BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg912417
Length=3585
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G26330.2 | Symbols: | DNA binding | chr1:9107519-9113725 FO... 5391 0.0
> AT1G26330.2 | Symbols: | DNA binding | chr1:9107519-9113725
FORWARD LENGTH=3896
Length=3896
Score = 5391 bits (2919), Expect = 0.0
Identities = 3388/3610 (94%), Gaps = 50/3610 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGTCCAAGAGTCTTATCTGAAGATAGAAAGTCTGATGACCTAGAAATCGTCTCC 60
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||
Sbjct 107 ATGGCGAGTCCAAGAGTCGTATCTGAAGATAGAAAGTCTGTTGACATCGAAATCGTCTCC 166
Query 61 GTCGGAGCTCTCTATACCGGCTCATGGGACAAGAAGTACTGGAGTTCATCTA-GG--G-G 116
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |
Sbjct 167 GTCGGAGCTCTCTATACCGGCTCATGGGATAAGAAGTACTGGAGTTCATCTAGGGTTGTG 226
Query 117 --C-A-A--AGATCGT-TT----C-CCTTAT-CCTGTAGGCTACAAAGCTGTTCGAGCTC 163
| | | ||||| | || | ||||| | | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 227 AACAACACTAGATC-TATTGAAACAACTTATGCATAT-GGCTACAAAGCTGTTCGAGCTC 284
Query 164 ACAATGGAAACACATATTACATGGAGATTGAAGAAGGTGCCAAAGGACCTTTATTTCTGA 223
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 ACAGTGGGAACACATATTACATGGAGATTGAAGAAGGTGCCAAAGGACCTTTATTTCTGA 344
Query 224 TTAGATATATGGATGAATCCTGGACGGGGCAGACCCCGGATATTGCATGGGGAAAGTTCC 283
|||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 345 TTAGATATTTGGATGAATCATGGACGGGACAGACCCCGGATATTGCATGGGGAAAGCTCC 404
Query 284 AGAAGACGGGCTTCTCCCACTTAAAAATATGGCATGGAAAACGATTTACATGTAAGATGG 343
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 405 AGAAGACGGACTTCTCTCACTTAAAAATATGGCATGGAAAACGGTTTACATGTAAGATGG 464
Query 344 GCGGCATGGAGTTTTTTGGCTTCAAAAACCCGTTGGTTCAGAGGTTGCTCCGGGAACTTG 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 GCGGCATGGAGTTTTTTGGCTTCAAAAACCCGTTGGTTCAGAGGTTGCTCCGGGAACTTG 524
Query 404 TGACCAATTCCCATGGAATGGTAGAATCTAGTCCCAGCAGTAGGGCCTCTCAAATCCCGG 463
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 525 TGACCAATTCCCATGGAATGGTAGAATCTAGCCCCAGCAGTAGGGCCTCTCATATCCGGG 584
Query 464 TCAATGATGAAAGGCCAGTCATGTGTGCAAATCCAAATTTATTATGTTATCTGGACATGC 523
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TCAACGATGAAAGGCCAGTCATGTGTGCTAATCCAAATTTATTATGTTATCTGGACATGC 644
Query 524 CAGTGGCTAGAAAGAAGAGAAGCAGAAAACCTGGAATAACATACCACAATTCAGTAGTTA 583
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 645 CAGTGGCTAGAAAGAAGAGAAGCAGAAAACCTGGAATAACATACCAGAATTCAGTAGCTA 704
Query 584 AAAGTGGCCATAAAAAGCCAAGATTCCAAGACTCATTATCTGGTGGCGAGATTTTAAATT 643
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 705 AAAGTGTCCATAAAAAGCCAAGATTTCAAGACTCATTAACTGGTGGCGAGATTTTAAATT 764
Query 644 CAGCACCAGTGTCAATCAGTTCAGTAAATGGAGAAGTGGAGACAGTTGGCCTGCAAGTTG 703
||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 765 CAGCACCAGTGTCAATCTGTTCAGGAAAAGGAGAAGTGGAGACAGTTGGTCAGCAAGTTG 824
Query 704 CACCACCAGAGCAATTGGATTCTAGTCATGCTACAAACGAATATTCATCTCAACCTTCAG 763
||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 825 CACTACCAGAGCAGTTTCATTCTAATCATGCTACAAACGAATATTCATCTCTGCCATCAG 884
Query 764 AAAAGCCACCCCAAGTGAAAGTTGTCATCCCTATTCAAGAAACAAACCGGCTTCCTGATA 823
|||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 885 AAAAGCCACCACAAATGAAAATTTTCATCCCTATTCAAGAAACAAACCGGCTTCCTGACA 944
Query 824 TCTGTAAATCAAAGCCATTATCCAAATTTTCTGCAGAGGTATTCCATAAAGAACTTCTAC 883
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || |
Sbjct 945 GCTGTAAATCAAAGCCATTATCCAAATTTTCTG-A-A-G----------AG------T-- 983
Query 884 TTCATGGGTTGCAAGAAAAGGAAAACAAACCCAACGATGATAATTTTCTTAATGAGAGCC 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 984 TTCATGGGTTGCAAGAAAAGGAAAACAAACCCAACGATGATAATTTTCTGCATGAGAGCC 1043
Query 944 CAAATATGACTGGTTCCAGTTTTTGTGCACCTGATACCTTGGATTTCCTGCAAGATAACA 1003
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 CAAACATGACTGCTTCCAGTTTTTGTGCACCTGATACCTTGGATTTCCTGCAAGATAACA 1103
Query 1004 CCATAAGTCCTGCTCCAAAAATAGATGATGATACAAGTTGCATGAAAAAGGAAGAATTGA 1063
|| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 CCGCAAGTTCTGCTCCAAAAATAAATGATGATACAAGTTGCATGAAAAAGGAAGAATTGA 1163
Query 1064 CACTTGCTAACATGGTAGTTGGTGAAGGGCTTTTAGCTGAACTAAATGCGGAGGATTTAG 1123
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1164 CACATGCTAACATGGTAGTTGGTGAAGGGATTTTAGCTGAACCAAATGCAGAGGATTTAG 1223
Query 1124 CTGACTCTACTTTGAATCTGACTTCTAAAAATAGTGATTCTGATTCAGTTGATCAGGAAA 1183
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1224 CTGACTCTACTTTGAATCTGACTTCTAAAAAAAGTGATTCTGATTTAGTTGATCAGGAAA 1283
Query 1184 CTGCCAAATCAATGATGTCATTACTACTTCCTCAAGCAATTCCACTGCTCAAGAAGGCCT 1243
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1284 CTGCCAAAACAATGATGTCATTACTACTTCCTCAAGCAATTCCACTGCTCAAGAAGACCT 1343
Query 1244 CAAGCAAGAAGCCCCCAAGAAATGATATGTCAGACAACTGCAAAACGAGCCAACTTAATG 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 CAAGCAAGAAGCCCCCAAGAAATGATATGTCAGACAACTGCAAAACGAGCCAACTTAATG 1403
Query 1304 ATGCGTCAGGAACTGCTGTGTCACTGGCGATAAGAGAATCTAGTGGAGATGATGAGAATA 1363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 ATGCGTCAGGAACTGCTGTGTCACTGGCGATAAGAGAATCTAGTGGAGATGATGAGAATA 1463
Query 1364 TGCAAGTTGTTTCTCCAGATTCCGATCAGGATTTTGCAAGAAATGTATCCATTGCCCCTG 1423
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1464 TGCAAGTTGTTGCTCCAGATTCCGATCAGGATTTTGCAAGCAATGTATCCATTGCTCCTG 1523
Query 1424 ACAGTTTTGATGAGTCTCACTTGGTTGGTCCTGGGAGTGGTCATATCATCTCTTCTTCCA 1483
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1524 ACAGTTTTGATGAGTCTCACTTGGTTGGTCCTGGGAGTGGACATATCATCTCTTCTTCCC 1583
Query 1484 AGGAAGTCTATCCAGCAGTCCTTCCTAAAATGCACATAGCCGAGAAACATGTTGCAATAG 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||| ||||||
Sbjct 1584 AGGAAGTCTATCCAGCAGTCCTTCCTAAAATGCCCATAGACGAGGACCATGTTCCAATAG 1643
Query 1544 TAAATGATCTATCAGTTTCTGCTTTGGA-GACTAATAATCAAGAAGCATATGTGAAGAAG 1602
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||| |
Sbjct 1644 TAAATGATCTATCGGTTTCTGCTTTGGAAGAG-AATAATCAAGAAGAATATATGAAGAGG 1702
Query 1603 TCCATGTCAATACCACACTGCACCAGTTCAGCTAACATGATTTTATCCCAAGAATCTAAG 1662
| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TTCATGTCAATACCACACTGTACCAGCTCAGTTAACATGATTTTATCCCAAGAATCTAAG 1762
Query 1663 GAACTCTGTGCAGAAGAAGGAAACTTGTTGCAAAAAGAACACCACTCAGAAAACAAGGAA 1722
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1763 GAACGCTGTGCAGCAGAAGGAAACTTGTTGCAAAAAGAACACCACTCCGAAAACAAGGAA 1822
Query 1723 CCAAAGAGCACATTATGTTCTACTGAAGGTAATGGTTTTCTGGTCAACACAAC---T--- 1776
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
Sbjct 1823 CCAAAGAGCACATTTTGTTCTACTGAAGGTAATGGTTTTCCGGTCGACACAACCCCTACT 1882
Query 1777 GAAGCTTGTTCAATTaaaaaagaaaaaCATAAAGTGTATAGCAGAAAAAGAGTCTCGACC 1836
|||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1883 GAAGCTTGTTCAGTTAAAAAGGAAAATCATAAGGTGTATATCAGAAAAAGAGTCTCGACC 1942
Query 1837 AATCAACATCGAAGAAACAGAAATTCGTCCTATGAAAGTAAAAACAGTTGCAGAAATACT 1896
||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 AATCAACATCGAATAAACAGAAATTTATCCTCTGAAAGTAAAAACAGTTGCAGAAATACT 2002
Query 1897 GGAGAAGATGATCCCATAAGGAGTATGTCTCCTATTAATCCCCCACGTATCTTGGAGCTT 1956
|||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2003 GGAGAAGATGATTCCATAAGGAATATGTCTCCGATTAATTCCTCACGTATCTTGGAGCTT 2062
Query 1957 CAGCCGACCGTGTCTACCAACTCTGTATCAGATAGAACGAATCCTTTGGGCAATGGAATC 2016
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| || |
Sbjct 2063 CAGCCGACCTTGTCTACCAACTCAGTATCAGATAGAACGAATCCTCTGGGTAATGAAAGC 2122
Query 2017 GGTCATGTAACAGAACAATACCAGGGTCCTGAGTTGGTGAACGTGAATAACAACACATTC 2076
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2123 GGTCATGTAACAGAACAATACCAGGGTCCTGAGTTAGTGAAGGTGAATAACAACACATTC 2182
Query 2077 ACCAATGTAAAAAGCAATGAGGCGTGTGTGATACCACAAGATATGAGGTCAGCTCATACT 2136
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2183 ACCAATGTAAAAAGCAATGAGGCGTGTGTGGTACCACAAGATACAAGGTCAGCTCATGCT 2242
Query 2137 TTTGGAAATGCAAGTATATCATCATCCTCATTTCCAGCTTCAAAATTTGAGGATTGTCAA 2196
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 TTTGGAAGTGCAAGTATATCATCATCCTCATTTCCAGCTTCAAAATTTGAGGATTGTCAA 2302
Query 2197 GCCAATATTGGTGAGGCATTGGGCATCCAAGTCTCTGAACCACCTTCTACAAAGTCTCAG 2256
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2303 GCCAATATTGGTGAGGAATTGGGCATCCAAGTCTCTGAACCACCTTCTACAGAGTCTCAG 2362
Query 2257 TGTAAGGAAAATACTAGCGAGAAAAGAACCTCTGTGCAGGAATTTCCAGCTAGCTCAAAT 2316
| |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2363 TATAAGGAAAATACTAGCGAGAAATGCACGTCTGTGCAGGAATTTCCAGCTAGTTCAAAT 2422
Query 2317 TTAGAGATCAACAGAGATGTAAAGATCAACAATGAGATGGGAAAAACGGTTGAGCTGCTT 2376
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2423 TTAAAGCTCAACAGAGATGTAAAGATCAACAATGAGATGGAAAAAACTGTTGAGCTGCTT 2482
Query 2377 GGCTGCTACTTTCATCCCATGCCAGTTTCATCAGTATTACTCAAGTCTGCTGGGAATGAA 2436
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||
Sbjct 2483 GGCTGCTACTTTCATCCCATGCCTGTTTCATCAGTATTACTCAGGACTGTTGGAAATGAA 2542
Query 2437 ATCTATATTT-GCGTGTTGAGCTTTGCTACAGAAGATAGAGTTAGAACCCTGTTTATGTA 2495
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2543 ATCTATATTTTG-GTGTTGAGCTTTGCTACAGAAGATAGAGTTAGGACCCTGTTTATGTA 2601
Query 2496 CAAGATGTCAGCTAAAGCACCAAGCAAAGGATTCCCCTCTGTCATTGGTCACACTCCTGC 2555
||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2602 CAAGATGTCAGCTGAGGCACCAAGCAAAGGATTCCCGTCTATCATTGGTCACACTCCTGC 2661
Query 2556 CATACTCCCCACTGTGGATGACAAATCTGGTGGAAATAGAACACTCGAGATATCGAATTT 2615
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2662 CATACTCCCCATTGTGGATGACAAATCTAGTGGAAATGGAACACTCGAGATATCTAATTT 2721
Query 2616 GCACTTCACTCCAGACGGGCTGCATCTTATTTTAATTGGCAACATCAAAACACCTTATTG 2675
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2722 GCACTTCACTCCAGACGGGCTGCATCTTATTTTAACTGGCAACATCAAAACACCTTATTG 2781
Query 2676 CAGGAAGAGGGAAACTGATTGCTCGTGTTTGATTTGTACGTCAGCCTGTTTTGAGGAGAA 2735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2782 CAGGAAGAGGGAAACTGATTGCTCGTGTTTGATTTGTACATCAGCCTGTTTTGAGGAGAA 2841
Query 2736 TGCAGTGAGGATTGTCCAGGTGAAAACTGGTCATGTTTCTCTTGTGACAAAACTTCAAGC 2795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842 TGCAGTGAGGATTGTCCAGGTGAAAACTGGTCATGTTTCTCTTGTGACAAAACTTCAAGC 2901
Query 2796 AGATGACAGTGTGCAGTGCGTGGTGGTGTGCGATCCTAACAATCTCATTGCAGCTGTTAA 2855
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2902 AGATGACAGTGTGCAGTGTGTGGTGGTGTGCGATCCTAACAATCTCATTGCAGCTGTTAA 2961
Query 2856 AAGTGGAAACCTTATTGTCTGGGCCATGAACTCGCATTGGAGTGGTTCTACCGAAGAATT 2915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2962 GAGTGGAAACCTTATTGTCTGGGCCATGAACTCGCATTGGAGTGGTCCTACCGAAGAATA 3021
Query 2916 TGTTATACTCGCAAATCCTTGCATATCATCATGCATCATGGAACTGAAGAAGATCCCAAA 2975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3022 TGTTATACTCGCAAATCCTTGCATATCATCATGCATCATGGAACTGAAGAAGATACCAAA 3081
Query 2976 ATGTCCTCATCTCGTTATCGGGCATAATGGTATTGGAGAATTTACAATATGGGATATCTC 3035
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3082 ATGTCCTCATCTCGTTATTGGGCATAATGGTATAGGAGAATTTACAATATGGGATATCTC 3141
Query 3036 AAAGCGAAGCCTAGTATCAAGATTTTTATCTCCCAGCAGTTTGATCTTTGAGTTCATTCC 3095
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3142 GAAGCGAAGCCTAGTATCAAGATTTGTATCTCCCAGCAATTTGATCTTTGAGTTCATTCC 3201
Query 3096 AACCAGCTTGTTTGCATGGCACCCTGTACATAGTCATTCTACAATCGAGGATCACGTTGA 3155
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3202 GACGAGCTTGTTTGCATGGCACCCTGTACATAGTCATTCTACAATCGAGGATAACGTTGA 3261
Query 3156 CATGATTTTAGCTGCAACAAAACTATGGTTCTCAAAAGGGATCAACAACAAAACATTGGT 3215
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3262 CATGATTTTAGCTGCAACAAAATTATGGTTCTCAAAAGGGGTCAACAACAAAACATTGGT 3321
Query 3216 TCCAGCTGAAGTCAAAGACACTGCTATTTGGCTTTTAGTCTCTACTGATCTTGAATCCGA 3275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3322 TCCAGCTGAAGTCAAAGACACTGCTATTTGGCTTTTAGTCTCTACTGATCTTGACTCAGA 3381
Query 3276 TGCTAAATGTGACCGTGTAGAAAGTCCAGCTAGATGTTGGAGACTGGCTCTCCTTGTGAA 3335
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3382 TGCTAAATGTGACCGTGTAGAAAGTCCAGTTAGATGTTGGAGACTTGCTCTCCTTGTGAA 3441
Query 3336 AAACCAACTCATATTGGGAAATCAGTTGGATCCGAGGGCTGATGTTGCCGGTACAATATC 3395
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3442 AGACCAACTCATATTGGGAAGTCAGTTGGATCCGAGGGCTGATGTTGCCGGTACAATATC 3501
Query 3396 TGGTCATGGAGTAGCAGGCACACTTGATGGACTTGTGTATATGTGGGACTTGTCCACTGG 3455
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3502 TGGCCATGGAGTAGCAGGCACACTTGATGGACTTGTGTATATGTGGGACTTATCCACTGG 3561
Query 3456 CGCTAAACTCGGTTCTCTTCATGATTTCAAAGGTCAAAGAGTTTCATGCATAAGTACAGA 3515
| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3562 CACTAAACTCGGCTCTCTCCATGATTTCAAAGGTCAAAGAGTTTCATGCATCAGTACTGA 3621
Query 3516 TGACTCGAGAGATATATGCATAGCAAGTGAAGATGGTCAGCTCCTAGTTTATTGCCATCC 3575
||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3622 TGATTCCAGAAATATATGCATAGCAAGTGAAGATGGTCAGCTCCTAGTTTATTGCCATCC 3681
Query 3576 GGAAAAGTAA 3585
||||||||||
Sbjct 3682 GGAAAAGTAA 3691
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 178493983194
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5