BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg919097
Length=3390
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G04210.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 5441 0.0
> AT1G04210.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr1:1114405-1119739 FORWARD LENGTH=3986
Length=3986
Score = 5441 bits (2946), Expect = 0.0
Identities = 3248/3394 (96%), Gaps = 19/3394 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGAAGCTATTGGGTGCGTTGAAATGGAATCGAAGATCAAAAAGCCTGCTAATTTTATCGA 60
|||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 270 GGAAGCTATTGGGTGCATTAAAATGGATTCGAAGATCAAAAAGCCTGCTAATTTAATCGA 329
Query 61 AGACGCAGACATTGATGGAGGTGCCGAGAGTGATTCTACCATTAGTAGCGTTATAAGTTT 120
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 330 AGACGCAGACATTGATGGGGGTTCCGAGAGTGATTCTACCATTAGTAGCGTTTTAAGTTT 389
Query 121 GGAAGATGAGTCGGTGGTTGATGTTTCTGGTCAAAACCTGGAGTTTTCTCTTCTAGATAA 180
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 390 GGAAGATGACTCCGTGGTTGATGTTTCTGGTCAAAATCTGGAGTTTTCTCTTCTGGATAA 449
Query 181 CGTCGATGATTCGGTGAAAGGTCTCTACTTCTTCAGGAATGTATTCAATTTGATTCCCAA 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 TGTCGATGATTCTGTGAAAGGTCTCTACTTCTTCAGGAATGTATTCAATTTGATTCCCAA 509
Query 241 ATCGATTGGAGGGCTTGGGAGGTTAAGGAAGCTCAAGTTTTTCAGTAACGAGATCGATTT 300
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 ATCGATTGGAGGGCTTGGGAGATTAAGGAAGCTTAAGTTTTTCAGTAACGAGATCGATTT 569
Query 301 GTTTCCGCCGGAATTAGGGAATTTGGTGAATTTGGAGTATCTTCAGGTCAAGATATCGTC 360
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 GTTTCCGCCGGAGTTAGGGAATTTGGTGAATTTGGAGTATCTTCAGGTCAAGATATCGTC 629
Query 361 ACCGGGTTTTGGCGATGGCTTGTCGTGGGACAAGCTTAAGGGTTTGAAGGAGCTTGAGCT 420
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 ACCGGGTTTTGGCGACGGTTTATCGTGGGACAAGCTTAAGGGTTTGAAGGAGCTTGAGCT 689
Query 421 TACTAAAGTCCCAAAACGATCTTCGGCTTTGACCCTTTTGAGCGAGATTTCTGGGCTCAA 480
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 TACTAAAGTCCCTAAACGATCTTCGGCTTTGACCCTTTTGAGCGAGATTTCTGGGCTCAA 749
Query 481 GTGTTTGACGAGGCTCTCTGTTTGTCACTTCTCAATTAGATATCTTCCCGCGGAGATTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 750 GTGTTTGACGAGGCTCTCTGTTTGTCACTTCTCAATTAGATATCTTCCCCCGGAGATTGG 809
Query 541 ATGTCTTAAGAGTCTGGAGTATCTGGATCTCTCTTTTAACAAGATCAAGAGTTTGCCTAA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 810 ATGTCTTAAGAGTCTGGAGTATCTGGATCTCTCCTTTAACAAGATTAAGAGTTTGCCTAA 869
Query 601 CGAGATAGGTTATCTGAGTTCATTAACGTTCTTGAAGGTTGCTCACAACAAACTGATGGA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 870 CGAGATAGGTTATCTGAGTTCATTAACGTTCTTGAAGGTTGCTCACAACAGACTGATGGA 929
Query 661 GCTATCACCGGTTTTAGCTTTATTACAAAACTTAGAAAGCCTGGACGTATCAAACAACCG 720
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 GCTATCACCGGTATTAGCTTTATTACAAAACTTAGAAAGCCTGGACGTATCAAACAACCG 989
Query 721 ATTGACAAATCTGCATCCTCTCGATCTAAGCTTGATGCCTCGACTTCAAATTTTAAATTT 780
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 ATTGACAACTCTGCATCCTCTCGATCTAAACTTGATGCCTCGACTTCAAATTTTAAATTT 1049
Query 781 ACGGTACAATAAGCTCCCGAGTTATTGCTGGATTCCAACATGGATACATTGTAATTTGGA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1050 ACGGTACAATAAGCTCCCGAGTTATTGCTGGATTCCCACATGGATACAATGTAATTTTGA 1109
Query 841 AGGGAACTATGAAGAGATGGGCGTTGATACTTGTAGCAGCTCTATGGTTGAAATGGATGT 900
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AGGGAACTATGAAGAGATGGGGGTTGATACTTGTAGCAGCTCTATGGTTGAAATGGATGT 1169
Query 901 ATTTGAAACCCCATATGAGAACAACACCATAACCGTTCCTCATAAAGGCTCCCACCGTAA 960
|||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 ATTTGAAACCCCGTATGAGAACAACGTCATAACTGTTCCTCATAAAGGCTCCCACCGTAA 1229
Query 961 CCCATTAAATATGTCAACTGGAATCTCTTCCATCAGTAGATGCTTTTCGGCCCGAAAATC 1020
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1230 CCCATTAAATATGTCAACGGGAATCTCTTCCATCAGTAGATGCTTTTCGGCTCGAAAATC 1289
Query 1021 AAGTAAGAGGTGGAAGCGGAGACAACATTACTTCCAGCAAAGGGCAAGGCAAGAACGCTT 1080
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 AAGTAAGAGGTGGAAGCGGAGACAATATTACTTCCAGCAAAGGGCAAGGCAAGAACGCTT 1349
Query 1081 GAACAACAGCAGGAAATGGAAAGGGGAAGTCCCTCCAGAAGGATTAAGTCTGAAGATGGA 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1350 GAACAACAGCAGGAAATGGAAAGGGGAAGTCCCTCCAGAAGGTTTAAGTCTGAAGATGGA 1409
Query 1141 AGTCGAAGAAACTGGGAAACAGGGTATGAAGGTTCCTGAGAACACTGACAGAGGTTCAGT 1200
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 AGTCGAAGAAACTGGGAAACAGGGCATGAAGGTTCCTCAGAACACTGACAGAGGTTCAGT 1469
Query 1201 TGATAGCACCTACTCGGGTGACAATGATAAACTGTTAGAAGAGGCTTCTGTCATTACTTC 1260
||||| || || ||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 TGATAACAGCTGCTCGGATGAGAATGATAAACTGTTCGAGGAGGCTTCTGTCATTACTTC 1529
Query 1261 TGAAGAGGAAGAGGAAGAGAGCAGTCTTAAAGCT-AAGTTTGCTTCTGACAATTCCCGAT 1319
| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1530 T------GAAGAGGAAGAGAGCAGTCTTAAAGCTGATG-TTGTTTCTGACAATTCCCAAT 1582
Query 1320 GCGTGGAAACCCAATTAACGAGTGAAAGGGATAACAATGAAAGTTGTGAGATCAAGGCAT 1379
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1583 GTGTGGAAACCCAATTAACGAGTGAAAGGGATAACTATGAAAGTTGTGAGATCAAGACAT 1642
Query 1380 CTTCTCCCTCTTCAGGAGATGCACCTGGTACGGCAGACTATAATTCTTCTTCAGAGAGAA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 CTTCTCCCTCTTCAGGAGATGCACCTGGTACTGTAGACTATAATTCTTCTTCAGAGAGAA 1702
Query 1440 AGAAGCCAAATAACAAGTCGAAGCGATGTAGTGAGAAGTATCTGGATAATCCAAAAGGCT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1703 AGAAGCCAAATAACAAGTCGAAGCGATGTAGTGAGAAGTATCTAGATAACCCAAAAGGCT 1762
Query 1500 CTAAATGCCATAGACCATCTACCGATATTGCTAATTTGTCGCACAAATACAGCAGAAACT 1559
|||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1763 CTAAATGCCATAAACTATCTACCGATATTACTAATTTATCGCGCAAATACAGCAGCAACT 1822
Query 1560 CATTTTGCAGCACAGAAGATTCTCTACCTGATGGCTTTTTTGATGCTGGACGTGATAGGC 1619
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 CATTTTGCAGCACAGAAGATTCTCTTCCTGATGGCTTTTTTGATGCTGGACGTGATAGGC 1882
Query 1620 CCTTTATGTCTCTTAGTAAATATGAGGAAA-TGTTGCCTCTTGATTCACGTGAAGTCATA 1678
|||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 CCTTTATGACTCTTAGTAAATATGA-GAAAGTTTTGCCTCTTGATTCACGTGAAGTCATA 1941
Query 1679 CTCTTGGACAGGGCAAAGGATGAAGTGTTGGATGCAATCACTCTCTCTGCTCGAACCTTG 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1942 CTCTTGGACAGGGCAAAGGATGAAGTGTTGGATGCAATCACTCTCTCTGCTCGAGCCTTG 2001
Query 1739 GTAGCTAGGTTGAAGAAATTGAACTGTTTAACTCCAGATGTAGATCAAGTTTCCATCGAC 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 GTAGCTAGGTTGAAGAAATTGAACTGTTTAACTCCAGATGTAGATCAAGTTTCCATCGAC 2061
Query 1799 AACTTGCAAGTTGCATCATTTCTTGCCCTTTTTGTATCAGATCACTTTGGGGGGAGTGAC 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 AACTTGCAAGTTGCATCATTTCTTGCCCTTTTTGTTTCGGATCACTTTGGGGGGAGTGAC 2121
Query 1859 AGGACTGCTATTATTGAAAGAACCCGAAAGGCAGTGTCTGGTACAAACTACCAGAAACCC 1918
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 AGAACTGCTATTATCGAAAGAACCCGAAAGGCAGTGTCTGGTACAAACTACCAGAAACCT 2181
Query 1919 TTTATTTGCACCTGTTTGACTGGGAACCAAGACGACTTGGCTGCTCTCAACAAACAGGTC 1978
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 TTTATTTGCACCTGTTTGACCGGGAACCAAGACGACTTGGCTGCTCTCAACAAACAGGTC 2241
Query 1979 TCAACAACGGCTGAAGATGTCA-TTTTGTCTGATGTGTGTGAAAAATCTCTGCGGTCTAT 2037
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2242 TCAACAACGGCTGAAGATG-CAATTTTGTCTGATGTGTGTGAAAAATCTCTGCGTTCTAT 2300
Query 2038 TAAGTCCAAGCGGAACTCTATAGTGGTTCCTCTAGGGAAACTGCAATTTGGCATCTGTAG 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 TAAGTCCAAGCGGAACTCTATAGTGGTTCCTCTAGGTAAACTGCAATTTGGCATCTGTAG 2360
Query 2098 GCACAGGGCCTTGCTCATGAAGTACCTTTGTGATCGCATGGAGCCTCCTGTACCCTGTGA 2157
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2361 GCACAGGGCCTTACTTATGAAGTACCTTTGTGATCGCATGGAGCCTCCTGTACCATGTGA 2420
Query 2158 ACTTGTTAGAGGCTATCTAGATTTCATGCCACATGCCTGGAACATTGTCCCTGTGAAGCA 2217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2421 ACTTGTTAGAGGCTATCTAGATTTCATGCCACATGCCTGGAATATTGTCCCTGTGAAGCA 2480
Query 2218 AGGTTCCTCATGGGTTCGTATGGTAGTTGATGCTTGTCGTCCTCATGATATCAGGGAAGA 2277
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2481 AGGTTCCTCGTGGGTTCGTATGGTAGTTGATGCTTGTCGTCCTCATGATATCAGAGAAGA 2540
Query 2278 TACAGATCAAGAATATTTCTGCAGGTACATTCCCCTTAATCGGCTAAACGAATCCATTCG 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2541 TACAGATCAAGAATATTTCTGCAGGTACATTCCCCTTAATCGGCTAAATGAATCCATTCG 2600
Query 2338 CACAAAGGAAAATTTGGAACCAGGATGTTCTGTTTCTTCTCTGTTAACGGGCAAAGGAGT 2397
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2601 CATTAAGGAAAAGTTGGAACCAGGATGTTCTGTTTCTTCTCTGTCAACGGGAAAAGGAGT 2660
Query 2398 TGAAAGAGCTAATAGTAGTCTTATCCGATGCAAGCTTGGCTCAACTGAAGCAGTTGTGAA 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 TGAAAGAGCTAATAGTAGTCTTATCCGATGCAAGCTAGGCTCAACTGAAGCAGTTGTGAA 2720
Query 2458 GATGCGTACATTAGAGGTTTCTGGAGCTTCCGTAGATGACATTAGAACTTTTGAGTATAC 2517
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2721 GATGCGCACATTAGAGGTTTCTGGAGCTTCCTTAGATGACATTAGGACTTTTGAGTATAC 2780
Query 2518 TTGCTTAGGAGAAGTGCGGATTTTAGGAGCTTTGAAACATGACTGCATTGTGGAGTTATA 2577
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2781 ATGCTTAGGAGAAGTACGGATTTTAGGAGCTTTGAAACATGACTGCATTGTGGAGTTATA 2840
Query 2578 TGGACATGAGATATCGTCCAAGTGGATAACCTCAGAAAATGGAGATGAACATCGACGCGT 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |
Sbjct 2841 TGGACATGAGATATCGTCCAAGTGGATAACCTCAGAAAATGGAAATGAACATCGA-G--T 2897
Query 2638 ATTGCAATCTTCTATTCTGATGGAACACATAAAAGGAGGATCTCTAAAGGGCCACATCGA 2697
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2898 ATTGCAATCTTCTATTCTGATGGAACACATCAAAGGAGGATCTCTAAAGGGTCACATTGA 2957
Query 2698 GAAGCTCTCGGAAGCTGGTAAGCACCATGTTCCCATGGATCTAGCCTTGTCTATTGCAAG 2757
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2958 GAAGCTCTCCGAAGCTGGTAAGCACCATGTCCCCATGGATCTAGCTTTGTCTATTGCAAG 3017
Query 2758 AGATATCTCAGGGGCTTTAATGGAGCTGCACTCGAAGGATATAATTCACCGTGACATAAA 2817
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3018 AGATATCTCAGGGGCTTTGATGGAGCTGCACTCAAAGGATATAATTCACCGTGACATTAA 3077
Query 2818 AAGCGAAAACGTTTTGATCGATCTGGACAATCAAAGTGCAAATGGAGAAGCCACTGTGAA 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3078 AAGCGAAAACGTTTTGATCGATCTGGACAATCAAAGTGCAAATGGAGAACCCATTGTGAA 3137
Query 2878 GCTTTGTGATTTTGATAGAGCTGTTCCACTTAGGTCTCACTTGCACGGGTGCTGTATTGC 2937
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3138 GCTTTGTGATTTTGATAGAGCTGTTCCGCTTAGGTCTCACTTGCACGGGTGCTGTATTGC 3197
Query 2938 CCATGTGGGAATACCTCCTCCTAATATCTGTGTCGGTACGCCACGATGGATGTCCCCTGA 2997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3198 CCATGTGGGAATACCTCCTCCTAATATCTGTGTCGGCACACCACGTTGGATGTCCCCTGA 3257
Query 2998 AGTCTTCAGAGCAATGCATGAACAAAACTTTTACGGACTTGAAGTGGATATCTGGTCATT 3057
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3258 AGTCTTCAGAGCAATGCACGAACAAAACTTTTATGGACTTGAAGTGGATATCTGGTCATT 3317
Query 3058 TGGTTGCTTAATCTTCGAGTTGTTGACACTACAGAATCCTTATTTTGATTTATCTGAGCT 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3318 TGGTTGCTTAATCTTCGAGTTGTTGACACTACAAAATCCTTATTTTGATTTATCTGAGCT 3377
Query 3118 TCAGATTCACGAATCCCTACAGAAGGGCAAAAGGCCAAAGCTACCAAAGAAACTAGAGAC 3177
||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3378 TCAGATTCATGAATCGCTACAGAATGGCAAAAGACCAAAGCTACCAAAGAAACTAGAGAC 3437
Query 3178 ACTGAGCTCTGAAACAGAGGAAGACGAATCAACAAACAAACTCTGTGAAGAGTTTGACCT 3237
||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |||||| ||
Sbjct 3438 ACTGATCTCTGAAACAGAGGAAGAAGAATCAACGAACAAGCTCTCTGAAGTGTTTGATCT 3497
Query 3238 AACCGAATCTGACTTAGACACAATGAGATTTCTTATCGACGTGTTTCACCAGTGCACTGA 3297
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3498 AACCGAATCTGACTTAGACACAATGAGATTTCTGATTGACGTGTTTCACCAGTGCACTGA 3557
Query 3298 GGAGTCTCCTTCAGACCGTCTAAACGCAGGAGACCTCCATGAAATGATTCTTTCACGGAC 3357
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3558 GGAGTCTCCTTCAGACCGTCTAAACGCAGGAGACCTCCATGAAATGATTCTTTCACGGAA 3617
Query 3358 AAAGAGAGAGTAAA----TCTCCTTCAGGTACTT 3387
|||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3618 AAAGAGAGAGTAAACCAATCTCCTTCAGGTACTT 3651
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168711429309
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5