BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg921443
Length=2644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G23870.1 | Symbols: ATTPS9, TPS9 | trehalose-phosphatase/syn... 4364 0.0
> AT1G23870.1 | Symbols: ATTPS9, TPS9 | trehalose-phosphatase/synthase
9 | chr1:8432179-8435656 FORWARD LENGTH=2973
Length=2973
Score = 4364 bits (2363), Expect = 0.0
Identities = 2544/2634 (97%), Gaps = 1/2634 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 CTTTGGCTTGCTTC-TCTCTATGGTGTCAAGATCTTGTGCAAATTTTCTAGATTTAGCAT 60
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 CTTTGGCTTGATTCTTCTCTATGGTGTCAAGATCTTGTGCAAATTTTCTAGATTTAGCAT 259
Query 61 CTTGGGACTTATTGGACTTTCCTCAAACTCAAAGAGCTCTTCCTCGTGTCATGACTGTTC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 CTTGGGACTTATTGGACTTTCCTCAAACTCAAAGAGCTCTTCCTCGTGTCATGACTGTTC 319
Query 121 CTGGTATCATCTCTGAGTTGGATGGAGGCTACAGTGATGGATCCTCTGATGTTAATTCAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 320 CTGGTATCATCTCTGAGTTGGATGGAGGCTACAGTGATGGATCCTCTGATGTTAATTCCT 379
Query 181 CAAGCAGCTCCCGTGAGCGGAAGATTATAGTGGCTAATATGTTACCATTACAAGCTAAGA 240
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CAAACAGCTCCCGTGAGCGGAAGATTATAGTGGCTAATATGTTACCATTACAAGCTAAGA 439
Query 241 GAGATACAGAGAGTGGTCAATGGTGTTTTAGTTGGGATGAAGATTCTCTTCTCTTGCAAC 300
|||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 GAGATACAGAAACTGGACAATGGTGTTTTAGTTGGGATGAAGATTCTCTTCTCTTGCAAC 499
Query 301 TCAGAGATGGGTTTTCTTCGGATACGGAGTTTGTTTATATAGGATCACTTAATGCTGATA 360
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TCAGAGATGGGTTTTCTTCGGATACAGAGTTTGTTTATATAGGATCACTTAATGCTGATA 559
Query 361 TTGGTACGAGTGAACAAGAAGAAGTTTCTCATAAGCTTTTGTTGGATTTCAATTGTGTTC 420
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 TTGGTATTAGTGAACAAGAAGAAGTTTCTCATAAGCTTTTGTTGGATTTCAATTGTGTTC 619
Query 421 CCACGTTTTTACCCAAGGAGATGCAAGAAAAGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACACCATT 480
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 620 CTACGTTTTTACCCAAGGAGATGCAAGAGAAGTTCTATCTTGGTTTCTGTAAACATCATT 679
Query 481 TGTGGCCGCTATTTCACTATATGCTTCCTATGTTCCCAGACCACGGTGATCGTTTTGACC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 680 TGTGGCCGCTATTTCACTATATGCTTCCTATGTTCCCTGACCATGGTGATCGTTTTGACC 739
Query 541 GGCGTCTTTGGCAAGCGTATGTTTCTGCAAACAAGATATTTTCAGATAGGGTGATGGAAG 600
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 GGCGTCTTTGGCAAGCGTATGTCTCTGCAAACAAGATATTTTCAGATAGGGTGATGGAAG 799
Query 601 TCATCAACCCTGAGGAAGATTATGTTTGGATTCACGATTATCATCTGATGGTTCTTCCCA 660
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 TTATCAACCCTGAGGAAGATTATGTTTGGATTCATGATTATCATCTGATGGTTCTTCCCA 859
Query 661 CATTCTTGAGGAAACGGTTTAACAGGATCAAGCTTGGATTTTTCCTTCACAGTCCATTTC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 CATTCTTGAGGAAACGGTTTAACAGGATCAAGCTTGGATTTTTCCTTCACAGTCCATTTC 919
Query 721 CATCGTCAGAAATCTACCGCACTTTGCCAGTGAGGGATGATCTTCTGAGAGGATTGTTGA 780
|||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 920 CATCATCAGAAATTTACCGTACTTTGCCAGTCCGGGATGATCTTTTGAGAGGATTGTTGA 979
Query 781 ACTGTGATCTCATTGGTTTCCACACATTTGATTATGCACGCCATTTTTTGTCATGCTGCA 840
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 ACTGTGATCTCATTGGCTTCCACACATTTGATTATGCACGCCATTTTTTGTCATGCTGCA 1039
Query 841 GTAGAATGCTTGGCCTTGATTATGAATCTAAGCGTGGGCACATTGGGCTTGATTACTTTG 900
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1040 GTAGAATGCTTGGGCTTGATTATGAATCTAAGCGTGGGCACATCGGGCTTGATTACTTTG 1099
Query 901 GTCGAACGGTGTTTATTAAGATCCTTCCTGTTGGCATCCATATGGGGAGGCTGGAATCGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 GTCGAACGGTGTTTATTAAGATCCTTCCTGTTGGCATCCATATGGGGAGGCTGGAATCGG 1159
Query 961 TTTTGAATCTTCCGTCGACTGCAGCGAAAATGAAAGAGATACAAGAACAGTTCAAGGGGA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1160 TTTTGAATCTTCCGTCGACTGCAGCGAAAATGAAAGAGATACAAGAACAGTTTAAGGGGA 1219
Query 1021 AAAAGTTGATTCTCGGTGTCGACGACATGGACATCTTTAAAGGCATAAGCCTCAAACTTA 1080
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 AAAAGTTGATTCTTGGTGTTGACGACATGGACATCTTTAAAGGCATAAGCCTCAAACTTA 1279
Query 1081 TAGCCATGGAACGTCTCTTTGAGACATATTGGCATATGCGAGGAAAACTTATCCTGATTC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1280 TAGCCATGGAACGTCTCTTTGAGACATATTGGCATATGCGAGGAAAACTTGTCCTGATTC 1339
Query 1141 AGATAGTGAACCCAGCTCGGGCCACAGGTAAGGATGTGGAAGAAGCAAAGAGGGAGACAT 1200
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1340 AGATAGTGAACCCAGCACGGGCCACGGGTAAGGATGTGGAAGAAGCAAAGAAGGAGACAT 1399
Query 1201 ATTCAACTGTAAAAAGGATTAACGAGCGCTATGGTTCTGCTGGTTATCAGCCAGTGATCT 1260
||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 ATTCAACTGCAAAAAGGATCAATGAGCGCTATGGTTCTGCTGGTTATCAGCCAGTGATCT 1459
Query 1261 TGATTGATCGTCTTGTTCCACGTTATGAGAAGACTGCCTATTATGCAATGGCAGACTGCT 1320
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1460 TGATTGATCGTCTTGTTCCTCGTTACGAGAAGACTGCTTATTATGCTATGGCAGACTGCT 1519
Query 1321 GCCTGGTGAATGCAGTAAGAGATGGCATGAACTTAGTTCCATATAAATATATCATTTGCA 1380
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 GCCTGGTGAATGCAGTAAGAGACGGCATGAACTTAGTTCCATATAAATATATCATTTGCA 1579
Query 1381 GGCAAGGGACCCCAGGAATGGATAAGGCCATGGGCATTAGCCATGACTCACCCCGGACGA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1580 GGCAAGGGACCCCAGGAATGGATAAGGCCATGGGGATTAGCCATGACTCAGCCCGGACGA 1639
Query 1441 GCATGCTTGTCGTCTCTGAGTTTATCGGCTGCTCGCCTTCATTGAGTGGTGCGATCAGGG 1500
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1640 GCATGCTTGTTGTCTCTGAGTTTATCGGCTGCTCGCCTTCTTTGAGTGGTGCGATCAGGG 1699
Query 1501 TGAACCCATGGGATGTAGATGCTGTTGCAGAAGCGGTAAACTTAGCCCTCACCATGGGTG 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1700 TGAACCCATGGGATGTAGATGCTGTTGCAGAAGCGGTAAACTTAGCCCTCACTATGGGTG 1759
Query 1561 AAACTGAAAAGCGATTAAGGCACGAGAAACACTATCACTATGTCAGTACTCATGATGTGG 1620
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1760 AGACTGAAAAGCGATTAAGGCACGAGAAACACTATCACTATGTGAGTACTCATGATGTGG 1819
Query 1621 GTTACTGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTGGAGAGGGCATGCCGGGAACATTATAATA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1820 GTTACTGGGCAAAGAGCTTTATGCAGGATCTTGAGAGGGCATGCCGGGAGCATTATAATA 1879
Query 1681 AACGTTGTTGGGGTATTGGTTTTGGCTTGAGTTTCAGAGTTTTGTCACTCTCTCCGAGTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1880 AACGTTGTTGGGGTATTGGTTTTGGCTTGAGTTTCAGAGTTCTGTCACTGTCTCCGAGTT 1939
Query 1741 TTAGGAAGCTATCTATCGATCACATTGTCTCGACGTACAGAACTACACAGAGAAGGGCAA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1940 TTAGGAAGCTATCTATCGATCACATTGTCTCCACGTATAGAAATACACAGAGAAGGGCAA 1999
Query 1801 TATTTTTGGATTATGACGGCACTCTCGTTCCTGAGAGCTCCATTATCAAAACCCCTAATG 1860
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2000 TATTTTTGGACTATGATGGCACTCTCGTTCCTGAAAGCTCCATCATCAAAACCCCTAATG 2059
Query 1861 CTGAAGTCCTGTCTGTTCTGAAATCTCTGTGTGGAGATCCTAAAAACACTGTGTTTGTCG 1920
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2060 CCGAAGTCCTGTCTGTTCTGAAATCTCTGTGTGGAGATCCTAAAAACACTGTGTTTGTTG 2119
Query 1921 TCAGTGGAAGAGGATGGGAGTCTCTGAGCGACTGGCTATCTCCATGTGAAAATCTTGGAA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 TCAGTGGAAGAGGATGGGAGTCTCTGAGCGACTGGCTATCTCCATGTGAAAATCTTGGAA 2179
Query 1981 TCGCAGCTGAACACGGATACTTCATAAGGTGGAGTAGCAAGAGAGAGTGGGAGACTTGTT 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2180 TCGCAGCTGAACACGGATACTTCATAAGGTGGAGTAGCAAGAAAGAATGGGAGACTTGTT 2239
Query 2041 ACTCATCGGCTGAGGCGGAATGGAAGACGATGGTAGAACCGGTAATGAGATCATACATGG 2100
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 ATTCGTCGGCTGAGGCGGAATGGAAGACGATGGTAGAACCGGTAATGAGATCATACATGG 2299
Query 2101 ACGCAACGGATGGTTCTACTATAGAGTTCAAAGAGAGTGCTTTGGTTTGGCATCATCAAG 2160
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 ACGCAACCGATGGTTCTACTATAGAGTACAAAGAGAGTGCTTTGGTTTGGCATCATCAAG 2359
Query 2161 AAGCGGATCCAGACTTTGGAGCCTGTCAAGCAAAGGAGCTTCTGGATCATCTAGAGAGTG 2220
| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2360 ACGCAGATCCAGACTTTGGAGCCTGTCAAGCAAAAGAGCTTCTAGATCATCTAGAGAGTG 2419
Query 2221 TACTCGCAAATGAGCCTGTTGTCGTCAAGAGAGGTCAACACATCGTAGAGGTCAAACCAC 2280
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2420 TACTCGCAAATGAGCCTGTAGTCGTCAAGAGAGGCCAACACATTGTAGAGGTCAAACCAC 2479
Query 2281 AGGGAGTAAGCAAAGGTCTAGCCGTGGAAAAGGTGATACACCGAATGGTAGAGGATGGAA 2340
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2480 AGGGAGTAAGCAAAGGTCTAGCAGTGGAAAAGGTGATACACCAAATGGTAGAGGATGGAA 2539
Query 2341 ACCCACCAGACATGGTAATGTGTATAGGAGATGACAGATCAGACGAGGACATGTTTGAGA 2400
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2540 ACCCACCGGACATGGTGATGTGTATAGGAGATGACAGATCAGACGAAGACATGTTTGAGA 2599
Query 2401 GCATATTGAGCACAGTGACAAACCCGGACCTCCCAATGCCACCAGAGATCTTTGCTTGCA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2600 GCATATTGAGCACAGTGACAAACCCGGACCTCCCAATGCCACCTGAGATCTTTGCCTGCA 2659
Query 2461 CGGTGGGAAGAAAACCAAGCAAAGCCAAGTACTTCTTAGATGATGTCTCCGATGTATTGA 2520
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 2660 CGGTGGGAAGAAAACCAAGCAAAGCCAAATACTTCTTAGACGATGTCTCTGATGTATTAA 2719
Query 2521 AGCTCCTAGGAGGATTAGCTGCTGCATCGAGCAGCTCGAAGCCAGAGGATCAACAACAAT 2580
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2720 AGCTCCTAGGAGGATTAGCTGCTGCAACGAGCAGCTCGAAGCCAGAGTATCAACAACAAT 2779
Query 2581 CCTCCTCATTGCACACGCAAGTGGCGTTTGAGAGCATCATCTGATAACAGAAAA 2634
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2780 CCTCCTCATTGCACACGCAAGTGGCGTTTGAGAGCATCATATGATAACATAAAA 2833
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131286889831
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5