BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920552
Length=3158
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G16480.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4649 0.0
> AT1G16480.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:5625843-5628656 REVERSE LENGTH=2814
Length=2814
Score = 4649 bits (2517), Expect = 0.0
Identities = 2717/2816 (96%), Gaps = 4/2816 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 325 ATGTACACCAAGTTTGGTCGAGTCAAACCTGCACGCTACCTGTTCGATAAAATGCCTGTG 384
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGTACACCAAGTTTGGCCGAGTCAAACCTGCGCGCCACCTGTTCGATATAATGCCTGTG 60
Query 385 AGAAACGAAGTCTCTTGGAATACCATGATGTCGGGGATAGTCCGTGTTGGATTGTATCTG 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 AGAAACGAAGTCTCTTGGAATACCATGATGTCGGGGATAGTCCGTGTTGGATTGTATTTG 120
Query 445 GAAGGAATGGAATTTTTCCGGATGATGTGTGATCTTGGTATTAAGCCAAGTAGCTTTGTG 504
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAAGGAATGGAATTTTTTCGGAAGATGTGTGATCTTGGTATTAAGCCAAGTAGCTTTGTG 180
Query 505 ATTGCTAGTTTAGTAACAGCTTGTGGTCGGTCTGGTTCTATGTTCAGAGAAGGGGTTCAA 564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTGCTAGTTTAGTAACAGCTTGTGGTCGGTCTGGTTCTATGTTCAGAGAAGGGGTTCAA 240
Query 565 GTTCACGGCTTTGTGGCTAAGTCTGGTTTGCTGTCTGATGTTTACGTCAGTACTGCTATT 624
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 241 GTTCACGGCTTTGTGGCTAAGTCTGGTTTGTTGTCTGATGTTTACGTTAGTACTGCTATC 300
Query 625 TTGCATTTTTATGGGGTTTATGGATTGGTTTCGTGTTCAAGGAAGGTTTTTGAGGAGATG 684
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGCATCTCTATGGGGTTTATGGATTGGTTTCGTGTTCAAGGAAGGTTTTTGAGGAGATG 360
Query 685 CCTGACCGAAACGTGGTGTCTTGGACTTCATTGATGGTTGGTTACTCGGATAAGGGTGAG 744
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTGACCGAAACGTGGTGTCTTGGACTTCACTGATGGTTGGTTACTCGGATAAGGGTGAG 420
Query 745 CCAGAGGAAGTAATTGATATCTATAAAAGTATGAGAGGAGAAGGAGTTGAGTGTAATGAA 804
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 421 CCAGAGGAAGTAATTGATATCTATAAAGGTATGAGAGGAGAAGGAGTTGGGTGTAACGAA 480
Query 805 AATTCCATGTCTTTGGTAATCAGTTCCTGCGGATTGCTTAAAGATGAATCATTGGGTCGT 864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 AATTCCATGTCTTTGGTAATCAGTTCCTGCGGATTGCTTAAAGATGAATCTTTGGGTCGT 540
Query 865 CAAATTATCGGACAGGTTATCAAATCGGGGCTGGAGAGTAAGCTAGCAGTGGAGAATTCG 924
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 541 CAAATTATCGGACAGGTTGTCAAATCGGGACTGGAGAGTAAGCTGGCAGTGGAGAATTCG 600
Query 925 CTCATATCCATGTTTGGTAATATGGGAAATGTAGACTATGCAAATTACATTTTTGATCAA 984
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 601 CTCATATCCATGTTAGGTAGTATGGGAAATGTAGACTATGCAAATTATATTTTTGATCAA 660
Query 985 ATGTCCGAACGGGACACAATTTCATGGAACTCGATTGTTGCGGCATATGCACAGAATGGT 1044
||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 661 ATGTCTGAACGTGACACAATTTCATGGAATTCGATTGCTGCGGCATATGCACAAAATGGT 720
Query 1045 CATATCGAGGAATCATTTAGGATTTTCAATTTGATGCATCGTTTTCATGATGAAGTGAAC 1104
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CATATCGAGGAATCATTTAGGATTTTCAGTTTGATGCGTCGTTTTCATGATGAAGTGAAC 780
Query 1105 TCCACCACTGTGTCTACTCTGTTATCAGTTTTGGGTCATGTAGATCACCAAAAATGGGGT 1164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCCACCACTGTGTCTACTCTGTTATCAGTTTTGGGTCATGTAGATCACCAAAAATGGGGT 840
Query 1165 AGAGGAATTCATGGTTTGGTGGTTAAAATGGGGTTTGATTCGGTTGTTTGTGTGTGCAAT 1224
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGGAATTCATGGTTTAGTGGTTAAAATGGGGTTTGATTCGGTTGTTTGTGTGTGCAAT 900
Query 1225 ACTCTTTTGAGAATGTATGCAGGCGCGGGAAGATCAGAAGAGGCAGATTTGGTGTTCAAA 1284
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||
Sbjct 901 ACTCTTTTGAGAATGTATGCAGGCGCTGGAAGATCAGTAGAGGCAAATTTAGTGTTCAAA 960
Query 1285 CAAATGCCCACTAAAGATTTGATCTCATGGAACTCTTTGATGGCTTCTTTTGCCAACGAT 1344
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 961 CAAATGCCCACTAAAGATTTGATCTCATGGAACTCCTTGATGGCTTCTTTTGTCAACGAT 1020
Query 1345 GGGAGGAGCTTAGATGCTTTAGGACTTCTTTCTTCAATGATAAGGACTGGAAAATCAGTG 1404
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1021 GGGAGGAGCTTAGATGCGTTAGGACTTCTTTGTTCAATGATAAGTTCCGGAAAATCAGTG 1080
Query 1405 AACTATGTGACTTTTACAAGCGCATTGGCTGCTTGCTTTAGTCCTGAATTTTTTGATAAG 1464
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||
Sbjct 1081 AACTATGTGACTTTTACAAGCGCATTGGCTGCCTGCTTTACTCCTGATTTTTTTGAGAAG 1140
Query 1465 GGCAGGATCCTTCATGGACTTGTAGTGGTCAGCGGTTTATTTGACAATCAGATTATTGGT 1524
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTAGGATCCTTCATGGACTTGTAGTGGTCAGCGGTTTATTTTACAATCAGATTATTGGT 1200
Query 1525 AATGCATTGGTTTCTATGTACGGAAAGATAGGTGGGATGAGC-ACATCCAGACGGGTACT 1583
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1201 AATGCATTGGTTTCCATGTACGGAAAGATAGGTGAGATGAGCGA-ATCGAGACGGGTACT 1259
Query 1584 ATTACAGATGCCTAGACGAGATGTAGTAGCTTGGAATGCTCTTATTGGTGGCTATGCTGA 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTACAGATGCCTAGACGAGATGTAGTAGCTTGGAATGCTCTTATTGGTGGCTATGCTGA 1319
Query 1644 GAATGAGGATCCCGACAAGGCACTGGCGGCTTTTCAAACTCTGCGAGTGGAAGGTGTTTC 1703
| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGACGAAGATCCCGACAAGGCCCTGGCGGCTTTTCAAACTATGCGAGTGGAAGGTGTTTC 1379
Query 1704 TGCAAATTATATCACAGTGGTAAGTGTTCTTAGTGCTTGCTTAGTGCCCGGTGATTTGCT 1763
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||
Sbjct 1380 TTCAAATTATATCACAGTGGTAAGTGTTCTTAGTGCTTGCTTATTGCCGGGTGATTTACT 1439
Query 1764 TGAACGGGGGAAACCATTACACGCCTATATAGTTTCTGCTGGATTTGAATCGGATGAACA 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1440 TGAACGGGGGAAACCATTACACGCCTATATAGTTTCTGCTGGGTTTGAATCAGATGAACA 1499
Query 1824 CGTGAAAAACTCGCTTATCACTATGTACGCAAAATGTGGTGATCTAAGCTCGAGTCAGGA 1883
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1500 CGTGAAAAATTCGCTTATCACTATGTACGCCAAATGTGGTGATTTAAGCTCGAGTCAGGA 1559
Query 1884 CCTATTTAACGGATTAGATAATAGGAGTATCATCACGTGGAATGCTATGCTTGCGGCAAA 1943
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CCTATTTAACGGATTAGATAATAGGAATATCATCACGTGGAATGCTATGCTTGCGGCAAA 1619
Query 1944 TGCTCATCACGGTCATGGAGAAGAGGTGCTAAAACTTGTATCAAAGATGAGAAGCTTTGG 2003
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGCTCACCACGGTCATGGAGAAGAGGTGCTAAAACTTGTATCAAAGATGAGAAGCTTTGG 1679
Query 2004 GTTGAGTCTAGACCAGTTTAGTTTCTCTGAGGGGCTTTCTGCCGCTGCGAAGCTAGCGGT 2063
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1680 GGTGAGTCTAGACCAGTTTAGTTTCTCTGAGGGACTTTCTGCCGCTGCGAAGCTAGCCGT 1739
Query 2064 CCTAGAGGAAGGCCAACAACTTCATGGCTTAGCTGTAAAACTCGGGTTTGAACTTGATTG 2123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1740 CCTAGAGGAAGGCCAACAACTTCATGGCTTAGCTGTAAAACTCGGGTTTGAACATGATTC 1799
Query 2124 TTTCATCTTTAACGCTGCTGCAGACATGTATAGCAAATGCGGGGAAATAGGCGAAGTGGT 2183
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1800 TTTTATCTTTAACGCTGCTGCAGACATGTATAGCAAATGCGGGGAAATAGGTGAAGTGGT 1859
Query 2184 GAAAATGCTTCCTCCATCAGTCAATCGATCACTCCCCTCATGGAACATACTAATATCAGC 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GAAAATGCTTCCTCCATCAGTCAATCGATCACTCCCCTCATGGAACATACTAATATCAGC 1919
Query 2244 TTTGGGAAGACACGGGTACTTCGAGGAAGTTTGTGAGACTTTTCATGAGATGCTTGAAAT 2303
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTTGGGAAGACACGGGTATTTCGAGGAAGTTTGTGCGACTTTCCATGAGATGCTTGAAAT 1979
Query 2304 GGGAATCAAGCCGGGCCATGTCACATTTGTCTCTCTTCTTACAGCATGCAGCCACGGGGG 2363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGGAATCAAGCCGGGCCATGTCACATTTGTCTCTCTTCTTACAGCATGCAGCCACGGGGG 2039
Query 2364 ATTAGTAGACCAAGGCCTTGCGTATTACGACATGATTGCTAGAGATTTTGGATTAGAACC 2423
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATTAGTAGACAAAGGCCTTGCGTATTACGACATGATTGCTAGAGATTTTGGATTAGAACC 2099
Query 2424 GGCGATTGAACATTGCATCTGTGTAATTGATCTTCTTGGAAGATCAGGGAGGTTAGCCGA 2483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2100 GGCGATTGAACATTGCATCTGTGTAATTGATCTTCTTGGAAGATCAGGGAGGTTAGCTGA 2159
Query 2484 AGCTGAAACCTTTATATCTAAAATGCCAATGAAACCAAACGACCTCGTGTGGCGTAGTTT 2543
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AGCTGAAACCTTTATATCTAAGATGCCAATGAAACCAAACGACCTCGTGTGGCGTAGTTT 2219
Query 2544 GTTAGCTTCCTGCAAAATCCACAGGG-ATTTAGACCGCGGAAGAAAAGCAGCGGAAAATC 2602
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GTTAGCTTCCTGCAAAATCCAC-GGGAATTTAGACCGCGGAAGAAAAGCAGCGGAAAATC 2278
Query 2603 TCTCGAAGTTAGAACCAGAGGATGATTCTGTTTTTGTCTTGTCCTCAAATATGTTTGCAA 2662
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2279 TCTCGAAGCTAGAACCAGAGGATGATTCTGTTTATGTCTTGTCCTCAAATATGTTCGCAA 2338
Query 2663 CAACAGGCAGATGGGAAGATGTAGAGAATGTGAGAAAGCAAATGGGTTTCAAGAACATCA 2722
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CTACAGGTAGATGGGAAGATGTAGAGAATGTGAGAAAGCAAATGGGTTTCAAGAACATCA 2398
Query 2723 AGAAGAAACAAGCTTGCAGTTGGGTGAAACTAAAAGACAAAGTGAGTTCGTTTGGTATTG 2782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGAAGAAACAAGCTTGCAGTTGGGTGAAACTAAAAGACAAAGTGAGTTCGTTTGGTATTG 2458
Query 2783 GAGACAGAACTCATCCACAAACAATGGAGATATACGCAAAGCTAGAAGACATCAAGAAGT 2842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GAGACAGAACTCATCCACAAACAATGGAGATATACGCAAAGCTAGAAGACATCAAGAAGC 2518
Query 2843 TGATCAAAGAATCTGGGTATGTCGCAGATACTAGTCAGGCTTTGCAAGACACAGATGAAG 2902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TGATCAAAGAATCTGGGTATGTCGCAGATACTAGTCAGGCTTTGCAAGACACAGATGAAG 2578
Query 2903 AACAAAAAGAGCACAATCTTTGGAACCACAGCGAAAGACTCGCTCTTGCTTATGCGCTGA 2962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2579 AACAAAAAGAGCACAATCTTTGGAACCACAGCGAAAGACTCGCTCTTGCTTATGCACTGA 2638
Query 2963 TGAGTACTCCTGAAGGTTCTACGGTTAGAATCTTTAAGAACCTTCGCATATGCAGTGATT 3022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TGAGTACTCCTGAAGGTTCTACGGTTAGAATCTTTAAAAACCTTCGCATATGCAGTGATT 2698
Query 3023 GTCACTCTGTGTACAAGTTTGTTAGTAGAGTCATTGGACGTAGAATCGTGCTAAGAGACC 3082
|||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 2699 GTCACTCTGTTTATAAGTTTGTTAGTAGAGTCATCGGACGTAGAATCGTGTTGAGAGATC 2758
Query 3083 AGTATCGGTTTCACCATTTTGAGAGTGGTTTGTGTTCTTGTAAGGATTACTGGTGA 3138
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 AGTATCGGTTTCACCATTTTGAGAGAGGTTTGTGTTCTTGTAAGGATTACTGGTGA 2814
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157072698533
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5