BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg919754
Length=2069
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G09910.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family prot... 3417 0.0
> AT1G09910.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family protein
| chr1:3220035-3224541 REVERSE LENGTH=2234
Length=2234
Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0
Identities = 1997/2070 (96%), Gaps = 2/2070 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCGCTTGGGTC-AAGTACTGATGAAGAAACTGGCTGGTCGGCTCCTTCATCGTTTCACT 59
||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 71 ATCACTTGGGTCGAA-TACTGATGAAGAAACTGGCTGATCGGCTCCTTCATCGTTTTACT 129
Query 60 AATCATGAAACCGCTTTCAACGCCGGCCACCACTGCTCACAAGGGACAGATCAAGGTACA 119
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 130 AATCATGAAACCGCTTTAAACGCCGGCCACCACTGCTCAGAGGGGACAGATCAAGGTACA 189
Query 120 AGTGGTCTTAGTAATAGAAAGGATCTCAATATGCCCTCTCAAGGTGTCCACCTGCATATC 179
|||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 190 AGTGGTCTTAGTCATAGGAAGGATCACAGGATGTCCTCTCATGGTGTCCACCTGCATGTC 249
Query 180 CATGACCGATATGTTGTGATGGACAATGGAATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGG 239
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 CATGATCGATATGTTGTGATGGACAATGGGATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGT 309
Query 240 GGTATTATCACTGGGATAAAGTATAACGGTATCGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 299
|| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 GGAATTATCACTGGGATAGAGTATAACGGTATTGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 369
Query 300 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 429
Query 360 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACTGAAGAACAGGTTGAGATC 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 430 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACCGAAGAACAGGTTGAGATC 489
Query 420 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 549
Query 480 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAT 609
Query 540 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACAAGAATTGCGTTCAAGCTCAGAAAA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 610 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACTAGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAA 669
Query 600 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 729
Query 660 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTACTCACTGCT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 730 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTGCTCACTGCT 789
Query 720 CCATGTGATCCACGCCTGCAAGGCGAAGTAGATGACAAATACCAATACTCGTGTGAGAAT 779
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 790 CCTTGTGATCCACGCCTACAAGGCGAAGTAGATGATAAATACCAATATTCGTGTGAGAAT 849
Query 780 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCTGTAGGATTCTGGCAAATT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 850 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCAGTAGGATTTTGGCAAATT 909
Query 840 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCTGGTGGACCACTCAAACAAAACCTCACTTCACATGTT 899
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 910 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCAGGCGGACCACTCAAACAAAACCTGACTTCACATGTT 969
Query 900 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCCGGAAAAACCATGATGCCT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 970 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCTGGAAAAACCATGATGCCT 1029
Query 960 CGCTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1019
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CGTTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1089
Query 1020 TCAACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1079
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 TCCACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1149
Query 1080 GCTGAAGTTGAAAGTTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTTTCCAAAGTCTGAA 1139
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1150 GCTGAGGTTGAAAGGTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTATCCAAAGTCTGAA 1209
Query 1140 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGCGACAGGTTCATAAGCAGTGATTTG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1210 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGTGACAGGTTCATAAACAATGATTTG 1269
Query 1200 ATTTCAGCAGGAGGTGCTTATGTGGGTTTGGCTCCACCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1259
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 ATTTCAGCAAGAGGTGCTTATGTTGGTTTGGCTCCGCCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1329
Query 1260 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCGATAGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCAATA 1319
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1330 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCTATTGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCGATA 1389
Query 1320 GGGAACGTACGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCGGTTTCATTGGAGAT 1379
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1390 GGGAACGTGCGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCAGTTTCATTGGAGAT 1449
Query 1380 TATCACAACGTAACAATTGTTACAGTGACTTCAGGGTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1439
|||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 TATCACAACGGCACAATTGTTAGAGTGACTTCAGGTTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1509
Query 1440 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACACTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACATTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1569
Query 1500 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCTCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCCCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1629
Query 1560 GACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAGATACACAGATTTGTATCCAAAT 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1630 CACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAAATACACAGATATGTATCCAAAT 1689
Query 1620 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTAAGCGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1679
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTGAGTGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1749
Query 1680 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTAGGTTTAATCTT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1750 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTATATTTAATCTT 1809
Query 1740 GAAAACATTGATCAAAAGGCAAATTACAAACTGCAAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1799
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810 GAAAACATCGATCAAAAGGCCAATTACAAACTGCGAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1869
Query 1800 GCCGAGTTGCAGATTCGAGTCAATAATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1859
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870 GCCGAGTTGCAGATTCGAATCAATGATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1929
Query 1860 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1989
Query 1920 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTACAAGGTGATAACACTATATTCCTGAAACAG 1979
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1990 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTGCAAGGTGATAATACTATATTCCTGAAACAG 2049
Query 1980 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2050 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2109
Query 2040 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2069
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2139
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102559713435
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5