BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg917635
Length=2202
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G58980.1 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal cerami... 3391 0.0
> AT5G58980.1 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase
| chr5:23811449-23814683 REVERSE LENGTH=2404
Length=2404
Score = 3391 bits (1836), Expect = 0.0
Identities = 2085/2207 (94%), Gaps = 10/2207 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGAGGCGGTCTGTGTCTATGCACTGCATATTGTTCTTGCTATTTCTGTTGAAGATC 60
||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 203 ATGACGAGGTGGTCTATGTCTATGCACTGCACATTGTTCTTGCTATTTCTGTTGAGGCTC 262
Query 61 A-TATGTGTATTTTCGGATTCCGATTATTTGATCGGTCTTGGAAGCTATGACATCACGGG 119
| | ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 263 ACT-TGTATATTCTCAGATTCCGATTATTTGATGGGTCTTGGAAGCTATGACATCACAGG 321
Query 120 ACCTGCAGCTGATGTCAACATGATGGGATATGCTAACATGGAACAAGTAACATCCGGTGT 179
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 322 ACCTGCAGCTGATGTTAACATGATGGGTTATGCTAACATGGAACAAGTAGCATCTGGTGT 381
Query 180 TCACTTCAGGCTTAGAGCTCGCGCGTTCATCGTGGCTGAGCCATACAAGAAAAGGATTGC 239
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 TCACTTCAGGCTCAGAGCTCGTGCGTTCATCGTGGCTGAGCCATACAAGAAAAGGATTGC 441
Query 240 TTTTGTTAATCTTGATGCTGGTATGGCCTCACAGCTTGTGACAATCAAAGTGATTGAAAG 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 442 TTTTGTTAATCTTGATGCTGGTATGGCCTCACAGCTTGTGACCATCAAAGTGATTGAAAG 501
Query 300 ATTGAAACAGAGGTACGGTGAGCTTTATACTGAGGAAAATGTTGCAATTAGTGGAACTCA 359
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 ATTGAAACAGAGGTACGGTGAGCTTTATACGGAGGAAAATGTTGCAATTAGTGGAACTCA 561
Query 360 TACTCATGCTGGCCCAGGGGGTTATCTCCAATACATTCTGTACTTAGTTACATCTCTCGG 419
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 TACTCATGCTGGTCCAGGGGGTTATCTCCAATACATTTTGTACTTAGTTACATCTCTCGG 621
Query 420 GTTTGTTCATCAGTCGTTCAATGTTCTTGTGGACGGTATAGAGAAAAGTATCATACAAGC 479
|||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 622 GTTTGTTCATCAATCTTTCAATGCTCTTGTGGACGGTATAGAGCAAAGTATTATACAAGC 681
Query 480 TCATGAAAATCTCCGTCCCGGGTCCATTTTAATCAACAAAGGGGATCTCTTGGATGCTGG 539
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 682 TCATGAAAATCTTCGTCCCGGGTCCATTTTAATCAACAAAGGGGAGCTCTTGGATGCTGG 741
Query 540 TGTGAACCGTAGTCCCAGCGCATACCTTAACAATCCGGCACATGAACGTAGTAAATATGA 599
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TGTGAACCGTAGTCCCAGTGCTTACCTTAACAATCCGGCACATGAACGTAGTAAATATGA 801
Query 600 ATATGATGTCGATAAAGAGATGACACTTGTCAAGTTCGTTGATGATCAATGGGGTCCAGT 659
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 ATATGATGTAGATAAAGAGATGACACTTGTCAAATTCGTTGATGATCAATGGGGTCCAGT 861
Query 660 GGCACGTCTCATGGAAGACTGGTTTGAAC-AAAAAGACTGCCG-CGCATCAAATGATTTT 717
||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| || | | | |||| |||| ||
Sbjct 862 GGCACGTATCATGGAAGACTGGTTTGAACGAGAAA-ACGGTTGTAG-ATCAGTTGATGTT 919
Query 718 GAATCTCATAGAAGGGTCTCAAGCATAATCACAGATCCTCATGATCAAGATTTGATGGAA 777
||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 920 GAATCTCCTAGAAGAGTCTCAAGCATAATCAGTGATCCTTATGATCAAGATTTGATGGAA 979
Query 778 ATGGCATCCTCGTTACTGTCTACAGGCGGTAAAACCGTTACAAGGATGTCAAGCATTGCT 837
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 980 ATGGCATCCTCGTTACTGTCTACCGGCGGTAAAACCGTTACAAGGATGTCAAGCGTTGCT 1039
Query 838 AAG-CGGGTCAGAAGTGGATTCAGACACGCTGACAAACCTAGCTTTGTCTCTGCCTTCTG 896
|| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1040 -AGACGGGTCAGAAGTAGATTTAGACACGCTGACAAACCTAGATTTGTCTCTGCCTTCTG 1098
Query 897 TCAAACTAACTGCGGTGATGTTAGTCCGAACGTGTTGGGAGCATTCTGTATAGACACAGG 956
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1099 TCAAACTAACTGCGGTGATGTTAGTCCGAATGTGTTGGGAGCCTTCTGTATAGACACAGG 1158
Query 957 CCTTCCTTGTGACTTCAACCACAGTACTTGTGGTGGAAAGAATGAACAGTGCTACGGCCG 1016
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1159 CCTTCCTTGTGAATTCAACCAAAGTACTTGTGGTGGAAAGAATGAGCAATGCTACGGCCG 1218
Query 1017 TGGACCAGGCTACCCTGATGAATTTGAGAGTACCCGCCTTATTGGAGAGAGGCAGTTCAA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 TGGACCAGGCTACCCTGATGAATTTGAGAGTACCCGCATTATTGGAGAGAGGCAGTTCAA 1278
Query 1077 GAAGGCTGCGGATCTTTTCACTAAAGCCTCTGAGGAGATACAAGGAAAAGTTGACTATCG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 GAAGGCTGCGGATCTTTTCACTAAAGCCTCTGAGGAGATACAAGGAAAAGTTGACTATCG 1338
Query 1137 TCATGCTTTTGTTGATTTCTCTCAGCTTGAAGTGACGATTATTGGACAAGATGGAGGTTC 1196
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1339 TCATGCATATGTTGATTTCTCTCAGCTTGAAGTGACGATTAATGGACAAAATGGAGGTTC 1398
Query 1197 CAAAGTGGTGAAAACATGTCCAGCTGCAATGGGTTTTGGTTTCGCTGCAGGAACAACTGA 1256
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 CGAAGTGGTGAAAACATGTCCAGCTGCAATGGGTTTTGGTTTCGCTGCAGGAACAACTGA 1458
Query 1257 TGGACCTGGAGCATTTGACTTTAAACAAGGAGATGATCAGGGAAATCCTTTCTGGAGGCT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TGGACCTGGAGCATTTGACTTTAAACAAGGAGATGATCAGGGAAATCCTTTCTGGAGGCT 1518
Query 1317 TGTAAGGAACCTTCTCAAGAATCCAACTGAGGAACAGGCCCGATGCCAGCGACCTAAACC 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 1519 TGTAAGGAACCTTCTCAAGAATCCAACTGAGGAACAAGTACGATGCCAACGACCTAAACC 1578
Query 1377 CATATTGCTTGATACCGGTGAAATGAAACAACCATACGACTGGGCGCCGTCGATATTACC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 CATATTGCTTGATACCGGTGAAATGAAACAACCATACGACTGGGCGCCGTCGATATTACC 1638
Query 1437 AGTTCAGATCCTCCGTATTGGCCAGCTAGTGATTCTCTGCGTCCCCGGAGAATTCACAAC 1496
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 AGTTCAGATCCTCCGCATTGGCCAGCTAGTGATTCTCTGCGTCCCCGGAGAATTCACAAC 1698
Query 1497 AATGGCAGGGAGGCGACTCCGGGATGCTGTGAAAACAGTGCTTAAGGAAGGCAGCAACGG 1556
|||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1699 AATGGCAGGGAGGCGACTACGTGATGCCGTGAAAACAGTGCTTAAAGAAGGCAGCAATGG 1758
Query 1557 AGGAGAATTTAGCATGGTCATAGCTGGGCTAACCAATTCGTACTCGCAGTATATCGCCAC 1616
| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1759 AAGAGAATTCAGCGTGGTAATAGCCGGGCTAACCAATTCGTATTCGCAGTATATTGCCAC 1818
Query 1617 ATTTGAGGAATACCAAGTTCAGAGATATGAGGGTGCATCGACTTTGTATGGACCTCACAC 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 ATTTGAGGAATACCAAGTTCAGAGATATGAGGGTGCATCGACTTTGTATGGACCTCACAC 1878
Query 1677 GCTAAGCGGATACATTCAAGAATTCAAGAAACTAGCAAATGATCTTCTATCTGGC-CAAA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1879 GCTAAGCGGATACATTCAAGAATTCAAGAAACTAGCAAATGATCTTCTATCTG-CTCAAA 1937
Query 1736 CCACAGACCCGGGGCCGCAGCCACCTGACCTACTTCACAAGCAAATAAGCTTACTAACAC 1795
|||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 CCACTGACCCGGGTCCCCAACCACCTGACTTACTTCACAAGCAAATAAGCTTACTAACAC 1997
Query 1796 CTGTGGTTGCGGATATGACACCAATTGGAACTGAATTCGGAGATGTCATATCGGATGTTC 1855
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1998 CTGTTGTTGCGGATATGACACCAATTGGAACTGCATTCGGAGATGTTACATCGGATGTTC 2057
Query 1856 CTCGATTTTCCAAATTTAAAAAGGGAACTGACATAGTAACGGTTCAATTCCGGTCAGCTA 1915
|||| || |||||||| | |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 CTCGGTTATCCAAATTCAGGAAGGGAGCTGACATAGTGAGGGTTCAATTCCGGTCAGCTA 2117
Query 1916 ACCCAAGAAATGATCTGATGACAGAAGGGACATTCGCGCTTGTTGAGAGGTGGCTCGAGG 1975
|||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2118 ACCCGAGAAACGATCTGATGACGGAAGGAACTTTCGCGCTTGTTGAGAGGTGGCTCGAAG 2177
Query 1976 GAAGAGAGACATGGGTACCCGTTTATGATGATGATGACTTTTGCGTCCGGTTTAAGTGGT 2035
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2178 GAAGAGAGACATGGGTACCTGTTTATGATGATGATGACTTTTGCCTCCGGTTTAAGTGGT 2237
Query 2036 CAAGACCGTTCAAACTCAGTACGCAGAGCACAGCTACAATCGAATGGAGAATCCCTGAAA 2095
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 CAAGACCGTTTAAACTCAGCACGCAGAGCACAGCAACTATCGAATGGAGAATCCCTGAAA 2297
Query 2096 CTGCATCACCTGGTGTATATAGAACCACTCACTTTGGTTCAGCTAAAACACCTATAAGCT 2155
| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2298 CCGCATCACCTGGTGTTTATAGAATCACTCACTTTGGTTCAGCTAAAACTCCTATAAGCT 2357
Query 2156 CCATTCACCATTTCTCTGGTTCATCTAGTGCCTTTGTTGTATATTGA 2202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 CCATTCACCATTTCTCTGGTTCATCTAGTGCCTTTGTTGTATATTGA 2404
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109236385920
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5