BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg912607
Length=5517
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G27750.1 | Symbols: | nucleic acid binding | chr1:9657385-9... 3681 0.0
AT1G27752.1 | Symbols: | Ubiquitin system component Cue protei... 2826 0.0
> AT1G27750.1 | Symbols: | nucleic acid binding | chr1:9657385-9661958
FORWARD LENGTH=3476
Length=3476
Score = 3681 bits (1993), Expect = 0.0
Identities = 2162/2246 (96%), Gaps = 2/2246 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTGCGCCGAGCAGCCCATCAAAAAGCGTCGGCTGTATGAGTCAATCCCTGAATCT 60
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 41 ATGGCTTGCGCCGAGCAGCCTATCAAAAAGCGTCGTCTGTATGAGTCAATCCCTGAATCT 100
Query 61 CAGCCTCCGCCACCACCGCAACCAGAATCCCAATCCCCTTCTACGGTGGTAAGCTCGTTC 120
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 101 CACCCTCCGCCACCACCGCAACTAGAATCCCAATCCCCTTCTACGGTGGTAAGCTCGTTC 160
Query 121 CCGGCTCCGGTGACTCCGTCGCCTCCATCTCAGGAGGAAATTCAAACGAGAAGCAGGAAC 180
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 161 CCGGCTCCGGTGACACCGTCGCCTCCATCTCAGGAGGAAATTCAAACGAGAAGTAGGAAC 220
Query 181 AGAGAAGAGATTCGAAGAGTGCATGACTGCTATAAGCGTCTTAAATCTTGTATTGGTCAG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 221 AGAGAAGAGATTCGAAGAGTGCATGACTGCTATAAGCGTCTTAAATCTTGTGTTGCTCAG 280
Query 241 AGAGATGGCGGCGGCCGCTCTGCGAATCTTGAGCAAGCGTATCGCTCCCTCATCTCCGCT 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 281 AGAGATGGTGGCGGCCGCTCTGCGAATCTTGAGCAAGCGTATCGCTCCCTCATCTCCGCT 340
Query 301 TCCAGAGGTTGTACTAGCGTAAAGCGCCTTGTGGCTGATCTCGTTCCTCGATATGCACTG 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 341 TCCAGAGGTTGTACTAGCGTTAAGCGCCTTGTGGCTGATCTCGTTCCTCGATATGCATTG 400
Query 361 TACTGTCCTACTGCTATCGCAGATGCAGTGCAAGCTGTTATCGACATGCATAACTTCAGC 420
||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 401 TACTGTCCTACGGCTATTGGAGATGCAGTGCAAGCTGTTATTGACATGCATAACTTCAGC 460
Query 421 TTAGAAGCTTTAAAGAGAGGACAAGATGCTGATGGTGTTGCTTTTCAAACTGCTAAAGCC 480
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 TTGGAAGCTTTAAAGAGAGGACAAGATGCTGATGGTGTTGCTTTTCAAACTGCTAAAGCC 520
Query 481 TGCATATTTGGTCTAGTTGATCTATGTTCTGCTGCTTTATCAAAGAAAACTTCATCACCC 540
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 521 TGCATATTTGGTCTAGTTGACCTATGTTCTGCTGCTTTATCGAAGAAAACGTCATCACCA 580
Query 541 GGGGCTCGTGAAATCTGCTCTGCTGTGTTCAGAAATGTGTTAACCTTCTTTGTGCTGTCC 600
|||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 581 GGGGCTCGAGATATCTGCTCTGCCGTGTTCAGAAATGTGTTAACCTTCTTTGTGCTTTCT 640
Query 601 TTTGAGGGGAAAGATATCTTCCAGATAGTTGATAAGAGCGATTTGAAGGTGCAAGATCCT 660
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 641 TTTGAGGGGAAAAATATCTTCCAGATAGTTGATAAGAGCGATTTGAAGTTGCAAGATCCT 700
Query 661 GATGAAtttttttCTCAGCTGATGCAAAAAATTTCAGATGGAAACTCGTTACCTTTGATC 720
|| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 GACGAAATTTTTTCTCAGCTGATGCAAAAACTTTCAGATGGAAACTCGTTACCTTTGATC 760
Query 721 AAACTATCCCAGTTTCGTGTTTTAGCTTTAATGAAAGTATTCTTCAACTTCCCTAAAAAA 780
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 AAATTATCCCAGTTTCGTGTTTTAGCTTTACTGAAAGTATTCTTCAACTTCCCTAAAAAA 820
Query 781 TCAATTGCCACTTGTTTCGGATTCTTCAATTCTTCATCAACGGAGGATGTAGCCACGGGG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 821 TCAATTGCCACTTGTTTCGGATTCTTCAATTCTTCATCCACGGAGGATGTAGCAACGGGG 880
Query 841 AGGTATCTCATTACTCAGATGACAGAAAAGATTAATGATATTGATGCTGCTAGTAATGAA 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 881 AGGTATCTCATTACTCATATGACAGAAAAGATTAATGATATTGATGCCGCTAGTATTGAA 940
Query 901 CCTGAAGTAGACGAGAATTCTGGTCAGACAGGTTCTAACAATATAGAGGCTACTGGTAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 CCTGAAGTAGACGAGAATTCTGGTCAGACAGGTTCTAACAATATAGAGGCTACTGGTAAG 1000
Query 961 AACGCAGAAGGGTTGAATGGGGTCCAAGAAGCATCCAACAGTCTAACGAGCTGCTTATTA 1020
|| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1001 AATGCAGAAGGGTTGAATGGTGTACAAGAAGCATCAAACAGTCTAACGAGCTGCTTGTTA 1060
Query 1021 GGAATGGTTATTAGGAAGAGTTCCTCCATTGGTAGGTGGGCCTTCTTTCAGTATAAGAAC 1080
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 GAAATGGTTATTAGGAAGAGTTCCTCCATTGGTAGGTGGGCCTTCTTTCAGTATAAGAAA 1120
Query 1081 ATATGCAGCCTGTCATCCTTCGTGGATATATCCAGTGCTATT-CTTTCTGTAGAGGGAAT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||
Sbjct 1121 ATATGCAGCCTGTCATCCTTCGTGGATATATCCAGTGCTGTTAC-TTCTCTAGAGGGAAT 1179
Query 1140 CTTTGGATTTGTTGGAAAAGATATCAAGTTAGAAGATTGCCAAATGGAGAGTGACGAGGA 1199
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1180 CTTTGGATTTGTTGGAAAAAATATCAAGTTAGAAGATTGTCAAATGGACAGTGACGAGGA 1239
Query 1200 TGATTATGGAAAATTTTCGGTTTCACATGTGAAACCCCACAGTTCTGCAGACAATGATGT 1259
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 TGATTATGGAAAATTTTCAGTTTCACATGTGAAACCTCACAGTTCTGCAGACAATGATGT 1299
Query 1260 CCGCTCAAGTGCTGGATCGGTTTATGATGCTGGAGGTTCACGATCTATGGATTTTGAGAC 1319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300 CCGCTCTAGTGCTGGATCGGTTTATGATGCTGGAGGTTCACGATCTATGGATTTTGAGAC 1359
Query 1320 TGTTGACCAGAGGGACTTGTCATGTGGTAGATCTTCAGTCCCAAGGGGATTAATAAACCA 1379
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1360 TGTTGACCAGAGAGACTTGTCATGTGGTAGATCTTCAGTCCCAAGGGGATTATTAAACCA 1419
Query 1380 TCATACACCATCTCCTTCTGCTAGGGGGCCTTCTGATGTAAGGAGTAACTCTGTGGATCA 1439
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1420 GCATACACCATCTCCTTCTGCAAGAGGGCCTTCAGATTTAAGAAGTAACTCTACGGATCG 1479
Query 1440 TAGGAACAATTTTGTTCTTGCAGGATCACCTGTTTATCAGGCAGTACCCCATGGCCCTTC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480 TAGGAACAATTTTGTTCTTGCAGGATCACCTGTTTATCAGGCAGTACCCCATGGCCCTTC 1539
Query 1500 ATCAGGGCAAATTGTTTGGTATTTGGATGGGGACCCCACTGCTTTTGACATTTTTCCGGC 1559
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 ATCAGGGCAAATTGCTTGGTATTTGGATGGGGACCCCACTGCTTTTGACATTTTTCCGGC 1599
Query 1560 TTCGGGGCAGTTGTGGTTAGGCTATTTAGGACCAGATGAGACTGAAGGTCATCTAAGGTT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1600 TTCGGGGCAGTTGTGGTTAGGCTATTTAGGACCAGATGAAACAGAAGGTCATCTAAGGTT 1659
Query 1620 TCAGCTTGATAGGTACGGCCCAGTAGACCGTTTCTTTTTTGATCCAGTGAAAGGATTTGC 1679
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 TCAGCTTGACAGGTACGGCCCTGTAGACCGTTTCTTTTTTGATCCAGTGAAAGGATTTGC 1719
Query 1680 CCTAGCAGAATATAGAAGTATAATTGATGCAATCAGAGCTCGAGAATATCTGCGAGCGCA 1739
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1720 TCTAGCAGAATATAGAAGCATAATTGATGCAATCAGAGCTCGAGAATATCTGCGAGCGCA 1779
Query 1740 ATTTCCTTGGCGCATTAAATTCATGGATATAGGAGTTGGTGCAAGGGGATCTTTGAATGG 1799
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 ATTTCCTTGGCGCATTAAATTTATGGATATAGGAGTGGGTGCAAGGGGATCTTTGAATGG 1839
Query 1800 AGTGGCATATGGTTATTGTACTCATTTGTATATTGGAAGCATCAGTAGCCAGTGGGAGAG 1859
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 AGTAGCATATGGTTATTGTACTCATCTGTATATTGGAGGCATCAGTAGCCAGTGGGAGAG 1899
Query 1860 GGATGAAATTGTCCATGAGTCGCGGCAAGCCCTTTATAAGGGGCCTCGCATGGTGACTGA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 GGATGAAATTGTCCATGAGTCGCGGCAAGCCCTTTATAAGGGGCCTCGCATGGTGACTGA 1959
Query 1920 CCTGTACTATGAACATGCCCTTCTGATGGAGTTTGATTCACCTGATGATGCTGCCATTGT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1960 CCTGTACTATGAACATGCCCTTCTGATGGAGTTTGATACACCTGATGATGCTGCAATTGT 2019
Query 1980 AATGGCCCATCTCAGGTTTTTTCGCGGAGAAAAGAGTAAATTTCATTTGGCATCAATCAA 2039
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 AATGGCCCATCTCAGGTTTTTTCGGGGAGAAAAGAGTAAATTTCATTTGGCATCAATCAA 2079
Query 2040 TCATCCTTTGCCTCATGAAGATGGAGGAAGTCATCCAGAGAGGCACCTTCAAGTACCTCC 2099
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 TCGTCCTTTGCCTCATGAAGATGGAGGAAGTCATCCAGAGAGGCACCTTCAAGTACCTCC 2139
Query 2100 CTCATCAAAACAGGATAGTGGATCAGGAGAATATGTTTCCCCCTTAATGAGTACGGATAA 2159
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2140 CTCATCAAAACAGGATAGTGGTTCAGGAGAATATGTTTCCCCCTTAATGAGTACGGATAA 2199
Query 2160 CCACTGTAATTCTGTACCTCCTGGAGCTACCTTTCAGCAAAACTGGCCTGCATCTGGTAG 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2200 CCACTGTAATTCTGTACCTCCTGGAGCTACCTTTCAGCAAAACTGGCCTGCAGCTGGTAG 2259
Query 2220 CACTCTTGTGAATTCTGCACAAAGAG 2245
|||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2260 CACTCTTGTGAATTCTGCACAAGGAG 2285
Score = 913 bits (494), Expect = 0.0
Identities = 539/561 (96%), Gaps = 2/561 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2366 CAACATCATCACAGATGCAAGGACCTCCAGCGCAGCAGGTTTCAGGTCCATTCATGCCGC 2425
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2457 CAACATCATCTCAGATGCAAGGACCTCCAGCGCAACAGGTTTCAGGTCCCTTCATGCCGC 2516
Query 2426 CTCCTGTGCATCCAGTCTCTCAGACACAAGGACCTCAAGTTCAGCAATTTGATCAATTGT 2485
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CTCCTGTGCATCCAGTCTCTCAGCCACAAGGACCTCAAGTTCAGCAATTTGATCAATTGT 2576
Query 2486 ACCCACCTCCGCCTTTAGGACATTCATTACCCTCTGTAATCCAGCCACCACTACAACCTC 2545
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 ACCCACCTCCGCCTTTAGGACATTCATTACCTTCTGTACTCCAGCCACCACTACAACCTC 2636
Query 2546 AATCCCAGCCACCGGAACCACCGCCTGAAATGATGCCGCCTCCGCCTCAAGCTCCACCAC 2605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2637 AATCCCAGCCACCGGAACCACCGCCTGAAATGATGCCGCCTCCGCCTCAAGCTCTACCAC 2696
Query 2606 CTCCTTTGCCTCATTCACACCCACCTCTGGTTCCTCCTCCTCCTTTTTCTCCATC-ATCG 2664
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 2697 CTCCTTTGCCTCACTCACACCCACCTCTGGTTCCTCCTCCTCCTTTTTCTCCA-CTGTTG 2755
Query 2665 TCCCCACGCTTACCTCCAATGGTCACCCAGTTGTGTGGACCAGAGGCTTCCAAACAGAAC 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TCCCCACGCTTACCTCCAATGGTCACCCAGTTGTGTGGATCAGAGGCTTCCAAACAGAAC 2815
Query 2725 ATAGGGCACCAATGGCAGGGTGCTTTGTCCAAAAGTGGAGTTCATTACTCCACCATCATT 2784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 ATAGGGCACCAATGGCAGGGTGCTTTGTCCAAAAGTGGAGTTCATTACTCCACCATCATT 2875
Query 2785 GTACAGAGTTTGGAATCAGACATTTGCAAATATATCATTGGATCTTCAGAGCCTGTGCAA 2844
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2876 GCACAGAGATTGGAATCAGACATTTGCAAATATATCATTGGATCTCCCGAGCCTGTGCAA 2935
Query 2845 TGGCCAGTTAAATTGGATATGACCAAGCGCACGGATATGAAGCACGTGAAAGCTACTTTT 2904
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2936 TGGCCAGTTAAACTGGATATGACTAAGCGCACGGATATGAAGAACGTAAAAGCTACTTTT 2995
Query 2905 GCGAATACACAACCACAGAAA 2925
||||||||||||||||| |||
Sbjct 2996 GCGAATACACAACCACACAAA 3016
Score = 263 bits (142), Expect = 1e-68
Identities = 156/163 (96%), Gaps = 0/163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2926 CTCCAAGATTTCATAACATACTTGAAGCAGAGAGACTGCGCAGGAGTAATAAAGATCCCT 2985
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3065 CTCCAAGATTTCATAACATACTTGAAGCAGAGAGATTGTGCAGGAGTAATAAAGATCCCT 3124
Query 2986 GCATCAAGTCCCATGTGGGCAAGGCATCTCTTCATTCTTCCGCATTCGCAAGAGACATGT 3045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 3125 GCATCAAGTCCCATGTGGGCAAGGCATCTCTTCATTCTTCCACACTCGCAAGAGACATGT 3184
Query 3046 TCCTTGCTTTCGGTTTCCCCGTCTTCCTCTGAATGCTTGATCG 3088
||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 3185 TCCTTGCTTTCTGTTTCCCCATCTTCCTCGGAATGCTTGATCG 3227
Score = 156 bits (84), Expect = 3e-36
Identities = 88/90 (98%), Gaps = 0/90 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2276 AGTCTCAGGAACTCCTCCATGTGTGCCCATACCAGCTCCAGGACAGCCTGCAGTGCCTGC 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2284 AGTCTCAGGAACTCCTCCATGTGTGCCCATACCAGCTCCGGGCCAGCCTGCAGTGCCTGC 2343
Query 2336 TACACCGACATCTCAAATCCCTCCATCTCC 2365
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 TACACCGACATCTCAAATCCCTCCATCTCC 2373
> AT1G27752.1 | Symbols: | Ubiquitin system component Cue protein
| chr1:9662085-9667468 FORWARD LENGTH=2937
Length=2937
Score = 2826 bits (1530), Expect = 0.0
Identities = 1695/1774 (96%), Gaps = 14/1774 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3751 ACCTTAGTATCAAGTGCAAATAGTGAAGACCATGGACATAGAAAACTCCATTCAGACCTT 3810
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACCTTAGTATCAAGTGCAAATAGTGAAGACCACGGACGTAGACAACTCCATTCAGACCTT 1080
Query 3811 TTGGAGGTTATGGACTTCATTAATGATGGAGTTGTGTCTTTGGATGCTTTCGTTTCTGCT 3870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1081 TTGGAGGTTATGGACTTCATTAATGATGGAGTTGTGTCTTTGGATGCTTTCATTTCTGCT 1140
Query 3871 TATACACCAGCAGTTTTAATCTTAGCATGTCCTATTGAGACAAGTTATGGGAGCGATGAA 3930
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATACACCAGCAGTTTTCATCTTAGCATGTCCTGTTGAGACAAGTTATGGGAGCGATGAA 1200
Query 3931 CTTCTCGGCAGCCTTGTTCGGTTGCATGATTCATTGCTTCCGTCACTTCATCGTGGGTTT 3990
|| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1201 CTACTCCGCAGCCTAGTTCGGTTGCATGATTCATTGCTTCCATCACTTCATCGTGGCTTT 1260
Query 3991 CAGGTCTTGTTCAAGGATGGAGACCATGATTCTCTTTCAGACATATCAACGAGTTTAAAC 4050
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAGGTCTTGTTCAAGGATGAAGACCATGATTCTCTTTCAGACATATCAACGAGTTTAAAC 1320
Query 4051 ATGTTATCAACAAGGATAGGGAGTTTATGTTGGAAAATATTAGATATCTGTTATCTCAGC 4110
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATGTTATCAACAAGGATAGGAAGTTTATGTTGGAAAATATTAGATATCTGTTATCTCAGC 1380
Query 4111 AATGACATGTTCAATCACGAAACTTTAATTCCAGCGGTCACAAAGATGTTCCCGTCAAGA 4170
||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AATGATAAGTTCAATCACGAAACTTCAATTCCAGCTGTCACAAAGATGTTCCCGTCAAGA 1440
Query 4171 GTTGAGGACCCTATGGTAAGGGCAGATATATTGATTCAAACATTCCGGGAGATCAGTGGA 4230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1441 GTTGAGGACCCTATGGTAAGGGCAGATATATTGATTCAAACATTCAGGGAGATCAGTGGA 1500
Query 4231 CTTTCTGAGCAGTCACTGGAAAGCAAGAACCGATTACTCCAAAAGATTGAGAAGAATTAC 4290
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTTTCTGAGCAGTCACTAGAAAGCAAGAACCGATTACTCCAAAAGATTGAGAAGAATTAC 1560
Query 4291 AGAATCATTGATAGACTTAGGAGTCTACAGAATGCAGGATGGGTATCAATGGAAGATGAG 4350
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1561 AGAATCATTGATAGACTTAGGAGTTTACAGAATGCAGGATGGATATCTATGGAAGATGAG 1620
Query 4351 CAGCTTCAATATTTGTCCATGATCATGTTGCATTCTGCAGACACTTTCTCTTTGAAGGAG 4410
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1621 CAACTTCAATATTTGTCCATGATCATGTTGCATTCGGCAGACACTTTCTCTATGAAGGAG 1680
Query 4411 TCGCCGCTTCTTCTAACTGATGGTAGAAACACCGAAGAGCTTATGGATGAAAGTGCTGTA 4470
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1681 TCACCGCTTCTTCTAACTGATGGTAGAAACGCCGAAGAGCTTATGGATGAAAATGCTGTA 1740
Query 4471 GTTATGCAATCCAAGATCAGTCAAATAAAAGACATATTCCCTGAGTATGGGAACGGTTTC 4530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GTTATGCAATCCAAGATCAGTCAAATAAAAGACATATTCCCTGAGTATGGGAACGGTTTC 1800
Query 4531 TTAGCTGCGTGTCTTGAAGCATATAACCAGAATCCAGAAGAAGTGATACAGAGGATTCTT 4590
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1801 TTAGCTGCGTGTCTTGAAGCCTATAACCAGAATCCAGAAGAAGTTATACAGAGGATTCTT 1860
Query 4591 GAAGGAACACTCCATGAGGATTTGCAGCGATTGGATACTTCACTGGAGACAATGCCACAA 4650
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 GAAGGAACACTCCATGAGGATTTGCAGCGATTGGACACTTCACTGGAGACGATGCCACAA 1920
Query 4651 CCTAAATCTGCTCCAACTCTTAGAAGCAAAGACAAAGGGAAAGGAAAGCTCATTGAATCT 4710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CCTAAATCTGCTCCAACTCTTAGAAGCAAAGACAAAGGGAAAGGAAAGCTCATTGAATCT 1980
Query 4711 GACACTAGTAGCTCTGCTA-T-CTA-C-A--CAGAGCAACCGATCACACGTCCCTCACTT 4764
||||||||||||||||||| | | | | | ||||| ||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1981 GACACTAGTAGCTCTGCTAGTGCCATCTATACAGAGAAACCGATCACACGGCCCTCCCTT 2040
Query 4765 CCAGCTTCATCAGCCTCATCCA-CAACGGTTGGCAGATTTGTCAGAAAGCCAAAGGATGA 4823
|||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CCAGCTTCATCAGCCTCATC-AGCAACAGTTGGCAGATTTGTCAGAAAGCCAAAGGATGA 2099
Query 4824 TACTCCAAGCTACAAAATTCTCGATGCTAGAAAAGAATCCGACAGAGAGAGGAACGCAGC 4883
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TACTCCAAGTTACAAAATTCTCGATGCTAGAAAAGAATCCGACAGAGAGAGGAACGCAGC 2159
Query 4884 CCTACTTGCACAATACGAATACGACGATGAATACGATGATTCTTTTGATGATCTGGGCTT 4943
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CCTACTTGCACAATACGAATATGATGATGAATACGATGATTCTTTTGATGATCTGGGCTT 2219
Query 4944 GAGTGTTGCGGAATCAGGTACCGAAGAAAGCGGGGCGTTTGGTAACAGAGCTGGATCCGA 5003
|||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GAGTATTGCGGAATCAGGTACTGAAGAAAGCGGAGCGTTTGGTAACAGAGCTGGATCCGA 2279
Query 5004 GCCCTCTGATGCTCCAAAGTGGGGTAGCAGAAAGAATCCTCAATTCTATGTGAAAGATGG 5063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2280 GCCCTCTGATGCTCCAAAGTGGGGTAGCAGAAAGAATCCTCAATTCTATGTGAAGGATGG 2339
Query 5064 TAAGAATTACAGCTACAAAGTGGCAGGTGCAGTGGCGGTGGCAAACGCAAACGAAGCTTC 5123
|||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2340 TAAGAACTACAGTTACAAAGTGGCCGGCGCAGTTGCTGTGGCAAACGCCAACGAAGCTTC 2399
Query 5124 ACTGGTAAATGAAGCAGAGGGAGATAAGATACTTGGGTTGGGACGTGGAGGAAACATTCC 5183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ACTGGTAAATGAAGCAGAGGGAGATAAGATACTTGGGTTGGGACGTGGAGGAAACATTCC 2459
Query 5184 TCTCGGAGCGGTTAGAAAGCTGACAGAGTATCAGGCACAGAGAGATGAGAAAGGTCAGTC 5243
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TCTAGGAGCGGTTAGAAAGTTGACAGAGTATCAGGCACAGAGAGATGAGAAAGGTCAGTC 2519
Query 5244 TAATGTGAACGTGAATGCGAACCCAAGCGATggaagagagaatgggaaaaactggagagg 5303
||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2520 TAATGTGAA--TG--TG--AACCCAAGCGATGGAAGAGAGAATGGGAGAAACTGGAGAGG 2573
Query 5304 aggaaggggaagaggaagaggaatggcgaacagagagcaaccgcaggagaagagTAATGA 5363
|| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 AGTAAGGGGAAGAGGAAGAGGAGTGGTGAACAGAGAGCAACCGCAGGAGAAGAGTAATGA 2633
Query 5364 GAGTAATAATAACAACTCAGAGGTTAATACAGAAGCggagaatggaggaggaaggggtcg 5423
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 2634 GAGTAGTAATAACAACTCAGAGGTTAATACAGAGGCGGAGAACGGAGGAGGACGGGGTCG 2693
Query 5424 aggaaggggtcgaggaagaggaggaggagggagaaATCATAATCATAAAGATAGAGCTAT 5483
||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 AGGAAGGGGACGAAGAGGAGGAGGTGGAGGGAGAAATCATAATCATAAAGATAGAGCTAT 2753
Query 5484 GAAGAAACATATTGCTAGTGTTTCTGGCTTCTAG 5517
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 GAAGAAACATATTGCTAGTGTTTCTGGCTTCTAG 2787
Score = 813 bits (440), Expect = 0.0
Identities = 488/512 (95%), Gaps = 0/512 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3093 AACCACCATGTCTAACCGACGCTCGAATAGGCAAGATGAGAACACAAGATACATCGCCAA 3152
||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 159 AACAACCATGTCTAACAGACGCTCGAATCGGCAAGATGAGAACACAAGATATGTCCCCAA 218
Query 3153 GGGTCATCAGCAGCAGAAGTTTGTACCCAAACCTATGAATCCAACTCCTACCTCTAATTC 3212
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 GGGCCATCAGCAGCAGAAGTTTGTACCCAAACCCATGAATCCAACTCCTACCTCTAATTC 278
Query 3213 TACCCCTTTCCCTGTTTCTCTCTCTTCTTCGCTTAGGCAATCAGATTCCTCCGGTGCGAG 3272
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 AACCCCTTTCCCTGTTTCTCTCTCTTCTTCGCTTAGGCAATCAGATTCCTCCGGTGCGAG 338
Query 3273 TTCCAGAGTCTCCGCTTCGGGTGGTTGTAGGGTTAGGATTGGGGATCAGGGACAGTTGGT 3332
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 339 TTCCAGAGTCTCCGCTTCGGGTGGTAGTAGGGTTAGGATTGGGGATCAGGGACAGTTGGT 398
Query 3333 ATCTAGCAAAAGTTCGGCTCAAGGCGGTGGTAGTTTCGTGAATTACTTGCCACAGGACGA 3392
||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 399 ATCTAGCAAAAGTCCAGCTCAAGGCGGTGGGAGTTTTGTGAATTACTTGCCGCAGGACGA 458
Query 3393 GGCTGTAGCCGCTGGTCTCGGACCTGATGATGGAGGTTTGGATCCAGTGGAGTCTCAGGG 3452
|||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 GGCTGTTGCCGCTGGTTTAGGGCCTGATGATGGAGGTTTGGATCCAGTGGAGTCTCAGGG 518
Query 3453 AGTGGTGGATCTCCTTAATAGAGAGCTCACAAGGCTGCTTAAGCTTAATCCTAGAGATTT 3512
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 519 AGTGGTGGATCTCCTCAATAGAGAGCTCACAAGGCTGCTTAAGCTCAATCCTAGAGATTT 578
Query 3513 TTGGAGAGAAGTGGCTAGTGATGCATCGTTGCGTGATTTTCTGGATAGCTTCCTGCAGTT 3572
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 579 TTGGAGAGAAGTGGCTAGTGATGCATCGTTGCATGATTTTTTGGATAGCTTCCTGCAGTT 638
Query 3573 TAGAAGCAGATGGTATGATTTCCCTTTTCATG 3604
||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 639 TAGAAGCAGATGGTATGATTTTCCTTTTCATG 670
Score = 198 bits (107), Expect = 4e-49
Identities = 143/158 (91%), Gaps = 11/158 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 3605 ATCGTCTAATAGGGATCCCGGTGCTAGAGCTGCTGATAGCCTCAGTCAGAAAGATCATG- 3663
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 ATCGTCCAATAGGGATCCCGGTGCTAAAGCTGCTGATAGCCTCAGTCAGAAAGATCATGA 809
Query 3664 A----------AGGACAAGAAGTTACTGGACTTGCCAAAGTTATTGGATATATGTGCTAT 3713
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 810 AGTTCTTCTGCAGGACAAGAAGTTACTGGACTTGCCAAAGTTATTGGATATATGCGCTAT 869
Query 3714 ATATGGACATGAGAATGCAGAGCTCACAAAATCCTTAA 3751
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 870 ATATGGACATGAGAATGCAGAGCTCACAAAATCTTTAA 907
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 275416517070
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5