BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg919563
Length=2976
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G08190.1 | Symbols: ATVPS41, ZIP2, VPS41, ATVAM2, VAM2 | vac... 5055 0.0
> AT1G08190.1 | Symbols: ATVPS41, ZIP2, VPS41, ATVAM2, VAM2 | vacuolar
protein sorting 41 | chr1:2567475-2573393 FORWARD LENGTH=3371
Length=3371
Score = 5055 bits (2737), Expect = 0.0
Identities = 2904/2985 (97%), Gaps = 9/2985 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACTGCAATTGCACGGCGGTAATGGCTTCGGTTCCGCCTGAAAACGGCGTGGACGGAGATG 60
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 158 ACTGCAATTGCACGGTGGTAATGGCTGCGGTTCCGCCTGAAAACGGCGTGGACGGAGATG 217
Query 61 ACgaaagagaggaagaagaaga--a-gaggaggagg-ag--gaagaagaagaagaagaga 114
|||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 218 ACGAAAGAGAGGAAGAAGAAGAGGACGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGA 277
Query 115 atggagatgaggctgaggaggagCCACGCCTGAAATATCAGCGGATGGGTGGCAACGTGC 174
| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 278 ACGGAGATGAGGCTGAGGAGGAGCCACGTCTCAAATATCAGAGGATGGGTGGCAACGTTC 337
Query 175 CTACGTTGCTATCTAACGACGCTGCTTCCTGCATCGCTGTTGCTGCAAGGATGATCGCGC 234
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 338 CTGCGTTGCTATCTAACGATGCTGCTTCCTGCATCGCTGTTGCTGCGAGGATGATCGCGC 397
Query 235 TTGGTACGCACGACGGAACCGTGCATATCCTCGATTTCTTGGGGAATCAGGTTAAAGAAT 294
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 TTGGTACGCACGACGGTACCGTGCGTATCCTCGATTTATTGGGGAATCAGGTTAAAGAAT 457
Query 295 TTCGTTCCCACACTGCTCCGGTTAATGACCTCAACTTTGACACAGAGGGAGAGTATATCG 354
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 458 TTCGTGCCCACACTGCTCCGGTTAATGACATCAACTTTGACACTGAGGGAGAGTATATCG 517
Query 355 GAAGCTGTTCAGATGATGGGTCTGTTGTTATAAATAGCCTTTTCACTGATGATGAGAAGA 414
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 GAAGCTGTTCAGACGATGGGTCTGTTGTTATAAACAGCCTTTTCACTGATGATGAGAAGA 577
Query 415 TGAAATTTGATTATTATCGTCCCATGAAGGCCATTTCCTTGGATCCAGATTATACGAAAA 474
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 TGAAATTTGATTATCATCGCCCCATGAAGGCCATTTCCTTGGATCCAGATTATACGAAAA 637
Query 475 AGCAATCTAAGAGATTTGTAGCTGGTGGCTTGGCTGGTCACTTGTATATGAACTCCAAGA 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 AGCAATCTAAGAGATTTGTAGCTGGTGGCTTGGCTGGTCACTTGTATATGAACTCCAAGA 697
Query 535 AGTGGTTCGGTAATAAAGACCAGGTGCTGCATTCTGGGGAAGGTCCAATCCATTCTGTGA 594
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 698 AGTGGTTCGGTAATAAAGATCAGGTGCTGCATTCTGGGGAAGGTCCAATTCATTCTGTGA 757
Query 595 AATGGAGAGGAAGTCTCATCGCCTGGGCTAATGATGTTGGTGTTAAGGTGTATGATACAG 654
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 758 AGTGGAGAGGAAGTCTCATCGCCTGGGCTAATGATGTTGGTGTTAAAGTTTATGATACAG 817
Query 655 CCAAAGATCAGCGTGTTACATTTATTGAAAAACCGCGAGGAAGCCCCAGGCCTGAGGCGT 714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 818 CCAAAGATCAGCGTGTTACATTTATTGAAAAACCGCGAGGAAGCCCCAGGCCTGAGGCTT 877
Query 715 TACTTCCCCACTTGGTTTGGCAGGATGACACTCTTCTTGTGATTGGTTGGGGGACATCAG 774
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 878 TACTACCCCACTTGGTTTGGCAGGATGACACTCTCCTTGTGATTGGTTGGGGAACATCAG 937
Query 775 TTAAAATTGCTTCGATTAAATCAGACCAGCAACAACCTGGAACTTTTAGGCAGATTCAGA 834
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 TTAAAATTGCGTCGATTAAATCAGACCAGCAACAAACTGGAACTTTTAGGCAGATTCAGA 997
Query 835 TGTCTAGTCTAACCCAAGTAGATATTGTGGCATCTTTCCAAACCAGCTATTACATTTCAG 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 998 TGTCTAGTCTAACCCAAGTAGATATTGTGGCATCTTTCCAAACCAGCTATTACATTTCAG 1057
Query 895 GGATTGCTCCCTTTGGTGATTCTCTAGTTATTCTTGCTTATATACCCATTGAAGGAGATG 954
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 GGATTGCTCCCTTTGGTGATTCTCTGGTTATTCTTGCTTATATACCCATTGAAGGAGATG 1117
Query 955 GTGAGAAGGAATTTAGCAGCACCACTACTCTATCGCGTCAGGGAAATGCCCAGAGACCTG 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1118 GTGAGAAGGAATTTAGCAGCACCACTACTCTATCGCGTCAGGGAAATGCCCAGAGGCCTG 1177
Query 1015 AAATTCGCATTGTATCATGGAACAATGATGAACTTACAATGGATGCTCTTCCTGTACACG 1074
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 AAATACGCATTGTATCATGGAACAATGATGAACTCACAATGGATGCTCTTCCTGTACACG 1237
Query 1075 GCTTTGAGCATTACAAGGCGAAAGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCCCAGGTAGTA 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 GCTTTGAGCATTACAAGGCGAAAGACTATTCCCTTGCTCATGCTCCTTTCCCAGGTAGTA 1297
Query 1135 GCTATGCTGGGGGACAGTGGGCAGCTGGTGATGAACCACTGTACTATATTGTTTCTCCAA 1194
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1298 GCTACGCTGGGGGACAGTGGGCAGCTGGTGATGAACCACTGTACTATATTGTTTCGCCAA 1357
Query 1195 AGGATGTTGTGATTGCCAAACCCAGGGATGCGGAAGATCACATTAACTGGCTTTTGCAAC 1254
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1358 AGGATGTTGTGATTGCCAAACCCAGGGATGCTGAAGATCACATAAACTGGCTTTTGCAAC 1417
Query 1255 ATGGATTCCACGAGAAAGCCCTAGCAGCTGTTGAGGCTAGTGAAGGACGAACCGAACTAA 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 ATGGATTCCACGAGAAAGCCCTAGCAGCTGTTGAGGCTAGTGAAGGACGAACCGAACTAA 1477
Query 1315 TTGATAAGGTGGGAGCTGGGTATCTTGATCATTTGATTGTGGAAAGAAAATATGCTGAAG 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 TTGATAAGGTGGGAGCTGGGTATCTTGATCATTTGATTGTGGAAAGAAAATATGCTGAAG 1537
Query 1375 CAGCATCTTTATGCCCCAAATTGTTACGAGGATCTGCTTCAGCCTGGGAGAGGTGGGTTT 1434
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 CGGCATCTTTATGCCCCAAATTGTTACGAGGATCTGCTTCAGCCTGGGAGAGGTGGGTTT 1597
Query 1435 TCCATTTTGCTCAACTACGCCAGCTTCCTGTTCTTGTCCCATATATGCCTACGGATAACC 1494
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 TCCATTTTGCTCAACTACGCCAGCTGCCTGTTCTTGTCCCATATATGCCTACGGATAACC 1657
Query 1495 CAAGGCTTAAGGATACTGTGTATGAGGTTGCTCTTGTTGCACTGGCAACCAATCCCTCAT 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1658 CAAGGCTTAAGGATACTGTGTATGAGGTTGCTCTAGTTGCACTAGCAACCAATCCCTCAT 1717
Query 1555 ACCACAAGGAGCTTTTGTCAGCTGTTAAATCTTGGCCACGTTCAGTATATTCTGCTTTGA 1614
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1718 ACCACAAGGAGCTTTTGTCAGCGGTTAAATCTTGGCCACGTTCTGTATATTCTGCTTTGA 1777
Query 1615 CTGTTATCTCAGCAATAGAGCCTCAACTGAACACATCTTCAATGACAGATGCCCTCAAAG 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 CTGTTATCTCAGCAATAGAGCCTCAACTGAACACATCTTCAATGACAGATGCCCTCAAAG 1837
Query 1675 AGGCGCTGGCAGAGCTGTATGTAATTGATGGACAGTATCAGAAGGCCTTCTCCCTATATG 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 AGGCGCTGGCAGAGCTGTATGTAATTGATGGACAGTATCAGAAGGCCTTCTCCCTATATG 1897
Query 1735 CTGATCTTCTCAAACCAGAAGTGTTTGACTTCATTGAGAAATACAGTTTGCATGAGGCGA 1794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1898 CTGATCTTCTCAAACCAGAAGTGTTTGACTTCATTGAGAAATACAGCTTGCATGAGGCGA 1957
Query 1795 TTCGCGGAAAGGTGGTCCAGTTAATGTTGCTTGATTGCAAGCGTGCCACTGTTTTATTTA 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1958 TTCGCGGAAAGGTGGTCCAGTTAATGTTGCTTGATTGCAAGCGTGCCACTGTCTTATTTA 2017
Query 1855 TCCAAAATAGGGATTTGATTCCTCCATCTGAAGTTGTTCCACAACTTCTGAAAGCTGCCA 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2018 TCCAAAATAGGGATTTGATTCCTCCATCTGAAGTTGTTCCACAACTTCTGAAGGCTGGCA 2077
Query 1915 AAAATCCACAACTTCTGAAAGCTGGCAAAAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTAT 1974
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 AAAATCCACAAGTTCTGAAAGCTGGCAAAAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTAT 2137
Query 1975 ATCTGCATGCATTATTTGAAGCCAGTCATGATACTGGGAAGGATTTTCATGATATGCAGG 2034
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2138 ATCTGCATGCATTATTTGAAGTTAGTCATGATACCGGGAAGGATTTTCATGATATGCAGG 2197
Query 2035 TAGAACTCTATGCAGAATACGATACTAAGATGCTACTTCCGTTCCTACGTAGCAGTCAAC 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 TAGAACTCTATGCAGAATACGATACTAAGATGCTGCTTCCGTTCCTACGTAGCAGTCAAC 2257
Query 2095 ATTACAAGTTAGAAAAGGCATATGAGCTTTGTGTCAAGAAAGATTTTTTAAGAGAGCAAG 2154
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 ATTACAAGTTAGAAAAGGCATATGAACTTTGTGTCAAGAAAGATTTTTTAAGAGAGCAAG 2317
Query 2155 TGTTTGTCCTGGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCAGTCATCATAAATAAAC 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2318 TGTTTGTCCTGGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCAGTCATCATAAATAAAC 2377
Query 2215 TGGGGGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGATGATGATCTATGGG 2274
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2378 TGGGAGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGATGATGATCTATGGG 2437
Query 2275 AAGAGCTGATTAAACAATGTCTAAACAAGCCTGAGATGGTGGGCTTGCTGTTGGAGCACA 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 AAGAGCTGATTAAACAATGTCTAAACAAGCCTGAGATGGTGGGCTTGCTGTTGGAGCACA 2497
Query 2335 CAGTTGGCAATCTCGACCCTCTTTACATTGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATAC 2394
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 CAGTTGGCAACCTCGACCCTCTTTACATTGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATAC 2557
Query 2395 CTCGATTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTTACAGATTACAGAACTGAGACATCTCTTA 2454
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 CTCGATTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTAACAGATTACAGAACTGAGACATCTCTTA 2617
Query 2455 GACACGGTTGCAATGACATTCTCAAGACGGATATTGTTAATCTTCTCGTCAAGTGCTTCA 2514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2618 GACACGGTTGCAATGACATTCTCAAGACGGATATTGTTAATCTTCTGGTCAAATGCTTCA 2677
Query 2515 ACGAGGCCAGGCGCGGGGTCTGCCTAAGCCATGAAGACGACGATTCCCGTGCGAAGAGAG 2574
||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2678 ACGAGGCTAGGCGTGGGGTCTGCCTGAGCCATGAAGACGACGATTCCCGTGCGAAGAGAG 2737
Query 2575 AAGACAATAATCGCTCA--AT-CTCGCAGAGAATGGTAGTAGATAAATCTTTGAGCATAA 2631
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2738 AAGACAATAATCGCTCATCATTCTCGCAGAGAATGGTAGTAGATAAATCTTTGAGCATAA 2797
Query 2632 AGATGACAGAGGTGAAGTCGAAGACACGGGGGGACACACGGTGTTGTATGTGCTTCGACC 2691
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798 AGATGACAGAAGTGAAGTCGAAGACACGGGGGGACACACGGTGTTGTATGTGCTTCGACC 2857
Query 2692 CGGTCTCGATAAGAGGGGACACCGTAGTGGTCTTCTTCTGCTGCCATGCTTACCACGAGA 2751
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 CGGTCTCGATAAGAGGGGACACTGTAGTGGTCTTCTTCTGCTGCCATGCTTACCACGAGA 2917
Query 2752 CGTGCCTCATGGATGCTGCCTTCAGTAACAGCAATAACAAGACAACGAAAGGTTCTTCGG 2811
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2918 CGTGCCTCATGGATGCAGCCTTCAGTAACAACAATCACAAGACAACCAAAGGTTCTTCGG 2977
Query 2812 GGTATGAATACAGCTACGATAATGGTGTGGATGAGGAGGAAGAGGATGAGGAAGAAGATG 2871
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2978 GGTATGAATATAGCTACGATAACGGTGTGGATGAGGAGGAAGAGGATGAGGAAGAAGATG 3037
Query 2872 AGGATGGTGACGGAGACAGACCTGGGCGGTCGCGTTTACGGTGCATATTATGTACTACTG 2931
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3038 AGGATGGTGATGGAGACAGACCTGGGCGGTCGCGTTTACGGTGCATATTATGTACTACTG 3097
Query 2932 CCGCCGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACCCCTTTTGTGCATGTGTT 2976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 CCGCCGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACCCCTTTTGTGCATGTGTT 3142
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147942314907
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5