BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg913673
Length=3306
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G45160.2 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein | ... 4187 0.0
> AT1G45160.2 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein
| chr1:17083546-17090545 REVERSE LENGTH=3740
Length=3740
Score = 4187 bits (2267), Expect = 0.0
Identities = 2529/2651 (95%), Gaps = 35/2651 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGAAGAGAATCGTAAGGATCGAGGTGTTTCTTCTACAGTTGCGATTCCTTCTGGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 269 ATGGCGGAAGAGAATCGTAAGGATCGAGGTGTTTCTTCTACTGTTGCGATTCCTTCTGGT 328
Query 61 TTGAACCGGATCAAAACTCGGTTAGCTTCGTCAGGTCTTAGACCTGAAGATTCCTCCGAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 TTGAACCGGATCAAAACTCGGTTAGCTTCGTCAGGTCCTAGACCTGAAGATTCCTCCGAT 388
Query 121 ACCGTTGTAAAACCTCCGTTTAATCGGAATCAGAAGATTATTGTTCCTCGTGGAT-ATGG 179
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||
Sbjct 389 ACCGTTCTTAAACCTCCGTTTAATCGGAATCAGAAGACTATTGTTCCTCGTGG-TCATGG 447
Query 180 TAGAACCACTGGCTCTTCCAAACAAGAGCGTAAAGGAACAAAGTTGTCGAGGTGGCTTGC 239
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 448 TAGAACCACTGGCTCTTCGAAACAAGAGCGTAAGGGAACAAAATTGTCAAGGTGGCTTGC 507
Query 240 TTCCTATAAACCCAAGTATTCTTGTCATCCTCCAAAATATGCTTGCTCGAGTACAACGAG 299
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 TTCCTATAAACCCAAGTATTCTTGTCACCCTCCAAAATATGCTTGCTCGAGTACAACGAG 567
Query 300 TAGTGAGGACATTAAGTTAAGAGTCAAGAACTGTGGTAAAGACGAAGAGATGATCATCAA 359
||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||
Sbjct 568 TAGTGAGGAGATCAAGTTAAGAGGCAAGAACTCTGGTAAAGACGAAGAGAAGATGATTAA 627
Query 360 GGTATCTGAAACTAACCTTCCCTGTTCCAAGTCAATGGGTATAAAGAGCTTTTCCCATGA 419
| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 GATATCTGAAACTAACCCTCCCTGTTCAAAGTCAATGGGTATAAAGAGCTTTTCCCATGA 687
Query 420 ATTAGGGCCAAGGGGTGGTGTTCAAACTCCCTACCCTCGTCCGCACAGCTATAACGATCT 479
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 ATTAGGACCAAGGGGTGGTGTTCAAACTCCCTACCCTCGTCCGCACAGCTATAACGATCT 747
Query 480 GAAGGAACTTCTGGGCTCACTTCACTCAAGATTTGATGTTGCTAAAGAGACCGTGGATAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 748 GAAGGAACTTCTGGGCTCACTTCACTCAAGATTTGATGTTGCTAAAGAGACTGTGGATAA 807
Query 540 AAAGTTGGATGTCTTTGTCATAGATGTGAAAGAGGCTATGGAGAAAATGGATCCACCATG 599
||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 808 GAAGCTGGATGTCTTTGTCAGAGATGTCAAAGAGGCTATGGAGAAAATGGATCCATCATG 867
Query 600 TCCTGAAGATCGAGAAATGGCAGAGGAGTTACTTGATGTGGCTCGAGCCTGTATGGAGAT 659
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 TCCTGAAGATCGAGAAATGGCAGAGCAGTTACTTGATGTGGCTCGAGCCTGTATGGAGAT 927
Query 660 GACATCTGCTCAACTTCGTGCTACTTGTGAATCGATTGTCCACGACTTAACTAGGAAAAG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 928 GACATCTGCTCAACTTCGTGCTACTTGTGAATCTATTGTCCAAGACTTAACTAGGAAAAG 987
Query 720 GAAACAGTGCCAAGCAGGACTTGTGAAGTGGTTGTTCTCTCAGTTGCTTTTTATATTGAC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 GAAACAGTGCCAAGCAGGACTTGTGAAGTGGTTGTTCTCTCAGTTGCTTTTTATATTGAC 1047
Query 780 TCATTGTACAAGAGTTGTGATGTTTCAGAAGGAGACGGAGCCAATTGATGAGAGCTCCTT 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 TCATTGTACAAGAGTTGTGATGTTTCAGAAGGAGACTGAGCCAATTGATGAGAGCTCCTT 1107
Query 840 TCGCAAATTCAAGGAATGTTTAGAACGCATCCCTGCTTTGGAAACAGATTGGGGTTCTAC 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 TCGCAAATTTAAGGAATGTTTAGAACGCATCCCTGCTTTGGAAACAGATTGGGGTTCTAC 1167
Query 900 TCCTAGAGTTGATGATTCTGGTTCTGGTTATCCTAAATACCAAAGGGATGAAGCTGGGCA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1168 TCCTAGAGTTGATGATTCTGGTTCTGGTTATCCTGAATATCAAAGAAATGAAGCTGGGCA 1227
Query 960 -AAAGTTCAAAAGACGAGAGACAGAATCATTGGAGTCAGAGACAACTTTTGATTATGTGA 1018
||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1228 GAAA-TTCAAAAGACGAGACAAAGAATCTTTGGAGTCAGAGACAGCACTTGATTATGTGG 1286
Query 1019 TTCCAAATGATCATAGCAATAATGCTGCTACG-GAAGGTTATGCGGCTGCTAAACAGGAA 1077
| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1287 TACCAAATGATCATGGCAATAATGCTGCTA-GAGAAGGTTATGCAGCTGCTAAACAAGAA 1345
Query 1078 TTTCCATCGCAGGAACCTCAATTTGATAGTAAAGTGGTACAACAAAGATTTTATTTGAGC 1137
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 TTTCCATCGCATGAACCTCAATTTGATAGTAAAGTGGTAGAACAAAGATTTTATTTGAGC 1405
Query 1138 GATGAGTATGAACATAAGATGCT-AAATGAGCCTGTAAAAGAGTTAGGCAGATCTGATTA 1196
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1406 GATGAGTATGAAGATAAGATG-TCAAATGAGCCTGGAAAAGAGTTAGGCGGATCTGATTA 1464
Query 1197 TGTAATCTGCAGGATATGTGAAGAGGAAGTTCCTCTCTCCCATCTGGAACCTCACTCTTA 1256
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1465 TGTAATCTGCAGGATATGTGAGGAGGAAGTTCCTCTCTTCCATCTGGAACCGCACTCTTA 1524
Query 1257 CATATGTGCATACGCAGATAAATGTGAAATAAATTGTTTGGATGTTGATGAGCGCCTTTT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CATATGTGCATACGCAGATAAATGTGAAATAAATTGTGTGGATGTTGATGAGCGCCTTTT 1584
Query 1317 GAAACTTGAGGAGATACTGGAACAGATAATTGATTCAAGAAGTTTAAATTCCTTCACTCA 1376
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 GAAACTGGAGGAGATACTGGAACAGATAATTGATTCACGAAGTTTAAATTCCTTCACTCA 1644
Query 1377 AGCTGGTGGCTTGGAAAACTCTGTTCTGCGGAAACCTGGAGTTGCATCTGAAGGTTGTTC 1436
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 AGCTGGTGGCTTGGAAAACTCTGTTCTGCGGAAATCTGGAGTTGCATCTGAAGGTTGTTC 1704
Query 1437 TCCCAAGATAAACGAATGGCGGAATAAAGGTTTAGAGGGGATGTTTGAGGATCTGCATGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1705 TCCCAAGATAAACGAATGGCGGAATAAAGGTTTAGAGGGAATGTTTGAGGATCTGCACGA 1764
Query 1497 GATGGACACTGCCTTCATAGACGAGTCTTACACATATCCTATTAACCTTAAGAGCCATGT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1765 GATGGACACTGCCTTCATAGACGAGTCTTACACATATCCTATTCACCTTAAGAGCCATGT 1824
Query 1557 AGGGGCCAAAATATGCCATCATGCCACTTCATCATCAACAGGTAGCATCACGTCAGTATC 1616
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 AGGGGCCAAATTTTGCCATCATGCCACTTCATCATCAACAGGTAGCATCACGTCAGTATC 1884
Query 1617 TTCAACAAATACCCCCAGAACAAGTCACTTTGACTCCTATTGGCTAGAACGGCATTGTCC 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 TTCAACAAATACCCCCAGAACAAGTCACTTTGACTCCTATTGGCTAGAACGGCATTGTCC 1944
Query 1677 AGAGCAAGAGGATCTTCAACTGATGATGGACCTTTCTGATATTGCCCGCTGTGGAGCAAG 1736
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 AGAGCAAGAGGATCTTCGACTGATGATGGACCTTTCTGATATTGCCCGCTGTGGAGCAAG 2004
Query 1737 CACAGATTTATCGAAAGAGGGGTCCTGTGACTATATAATGGCCTGCATGCAAGACATACA 1796
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2005 CACAGATTTCTCGAAAGAGGGGTCCTGTGACTATATAATGGCATGCATGCAAGACATACA 2064
Query 1797 AGCTGTCTTGAAGCAGGGCAAGCTCAAAGCACTTGTAATAGATACTTTTGGGGGGCGGAT 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2065 AGCTGTCTTGAAGCAGGGCAAGCTCAAAGCACTTGTAATAGATACTTTCGGGGGGCGGAT 2124
Query 1857 CGAGAAACTTCTCTGCGAGAAATATTTATATGCTCGTGAATTGACTGCCGATAAAAGTTC 1916
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 CGAGAAACTTCTCTGCGAGAAATATTTACATGCTCGTGAATTGACTGCCGATAAAAGTTC 2184
Query 1917 AGTGGGTAACGTTAAAGAGAGTGAAGATGTCTTGGAGCATGCATCGGCTACTCCACAGTT 1976
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 GGTGGGTAACATTAAAGAGAGTGAAGATGTCTTGGAGCATGCATCGGCTACTCCACAGTT 2244
Query 1977 ACTGCTGAAAGATAGGATAAGCATCGATGACTTTGAGATCATCAAACCAATAAGTAGAGG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 ACTGCTGAAAGATAGGATAAGCATCGATGACTTTGAGATCATCAAACCAATAAGTAGAGG 2304
Query 2037 TGCCTTTGGTAAAGTCTTTCTTGCACGCAAAAGAACAACAGGGGACTTTTTTGCAATAAA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2305 TGCCTTTGGTAAAGTCTTTCTTGCACGCAAAAGAACAACTGGAGACTTTTTTGCAATAAA 2364
Query 2097 GGTACTCAAAAAGTTGGATATGATAAGGAAAAACGATATCGAGCGGATACTGCAAGAGCG 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2365 GGTACTCAAAAAGTTGGATATGATAAGGAAAAATGATATCGAGAGGATACTACAAGAGCG 2424
Query 2157 AAATATACTAATAACTGTCAGATACCCCTTTTTGGCTGAACACCTGATCTTATTAATGCA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||| |
Sbjct 2425 AAATATACTAATAACTGTCAGATACCCCTTTTTGGTT---C----GATTTTTTTA---C- 2473
Query 2217 GGTTCGAtttttttATTCATTCACCTGCAGAGATAATCTCTACTTGGTAATGGAATATCT 2276
| | ||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 --T-C-ATT--------CA--C-C-TGCAGAGATAATCTCTACTTGGTAATGGAATATCT 2517
Query 2277 TAATGGTGGTGATCTATACTCTCTGCTCCAGAAAGTTGGCTGTCTTGACGAGGAAATTGC 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2518 TAATGGTGGTGATCTATACTCTCTGCTCCAGAAAGTTGGCTGTCTTGACGAAGAAATTGC 2577
Query 2337 TCGTATATACATCGCGGAACTGGTTCTTGCATTGGAGTACCTCCATTCTCTGAAAATTGT 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2578 TCGTATATACATCGCGGAACTGGTTCTTGCATTGGAGTACCTCCATTCTCTGAAGATTGT 2637
Query 2397 GCACCGTGATCTAAAGCCTGATAACCTGTTAATCGCCTATAATGGGCACATCAAGCTAAC 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 CCACCGTGATCTAAAGCCTGATAACCTGTTAATCGCCTATAATGGGCACATCAAGCTAAC 2697
Query 2457 AGACTTTGGGCTTTCAAAGATTGGTCTTATAAACAACACAATTGATTTATCTGGCCATGA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 AGACTTTGGGCTTTCAAAGATTGGTCTTATAAACAACACAATTGATTTATCTGGCCATGA 2757
Query 2517 GTCAGATGTATCCCCAAGAACAAGTTCTCATCCTTTTCAGAAGAACCAAGAAGAAGAAAG 2576
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 GTCAGATGTATCCCCAAGAACAAATTCTCATCATTTTCAGAAGAACCAAGAAGAAGAAAG 2817
Query 2577 AATTCGGCATTCAGCTGTTGGGACGCCTGACTACTTGGCGCCAGAGATTCTTCTTGGAAC 2636
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 AATTCGGCATTCGGCTGTTGGGACACCTGACTACTTGGCACCAGAGATTCTTCTTGGAAC 2877
Query 2637 TGAACACGGTT 2647
|||||||||||
Sbjct 2878 TGAACACGGTT 2888
Score = 878 bits (475), Expect = 0.0
Identities = 556/594 (94%), Gaps = 9/594 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2716 GGTTATGCTTCGGATTGGTGGTCTGTTGGAATCGTCTTGTTCGAATTGA-TAACTGGAAT 2774
||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||||||||
Sbjct 2885 GGTTATGCTGCGGATTGGTGGTCTGCTGGAATTGTCTTGTTTGAATT-ATTAACTGGAAT 2943
Query 2775 TCCACCTTTTACAGCAGCCCGCCCAGAGATAATATTTGACAACATCCTCAATGGAAAAAT 2834
|||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2944 TCCACCTTTTACCGCATCCCGCCCAGAGAAAATATTTGACAACATCCTCAATGGTAAAAT 3003
Query 2835 GCCCTGGCCAGATGTGCCTGGTGAAATGTCATATGAAGCTCAGGATTTGATTAACAGGCT 2894
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004 GCCCTGGCCAGATGTTCCTGGTGAAATGTCTTATGAAGCTCAGGATTTGATTAACAGGCT 3063
Query 2895 TCTTGTCCATGAGCCGGAAAAGCGACTGGGGGCAAATGGGGCTGCAGAGGTAAAGTCACA 2954
||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3064 TCTTGTCCATGAGCCGGAAAAGCGACTGGGGGCGAACGGTGCTGCAGAGGTAAAGTCGCA 3123
Query 2955 TCCCTTCTTTCAAGGAGTTGACTGGGACAATCTTGCTTTGCAAAAGGCTGCTTTTGTACC 3014
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3124 TCCCTTTTTTCAAGGAGTTGACTGGGAGAATCTTGCTTTGCAAAAGGCTGCTTTTGTTCC 3183
Query 3015 GCAGCCTGAGAGTATAGCTGACACAAGCTATTTCGTATCACGATTCT-GTGAAAACAG-T 3072
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||| |
Sbjct 3184 GCAACCTGAGAGTATAAATGACACAAGCTATTTCGTATCACGCTT-TAGTGAAAGCAGTT 3242
Query 3073 GCCAGCGATAGTGAAACTGACAACAACAGCGGGTCATTTCCAGATTCAGGAGACGAGTTG 3132
| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 G-CAGCGATACTGAAACTGGTAACAACAGTGGGTCAAATCCAGATTCAGGAGACGAGTTG 3301
Query 3133 GATGAATGCACCAACCTGGAGAAGTTTGATTCTCCACCTTATTATCTCTCGCTCATTAAC 3192
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3302 GATGAATGCACCAACCTGGAGAAGTTTGATTCTCCGCCTTATTATCTCTCGCTCATTAAC 3361
Query 3193 TTTTCTTTCAAGAATTTGTCACAATTGGCTTCAATCAATCATGATGTGCTATTGCAAAAG 3252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3362 TTTTCTTTCAAGAATTTGTCACAATTGGCTTCAATCAATCATGATGTGCTATTGCAAAAG 3421
Query 3253 GATCCAGCTAAAGGAGGAGGAGGAGACTCACCCTTTAAAAGCCATGGAACGTAG 3306
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3422 GATCCAGCTAAAGGAGGAGGAG-A--CTCACCCTTTAAAAGCCATGGAACGTAG 3472
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164497406097
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5