BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg912918
Length=2517
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 3807 0.0
ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 3807 0.0
AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1343... 113 7e-24
> ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:145291-152175 REVERSE LENGTH=6885
Length=6885
Score = 3807 bits (2061), Expect = 0.0
Identities = 2113/2139 (99%), Gaps = 0/2139 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTTGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
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Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 61 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
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Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 121 CATAtttttttCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCAAATTTTTAGTATC 180
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
Query 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
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Sbjct 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
Query 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCATATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
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Sbjct 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
Query 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
Query 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
Query 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAATATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
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Sbjct 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
Query 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
Query 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGGTTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
Query 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
Query 661 TATTATATAGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
Query 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
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Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAAATGAAGTGGAG 840
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Sbjct 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 840
Query 841 GGTTTCTTCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
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Sbjct 841 GGTTTCTGCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
Query 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCTGCACGAATCGGAA 1020
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Sbjct 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAT 1020
Query 1021 TTTTTTAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
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Sbjct 1021 TTTTTTAGGAAAATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
Query 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
Query 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGACTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
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Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGTTATTCC 1380
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Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAATGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
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Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
Query 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
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Sbjct 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
Query 1501 TGGTCAGAACTTTATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
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Sbjct 1501 TGGTCAGAACTTCATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
Query 1561 TTGAAGAAAGAACATGATGTTTCTTTTGTCCTTTCCAAGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
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Sbjct 1561 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
Query 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
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Sbjct 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
Query 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
Query 1741 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1800
Query 1801 AgggggggATACACGTTACGCCACGGGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1860
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AGGGGGGGATACACGTTACGCCACGAGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1860
Query 1861 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1920
Query 1921 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 1980
Query 1981 TCGAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2040
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCAAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2040
Query 2041 TATCGAAGGATCAGAAAAAATTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCCA 2100
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2041 TATCGAAGGCTCAGAAAAATTTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCAA 2100
Query 2101 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCA 2139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCA 2139
Score = 562 bits (304), Expect = 6e-159
Identities = 318/325 (98%), Gaps = 0/325 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2140 AGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGATATAATAGGAAATGATACTCTG 2199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 AGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGATCTAATAGGAAATGATACTCTG 2301
Query 2200 AATCATAGAACTATAATAAAAGATACGATCAACCAACATTTATCGAATTTGAAAAAGAGT 2259
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 AATCATAGAACTATAATGAAAGATACGATCAACCAACATTTATCGAATTTGAAAAAGAGT 2361
Query 2260 CAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTACTTTTCTTTCTCAAACCGAGAGATCCATAAATCGG 2319
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 CAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTATTTTTCTTTCTCAAACCGAGAGATCCATAAATCGG 2421
Query 2320 GATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGCAAGAATTTCCAAGAGCATTTG 2379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2422 GATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGCAAGAATTTCCAGGAGCATTTG 2481
Query 2380 GAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGCAGTGTTCGATCAATTATGTATT 2439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 GAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGTAGTGTTCGATCAATTATGTATT 2541
Query 2440 AATAAATATTTGATTGATTGGTCTG 2464
||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2542 AATCAATATTCGATTGATTGGTCTG 2566
> ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:86474-93358 FORWARD LENGTH=6885
Length=6885
Score = 3807 bits (2061), Expect = 0.0
Identities = 2113/2139 (99%), Gaps = 0/2139 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTTGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 61 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 121 CATAtttttttCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCAAATTTTTAGTATC 180
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
Query 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
Query 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCATATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 300
Query 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
Query 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
Query 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAATATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
Query 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
Query 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGGTTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
Query 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
Query 661 TATTATATAGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
Query 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAAATGAAGTGGAG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 840
Query 841 GGTTTCTTCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGTTTCTGCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
Query 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCTGCACGAATCGGAA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 961 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAT 1020
Query 1021 TTTTTTAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTTTTTAGGAAAATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
Query 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1140
Query 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGACTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGTTATTCC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAATGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCTGCTTCCGGAA 1440
Query 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GAAAGCGAAGAATTTCTTGGGAATCCTACAAGAGCCATTCGTTCTTTTTTCTCTGACAGA 1500
Query 1501 TGGTCAGAACTTTATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGGTCAGAACTTCATCTGGGTTCGAATCCTACTGAGAGGTCCACTAGGGATCAGAAATTG 1560
Query 1561 TTGAAGAAAGAACATGATGTTTCTTTTGTCCTTTCCAAGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTGAAGAAAGAACAAGATGTTTCTTTTGTCCCTTCCAGGCGATCGGAAAATAAAGAAATA 1620
Query 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GTTAATATATTCAAGATAATTACGTATTTACAAAATACCGTCTCAATTCATCCTATTTCA 1680
Query 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TCAGATCTGGGATGTGATATGGTTCCGAAGGATGAACTGGATATGGACAGTTCCAATAAG 1740
Query 1741 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATTTCATTCTTGAACAAAAATCCATTTTTTGATTTATTTCATCTATTCCATGAACGGAAG 1800
Query 1801 AgggggggATACACGTTACGCCACGGGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1860
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AGGGGGGGATACACGTTACGCCACGAGTCAGAAGAGAGATTTCAAGAAATGGCAGATCTA 1860
Query 1861 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTCACTCTATCAATAACCGAGCCGGATCTGGTGTATCATAAGGGATTTGCCTTTTCTATT 1920
Query 1921 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATTCCTACGGATTGGATCAAAGACAATTCTTGAAGGAGGTTTTCAACTTCAGGGATGAA 1980
Query 1981 TCGAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2040
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCAAAAAAGAAATCTTTATTGGTTCTACCTCCTATTTTTTATGAAGAAAATGAATCTTTT 2040
Query 2041 TATCGAAGGATCAGAAAAAATTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCCA 2100
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2041 TATCGAAGGCTCAGAAAAATTTGGGTCCGGATCTCCTGCGGGAATTATTTGGAAGATCAA 2100
Query 2101 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCA 2139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 AAAAGAGTGGTATTTGCTAGCAACAACATAATGGAGGCA 2139
Score = 562 bits (304), Expect = 6e-159
Identities = 318/325 (98%), Gaps = 0/325 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2140 AGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGATATAATAGGAAATGATACTCTG 2199
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Sbjct 2242 AGACCTGATCGCAACTTCGAATATGGAATTCAAAGGGATCTAATAGGAAATGATACTCTG 2301
Query 2200 AATCATAGAACTATAATAAAAGATACGATCAACCAACATTTATCGAATTTGAAAAAGAGT 2259
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 AATCATAGAACTATAATGAAAGATACGATCAACCAACATTTATCGAATTTGAAAAAGAGT 2361
Query 2260 CAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTACTTTTCTTTCTCAAACCGAGAGATCCATAAATCGG 2319
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 CAGAAGAAATGGTTCGATCCTCTTATTTTTCTTTCTCAAACCGAGAGATCCATAAATCGG 2421
Query 2320 GATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGCAAGAATTTCCAAGAGCATTTG 2379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2422 GATCCTAATGCATATAGATACAAATGGTCCAATGGGAGCAAGAATTTCCAGGAGCATTTG 2481
Query 2380 GAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGCAGTGTTCGATCAATTATGTATT 2439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 GAACATTTCGTTTCTGAGCGGAAGAGCCGTTTTCAAGTAGTGTTCGATCAATTATGTATT 2541
Query 2440 AATAAATATTTGATTGATTGGTCTG 2464
||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2542 AATCAATATTCGATTGATTGGTCTG 2566
> AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:13431016-13435542
FORWARD LENGTH=4527
Length=4527
Score = 113 bits (61), Expect = 7e-24
Identities = 84/95 (88%), Gaps = 1/95 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 946 TGTGCTCAATTTCATATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAAT 1005
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Sbjct 3093 TGT-CTGAATTTCATATGTGGCAATTCCACCAAGATATCTTCGTTAGTTGGGGCAAGAAT 3035
Query 1006 CTGCACGAATCGGAATTTTTTAGGAAATTATCGAG 1040
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Sbjct 3034 CCGCACTAATCAGATTTTTTTGGGAAAATATTGAG 3000
Lambda K H
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Gapped
Lambda K H
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Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
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Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5