BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg919920
Length=2345
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G11130.1 | Symbols: SUB, SCM, SRF9 | Leucine-rich repeat pro... 3893 0.0
> AT1G11130.1 | Symbols: SUB, SCM, SRF9 | Leucine-rich repeat protein
kinase family protein | chr1:3722857-3727450 FORWARD
LENGTH=2857
Length=2857
Score = 3893 bits (2108), Expect = 0.0
Identities = 2270/2349 (97%), Gaps = 8/2349 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCAGTGGAGACTGAAGTTATGAGCTTTACAAGATGGCAAGTGTTCTTTGTTCTCTCT 60
|||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 261 TCTTCAGT-G-G-CTGAAGTTATGAGCTTTACAAGATGGGAAGTGTTCTTTGGTCTCTCT 317
Query 61 GTTTTAGCCTTGACAATGCCGTTCTCAGCTGGAGTTACTAATCTACGAGATGTTTCTGCG 120
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 318 GTTTTAGCCTTGACAATGCCTTTCTCAGCTGGAGTTACTAATCTACGAGATGTTTCGGCG 377
Query 121 ATTAATAACTTGTACATCACTTTGGGAGCACCATCTCTACATCATTGGCTTGCTTTTGGA 180
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 ATTAATAACTTGTATATCACTTTGGGAGCACCATCTCTACATCATTGGCTTGCTTTTGGA 437
Query 181 GGAGACCCATGTGGAGAAAAGTGGCAAGGTGTGGTTTGTGACTCCTCAAACATCACAGAA 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 438 GGAGACCCTTGTGGAGAAAAGTGGCAAGGTGTGGTGTGTGACTCCTCAAACATCACAGAA 497
Query 241 ATAAGGATACCTGGAATGAAAGTAGGTGGAGGCTTAAGTGATACTTTGGCTGATTTTTCA 300
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 498 ATAAGGATACCTGGCATGAAGGTAGGTGGAGGCTTAAGTGATACTCTGGCTGATTTTTCA 557
Query 301 TCTATCCAAGTCATGGACTTCAGTAGCAATCATATTTCAGGGACAATTCCGCAGGCTTTG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 558 TCTATCCAAGTCATGGACTTCAGTAGCAATCATATTTCAGGGACAATTCCGCAGGCTTTG 617
Query 361 CCTTCTTCCATCCGAAACTTATCTCTCTCCAGCAATCGTTTCACTGGGAACATTCCCTTT 420
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 618 CCTTCTTCCATCCGAAACCTATCTCTCTCAAGCAATCGCTTCACTGGGAACATTCCCTTT 677
Query 421 ACATTGTCCTTTCTATCCGATTTGTCTGAACTGTCACTGGGAAACAATCTTCTATCAGGA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 678 ACATTGTCCTTTCTATCCGATTTGTCTGAACTGTCATTGGGAAGCAATCTTCTATCAGGA 737
Query 481 GAGATACCAGATTACTTTCAGCAGCTATCAAAACTGACAAAACTGGACTTATCATCTAAC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 738 GAGATACCAGATTACTTTCAGCAGCTATCAAAACTGACAAAACTGGACTTATCGTCTAAC 797
Query 541 ATACTGGACGGGCATTTACCTTCCTCCATGGGAGACTTAGCGTCTCTTAAGATATTGTAT 600
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 798 ATACTGGAGGGGCATTTACCTTCTTCCATGGGAGACTTAGCTTCTCTTAAGATATTGTAT 857
Query 601 TTGCAGGACAACAAGCTCACAGGAACACTTGAGGTTATAAAGGATCTTTTCTTAACTGAA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 858 TTGCAGGACAACAAGCTCACAGGAACACTTGATGTTATAGAGGATCTTTTCTTAACCGAT 917
Query 661 TTGAATGTAGAAAACAACTTATTCTCAGGACCTATACCGCCAAATCTATTGAAAGTTCCG 720
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 918 TTGAATGTAGAAAACAACTTATTCTCGGGACCTATACCGCCAAATCTATTGAAAATTCCA 977
Query 721 AATTTCAAAAAAGATGGAACTCCGTTCAATACATCGATTATAACACCACCTCCTCCGCCT 780
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 978 AACTTCAAAAAAGATGGAACTCCGTTCAATACATCGATTATAACACCACCGCCTCCGCCT 1037
Query 781 GTGGTTGATCCTCCTCCCGCTACTCACCATGCTCCTCCTGTTCCCCGTATCCCTCCTGTT 840
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 GTGGTTGATCCTCCTCCCGCTACTCACCGTGCTCCTCCTGTTCCCCGTATCCCTCCTGTT 1097
Query 841 TCCGGTGTTCCCCCTGCACCTTTTGCTCCTTTTGCTCCACTGCAA-C-C-ACAACATCCA 897
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 1098 TCTGGTGTTCCCCCAGCACCTTTTGCTCCTTTTGCTCCACTGCAACCACAACAACATCCA 1157
Query 898 CCACCATCACCACCTCTGGTTTGGTCGCCACCTTCTTCTGATAATGGAGGAGGGGATCCC 957
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1158 CCACCATCACCACCTCTGGTCTGGTCACCACCTTCTTCTGATAATGGAGGAGGAGATCCC 1217
Query 958 TGGAACACTGGGTCAGGGCAACCTACCTTGCAAATATCACCTCCTTCAGGTTCAGGATCA 1017
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 TGGAACTCTGTGTCAGGGCAACCTACCTTGCAAATATCACCTCCTTCAGGTTCAGGATCA 1277
Query 1018 GGAAAATTCTGGTCCACTCAAAGAATCATTCTAGTCGTTTCTTCAGTGGCCATAATTGTT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 GGAAAATTCTGGTCCACTCAAAGAATCATTCTAGTAGTTTCTTCAGTGGCCATAATTGTT 1337
Query 1078 CTCGTATCTGGTTTGTGTGTTACACTTTGGAGATGTTGCAGAAGTAAAATATCTAACCGA 1137
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1338 CTTGTATCCGGTTTGTGTGTTACACTTTGGAGATGTTGCAGAAGTAAAATATATAACCGA 1397
Query 1138 TATTACACTGGAGCTCGTAAAGATTTACAACGACCATACTTCAATAAACCTCCATCTCAA 1197
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1398 TATTACAGTGGAGCTCGTAAAGATTTACAACGACCATACTTCAATAAGCCTCCATCTCAA 1457
Query 1198 CCAACCCCCACTATGGGAAAAGTTTCTCGGGAGCCCATGGTTAAGCCTTTCGATGGATAT 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 CCAACCCCCACTATGGGAAAAGTTTCTCGGGAGCCTATGGTTAAGCCTTTCGATGGATAT 1517
Query 1258 GGAGCTGGAGACAGGAAATATGGGTATCCTATGCCACCA-CGGGCTGAAGAAAGCCGGAG 1316
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1518 GGAGCTGGAGACAGGAAATATGGGTATCCAATGCCA-CAGCGGGCTGAAGAGAGCCGGAG 1576
Query 1317 AGCAATGCCTCCTACTTCATATTATAATAAGGATGTTAATACACCTCAAAAGCCGTTGCA 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1577 AGCAATGCCTCCTACTTCATATTATAATAAGGATGTTAATACACCTCAAAAGCCGCTGCA 1636
Query 1377 ACAACCACCGAGGCAGTTCCAGTCCAATGATTCTGCTTCAAAGAGAGCGGCTCATTTTCC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1637 ACAACCACCGAGGCAGTTCCAGTCCAATGATACTGCTTCAAAGAGAGCGGCTCATTTCCC 1696
Query 1437 CCCGGGCTTGAATTCTTCATCTTCTGCTACCGTTTTCACCATTGCTTCACTTCAGCAATA 1496
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 CCCGGGCTTGAATTCCTCATCTTCTGCTACTGTTTTCACCATTGCTTCACTTCAGCAATA 1756
Query 1497 CACAAATAATTTCTCAGAAGAGAATATAATTGGGGAAGGGTCGATTGGGAATGTTTACAG 1556
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1757 CACAAATAATTTCTCAGAAGAGAATATAATCGGGGAAGGGTCGATTGGTAATGTCTACAG 1816
Query 1557 AGCTGAGCTTCGTCATGGAAAGTTTCTTGCGGTGAAGAAGCTGAGCAATACCATCAACAG 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 AGCTGAGCTTCGTCATGGAAAGTTTCTTGCGGTGAAGAAGCTGAGCAATACCATCAACAG 1876
Query 1617 AACACAGAGTGACGGTGAATTCCTCAATCTAGTCTCCAATGTGTTGAAGCTTAAACGCGG 1676
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 AACACAGAGTGACGGCGAATTCCTCAATCTAGTCTCCAATGTGTTGAAGCTTAAACGCGG 1936
Query 1677 TCATATATTGGAGCTTCTTGGTTACTGTAACGAGTTTGGTCAAAGGTTACTTGTGTATGA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937 TCATATATTGGAGCTTCTTGGTTACTGTAACGAGTTTGGTCAAAGGTTACTTGTGTATGA 1996
Query 1737 GTACTGTCCTAACGGATCACTTCAAGATGCACTACATTTGGACCGCAAGTTGCACAAGAA 1796
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1997 GTACTGTCCTAATGGATCACTTCAAGATGCACTACATTTGGATCGCAAGTTGCACAAGAA 2056
Query 1797 GCTCACTTGGAATGTGCGTATGAATGTTGCGTTAGGAGCTTCCAAGGCATTGCAGTTTCT 1856
||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2057 GCTCACTTGGAATGTACGTATAAATATTGCATTAGGAGCTTCAAAGGCATTGCAGTTTCT 2116
Query 1857 TCACGAGGTATGTCAACCGCCGGTTGTTCACCAGAATTTCAAGTCTTCCAAGGTTCTTCT 1916
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 TCATGAGGTATGTCAACCGCCGGTTGTTCACCAGAATTTCAAGTCTTCCAAGGTTCTTCT 2176
Query 1917 TGATGGAAAGCTCTCAGTACGTGTTGCAGACAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCGCG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2177 TGATGGAAAGCTCTCAGTACGTGTTGCAGACAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCACG 2236
Query 1977 TCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTATGCCGCTCCTGAGGTCGAGTATGGAAGCTACACTTG 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 CCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTATGCCGCTCCTGAGGTTGAGTATGGAAGCTACACTTG 2296
Query 2037 TCAGAGCGACGTATTTAGCCTTGGGGTTGTAATGTTAGAACTGCTCACTGGACGCAGACC 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2297 TCAGAGCGACGTATTTAGCCTTGGGGTTGTAATGTTAGAACTGCTCACTGGACGCAGACC 2356
Query 2097 ATTTGACAGGACAAGGCCGAGGGGACATCAGACACTAGCTCAGTGGGCGATTCCTCGGCT 2156
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 ATTTGACAGGACAAGGCCGAGGGGACATCAAACACTAGCTCAGTGGGCGATTCCTCGGCT 2416
Query 2157 TCATGACATTGATGCGTTGACACGAATGGTTGATCCGTCATTACATGGAGCGTATCCAAT 2216
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2417 TCATGACATCGATGCGTTGACAAGAATGGTTGATCCGTCATTACACGGAGCGTATCCAAT 2476
Query 2217 GAAATCATTGTCACGTTTTGCAGATATCATATCACGTTCACTGCAGATGGAACCAGGATT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 GAAATCATTGTCACGTTTTGCAGATATCATATCACGTTCACTGCAGATGGAACCAGGATT 2536
Query 2277 TAGACCGCCGATATCAGAAATAGTCCAAGATCTTCAACATATGATCTAAGATATACAACC 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2537 TAGACCGCCGATATCAGAAATAGTCCAAGATCTTCAACATATGATCTAAGATACACAACC 2596
Query 2337 TTGAACTAA 2345
||| |||||
Sbjct 2597 TTGGACTAA 2605
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116415063855
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5