BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg920983
Length=2324
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G20230.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3646 0.0
> AT1G20230.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:7009570-7011852 FORWARD LENGTH=2283
Length=2283
Score = 3646 bits (1974), Expect = 0.0
Identities = 2189/2292 (96%), Gaps = 18/2292 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGACAAAACAAGTTCTTCCACTGATAGAGAAAATCCCTCAAACGATTC-TCGGAATT-T 78
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || | || ||| |
Sbjct 1 ATGACAAAACAAGTTCTTCCACTGATAGAGAAAATTCCTCAATCGA-TCGTTGG-ATTCT 58
Query 79 TAGAATCTTCATCATCTCTTTGGTCTTCTTCGTTATCAAAGACAACGCAAGCTCATGCTC 138
||||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 59 TAGAATCTTCATCATATCATTGGTCTTCTTCGTTGTCGAAGACAACACAAGCTCATGCTC 118
Query 139 GTATACTCAAATCTGGAGCTCAAAACGATGGATATATCTCCGCTAAACTCATTGCTTCAT 198
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GTATACTCAAATCCGGAGCTCAAAACGATGGCTATATCTCCGCTAAACTCATTGCTTCAT 178
Query 199 ACTCGAACTACAATTGTTTCAACGATGCTGATCTCATCTTGCAATCGATTCCGGATCCTA 258
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 ACTCGAACTATAATTGTTTCAACGATGCTGATCTCGTCTTGCAATCGATTCCGGATCCTA 238
Query 259 CTGTTTACTCTTTCTCTTCTCTTATATACGCTTTAACAAAGGCTAAGCTTTTCT-CGCAA 317
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 239 CTATTTACTCTTTCTCTTCTCTTATATACGCTTTAACAAAGGCTAAGCTTTT-TACGCAA 297
Query 318 TCGATTGGTGTGTTTTCTCGGATGTTCTCTCATGGGTTGATTCCAGATACACATGTTCTT 377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 298 TCGATTGGTGTGTTTTCTCGGATGTTCTCTCATGGGTTGATTCCAGATAGTCATGTTCTT 357
Query 378 CCGAATTTGTTCAAGGTTTGTGCTGAATTATCGGCTTTTAAAGCT-GGTAAACAGATACA 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 358 CCGAATTTGTTCAAGGTTTGTGCTGAATTATCGGCTTTTAAAG-TGGGTAAACAGATACA 416
Query 437 TTGTGTAG-CTTGTGTTTCCGGGTTGGATATGGATGCGTTTGTTCAGGGATCTCTGTTTC 495
|||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 417 TTGTGT-GTCGTGTGTTTCCGGGTTGGATATGGATGCGTTTGTTCAGGGGTCTATGTTTC 475
Query 496 ATATGTACATGAGATGTGGTAGGATGGGTGATGCACGCAAAGTGTTCGATAGAATGTCTG 555
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 ATATGTACATGAGGTGTGGTAGGATGGGTGATGCACGCAAAGTGTTCGATAGAATGTCTG 535
Query 556 AGAAAGATGTTGTCACTTGCAGTGCTTTGCTTTGTGGCTATGCGCGAAAGGGCTGTC-TA 614
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||
Sbjct 536 ACAAAGATGTTGTCACTTGCAGTGCTTTGCTTTGTGCCTATGCGCGAAAGGGTTG-CTTA 594
Query 615 GAAGAGGTGGTTCGTATCCTCTCTGAGATGGAAAAG-TCAGGTATTGAGCCGAATATTGT 673
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 595 GAAGAGGTGGTTCGTATCCTCTCTGAGATGG-AAAGTTCAGGTATTGAGGCGAATATTGT 653
Query 674 GTCTTGGAATGGTATTCTTAGTGGGTTTAATCGTAGCGGGTATCACAAGGAAGCAGTGAT 733
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 654 GTCTTGGAATGGTATTCTTAGTGGGTTTAATCGGAGTGGGTATCACAAGGAAGCAGTGGT 713
Query 734 AATGTTCCAAAAGATGCACCATTTGGGGTTTTGTCCTGATCAGGTTACAGTTTCAAGTGT 793
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 714 GATGTTCCAGAAGATTCACCATTTGGGGTTTTGTCCTGATCAAGTTACAGTTTCAAGTGT 773
Query 794 TCTTCCTTCAGTTGGAGACTCAGAGAAT-CTGAATATGGGGAGGCAGATTCATGGGTATG 852
|||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 774 TCTTCCTTCAGTTGGAGATTCAGAG-ATGCTGAATATGGGGAGGCTGATTCATGGATATG 832
Query 853 TGATTAAGCAGGGTTTGCTTAAGGATAAATGTGTCATTAGTGCAATGCTTGATATGTACG 912
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 833 TGATTAAACAGGGTTTGCTTAAGGATAAATGTGTCATTAGTGCAATGATTGATATGTATG 892
Query 913 GGAAATCCGGCCATGTTTATGGAATCATAAAACTTTTCGATGAATTTGAGATGATGGAGA 972
||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 893 GGAAATCTGGGCATGTTTATGGAATCATAAGTCTTTTCAATCAATTTGAGATGATGGAGG 952
Query 973 CCGGTGTTTGCAATGCGTACATTACAGGGTTATCGCGAAATGGTCTTGTTGACAAGGCAC 1032
| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CAGGGGTTTGCAATGCCTACATTACAGGGCTATCGCGAAATGGTCTTGTTGACAAGGCAC 1012
Query 1033 TTGAAATGTTTGGGCTATTCAAGGAGCAAAAGATGGAGCTTAATGTCGTTTCATGGACTT 1092
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1013 TTGAAATGTTTGAGCTATTCAAGGAGCAAACGATGGAGCTTAATGTTGTGTCATGGACTT 1072
Query 1093 CGATCATAGCTGGGTGTGCTCAGAACGGGAAAGATATCGAAGCCTTGGAACTT-TTTAGA 1151
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||
Sbjct 1073 CAATCATAGCTGGGTGTGCTCAGAACGGGAAAGATATCGAAGCTTTGGAA-TTGTTCAGA 1131
Query 1152 GAAATGCAGGTTGCAGGGGTGAAGCCAAACCGTGTAACAATCCCTTCAATGCTTCCAGCT 1211
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GAAATGCAGGTTGCAGGGGTGAAGCCAAACCATGTAACAATCCCTTCAATGCTTCCAGCT 1191
Query 1212 TGCGGAAATATAGCAGCTTTGGGTCATGGGAGATCGACTCATGGATTTGCAGTAAGGGTC 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TGCGGAAATATAGCAGCTTTGGGTCATGGGAGATCCACTCATGGATTTGCAGTAAGGGTC 1251
Query 1272 CACCTTTTGGATGATGTTCATGTAGGGAGTGCTCTGATTGACATGTATGCCAAATGTGGA 1331
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CACCTTTTGGATAATGTTCATGTAGGGAGTGCTCTGATTGACATGTATGCCAAATGTGGA 1311
Query 1332 AGAATCAACATGTCTCAGATTGTCTTCAATATGATGCCTACAAAAAACTTAGTCTGCTGG 1391
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 AGAATCAACTTGTCTCAGATTGTCTTTAATATGATGCCTACAAAAAACTTAGTCTGCTGG 1371
Query 1392 AACTCTTTGATGAATGGATATTCCATGCACGGGAAGGCCAAGGAAGTCATGAGCATATTT 1451
|||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 AACTCTTTAATGAATGGATTTTCGATGCATGGGAAGGCCAAGGAAGTCATGAGCATATTT 1431
Query 1452 GAATCTCTTATGAGAACCAGGTCGAAACCCGATTTCATCAGCTTTACAAGTTTATTATCA 1511
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1432 GAATCTCTTATGAGAACCAGGTTGAAACCCGATTTCATCAGCTTTACCAGTTTATTATCA 1491
Query 1512 GCGTGTGGCCAAGTAGGTTTAACAGATGAAGGATGGAAATATTTCAACATGATGTCAGAG 1571
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1492 GCATGTGGCCAAGTAGGTTTAACAGATGAAGGGTGGAAATATTTCAAAATGATGTCAGAG 1551
Query 1572 GAATATGGGATAAAACCAAGGTGGGAACATTATTCTTGCATGGTAAACCTTCTTGGACGC 1631
||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GAATATGGGATAAAACCGAGGTTGGAACACTATTCTTGCATGGTAAACCTTCTTGGACGC 1611
Query 1632 GCAGGCAAGTTGCAAGAAGCATATGATCTGATAAAGGAGATGCCTTTTGAGCCAGACTCC 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GCAGGCAAGTTGCAAGAAGCATATGATCTGATAAAAGAGATGCCTTTTGAGCCAGACTCC 1671
Query 1692 TGCGTCTGGGGAGCCTTGTTAAATTCTTGCAGGCTTCAAAACAATGTAGATTTAGCTGAA 1751
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 TGCGTCTGGGGAGCTTTGTTAAATTCTTGCAGGCTTCAAAACAATGTAGATTTAGCTGAA 1731
Query 1752 ATCGCAGCACAAAAGCTTTTCCATTTAGAACCCGAAAACCCAGGGACTTACGTTCTCATG 1811
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1732 ATCGCAGCAGAAAAGCTTTTCCATTTAGAACCCGAAAACCCAGGGACTTACGTTCTCTTG 1791
Query 1812 TCCAATATATATGCCGCTAAAGGCATGTGGACAGAAGTAGACAGTATTAGAAACAAGATG 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TCCAATATATATGCCGCTAAAGGCATGTGGACAGAAGTAGACAGTATTAGAAACAAGATG 1851
Query 1872 GAGAGTCTGGGACTGAAGAAGAACCCGGGATGCAGCTGGATTCAAGTGAAGAACAAAGTG 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1852 GAGAGTCTGGGACTGAAGAAGAACCCGGGATGCAGCTGGATTCAAGTGAAGAACAGAGTG 1911
Query 1932 TATACGCTTCTGGCTTGTGACAAGTCGCACCCGCAGATAGATCAAATAACAGAGAAGATG 1991
|| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 TACACGCTTCTGGCTGGTGACAAGTCGCATCCGCAGATAGATCAAATAACAGAGAAGATG 1971
Query 1992 GATGAGATTAGCAAAGAGATGAGGAAATCAGGTCATCGCCCAAATTTGGATTTTGCTCTG 2051
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1972 GATGAGATTAGCAAAGAGATGAGGAAATCAGGTCACCGCCCAAATTTAGATTTTGCTCTG 2031
Query 2052 CAGGATGTGGAGGAGCAAGAGCAAGAGCAAATGTTATGGGGACACAGTGAGAAACTAGCA 2111
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CATGATGTGGAGGAGCAAGAGCAAGAGCAGATGTTATGGGGACACAGTGAGAAACTAGCA 2091
Query 2112 GTAGTTTTCGGTCTTCTGAACACACCAGACGGCACACCTCTTCAGGTCATAAAGAACCTT 2171
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GTAGTTTTCGGTCTTCTTAACACACCAGACGGCACACCTCTTCAGGTCATAAAGAACCTT 2151
Query 2172 AGGATATGCGGCGATTGCCATGCAGTCATTAAATTTATATCAAGTTACGCAGGTAGAGAG 2231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 AGGATATGCGGCGATTGCCATGCAGTCATTAAATTTATATCAAGTTACGCAGGTAGAGAG 2211
Query 2232 ATTTTCATTAGAGATACAAATAGGTTTCATCATTTTAAAGACGGTATTTGTTCCTGTGGA 2291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2212 ATTTTCATTAGAGATACAAATAGGTTTCATCATTTTAAAGACGGAATTTGTTCCTGTGGA 2271
Query 2292 GATTTCTGGTGA 2303
||||||||||||
Sbjct 2272 GATTTCTGGTGA 2283
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115360852410
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5