BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg912744
Length=2400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G29400.1 | Symbols: AML5, ML5 | MEI2-like protein 5 | chr1:1... 3936 0.0
> AT1G29400.1 | Symbols: AML5, ML5 | MEI2-like protein 5 | chr1:10290040-10294478
REVERSE LENGTH=2880
Length=2880
Score = 3936 bits (2131), Expect = 0.0
Identities = 2313/2403 (96%), Gaps = 3/2403 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATATTCCACATGAAGCAGAAGCTGGAGCTTGGGGGATTCTCCCTGGATTTGGTCGT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 125 ATGGATATTCCACATGAAGCAGAAGCTGGAGCTTGGGGGATTCTCCCTGGTTTTGGTCGT 184
Query 61 CACCATCATCCCTCCAGTGATGCTACTTTGTTCTCCAGTTCTTTACCTGTTTTTCCCCGT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 185 CACCATCATCCCTCCAGTGATGCTACTTTGTTCTCCAGTTCTTTACCTGTTTTCCCCCGT 244
Query 121 GGAAAACTGCAATTGAGTGATAACAGAGATGGTTTCTCACTGATAGATGATACGGCTGTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 245 GGAAAACTGCAATTGAGTGATAACAGAGATGGTTTCTCACTGATAGACGATACGGCTGTT 304
Query 181 TCTCGCCCAAACAAGTTTAACGAAAGTGCTGATGACTTTGAATCTCATTCCATTGGAAAC 240
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TCTCGCACAAACAAGTTTAACGAAAGTGCTGATGACTTTGAATCTCATTCCATTGGAAAC 364
Query 241 CTGCTCCCTGATGAAGAGGATCTTTTGACTGGGATGATGGATGATCTTGACCTGGGCGAC 300
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 365 CTGCTCCCTGATGAAGAGGATCTTTTGACAGGGATGATGGATGATCTTGACCTGGGGGAG 424
Query 301 TTACCAGATGCTGATGATTATGATCTTTTTGGTAGTGGAGGAGGAATGGAACTTGACACT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 425 TTACCAGATGCTGATGATTATGATCTTTTTGGTAGTGGAGGAGGAATGGAACTTGACGCT 484
Query 361 GATTTTCGAGACAACTTGAGCATGAGTGGTCCTCCAAGGTTATCCCTTTCAAGTCTTGGT 420
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 485 GATTTTCGAGACAACTTGAGTATGAGTGGTCCTCCAAGGCTATCACTTTCAAGTCTTGGT 544
Query 421 GGAAATGCGATTCCGCAATTCAATATTCCAAATGGTGCGGGAACAGTTGCTGGTGAGCAT 480
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 545 GGAAATGCAATTCCGCAATTCAATATTCCAAATGGTGCAGGAACAGTTGCTGGTGAGCAT 604
Query 481 CCTTATGGTGAACATCCCTCGAGAACTTTGTTTGTCCGGAATATTAACAGCAATGTAGAG 540
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 CCTTATGGTGAACATCCCTCGAGAACATTGTTTGTCCGGAATATTAACAGCAATGTAGAA 664
Query 541 GACTCTGAACTCACAGCTCTCTTTGAGCAATACGGTGACATTAGAACGCTCTATACTACT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 665 GACTCTGAACTCACAGCTCTCTTTGAGCAATACGGTGATATTAGAACGCTCTATACCACT 724
Query 601 TGTAAGCATAGGGGATTTGTCATGATATCTTATTATGACATTCGTTCTGCTCGAATGGCT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TGTAAGCATAGGGGATTTGTCATGATATCTTATTATGACATTCGTTCTGCTCGAATGGCT 784
Query 661 ATGCGGTCTTTACAGAATAAGCCATTAAGACGGAGAAAATTAGACATTCACTTCTCAATT 720
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 785 ATGAGGTCTTTACAGAATAAGCCATTAAGACGTAGAAAATTGGACATTCACTTCTCAATT 844
Query 721 CCTAAGGATAATCCATCTGAGAAAGATATGAATCAGGGGACATTAGTGGTTTTTAACCTG 780
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 845 CCAAAGGATAATCCATCTGAGAAAGATATGAATCAGGGGACATTAGTGGTGTTTAACCTG 904
Query 781 GATCCCTCAATTTCTAATGATGACTTACATGGAATTTTTGGTGTTCATGGCGAGATCAAA 840
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 905 GATCCTTCAATTTCTAATGATGACTTACATGGAATTTTTGGTGCTCATGGCGAGATCAAA 964
Query 841 GAGATAAGGGAAACACCACATAAGAGGCATCACAAATTCGTTGAGTTTTATGATGTCCGA 900
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 965 GAGATAAGAGAAACACCACATAAGAGGCATCACAAATTCGTCGAGTTTTATGATGTCCGC 1024
Query 901 GGTGCTGAAGCCGCATTGAAGGCATTAAACAGGTGTGAGATTGCAGGAAAACGTATAAAG 960
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GGTGCTGAAGCAGCATTGAAGGCATTAAACAGGTGTGAGATTGCAGGAAAACGTATAAAG 1084
Query 961 GTTGAACCTAGTCGCCCTGGAGGAGCTCGTCGAAGCCTGATGTTGCAACTTAACCAAGAA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 GTTGAACCTAGTCGCCCTGGAGGAGCTCGTCGAAGCCTGATGTTGCAACTTAACCAAGAT 1144
Query 1021 CTTGAGAACGATGATTTGCATTACCTACCAATGATTGGTTCACCCATGGCAAACTCTCCC 1080
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 CTTGAGAACGATGATTTGCACTACCTACCGATGATTGGTTCACCCATGGCAAACTCTCCC 1204
Query 1081 CCAATGCAAGGTAACTGGATGCTGAACAGTCCCGTGGAAGGTAGTCCGCTTCAAAGTGTA 1140
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 CCAATGCAAGGTAACTGGCCGCTGAACAGTCCCGTGGAAGGTAGTCCGCTTCAAAGTGTA 1264
Query 1141 CTTAGTAGGTCACCTGTTTATGGGTTAAGTCCTACAAGGAACGGCCACTTGTCTGGTTTG 1200
||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 CTTAGCAGGTCACCTGTTTTTGGCTTAAGTCCTACAAGGAACGGCCACTTGTCTGGTTTG 1324
Query 1201 GCTTCTGCTCTAAATTCACAAGGACCAAGCTCGAAGCTTGCACCCATTGGCAGGGGTCAA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 GCTTCTGCTCTAAATTCACAAGGACCAAGCTCGAAGCTTGCACCCATTGGCAGGGGTCAA 1384
Query 1261 AGTGGTAGCAACGGCTTCCAACAGTCATCACATTTATTCCAAGAGCCTAAGCTGGAGAAG 1320
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1385 ATTGGTAGCAACGGCTTCCAACAGTCATCACATTTATTCCAAGAGCCTAAGATGGATAAT 1444
Query 1321 AAGTACACAGGAAATATCTCTCCTTCTGGTCCTTTGATCTCAAATGGTGGTGGAATTGAG 1380
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1445 AAGTACACAGGAAATCTCTCTCCTTCAGGTCCTTTGATCTCAAATGGAGGTGGAATTGAG 1504
Query 1381 ACGTTGTCGGGTTCAGAGTTTCTCTGGGGAAGTCCTAACTCACGCTCTGAACCTTCAAGT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 ACGTTGTCGGGTTCAGAGTTTCTCTGGGGAAGTCCTAACGCACGCTCTGAACCTTCAAGT 1564
Query 1441 TCCTCGGTTTGGTCAACATCATCAACTGGGAATCCACTCTTCTCAGCTCGGGTAGACCGA 1500
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1565 TCCTCGGTTTGGTCAACATCATCCACTGGGAATCCACTCTTCTCAACTCGAGTAGACCGA 1624
Query 1501 TCTGTTCCATTTCCGCATCAGCATCAAAATCAAAGTCGTAGCCATCATCACTTCCATGTT 1560
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 TCTGTTCCATTTCCACATCAGCATCAAAATCAAAGTCGTAGCCATCATCACTTCCATGTT 1684
Query 1561 GGGTCTGCACCATCTGGTGTTCCTCTAGAAAAGCATTTTGGATTCGTCCCAGAGTCTTCA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 GGGTCTGCACCATCTGGTGTTCCTCTAGAAAAGCATTTTGGATTCGTCCCAGAGTCTTCA 1744
Query 1621 AAGGACACTTTGTTCATGAACACTGTTGGTTTTCAAGGAATGAGTGGAATGGGTCTCAAC 1680
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 AAGGACGCTTTGTTCATGAACACTGTTGGTCTTCAAGGAATGAGTGGAATGGGTCTCAAC 1804
Query 1681 GGTGGAAGTTTCTCGTCAAAAATGGCAAATAATGGGATCATTAACCCTGTAAGCATGGCC 1740
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1805 GGTGGAAGTTTCTCTTCCAAAATGGCAAATAATGGGATCATTAACTCTGGAAGCATGGCC 1864
Query 1741 GAAAACGGTTTTTCAAGTTACAGAATGATGTCTTCACCAAGATTCAGCCCCATGTTCTTA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 GAAAACGGTTTTTCAAGTTACAGAATGATGTCTTCACCGAGATTCAGCCCCATGTTCTTA 1924
Query 1801 AGCAGTGGTCTAAACCCAGGACGGTTCACCTCTGGCTTCGACGGTTTGTATGAAAATGGA 1860
||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1925 AGCAGCGGTCTAAACCCAGGGCGGTTCGCCTCTGGCTTTGACAGTTTGTATGAAAATGGT 1984
Query 1861 AGGCCTCGTAGAGTCGAGAACAATTCGAACCAGGTTGAGAGCAGGAAACAGTTTCAACTT 1920
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 AGGCCTCGTAGAGTTGAGAACAATTCGAACCAGGTTGAGAGCAGGAAACAGTTTCAACTT 2044
Query 1921 GATTTGGACAAAATTCTTAATGGAGAGGATTCTCGGACTACCTTGATGATTAAAAACATA 1980
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 GATTTGGAGAAAATTCTTAATGGAGAGGATTCTCGGACTACCTTGATGATTAAAAACATT 2104
Query 1981 CCAAACAAATACACCTCAAAGATGTTGTTAGCTGCAATTGATGAAAAGAACCAAGGAACT 2040
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 CCAAACAAATACACCTCGAAGATGTTGTTAGCTGCAATCGATGAAAAGAACCAAGGAACT 2164
Query 2041 TACAACTTTCTCTATTTGCCCATTGATTTCAAGAACAAATGCAATGTTGGCTATGCATTC 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2165 TACAACTTTCTCTATTTGCCCATTGATTTCAAGAACAAATGCAATGTGGGCTATGCATTC 2224
Query 2101 ATCAACATGCTCACTCCAGAACTCATCATTCCTTTTTACGAGGCTTTTAACGGGAAGAAG 2160
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2225 ATCAACATGCTCAATCCAGAACTCATCATTCCATTTTATGAGGCTTTTAATGGGAAGAAG 2284
Query 2161 TGGGAGAAGTTCAACAGTGAGAAAGTAGCTTCATTGGCATATGCTCGGATACAAGGAAAA 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 TGGGAGAAGTTCAACAGTGAGAAAGTAGCTTCATTGGCATATGCTCGGATACAAGGAAAA 2344
Query 2221 TCTGCCCTTATAGCTCATTTTCAGAACTCAAGCTTGATGAATGAAGATATGCGCTGCCGT 2280
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2345 TCTGCCCTTATAGCCCATTTTCAGAACTCAAGCTTGATGAATGAAGATATGCGTTGTCGT 2404
Query 2281 CCAATTATCTTCGATGCTCCTAACAATCCAGACTCTGTTGAACAGGTTGTCGTTGAGGAA 2340
|||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2405 CCAATTATCTTCGACACTCCCAACAATCCAGAGTCTGTTGAACAGGTTGTTGATGAGGAA 2464
Query 2341 ACTAAGAATGTGGATCTTCTTGACTCTGAGCTCAGTGATGATG--G-CAGAGAGAAAAGC 2397
|||||||| |||| || || |||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 2465 TCTAAGAATATGGACCTCCTCGACTCTCAGCTCAGTGATGATGATGGCAGAGAGAGAAGC 2524
Query 2398 TGA 2400
|||
Sbjct 2525 TGA 2527
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119176093830
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5