BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920873
Length=2752
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G19290.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4235 0.0
> AT1G19290.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:6666249-6668963 FORWARD LENGTH=2715
Length=2715
Score = 4235 bits (2293), Expect = 0.0
Identities = 2581/2721 (95%), Gaps = 15/2721 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGCTCCGATGGTCTCCGGCACGCGTTGTTTCCTATCAGTTGCTTCCGCTTCTCTATACT 80
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGCTCCGACGGTCTCCGGCACGCGTTGTTGCCTATCAGTTGCTTCCGTTTCTCTATACT 60
Query 81 CGTAGCTTCTCCGAAGCCTCGAGAACCTTGCGCCGCGAGCTTCGAGGAGGAAACGGGCGA 140
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTAGCTTCTCCGAAGCCTCGAGAACCTTACGCCGCGAGCTTCGAGGAGGAAACGGGCGA 120
Query 141 ATTCGACCCGAATTACTCGAGCGGGTCTCACGTTTGCTCGTGCTTGGCAGGTACGAAGCA 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTCGACCCGAATTACTCGAGCGGGTCTCACGTTTGCTCGTACTTGGCAGGTACGAAGCT 180
Query 201 TTACATGATCTATCTCTCGATTTCTCAGATGAACTTCTCAATTCCATCCTCCGTAGATTG 260
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 181 TTACATGATCTATCACTCGATTTCTCAGATGAACTTCTCAACTCCATCCTGCGTAGATTG 240
Query 261 AGGCTTAATCCAGAGGCATGTGTCGAGATTTTTAATTTAGCTTCAAAGCAACAAAAGTTC 320
|||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGGCTTAACCCAGAGGCATGTCTGGAGATTTTCAATTTGGCTTCAAAGCAACAAAAGTTC 300
Query 321 CGGCCTGATTACAAGGCTTATTGTAAAATGGTTCACATCTTGTCCAGAGCTAGAAATTAC 380
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 CGGCCTGATTACAAGGCTTACTGTAAAATGGTTCACATCTTGTCCAGGGCTAGAAATTAC 360
Query 381 GGTCAGACAAAATCGTATCTATGTGAACTGGTTGCTCTTAATCACTCGGGCTTCGTTGTC 440
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAACAGACAAAATCGTATTTATGTGAACTGGTTGCTCTTAATCACTCGGGCTTCGTTGTC 420
Query 441 TGGGGGGAGCTTGTTCGGGTTTTCAAGGAATTTTCCTTCTCTCCTACAGTCTTTGACATG 500
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGGGGAGAGCTCGTTCGGGTTTTCAAGGAATTTTCCTTCTCTCCTACAGTCTTTGACATG 480
Query 501 ATACTGAAAGTTTATGCAGGGAAGGGTATGGTTAAGAACGCTTTACATGTGTTTGACAAC 560
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATACTGAAAGTTTATGCAGAGAAGGGTTTGGTTAAGAATGCTTTACATGTGTTTGACAAC 540
Query 561 ATGGGGAAGTATGGAAGAATTCCTAGTTTGTTGTCTTGTAATAGCTTGTTAAGCAATTTG 620
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 ATGGGAAACTATGGAAGAATTCCTAGTTTGTTGTCTTGTAATAGCTTGTTGAGCAATTTG 600
Query 621 GTCAAGAAAGGTGAAAACTTTGTGGCTTTACATGTTTATGATCAGATGATTAGCTTTGAG 680
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTCAGGAAAGGGGAAAACTTTGTGGCTTTACATGTTTATGATCAGATGATTAGCTTTGAG 660
Query 681 GTTTCTCCGGATGTGTTTACGTGCAGTATTGTTGTTAATGCTTACTGCAGAAGTGGGAAA 740
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 661 GTTTCTCCGGATGTGTTTACTTGCAGTATTGTTGTTAATGCTTATTGTAGAAGTGGGAAT 720
Query 741 GTGGATAAAGCCATGGCATTTGCGAAAGAAATGGAGAATTCATTGGGTTTGGAGCTGAAT 800
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTGGATAAAGCCATGGTATTTGCGAAAGAAACGGAGAGTTCATTGGGTTTGGAGCTGAAT 780
Query 801 GTGGTAACTTGCAATAGTTTGATCAATGGATATGCTATGATCGGAGATGTTGAGGGAATG 860
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTGGTAACTTACAATAGTTTGATCAATGGGTATGCTATGATCGGAGATGTTGAGGGAATG 840
Query 861 ACAAGAGTATTGCGTTTGATGTCTGAGAGAGGGGTTTCTAGGAACGTTGTTACGTTTACG 920
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 ACAAGAGTGTTGCGGTTGATGTCTGAGAGAGGGGTTTCTAGGAACGTTGTTACGTATACT 900
Query 921 TCGTTGATTAAGGGTTATTGTAAAAAGGGTTTGATGGAAGAAGCGGAACAGGTGTTTGAT 980
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 901 TCGTTGATTAAGGGTTACTGCAAAAAGGGTTTGATGGAAGAAGCGGAACATGTGTTTGAA 960
Query 981 TTGGTAACGGAAAAGAAACTTGTTCCGGATCAGCATATGCACGGTGTGTTGATAGATGGA 1040
||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 961 TTGCTAAAGGAAAAGAAACTTGTTGCGGATCAGCATATGTACGGTGTGTTGATGGATGGA 1020
Query 1041 TATTGTCGTAATGGTCGAATCCGTGATGCTGTTAGGGTTCATGATGATATGATTGAGATG 1100
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1021 TATTGTCGTACTGGTCAAATCCGTGATGCTGTTAGGGTTCATGATAATATGATTGAGATA 1080
Query 1101 GGAGTGAGAACAACTACAACCATTTGTAACTCCTTGATCAATGGGTACTGCAAATCTGGT 1160
|| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGCGTAAGAACAAATACTACCATTTGTAACTCCTTGATCAATGGGTACTGCAAATCTGGT 1140
Query 1161 CAATTAGTCGAAGCGGAACAAATACTTACTCGGATGAATGATTGGAGCTTGAAACCAGAT 1220
|||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CAATTAGTTGAAGCGGAACAAATATTTTCTCGGATGAACGATTGGAGCTTGAAACCAGAT 1200
Query 1221 CATCATACATACAATACCCTTGTGGATGGGTATTGCCGGGCTGGTCATGTTGACGAGGCT 1280
||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1201 CATCACACGTACAATACCCTTGTGGATGGGTATTGCAGGGCTGGTTATGTTGACGAGGCT 1260
Query 1281 TTAAAGCTTTGTGATCGAATGTGCCAAAAAGAAGTTGTACCAACAGTTATGACTTACAAT 1340
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTAAAGCTTTGTGATCAAATGTGCCAAAAAGAAGTTGTACCAACAGTTATGACTTACAAT 1320
Query 1341 ATTCTTCTTAAAGGTTATAGTCGGATTGGTGCTTTTCATGATGTTTTGAGCCTTTGGAAG 1400
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATTCTGCTTAAAGGTTATAGTAGGATTGGTGCTTTTCATGATGTTTTGAGCCTTTGGAAG 1380
Query 1401 ATGATGCTAAAAAGAGGCGT-AACTGCCAATGAGATTAGTTGTAGCACCCTACTCGAAGC 1459
|||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ATGATGCTTAAAAGAGGCGTAAAC-GCCGATGAGATTAGTTGTAGCACCCTACTCGAAGC 1439
Query 1460 ATTGTTCAAGCTTGGCGATTTTGATGAAGCTATGAAGCTGTGGGAGAATGTCTTAGCAAG 1519
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATTGTTCAAGCTTGGCGATTTTAATGAAGCTATGAAGCTGTGGGAGAATGTCTTAGCAAG 1499
Query 1520 AGGTCTATTGACGGATACGATAACCTTAAATGTAATGATCAGTGGGCTGTGTAAAATGGA 1579
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGGTCTATTGACTGATACGATAACATTAAATGTAATGATCAGTGGGCTGTGTAAAATGGA 1559
Query 1580 GAAGGTCAATGAAGCCAAAGAGATTCTAGATAATGTGAACATTTTCAGATGTAAGCCAGA 1639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAAGGTCAATGAAGCCAAAGAGATTCTAGATAATGTGAACATTTTCAGATGTAAGCCAGC 1619
Query 1640 TGTGCAAACATATCAAGCGTTGAGCCATGGGTATTATAAAGTCGGAAATTTGAAAGAAGC 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGTGCAAACATATCAAGCGTTGAGCCATGGGTATTATAAAGTCGGAAATTTGAAAGAAGC 1679
Query 1700 -TTTCGCGGTTAAAGATTATATGGAAAAGAAAGGAATCTTCCCCACCATAGAAATGTATA 1758
||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1680 CTTT-GCGGTTAAAGAGTATATGGAAAGGAAAGGAATCTTCCCCACCATAGAGATGTATA 1738
Query 1759 ACACTCTGATATCTGGTGCTTTCAAATATAAACACTTGAATAAAGTAGCGGATCTTGTGA 1818
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ACACTCTGATATCTGGTGCTTTCAAATATAGACACTTGAATAAAGTAGCGGATCTTGTGA 1798
Query 1819 TCGAGCTACGCGCAAGAGGATTAACTCCTACTGTTGCTACATATGGGGCTCTTATCACCG 1878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1799 TCGAGCTACGCGCAAGAGGATTAACTCCTACTGTTGCTACATATGGTGCTCTCATCACCG 1858
Query 1879 GCTGGTGCAATATTGGAATGATAGATAAAGCCTATGCTACATGTTTCGAGATGATAGAGA 1938
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1859 GCTGGTGCAATATTGGAATGATAGATAAAGCCTACGCTACATGTTTCGAAATGATAGAGA 1918
Query 1939 AAGGGATTACCTTAAATGTGAATATTTGCAGCAAGATTGCAAACAGTTTGTTTCGGCTTG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1919 AAGGGATTACCTTAAATGTGAATATTTGCAGCAAGATTGCAAATAGTTTGTTTCGTCTTG 1978
Query 1999 ATAAGTTTGACGAGGCTTGTTTGCTATTGCAGAAGATTGTGGATTTTGATCTGCTTCTTC 2058
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ATAAGATTGATGAGGCTTGTTTGCTATTGCAGAAGATTGTGGATTTTGATCTGCTTCTTC 2038
Query 2059 CCGGTTACCAGAGCTTGAAGGAGTTTCTTGAG-CCTAGTGCTACAACATGTCTTAAAACA 2117
||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2039 CCGGTTACCAGAGCTTGAAAGAGTTTCTTGAGGCC-AGTGCTACGACGTGTCTTAAAACA 2097
Query 2118 CAAAAAATTGCTGAGTCTGTCGAGAATAGTACTCCTAAGAAGCTCTTAGTTCCCAATAAC 2177
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CAAAAAATCGCTGAGTCTGTCGAGAATAGCACCCCTAAGAAGCTCTTAGTTCCCAATAAC 2157
Query 2178 ATTGTTTACAATGTTGCTATCGCAGGTCTCTGTAAAGCTGGGAAACTC-ACGGATGCTCA 2236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2158 ATTGTTTACAATGTTGCTATCGCAGGTCTCTGTAAAGCTGGGAAACTCGA-GGATGCTCG 2216
Query 2237 AAAACTCTTCTCGGATTTACTATCCAGTGATAGGTTTATTCCAGACGAATACACATACAC 2296
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AAAACTCTTCTCGGATTTACTATCAAGTGATAGGTTTATTCCAGACGAATACACATACAC 2276
Query 2297 GATCCTAATACACGGGTGTGCTATTGATGGTGATATAAACAAAGCCTTTAACCTGAGGGA 2356
||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2277 GATCCTAATTCACGGATGTGCTATTGCTGGTGATATAAACAAAGCCTTTACCCTGAGGGA 2336
Query 2357 TGAGATGGCTCTAAAAGGTATTATCCCGAACATTGTTACATACAATGCTTTGATAAAAGG 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2337 TGAGATGGCTCTAAAAGGTATTATCCCGAACATTGTTACATACAACGCTTTGATAAAAGG 2396
Query 2417 CTTGTGCAAGTTGGGGAATGTAGATCGTGCTCAGAGGCTTTTACGTAAGCTTCCACAGAA 2476
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2397 CTTGTGCAAGTTGGGTAATGTAGATCGTGCTCAGAGGCTTTTACATAAGCTTCCACAGAA 2456
Query 2477 GGGCATAACACCTAATGCTATTACCTATAACACATTGATTGATGGACT-GATTAAAGGTG 2535
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 2457 GGGCATAACTCCTAATGCTATTACCTATAACACATTAATTGATGGACTAG-TTAAAAGTG 2515
Query 2536 GTGATGTTGCTGAAGCTATGCGCTTAAAAGAAAAAATGATTGAAAAAGGCTTGGTTAGAG 2595
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2516 GTAATGTTGCTGAAGCTATGCGTTTAAAAGAAAAAATGATTGAGAAAGGCTTGGTTAGAG 2575
Query 2596 GATCCTATAAACAAGGGGATGTTGACAAACCGAAGGAGAT--TTT-GGATCCGGTAGTTA 2652
| ||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||| |||||
Sbjct 2576 GGTCCGATAAACAGGGGGATGTTGACATACCAAAGGAGGTGGTTTTGGATCCGGAAGTTA 2635
Query 2653 AATTGGGGATCACAGGAGTGA-CAGAAATGAATTCGAATGAGCATTATGATGATAGGATA 2711
||||||||| ||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 2636 AATTGGGGAGCACAGGAGTGATC-GAAATGAACTCAAATGAGCTTTATGATGTTAGGAGA 2694
Query 2712 GTTTCTGAAGCATTCGTATGA 2732
|||||||||||| | ||||||
Sbjct 2695 GTTTCTGAAGCAGTAGTATGA 2715
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136704919675
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5