BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920897
Length=2205
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G19430.1 | Symbols: | S-adenosyl-L-methionine-dependent met... 3576 0.0
> AT1G19430.1 | Symbols: | S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
superfamily protein | chr1:6724573-6728040
REVERSE LENGTH=2778
Length=2778
Score = 3576 bits (1936), Expect = 0.0
Identities = 2122/2211 (96%), Gaps = 15/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGGTTTCTTTGAGA-TTTGAAAATGATGGAGAGAAAAAGAGAAATGGGGATTGCTCATTT 59
|||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 486 TGGTTTCTTTAAGATTTTAAAAATGATGGAGAGAAAACGAGAAATGGGGATTGCTTATTT 545
Query 60 CGCGCGTAGGATTAAACAGCCACGAGGGATTTGGGTGAAGATGACGTTTATAGTTGTTTT 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 546 CGCGCGTAGGATTAAACAGCCACGAGGGATTTGGGTGAAGATGACGTTCATAGTTGTTTT 605
Query 120 GGGtctctgcttcgtcttcttctggtccttcttatcttcctctgcttct-tctttcAATG 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 606 GGGTCTCTGCTTCGTCTTCTTCTGGTCCTTCTTATCTTCCTCTGCTTCTACCTTT-AATG 664
Query 179 TTCAGAGAGAAAGCTTCGACGATATAGCTGAACCAGTGTCAGCTCGCACTAAGTCAGCTC 238
| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 665 TCCAGAGAGAAAGCTTCGACGACATAGCTGAGCCAGTGTCATCTCGCACTAAGTCAGCTC 724
Query 239 ACGAGGTAACTGAATCTAGCAAATTACATGAGAGAGGTAAAGTTGAATCTGGTTCAAAAT 298
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 725 ATGAGGTGTCTGAATCTAGCAAATTACATGAGAGAGGTAAAGTTGAATCTGGTTCGAAAT 784
Query 299 CTAAAGAAGGGAAAAAAGTTGGAGGTGGGTTTATTCATAAACATGAAACCAAGAAAAAGA 358
||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 CTAAAGAGGGGAAAAAAGTTGGAGGTTCGTCTGTTCATAAACATGAAACCAAGAAAAAGA 844
Query 359 AAGAGCATGTTGTGTCTCATCCACATAAGAAGAAGGATGTACCAAAGCCTGTGGTTGAAG 418
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 845 AAGAGCATGCTGTGTCTCATCCACATAAGAAGAAGGATGTGCCAAAGCCTGTGGTTGAAG 904
Query 419 AAGTTGTGGTTAAGGAGGATCAAGAACATGAAGAGGCGGAATCTGACAATTCTGATCAGT 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 905 AAGTTGTGGTTAAGGAGGATCAAGAACATGAAGAGGCGGAATCTGACGATTCTGATCAGT 964
Query 479 CTAATAAGGAAGATGGAGAGGAAGGAACTGAGTCAGATGGCAATGAAGGAGAATC---T- 534
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 965 CTAATAAGGAAGATGGAGAAGAAGGAACTGAGTCAGATGGCAATGAAGGAGAATCTGATG 1024
Query 535 G--AT-G-GA---AA-TGTGGATGATTCAAGTGTATCAGTTGATGAAGAAGTGGAAGAAA 586
| || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GAAATGGAGATGGAAGTGTGGATGATTCAAGTGCATCAGTTGATGAAGAAGTGGAAGAAA 1084
Query 587 AGAATGAGGAAGTAACTGTAACCGAGATAAGTAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTCCGGTGT 646
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 AGAATGAGGAAGTAACTGTAAACGAGATAAGTAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTCCGGTGT 1144
Query 647 TTGATCCTAAAGCTGAGTATAGCTGGAGGTTGTGTAACACTAGGAGCAAGCACAATTACA 706
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 TTGATCCTAAAGCTGAGTATAGCTGGAGATTGTGTAACACTAGGAGCAAGCACAATTACA 1204
Query 707 TGCCATGTATTGATAATGATGGGTTAATAGGGAGGCTTCAGAGTTATAGACATAGAGAGA 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 TGCCATGTATTGATAATGATGGGTTAATAGGGAGGCTTCAGAGTTATAGACATAGAGAGA 1264
Query 767 GGAGTTGTCCTAAGAAACCAGTTATGTGCCTTGTTCCACTACCACATGATGGCTATGATC 826
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1265 GGAGTTGTCCTAAGAAACCAGTTATGTGTCTTGTTCCTCTTCCACATGATGGCTATGATC 1324
Query 827 CTCCTGTTTCCTGGCCTGAGAGCAAATCTAAGATATTGTATAAGAACGTGGCGCATCCAA 886
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1325 CTCCTGTTTCCTGGCCTGAAAGCAAATCTAAGATATTGTATAAGAACGTGGCACATCCGA 1384
Query 887 AGTTGGCGGCATATATTAAGAAGCATAATTGGGTGAATGAGACCGGTGAATACCTAACTT 946
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1385 AGTTGGCTGCGTATATTAAGAAGCATAATTGGGTGAATGAAACCGGTGAATACCTATCTT 1444
Query 947 TTCCACAGAACCAGACTGCGTTCAACGGAAATGTTCTACAGTACCTTGAATTCATTCAAG 1006
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 TTCCACAGAACCAGACTACGTTCAACGGAAATGTTCTACAGTACCTTGAATTCATTCAAG 1504
Query 1007 AGATGGTACCAGATATTGAATGGGGAAAGAATGTTCGTATAGTGTTGGACATTGGATGCT 1066
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 AGATGGTACCAGATATTGAATGGGGGAAGAATGTTCGTATAGTGTTGGACATTGGATGCT 1564
Query 1067 CAGATTCAAGTTTTGTAGCTGCATTGCTGGATAAGGATGTTTTGACAGTGTCTCTAGGCT 1126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1565 CAGATTCAAGTTTTGTAGCTGCATTGCTGGATAAGGATGTTTTGACGGTGTCTCTAGGTT 1624
Query 1127 TAAAGGACGATCTAGTCGACTTAGCACAGGTCGCCCTTGAGCGCGGGTTTCCTACTTTAG 1186
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1625 TAAAGGACGATCTAGTCGACTTAGCACAGGTCGCTCTTGAGCGCGGGTTTCCTACTTTTG 1684
Query 1187 TCAGCTCTTTAGCAAGTAGAAGGCTTCCTTTTCCTAGTGGAGTCTTTGATACCATTCATT 1246
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1685 TCAGCTCTTTAGCAAGTAGAAGACTTCCTTTTCCTAGTGGAGTCTTCGATACCATTCATT 1744
Query 1247 GTGCTGCTTGCGGAATCCACTGGCATTCTCATGGGGGTAAACTTCTTCTGGAGATGAACA 1306
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1745 GTGCTGCTTGCGGAGTCCACTGGCATTCTCATGGTGGTAAACTTCTCCTGGAGATGAACA 1804
Query 1307 GGATTTTAAGGCCTAATGGATACTTCATTTTGTCAAGTAATAATGACAAGATTGAGGATG 1366
| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 GAATATTAAGGCCTAATGGATATTTCATTTTGTCAAGTAATAATGACAAGATTGAGGATG 1864
Query 1367 ATGAAGCGATGACCGCATTGACAGCTTCTATTTGTTGGAATATTCTTGCACACAAGACCG 1426
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1865 ATGAAGCGATGACTGCATTGACAGCTTCTATTTGTTGGAACATTCTTGCACACAAGACCG 1924
Query 1427 AAGAAGCAAGTGAAATGGGAGTGAGAATATATCAGAAACCAGAATCAAATGATATTTATG 1486
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 AAGAAGCAAGTGAAATGGGAGTGAGGATATATCAGAAACCAGAATCAAATGATATTTATG 1984
Query 1487 GACTGAGAAGGAAGAAAAATCCACCTCTTTGCGAGGACAACGAAAACCCAGATGCAGCAT 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1985 AACTGAGAAGGAAGAAAAATCCACCTCTTTGCGAGGACAACGAAAACCCAGATGCAGCCT 2044
Query 1547 GGTATGTGCCGATGAAAACTTGTATACATGAAATACCGTCGGCTATAGAACAGCATGGAG 1606
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2045 GGTATGTGCCGATGAAAACTTGTATATATGAAATACCGTCGGCTATAGAACAACATGGAG 2104
Query 1607 CAGAGTGGCCTGAAGAATGGCCAAAGCGACTTGAAACATACCCTGAGTGGTTAACCAGCA 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 CAGAGTGGCCTGAAGAATGGCCAAAGCGACTTGAAACATACCCTGAGTGGTTAACCAGCA 2164
Query 1667 AAGAGAAAGCCATTGAAAATACAAATCATTGGAATGCTATGGTAAACAAATCTTACCTCA 1726
|||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 AAGAGAAAGCTATGGAAGATACAAATCATTGGAATGCTATGGTAAACAAATCTTACCTCA 2224
Query 1727 CTGGATTAGGCATCGACTGGTTACACATCCGGAACGTGATGGACATGACAGCAATCTATG 1786
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2225 CTGGATTAGGCATCGACTGGTTACATATCCGGAATGTGATGGACATGACAGCTATCTATG 2284
Query 1787 GCGGATTTGCGGCATCACTTGTGAAGCAGAATGTGTGGGTAATGAATGTAGTGCCTGTTC 1846
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2285 GCGGATTTGGGGCATCACTTGTGAAGCAGAATGTGTGGGTAATGAATGTAGTGCCTGTGC 2344
Query 1847 ATTCACCAGACACACTTCCATTCATATACGAAAGAGGTCTCCTCGGTATATACCATGATT 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2345 ATTCACCAGACACACTTCCATTCATATACGAAAGAGGCCTCCTTGGTATATACCATGATT 2404
Query 1907 GGTGTGAACCATTTGGAACATATCCAAGATCATATGACCTTCTTCATGCTGATCATCTCT 1966
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 GGTGTGAACCATTTGGAACATATCCAAGATCTTATGACCTTCTTCATGCTGATCATCTCT 2464
Query 1967 TTTCGCGGCTCAAGAACAGGTGTAAGCAACCAACTTCGATCGTGGTGGAGATGGATAGAT 2026
||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 TTTCGCGGCTCAAAAACAGGTGTAAGCAGCCGGCTTCGATCGTGGTGGAGATGGATAGAT 2524
Query 2027 TGACAAGGCCTGGAGGTTGGGTGGTTGTGCGTGACAAAGTGGAGATATTAGAGCCATTGG 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 TGACAAGGCCTGGAGGTTGGGTGGTTGTGCGTGACAAAGTGGAGATATTAGAGCCATTGG 2584
Query 2087 AAGAGATATTAAGAAGCTTGCATTGGGAGATTCGAATGACTTATGCTCAAGACAAAGAAG 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585 AAGAGATATTAAGAAGCTTGCATTGGGAGATTCGAATGACTTATGCTCAAGACAAAGAAG 2644
Query 2147 GAATGTTATGTGCCCAAAAGACATTGTGGCGTCCATGAtttttttACTTTT 2197
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2645 GAATGTTATGTGCCCAAAAGACTTTGTGGCGTCCATGATTCTTTTACTTTT 2695
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109386987555
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5