BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920619
Length=2821
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G17110.2 | Symbols: UBP15 | ubiquitin-specific protease 15 |... 4368 0.0
> AT1G17110.2 | Symbols: UBP15 | ubiquitin-specific protease 15
| chr1:5845660-5850934 REVERSE LENGTH=3392
Length=3392
Score = 4368 bits (2365), Expect = 0.0
Identities = 2699/2852 (95%), Gaps = 56/2852 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATGCGTGTCTGGGGACATGCTCGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 60
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 ATGAATGCGTGTCTGAGGACATGCTTGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 489
Query 61 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATATTATTAGGAAAATGGAGTGACATTT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 490 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATTTTATTAGGAAAATGGAGTAACATTT 549
Query 121 CTGAAAAAAGAGGAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 180
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 CTGAAAAAAGAGTAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 609
Query 181 CTGAGACCCTGGTTAATGCGAATAG-GGATGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 239
|||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 CTGAGACCGTGGTTAATGCGGATAGAGG-TGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 668
Query 240 AGGGCTCAAAGAACCAAGACCAAGACTGTTTCTGCT-GTGAGTGCTGCTGTAAGAGCAGA 298
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 669 AGGGCTCAAAGAACCAGGACCAAGACTGTTTCTGCTGGTG-GTGGTGCTGTAAGAGCAGA 727
Query 299 GTTTGACGCTGGTGTGAGTGAGACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 358
|||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 GTTTGACGCTGGTGCGAGAGAAACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 787
Query 359 ATGCGGGGTCCCAGTTGTGGCCCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 418
||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 ATGTGGGGTTACAGTTGTGGCTCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 847
Query 419 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGCAAATCTGTTAGATACTGCTCTGGGAA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 848 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGTAAATCTGTTAGATACTGCTCCGGGAA 907
Query 479 GTGCCAAATAATTCACTGGAGGATAGCTCATAAAGATGAATGTGTCCCACTGGAGACTTG 538
||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 908 GTGTCAAATAATTCACTGGAGGGTAGCTCACAAAGATGAATGTGTCCCAGTGGAGTCTTG 967
Query 539 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTTGAGAAAGATTCTGTGTTGTATGACCATGGCAT 598
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 968 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTCGAGAAAGATTCTGTTTTGTATGACCATGGCAT 1027
Query 599 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACACAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAATTAG 658
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1028 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACGCAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAAAAAG 1087
Query 659 CTCTGTTGATTTTGCAAGCTTGGGTATCTCTCAGATTGATATTACGCCACAAATCAACAC 718
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 CTCTGTGGATTTTGCTAGCTTGGGTATCTCTCAGAATGATATTACGCCACAAATCAACAC 1147
Query 719 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAAAATTCTTCCAAGTCCAACCGAGAATCATCTAG 778
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1148 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAACATTCTTCCAAGGCCAACCGAGAATCATGTAG 1207
Query 779 AAGAGACAGTGCTGTGTTTGATTGTTCTGAAGAAGTTTC-TCGTGGTGAAGCTGCTTGTG 837
|||||||||||| | || |||| | | | ||| || || ||||||||||| ||
Sbjct 1208 AAGAGACAGTGC--T-ACTG--TGTT-T---G-A--TTCTTC-TGATGAAGCTGCTTCTG 1254
Query 838 CTGGTGGCGATAACAAGAAGGGTCACACT-AAACATAAGTCGAGAAGCAACAGTTATGCT 896
|||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1255 CTGGTGGCGATAACAAGACGAGTCACA-TAAAACATAAGTCGAGAGGCAACAGTTATGCT 1313
Query 897 GCGGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTCTTG-TGTGCAAATGAATGGACA 955
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GCAGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTC-TGCTGTGCAAATGAATGGACA 1372
Query 956 ACCTCTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTAAGAAG 1015
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1373 ATCTTTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTCAGAAG 1432
Query 1016 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATTTCCTGCAAATGGGACCAGAACTGCTACACTGCC 1075
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1433 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATATCCTTCAAACGGGACCAGAACTGCAACACTGCC 1492
Query 1076 CAAAACAGGTGTTAACAAATCTGGCGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1135
|| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CAGAACAGGTATTAACAAATCTGGAGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1552
Query 1136 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTAGGTCTAAGGATACTGGCATC-GCTGAAGAAAGCA 1194
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1553 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTCGGTCTAAGGATACTGGCATCAG-TGAAGAAAGCA 1611
Query 1195 ATGGCATCTCCTCGACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1254
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 ATGGCATCTCCTCAACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1671
Query 1255 ATGATGATCGACATAAGAACCTG-AA---A--------ATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1302
||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 ATGATGATCGATATAAGAACCTGAAAGTTAGTTCCCTGATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1731
Query 1303 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGACTTATCACCTAGGGGCCTTGTAAATTGTG 1362
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1732 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGATTTATCACCTAGGGGGCTTGTAAATTGTG 1791
Query 1363 GAAACAGTTGCTATGCAAACGCTGTCTTGCAGTCCTTAACATGTACAAAACCACTTGTTG 1422
|||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1792 GAAACAGTTGCTATGCGAACGCTGTTTTGCAATCCTTAACATGTACAAAACCACTCGTTG 1851
Query 1423 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1911
Query 1483 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1971
Query 1543 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAAGAAGATG 1602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1972 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAGGAAGATG 2031
Query 1603 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTAGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 1662
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTGGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 2091
Query 1663 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCAAGGCTGCAAGAGACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 1722
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCGAGACTGCAAGAAACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 2151
Query 1723 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCTTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 1782
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCCTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 2211
Query 1783 AGAATATAATGGATCTTACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 1842
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 AGAATATAATGGATCTCACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 2271
Query 1843 TGACTCAGTTTACGAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATCGATGTAGCAGGT 1902
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2272 TGACTCAGTTTACTAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATAGATGCAGCAGGT 2331
Query 1903 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 2391
Query 1963 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGAAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGGAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2451
Query 2023 TTCCTGAAATGCTGGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2082
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 TTCCTGAAATGCTAGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2511
Query 2083 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCATT 2142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2512 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCACT 2571
Query 2143 ACATTTCCTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCCGAGATTC 2202
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2572 ACATTTCGTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCAGAGATTC 2631
Query 2203 ATCGAGTACCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTATATGTTGTTCTACATGAGAT 2262
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2632 ATCCAGTGCCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTACATGTTGTTCTACATGAGAT 2691
Query 2263 CGTATCCGCGTCCTCAAAGAGGAGAACACAACGGAAAAGCTCCGGTTCATCATTCACAAC 2322
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2692 CGTATCCACGTCCTCAAAGAGGAGAGCACAATGGAAAAGCTCCGGTTCACCATTCGCAAC 2751
Query 2323 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCAGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCAGAAC 2382
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2752 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCTGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCGGATC 2811
Query 2383 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAAGCTT 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2812 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAGGCTT 2871
Query 2443 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATTGACTACACAGATGTTTGCC 2502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2872 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATAGACTACACAGATGTTTGCC 2931
Query 2503 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTTGCCATCTTCAACAAC-T-TA-------G-AG--C 2550
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || | || |
Sbjct 2932 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTCGCCATCTTCAACAACGTATACCACAACGTAGAGC 2991
Query 2551 CATCGCCACATAACACCGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 2610
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 CATCGCCACACAACACTGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 3051
Query 2611 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACTCATCGAC-ATCA 2669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || ||||
Sbjct 3052 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACGCAAC-ACCATCA 3110
Query 2670 CCATATCCAAGTCCATCAACAGCACCGTATCCGTCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 2729
| |||||| | | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 CTATATCCTA-T---TC--CAGCACCGTATCCGCCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 3164
Query 2730 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 2789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 3224
Query 2790 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 2821
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 3256
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140166438742
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5