BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg921752
Length=2174
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G24340.1 | Symbols: EMB260, EMB2421 | FAD/NAD(P)-binding oxi... 3506 0.0
> AT1G24340.1 | Symbols: EMB260, EMB2421 | FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase
family protein | chr1:8635209-8638986 FORWARD
LENGTH=2457
Length=2457
Score = 3506 bits (1898), Expect = 0.0
Identities = 2086/2178 (96%), Gaps = 8/2178 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGTTT-AGGATTTAGATTCTCGACCATGGCGATTCTAGGGCTGATCACGAGGGTAACACG 59
||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||
Sbjct 184 GGTTTAAGG-TTTAGCTTCTCGACTATGGCGATTCTAGGGCTTATCAAGAGGGTTACACG 242
Query 60 AATAAGCATAAACAATTCGAGGGTCAGAGTGTACCCAGTGAGGCACTTCCAAAGCAAGGA 119
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 243 AATAACCGTAAACAATTCGAGGGTCAGAGTGTACCCAGTGAGGTACTTCCAAAGGAAGGA 302
Query 120 CCTTTCAAGTACAAATTC-ATTCAATGGCCAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCG 178
||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 CCTTTCAAGCACAAA-TCTATTCAATGGTGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCG 361
Query 179 TCGGCGCTGGACCGGTGGGCCTCGTTTTATCCATTCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAAT 238
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 TCGGCGCTGGACCGGTGGGACTCGTTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAAT 421
Query 239 GTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAAGCTTCTCCAAACATCCACAAGCACATTTTATCAACA 298
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 422 GTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAAGCTTCTCGAAACATCCACAAGCACACTTTATCAACA 481
Query 299 ACCGATCAATGGAGATCTTCCGTGCATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCAC 358
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 ACCGATCAATGGAGATCTTCCGTGAATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCAC 541
Query 359 AGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAAATTTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACTC 418
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 542 AGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAAAATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACAC 601
Query 419 TAGGCACAGTGGATCACATGCAGCCTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCAGCTTCTG 478
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 602 TAGGCACAGTTGATCACATGCAGCCTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCTG 661
Query 479 TTGCTCACTTCTCCCAGTACAAATTGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TTGCTCACTTCTCCCAGTACAAATTGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCG 721
Query 539 GCTTTCATGTTCGAGGTTCCAAGGATTCAGATGGTATTGA-GCTTGACTCTGTGGTTGCG 597
||||||||||||| |||||||| || || |||||| |||| || ||||||||||||||||
Sbjct 722 GCTTTCATGTTCGTGGTTCCAAAGAGTCGGATGGTCTTGAGGC-TGACTCTGTGGTTGCG 780
Query 598 AGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGTGTGTGGCGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACT 657
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGTGTGTGGGGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACT 840
Query 658 GCAACTGTTTCTTATCTCAAAGGAGGCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTA 717
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAACTGTTTCTTTTCTCAAAGGAGGCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTA 900
Query 718 CTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGAGTGCTGTAAGAAAGCTCACAGAAATAGAAATGCGA 777
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 901 CTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGAGTGCAGTAAGAAAGCTCACAGTAATAGAAATGCGA 960
Query 778 GGGGAAAAAGATCTACAAAAGCTTGTTAGTGTCCATTTTATGAGTAGAGAGCTCGGTGAG 837
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGGGAAAGAGATCTACAGAAGCTTGTTAGTGTCCATTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAG 1020
Query 838 TACCTGATCAGTAGCAGACCAGGGATGTTAttttttatttttAACACCGACGGTATAGGA 897
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 TACCTGATCAGTAACAGACCAGGGATGCTATTTTTTATTTTTAACACCGATGGTATAGGA 1080
Query 898 GTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTACAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTACAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCA 1140
Query 958 CCTCAACAGAGTCTATCTGATTTCAGTCTTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTG 1017
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CCTCAACAGAGTCTATCTGATTTTAGTCCTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTG 1200
Query 1018 GTGGGACATCAGCTTTCAGACTTGGATGTAGCTGACATTAAGCCATGGGTCATGCATGCT 1077
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GTGGGACATGAGCTTTCAGACTTGGATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCT 1260
Query 1078 GAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGCTT-TGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGC 1136
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAAGTCGCCGAGAAATTCATGTG-TTGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGC 1319
Query 1137 TCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGTTTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAA 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGTTTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAA 1379
Query 1197 TCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTTGTTCAGGGCTCTGCAAAATCTTCGATTCTTAACAC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 1380 TCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTTGTTCAGGGTTCTGCAAACTCTTCAATTCTTAAAAC 1439
Query 1257 TTATGAAACAGAACGTAGGCCGATTGCCCTCTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAGAACTT 1316
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1440 TTATGAAACAGAACGTAGGCCGATTGCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAAAACTT 1499
Query 1317 CAAAGCAGCTATGTCGGTTCCTTCAGCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGT 1376
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CAGAGCAGCTATGTCAGTTCCTTCAGCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGT 1559
Query 1377 GCATAGGTTTATAAACAAAACAGTTGGTTCCATCCTTCCAACTGGGCTACAAAAGGCAAT 1436
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1560 GCATAGGTTTATAAACAAAACAGTTGGTTCGATCCTTCCAACTGGGCTGCAAAAGGCAAT 1619
Query 1437 CTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGACGTGCACAGCTTTCAGAATCTATATTGAATGAGAG 1496
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1620 CTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGTCGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAG 1679
Query 1497 CAATCCGCTGGGAAATCAGAGACTTAGCAGATTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAG 1556
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CAATCCACTGGGAAATCAGAGACTTAGCAGACTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAG 1739
Query 1557 CCTACAGCTACAGTTTCCTGCAGAAGATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGT 1616
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAAGATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGT 1799
Query 1617 TCCTGATAGCAAGTCTGAAGCTGGTGATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTA 1676
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGTGATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTA 1859
Query 1677 TGTGCCTTGTGCTGAACCAGGTTCAAGACTGCCTCATATGTATATGAAAATACTGTCAGA 1736
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGTCCCTTGTGCTGAACCAGGTTCAAGACTGCCTCATATGTATGTGAAAATACTGTCAGA 1919
Query 1737 TTCCAAAAGAGATGTTATTGTTTCTACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTT 1796
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCTACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTT 1979
Query 1797 TCTACTTATAATATCGCCATTACAAGAGTCTTATGAGCTAGCTCGTGCTACATTCAAAGT 1856
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1980 TCTACTTATAATATCGCCATTACAAGAGTCCTATGAGCTAGCTCATGCTACATTCAAAGT 2039
Query 1857 CGGAAAAGAGTTAATGGCTAATGTAAAAGTATGTGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGAAGG 1916
|| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2040 CGCAAAAGAGTTTATGGCTAGTGTAAAAGTATGCGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGATGG 2099
Query 1917 TCTTGAAAGGGAGAGCAATTCAGCAGTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGA 1976
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCTTGAAAGGAAGAGCAATTCAGCATTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGA 2159
Query 1977 AGTTATAAGACAAAATGGTGAAGGAACTTCTTGGTGGAGTATATGTAAAATGTCAGACAG 2036
||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2160 AGTTAAAAAACAAAATGGTGAAGGAACTTCGTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCAGAGAG 2219
Query 2037 AGGATCTATTTTAGTCCGTCCTGACCAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTAC 2096
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGGATCTATTTTAGTCCGTCCCGACCAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTAC 2279
Query 2097 TTTGGATCCTACTCTGCACATGAGAGATGCCTTCTCCATCATACTTGGTAAACAATGATG 2156
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2280 TTTGGATCCTACTCTGCACATGAGAGATGTCTTCACCATCATACTAGGGAAACAATGATG 2339
Query 2157 AACAACGCAATTTTATTC 2174
|||| | |||||||||||
Sbjct 2340 AACATCACAATTTTATTC 2357
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107830770660
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5