGTCAGAAGATTATATCATATATATGGGAGCAACA 114
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Sbjct 61 CAAAAGTGTAAGTCTGAAACAAGTAAATCTGGAGATTATATCATATACATGGGAGCAGCA 120
Query 115 TCTTCAGATGGCTCAACAGACAATGACCATGTTGAGCTTCTGAGCTCAATGTTA-AAGAG 173
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Sbjct 121 TCCTCTGATGGCTCAACAGACAATGACCATGTTGAACTTCTGAGCTCATTGTTACAA-CG 179
Query 174 GAGCGGCAAAACCCCCATGCACAGATACAAACATGGATTCTCCGGATTCGCAGCGCATTT 233
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Sbjct 180 GAGCGGCAAAACCCCCATGCACAGATACAAACATGGATTCTCTGGATTCGCAGCCCATTT 239
Query 234 ATCAGAAGATGAAGCACATCTCATGGCCAAGCAACCGGGAGTAGTATCTGTCTTCCCTGA 293
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Sbjct 240 ATCAGAAGATGAAGCTCATCTCATAGCCAAGCAACCGGGAGTACTATCTGTCTTCCCTGA 299
Query 294 TCAGATGTTACAACTCCACACAACTCGTTCATGGGATTTCTTGGTGCAAGAAAGTTATCA 353
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Sbjct 300 CCAGATGTTACAGCTCCACACCACACGTTCATGGGATTTCTTGGTGCAAGAAAGTTATCA 359
Query 354 AAGAGATACTTACTTCTCTGAAATAAACTATGGACAAGAATCCGAAGTGCATGAAGGAGA 413
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Sbjct 360 AAGAGATACTTACTTCACCGAAATGAACTATGAACAAGAATCCGAAATGCATGAAGGAGA 419
Query 414 CACCATTATCGGCTTCCTTGATTCAGGAATCTGGCCCGAGGCGCAGAGCTTTAACGACAG 473
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Sbjct 420 CACCATTATCGGCTTCCTTGATTCAGGAATATGGCCCGAGGCGCAGAGCTTTAACGACAG 479
Query 474 GCACATGGGTCCAGTCCCAGAGAAATGGAAGGGTACTTGCATGAGAGGGAAGAAGACACA 533
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Sbjct 480 GCACATGGGTCCAGTCCCAGAGAAATGGAAGGGCACTTGCATGAGAGGGAAGAAGACACA 539
Query 534 ACCTGATTCTTTCCGTTGCAATAGGAAACTAATAGGAGCAAGGTATTACAATTCGTCATT 593
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Sbjct 540 ACCTGATTCTTTCCGTTGCAATAGGAAACTGATAGGAGCAAGGTATTACAATTCGTCATT 599
Query 594 CTTCTTAGACCCCGATTATGAGACACCACGAGACTTCTTGGGGCACGGGACACATGTGGC 653
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Sbjct 600 CTTCTTAGACCCCGATTATGAGACACCACGAGACTTTTTGGGGCACGGGACACATGTGGC 659
Query 654 ATCAATAGCAGCAGGGCAAATAATCTCTGATGCATCCTACTATGGCCTGGCAAGTGGAAT 713
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Sbjct 660 ATCAATAGCAGCAGGGCAAATAATAGCAAATGCGTCCTACTATGGCCTGGCAAGTGGAAT 719
Query 714 CATGAGAGGAGGTTCAACAAATTCAAGAATAGCTATGTATAGAGCGTGCTCACTCCTGGG 773
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Sbjct 720 CATGAGAGGAGGTTCACCAAGTTCAAGAATAGCTATGTACAGAGCGTGCTCACTCCTGGG 779
Query 774 CTGTCGTGGCTCCAGCATACTAGCTGCATTTGATGATGCGATCGCAGATGGAGTTGATGT 833
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Sbjct 780 ATGTCGTGGCTCGAGCATACTAGCTGCATTTGATGATGCAATCGCAGATGGGGTTGATGT 839
Query 834 TATATCGATATCAATGGGCTTATGGCCAGACAATTTACTTGAAGATCCGCTTTCCATCGG 893
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Sbjct 840 TATATCCATATCAATGGGCTTATGGCCAGACAATTTACTTGAAGATCCGCTTTCCATCGG 899
Query 894 GTCATTTCATGCCGTGGAAAGAGGGATCACTGTCGTTTGCTCTGCAGGAAATTCTGGCCC 953
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Sbjct 900 GTCATTTCATGCCGTGGAAAGAGGGATCACTGTTGTTTGCTCTGTAGGAAATTCTGGCCC 959
Query 954 GTCGAGTCAAAGTGTGTTTAATGCTGCTCCATGGATGATCACGGTTGCTGCCAGCACTAT 1013
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Sbjct 960 ATCGAGTCAAAGTGTGTTTAATGCTGCTCCATGGATGATCACTGTTGCTGCCAGCACTAT 1019
Query 1014 TGACCGTGGCTTTGAGTCCAACATTCTCCTGGGAGGAGATGAAAGCAGATTAATCGAGGG 1073
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Sbjct 1020 TGACCGTGGCTTTGAGTCCAACATTCTTCTGGGAGGAGATGAAAACAGATTAATCGAGGG 1079
Query 1074 GTTTGGAATAAATATTGCCAATATCGATAAAACCCAGGCTTACCCACTTATACACGCACG 1133
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Sbjct 1080 TTTTGGAATAAATATTGCCAATATCGATAAAACACAGGCTTACCCACTTATACACGCACG 1139
Query 1134 ATCAGCCAAGAAGATTGATGCTAATGAGGAAGCTGCTAGGAACTGCGCACCTGATACGTT 1193
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Sbjct 1140 ATCAGCCAAGAAGATTGATGCTAATGAGGAAGCTGCTAGGAACTGCGCACCTGATACACT 1199
Query 1194 -GAACCAAACCATTGTTAAGGGAAAGATTGTTGTGTGCGACAGTGATCTTGATAACCAGG 1252
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Sbjct 1200 AGA-CCAAACCATTGTTAAGGGAAAGATTGTTGTGTGTGACAGTGATCTTGATAACCAGG 1258
Query 1253 TGATCCAGTGGAAAAGCGACGAGGTTAAGAGACTTGGAGGTACCGGTATGGTACTTAGT- 1311
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Sbjct 1259 TGATCCAGTGGAAAAGCGACGAGGTTAAGAGACTTGGAGGTATCGGTATGGTACTT-GTT 1317
Query 1312 GACGACGAGTTAATGGATCTGTCTTTTATTGATCCCTCGTTTCTAGTGACAATAATAAAA 1371
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Sbjct 1318 GATGACGAGTCAATGGATCTGTCTTTTATTGATCCCTCCTTTCTAGTGACAATAATAAAA 1377
Query 1372 CCAGGGGACGGCAAACAAATCATGTCCTACATAAATTCAACAAGAGAACCAATTGCAACA 1431
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Sbjct 1378 CCAGAGGACGGCATACAAATCATGTCCTACATAAATTCAACAAGAGAACCAATTGCAACA 1437
Query 1432 ATCATGCCTACAAGATCACGAACAGGACATATGTTAGCACCATCCATACCATCCTTCTCA 1491
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Sbjct 1438 ATCATGCCTACAAGATCACGAACAGGACACATGTTAGCTCCATCCATACCATCCTTCTCA 1497
Query 1492 TCAAGAGGTCCTTACTTGCTTACCAGAAGCATCCTCAAGCCTGATATTGCAGCGCCAGGG 1551
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Sbjct 1498 TCAAGAGGTCCTTACTTGCTTACCAGAAGCATCCTCAAGCCTGATATTGCAGCACCAGGG 1557
Query 1552 GTCAACATACTGGCATCGTGGTTAGTCGGTGACAGAAATGCAGCACCAGAGGGCAAGCCA 1611
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Sbjct 1558 GTCAACATACTAGCATCGTGGTTAGTCGGTGACAGAAATGCAGCACCAGAAGGCAAGCCA 1617
Query 1612 CCACCACTCTTCAACATTCAAACAGGGACTTCAATGTCATGTCCCCATGTCTCCGGGATT 1671
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Sbjct 1618 CCGCCACTCTTCAACATTGAATCAGGGACTTCAATGTCATGTCCCCATGTCTCCGGGATT 1677
Query 1672 GCTGCTCGTCTCAAATCCAGATACCCTTCCTGGAGTCCTGCAGCAATTAGATCTGCCATC 1731
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Sbjct 1678 GCTGCTCGTCTCAAATCCAGATACCCTTCATGGAGTCCTGCAGCAATCAGATCTGCCATC 1737
Query 1732 ATGACAACAGCCGTGCAAAAGACCAACACAGGATCCCATATAACTACAGAAACAGGAGAA 1791
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Sbjct 1738 ATGACAACAGCCGTGCAAATGACCAACACAGGTTCCCATATAACTACAGAAACAGGAGAA 1797
Query 1792 AAGGCCACACCTTATGACTTTGGTGCTGGGCAGGTTACTGTATTTGGACCTTCATCCCCA 1851
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Sbjct 1798 AAGGCCACACCTTATGACTTTGGTGCTGGGCAGGTTACTATATTTGGACCTTCATCACCA 1857
Query 1852 GGACTGATTTATGAAACCACTCCCATGGACTACCTAAACTTTCTCTGCTACTATGGGTTT 1911
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Sbjct 1858 GGACTGATTTATGAAACCAATCACATGGACTACCTAAACTTCCTCGGCTACTATGGATTT 1917
Query 1912 ACTTCTGATCAGATCAGAAAGATATCAAACCGTATACCACAAGGTTTTGCTTGTCGTGAA 1971
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Sbjct 1918 ACATCTGATCAGATCAAAAAGATATCAAACCGCATACCACAAGGTTTTGCTTGTCCTGAA 1977
Query 1972 CAAAGCAACAAGGAAGACATATCTAACATCAACTACCCATCAATCTCAATTTCTAACTTC 2031
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Sbjct 1978 CAAAGCAACAGGGGAGACATATCTAACATCAACTACCCATCAATCTCGATTTCTAACTTC 2037
Query 2032 AGTGGAAAAGAAAGCAGAAGGGTAAGCAGAACAGTGACAAATGTAGCATCACGCCTCATT 2091
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Sbjct 2038 AATGGAAAAGAAAGCAGAAGGGTAAGCAGAACAGTGACAAATGTAGCATCACGCCTCATT 2097
Query 2092 GGAGATGAAGATTCAGTCTACATTGTGAGCATCGATTCACCAGAAGGGTTACTCGTCAGA 2151
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Sbjct 2098 GGAGATGAAGATACAGTCTACACTGTGAGTATCGATGCACCAGAAGGATTACTAGTCAGA 2157
Query 2152 GTTAGACCAAGAAGGCTACATTTCAGGAAGATAGGAGATAAACTTAGCTACCAAGTGATC 2211
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Sbjct 2158 GTTATACCAAGAAGGCTACACTTCAGGAAGATAGGAGATAAACTCAGCTACCAAGTGATC 2217
Query 2212 TTTTCATCTACTACATCAACAATACTCAAGGACGATGCCTTTGGATCTATAACATGGTCT 2271
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Sbjct 2218 TTTTCATCTACTACA--A-CAATACTCAAGGACGATGCGTTTGGATCTATAACATGGTCT 2274
Query 2272 AACGGAATGTACAACGTGAGGAGTCCATTCGTTGTAACCAGCAAAGGCGAC 2322
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Sbjct 2275 AACGGAATGTACAATGTGAGAAGTCCATTCGTTGTAACCAGCAAAGACGAC 2325
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116013459495
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5