BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg917525
Length=1929
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G58080.1 | Symbols: ARR18, RR18 | response regulator 18 | ch... 3048 0.0
> AT5G58080.1 | Symbols: ARR18, RR18 | response regulator 18 |
chr5:23501785-23504143 REVERSE LENGTH=1901
Length=1901
Score = 3048 bits (1650), Expect = 0.0
Identities = 1834/1920 (96%), Gaps = 23/1920 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 GGAAGCACTGAAGATGGAAGGCATGACAAGTTTCCGGTAGGAATGAGGGTCCTTGCTGTG 69
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3 GGAAGCACTGAAGATGGAAGGCATGACAAGTTTCCTGTAGGAATGAGGGTTCTTGCTGTG 62
Query 70 GATGACAATCCAACCTGCCTTCGCAAACTCGAAGAGTTGCTCCTTCGCTGCAAGTATCAT 129
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 63 GATGACAATCCAACCTGCCTTCGGAAACTCGAAGAGTTGCTGCTTCGTTGCAAGTATCAT 122
Query 130 GTGACAAAGACAATGGAGTCGAGGAAAGCTCTGGAATTGCTGAGACAAAACAGCAACATG 189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 123 GTGACAAAGACAATGGAGTCGAGGAAAGCTCTGGAAATGCTGAGAGAAAACAGCAACATG 182
Query 190 TTTGATCTGGTCATAAGCGATGTAGAGATGCCAGACACGGATGGCTTTAAGTTGCTTGAG 249
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 183 TTTGATCTGGTGATAAGCGATGTAGAGATGCCAGACACGGATGGTTTTAAGTTGCTTGAA 242
Query 250 ATCGGTCTTGAAATGGACCTTCCTGTCATCATGTTGTCAGCTCATAGCGACTATGACAGC 309
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 ATTGGTCTTGAAATGGACCTTCCTGTCATCATGTTGTCAGCTCATAGCGACTATGACAGC 302
Query 310 GTTATGAAAGGTATTATACATGGCGCTTGCGATTATCTGGTCAAGCCTGTTGGACTCAAG 369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GTTATGAAAGGTATTATACATGGCGCTTGCGATTATCTGGTCAAGCCTGTTGGACTCAAG 362
Query 370 GAGCTTCAGAATATATGGCATCATGTTGTGAAGAAGAACATTAAATCTTACGCCAAAAAC 429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 363 GAGCTTCAGAATATATGGCATCATGTTGTGAAGAAGAACATTAAATCTTACG-C-AAAAC 420
Query 430 ATAGGCCCTTCTCGCCAACTTCTCCCACCTTCTGAATCCAATCTCGTCCCAAGCGCCAGC 489
| | ||| ||| ||||| | |||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 421 -T--G-----CTC-CCACCTTCT--GA--ATCTG-AT----TC-CGTCCCAAGCGCCAGC 461
Query 490 AAAAAACGGAAAGAAAAAGCCAATGACAGTGGTGATGAAGATGACAGTGACAGAGAAGAG 549
| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 AGGAAACGGAAAGACAAAGTCAATGACAGTGGTGATGAAGATGACAGTGACAGAGAAGAG 521
Query 550 GATGATGGTGAGGGGAGTGAACAGGATGGTGACGAGTCAGGTACGCGGAAGAAGCCACGT 609
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 GATGATGGTGAGGGGAGTGAACAGGATGGTGACGGGTCAGGTACGCGGAAGAAGCCACGT 581
Query 610 GTTGTTTGGTCGCAGGAGCTCCACCAGAAGTTTGTCAGTGCTGTTCAGCAATTGGGCCTC 669
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 582 GTTGTTTGGTCTCAGGAGCTTCACCAGAAGTTTGTCAGTGCCGTTCAGCAATTGGGCCTC 641
Query 670 GACAAGGCTGTTCCCaaaaaaaTACTTGATCTCATGAGTATAGAAGGTCTCACTAGGGAA 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 GACAAGGCTGTTCCCAAAAAAATACTTGATCTCATGAGTATAGAAGGTCTCACTAGGGAA 701
Query 730 AACGTAGCCAGCCATTTGCAGAAGTACAGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAG 789
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 AACGTAGCCAGTCATTTGCAGAAGTACAGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAG 761
Query 790 CAGCAAAATATGACCCCAGATGCATTTGGAACCAGAGATTCATCTTACTTTCAGATGGCT 849
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 CAGCAAAATATGACCCCAGATGCATTTGGAACAAGAGATTCATCTTACTTTCAGATGGCT 821
Query 850 CAACTTGATGGACTTAGAGATTTTACTGCCACAAGACAAATTCCAAGCTCGGGACTCTTA 909
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 822 CAACTTGATGGACTTAGAGATTTTACTGCCGCAAGACAAATTCCAAGCTCAGGACTCTTA 881
Query 910 TCGCGTTCCCATCTCACCAAACTTCAACCCCCTATGTATTCATCAATAAATCTCCAAGGA 969
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 882 TCGCGTTCCCATCTCACCAAACTCCAACCCCCTATGTATTCATCGATAAATCTCCAAGGA 941
Query 970 ATGAACTCCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCATAACTCAAGCAACTCAGCTAAT 1029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 942 ATGAACTCCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCAGAACTCAAGCAATTCAGCTAAT 1001
Query 1030 CCATTTGGAACATATCACACTACTCTGTCACCAAGAATCCAGAACGTGAATCTGTTTCAG 1089
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 CCGTTTGGAACATATCACAGTACTCTGTCACCAAGAATCCAGAACGTGAATCTGTTTCAG 1061
Query 1090 CGAACTTCATCTCCACTAGAAACCCTCCAGTTTCCGAGGAGCAAGTCATACATCGGAGAT 1149
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1062 CGAACTTCATCTCCACTAGAACCCCTCCAGTTTCCTAGAAGCAAGTCATACATTGGAGAT 1121
Query 1150 TTTAAAGGCATAGGGGACCGAGC-AGTTGGCGGTAGCTTCCTAGATTCTTGTATGCCATT 1208
||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1122 TTTAAAGGCTTAGGGGACAGAGCTA-TTGGCGGTAGCTTCCTAGATACTTGTATGCCATT 1180
Query 1209 TGGTAGCTCTAGCACCTCTTTGCCAAGTGCTTCCACCAATACTCTAATGTTGCAAGCAAA 1268
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TGGTAGCTCTAGCACCTCTTTACCAAGTGCTTCCACCAATCCTCTAATGTTGCAAGCAAA 1240
Query 1269 CTATACACAACCCCTGCATATATCCTCAGATGGAAATCAGCCTTGCATCGAGGGAACTCC 1328
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 CTATACACAACCCCTGCATATAGCCTCAGATGGAATTCAGCCTTGCATCGAGGGAACTCC 1300
Query 1329 GTCCAACTCTGCCTCCCCAAACATCAGTTTCCAAGGCTTATCTAGATTTCCAAGTCATAG 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1301 GTCCAACTCTGCCTCCCCAAACATCAGTTTCCAAGGCTTATCTAGATTTCCTGGTCATAG 1360
Query 1389 CTGGCAAGGGAATTTGAACACAACCAGATTCCCACCGAGTTCCTTACCTCTAAATCCTGC 1448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1361 CTGGCAAGGGAATTTGAACACAACCAGATTCCCACCGAGTTCCTTACCACTAAATCTTGC 1420
Query 1449 TTTCTTGCCGGATCAAGTGACATGTGCAGGGAACAATCTGGGAGATTGTACCTCTTTGGT 1508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1421 TTTCTTGCCGGATCAAGTGACATGTGCAGGGAACAATCTGGGAGATTGTACTTCTTTGGT 1480
Query 1509 TTCTGCAGGGAATCCTGGTGGAGAGATTCAGTGTGAGCCTCAGTTACTTGGCGGCTTCAT 1568
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1481 TTCTGCAGAGAATCCTGGTGGAGAGATGCAGTGTGATCCTCAATTACTTGGCGGCTTCAT 1540
Query 1569 GCAGAACATGAATCCGTTAGACGGACAGAAATGGGAGCAACAAAACTGCACCATGCTGAA 1628
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1541 GCAGAACGTGAATCCGTTAGGCGGACAGAAATGGGAGCAACAGAACTGCACCATGCTGAA 1600
Query 1629 CAATCCATTCGGTAACATTGAGTATCCTCTACCCGCAGATAACATGGTTTTCAGAGACAA 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 CAATCCATTCGGTAACATTGAGTATCCTCTACCCGCAGATAACATGGTTTTCAGAGACAA 1660
Query 1689 CAATGCAACCAGAAGCAAAGGCTTGGATGAGTCACTGATGAACCCAATAGACAACAGTCA 1748
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 CAATTCAACCAGAAGCAAAGGCTTGGATGAGTCACTGATGAACCCAATAGACAACAGTCA 1720
Query 1749 GGAGTATGTTGGAAAAGCTACTACAATGCTGGATCCAGAGATGAAGTCAGGAAAGCCAGA 1808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1721 AGAGTATGTTGGAAAAGCTACTACAATGCTGGATCCAGAGATGAAGTCGGGAAAGCCAGA 1780
Query 1809 GAATGACAACCAGCACGATGTATTCGATGACCTAATGAATGAGATGATGAAACAGGAGGA 1868
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 GAATGACAACCAGCATGATGTATTCGATGACATAATGAATGAGATGATGAAACAGGAGGA 1840
Query 1869 GAATAACGGAATGGTGTCAGTGGCTACTAGATTTGGCTTTGATTCGTTTCCTCCGCCTTA 1928
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1841 GAATAACGGAATGGTGCCAGTGGCTACTAGATTTGGCTTTGATTCATTTCCTCCACCTTA 1900
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95531637135
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5