BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920221
Length=1458
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G13410.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2272 0.0
> AT1G13410.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:4601261-4603298 FORWARD LENGTH=1814
Length=1814
Score = 2272 bits (1230), Expect = 0.0
Identities = 1368/1433 (95%), Gaps = 15/1433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TCACGAGTTAGC-GCAGAATGATTATGTGGCTCCGAGAATCGTCGCTGCTTGTTGTGGAA 63
|||||||||| | ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 249 TCACGAGTTA-CTACAGAATGATTACGTCGCTCCGAGACTCGTCGCTGCTTGTTGCCGAA 307
Query 64 TCACGAGAATTAG-TTATGCACGCCAAGTGTTCGACAGAATCTCTCAACCAAATGTTTCT 122
||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 TCACGAGAATT-GATTACGCACGCCAAGTGTTCGACAGAATCTCTCAACCAAATGTTTCT 366
Query 123 GTTTGGAACGCTATGTTCAAT----G-G-T---ATCGGCGAATAAGGTGTTTTGTGAGAT 173
|||||||| |||||||| ||| | | | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 GTTTGGAATGCTATGTTTAATGGGAGTGATAGCATCGGCGAATAAGGTGTTTTGTGAGAT 426
Query 174 GGTTGAGAAAAATGTAGTTATTTGGACTTCGATGATCAATGGGTATCTTTTGAATAAGGA 233
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 GGTTGAGAAAAATGTAGTTCTTTGGACTTCGATGATCAATGGGTATCTTTTGAATAAGGA 486
Query 234 CTTAGTCTCTGCTCGACGATATTTTGATTTGTCGCCTGAGAGAGATATTGTGTTGTGGAA 293
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 CTTAGTCTCTGCTCGACGCTATTTTGATTTGTCGCCTGAGAGAGATATTGTGTTGTGGAA 546
Query 294 CACTATGGTAGCTGGTTATATTGAAATGGGGAATATGATGGAGGCTAGGAGTCTTTTTGA 353
||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 547 CACTATGATATCTGGTTATATTGAAATGGGGAATATGTTAGAGGCTAGGAGTCTTTTTGA 606
Query 354 TCAAATGCCTTGTAGGGATGTCATGTCGTGGAATACGGTTTTAGAGGGTTATGCAAATAT 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 TCAAATGCCTTGTAGGGATGTCATGTCGTGGAATACGGTTTTAGAGGGTTATGCAAATAT 666
Query 414 TGGAGATATGGAAGCATGTGAAAGGGTTTTTGATGAAATGCTGGAGAGAAATGTGTTCTC 473
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 667 TGGAGATATGGAAGCATGTGAAAGGGTTTTTGATGATATGCCAGAGAGAAATGTGTTCTC 726
Query 474 TTGGAATGGTTTGATCAAGGGATATGCTCAAAATGGGCGGGTTTCTGAAGTGTTGGGTTC 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 TTGGAATGGTTTGATCAAGGGATATGCTCAAAATGGGCGGGTTTCTGAAGTGTTGGGTTC 786
Query 534 TTTTAAGAGAATGGTAGATGAAGGGAGTGTTTTTCCAAACGATGCAACATTGACTTTAGT 593
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 787 TTTTAAGAGAATGGTAGATGAAGGGAGTGTTGTTCCTAACGATGCAACAATGACTTTAGT 846
Query 594 CTTATCCGCTTGTGCAAAGTTAGGAGCTTTTGATTTCGGGAAATGGGTACATAAGTATGG 653
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 TTTATCCGCTTGTGCAAAGTTAGGAGCTTTTGATTTCGGGAAATGGGTACATAAGTATGG 906
Query 654 AGAAAATCTTGGGTATAATAAGGTAGATGTTAACGTTAAGAATGCTTTGATTGATATGTA 713
||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 AGAAACTCTTGGTTACAATAAGGTAGATGTTAATGTTAAGAATGCTTTGATTGATATGTA 966
Query 714 TGGAAAATGCGGAGCTATAGAGATAGCTATGGAAGTTTTCAAAGGAATAAAGAGAAGAGA 773
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 967 TGGAAAATGCGGAGCTATAGAGATAGCTATGGAAGTCTTCAAAGGCATAAAGAGAAGAGA 1026
Query 774 TTTGATAAGTTGGAATACCATGATCAACGGTTTAGCTGCACATGGACATGGAACTGAGGC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTTGATAAGTTGGAATACCATGATCAACGGTTTAGCTGCACATGGACATGGAACTGAGGC 1086
Query 834 CTTAGATTTATTCCATGAGATGAAAAATTGCGGAATTAGTCCTGACAAGGTAACATTCGT 893
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1087 CTTAAATTTATTCCATGAGATGAAAAATTCCGGAATTAGTCCGGACAAGGTAACATTCGT 1146
Query 894 CGGTGTTTTATGTGCCTGTAAACACATGGGTTTGGTTGAAGATGGCTTGGCTTATTTCAA 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 CGGTGTTTTATGTGCCTGTAAACACATGGGTTTGGTTGAAGATGGCTTGGCTTATTTCAA 1206
Query 954 TTCCATGTTTACTGATTTCTCAATCACGCCTCAGATCGAGCATTGCGGTTGTGTAGTGGA 1013
|||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 TTCCATGTTTACTGATTTCTCAATAATGCCTGAGATTGAGCATTGCGGTTGTGTAGTGGA 1266
Query 1014 TTTGCTATCACGGGCTGGATTTTTAACACAAGCTGTTGAGTTCATAAACAAAATGCCGGT 1073
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1267 TTTACTATCACGGGCTGGATTTTTAACACAAGCTGTTGAGTTTATAAACAAAATGCCGGT 1326
Query 1074 AAAAGCGGATGCTGTTATATGGGCTACTCTACTTGGAGCTTCAAAGGTTTATAAGAAGGT 1133
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 AAAAGCGGATGCTGTTATATGGGCTACTCTTCTTGGAGCTTCAAAGGTTTATAAGAAGGT 1386
Query 1134 GGACACTGGCGAACTTGCTCTTAAAGAGTTGATCAAGCTTGAACCAAGAAACCCGGCTAA 1193
||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GGACATTGGCGAAGTTGCGCTTGAAGAGTTGATCAAGCTTGAACCAAGAAACCCGGCTAA 1446
Query 1194 TTTCGTGATGCTCTCAAACATCTATGGAGATGCAGGAAGATTTGATGATGCTGCAAGGCT 1253
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TTTCGTTATGCTCTCAAACATATATGGAGATGCAGGAAGATTTGATGATGCTGCAAGGCT 1506
Query 1254 AAAAGTTGCTATGAGAGACACCGGGTTTAAGAAAGAAGCAGG-GATTAGCTGGATCGAGA 1312
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||
Sbjct 1507 AAAAGTTGCTATGAGAGACACAGGGTTTAAGAAAGAAGCAGGTG-TTAGCTGGATTGAGA 1565
Query 1313 CCGATGATGGTTTAGTGAAGTTTTATTCTTCGGGAGAGAAGCATCCTCGAACAGAGGAAT 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CCGATGATGGTTTAGTGAAGTTTTATTCTTCGGGAGAGAAGCATCCTCGAACAGAGGAAT 1625
Query 1373 TACAGAGGATCTTGGGAGAGCTGAAGAGCTTCAACATCCTTCTTGATGAAGAA 1425
|||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1626 TACAGAGGATCTTGAGAGAACTGAAGAGCTTCAACATCCTTCGTGACGAAGAA 1678
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71887180440
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5