BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg918173
Length=1410
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G63890.2 | Symbols: ATHDH, HISN8, HDH | histidinol dehydroge... 2333 0.0
> AT5G63890.2 | Symbols: ATHDH, HISN8, HDH | histidinol dehydrogenase
| chr5:25565431-25568206 REVERSE LENGTH=1672
Length=1672
Score = 2333 bits (1263), Expect = 0.0
Identities = 1361/1410 (97%), Gaps = 0/1410 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCCATCAATCTGTCTCGTCTTTCGCTTCTCTCGTCCCCACGTATCTCGATTTCAACT 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 103 ATGTCCCTCAATCTGTCTCGTCTTTCGCTTCTCTCGTCCCCACGTATCTCGATTTCAACT 162
Query 61 CACGCTCCTCACAAAGGATACGTTTGTTGCTCGATGAAGTCTTACCGATTATCTGAACTT 120
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 163 CACGCTCCTCGGAAAGGATACGTTTGTTGCTCTATGAAGTCTTATAGATTATCTGAACTT 222
Query 121 ACTTCTTCCCAAGTTGATAGTTTGAAGTCACGCCCTCGCATTGACTTCTCTTCTATTTTC 180
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 AGTTCTTCCCAAGTTGATAGTTTGAAGTCACGCCCTCGCATTGACTTCTCTTCTATTTTC 282
Query 181 GCCACTGTGAACCCGATTATCGACGCTGTTCGTAGCAATGGGGATACTGCTATCAAAGAA 240
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 283 GCCACTGTGAACCCGATTATCGATGCTGTTCGTAGCAATGGGGATAATGCTGTCAAAGAA 342
Query 241 TACACTGAAAGATTCGACAAAGTCCAACTGAACAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTT 300
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 TACACTGAAAGATTTGACAAAGTCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTT 402
Query 301 TCTGTTCCTGAGCTCGATTCCAATGTGAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATA 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 403 TCTGTTCCTGAGCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATA 462
Query 361 TATGCATTTCACTTGGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGAAAGGTGTC 420
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 TATGCGTTTCACTTAGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGAAAGGTGTC 522
Query 421 AGATGTAAAAGGGTGTCTAGATCTATTGGCTCTGTAGGTCTTTATGTGCCTGGTGGAACA 480
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 AGATGTAAAAGGGTGTCAAGATCTATTGGCTCTGTAGGTCTTTATGTGCCTGGTGGAACA 582
Query 481 GCTGTTTTGCCATCAACTGCTTTGATGCTTGCAATTCCTGCTCAAATTGCTGGATGTAAA 540
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 GCTGTTTTGCCATCAACGGCTTTGATGCTTGCTATTCCTGCTCAAATTGCTGGATGTAAA 642
Query 541 ACAGTTGTTCTTGCAACTCCACCAAGTAAGGATGGAAGCATATGTAAGGAGGTTCTGTAT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 643 ACAGTTGTTCTTGCAACTCCACCAAGTAAGGATGGAAGCATTTGTAAGGAGGTTCTGTAT 702
Query 601 TGTGCCAAGAGAGCTGGTGTAACTCACATACTCAAAGCTGGTGGAGCGCAGGCTATAGCT 660
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 TGCGCCAAGAGGGCTGGTGTTACTCACATACTCAAAGCTGGTGGAGCGCAGGCTATAGCT 762
Query 661 GCCATGGCCTGGGGGACAGATTCTTGTCCAAAGGTTGAGAAGATTTTTGGTCCTGGGAAC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 GCCATGGCCTGGGGGACAGATTCTTGTCCAAAGGTTGAGAAGATTTTTGGTCCTGGGAAC 822
Query 721 CAGTATGTTACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTCTCAATTGAT 780
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 823 CAGTATGTCACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTCTCAATCGAT 882
Query 781 ATGCCTGCTGGTCCTTCAGAAGTCCTAGTTATTGCTGATGAACATGCTAGTCCAGTTTAC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 883 ATGCCTGCTGGTCCTTCAGAAGTCCTAGTTATTGCTGACGAACATGCTAGTCCAGTTTAC 942
Query 841 ATTGCAGCAGACTTACTTTCTCAGGCTGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTT 900
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 ATTGCAGCAGACTTACTTTCTCAGGCGGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTA 1002
Query 901 GTTGTAGGCGATGGTGTAGATCTCAACGCCATCGAAGAAGAAATTGCCAAGCAGTGCAAA 960
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 GTTGTGGGCGATAGTGTAGATCTCAACGCCATCGAAGAAGAAATTGCCAAGCAGTGCAAA 1062
Query 961 AGCCTTCCTAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTAAGTCACAGTTTCACAGTGTTTGCT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 AGCCTTCCTAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTAAGTCACAGTTTCACAGTGTTTGCT 1122
Query 1021 CGAGATATGATTGAGGCAATATCTTTCTCAAATCTGTATGCACCAGAACATTTGATCATC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1123 CGAGATATGATTGAGGCAATATCTTTCTCAAATCTATATGCACCCGAACATTTGATCATC 1182
Query 1081 AATGTCAAAGACGCTGAGAAATGGGAAGGACTGATTGAGAACGCGGGCTCGGTTTTCATA 1140
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1183 AATGTCAAAGACGCTGAGAAATGGGAGGGACTGATTGAGAACGCAGGCTCGGTTTTCATA 1242
Query 1141 GGGCCATGGACTCCAGAGAGTGTCGGGGATTATGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA 1200
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 GGACCATGGACTCCAGAGAGTGTTGGGGATTATGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA 1302
Query 1201 ACATATGGATATGCAAGAATGTACAGTGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCCTGAAGTTCATG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1303 ACATATGGATATGCAAGAATGTACAGTGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCCTAAAGTTCATG 1362
Query 1261 ACTGTACAATCTTTGACAGAGGAAGGTCTGAGAAACCTTGGTCCTTATGTGGCGACAATG 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||
Sbjct 1363 ACTGTACAATCTTTGACAGAGGAAGGTCTGAGAAACCTCGGCCCTTATGTAGCAACTATG 1422
Query 1321 GCTGAAATCGAAGGTTTAGATGCACACAAGAGAGCTGTCACTCTCAGACTCAAGGATATC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 GCTGAAATCGAAGGTTTAGATGCACACAAGAGAGCCGTTACTCTCAGACTCAAGGATATC 1482
Query 1381 GAAGCTAAACAGCTTGCCCAAACAAATTGA 1410
||||| ||||||||||| || | ||||||
Sbjct 1483 GAAGCCAAACAGCTTGCATAATCCAATTGA 1512
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69477554280
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5