BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg922639
Length=2157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G31360.1 | Symbols: RECQL2, ATRECQ2, MED34 | RECQ helicase L... 3518 0.0
> AT1G31360.1 | Symbols: RECQL2, ATRECQ2, MED34 | RECQ helicase
L2 | chr1:11232333-11237530 FORWARD LENGTH=2325
Length=2325
Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0
Identities = 2076/2160 (96%), Gaps = 6/2160 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGATCCAGCCGGAGAAATCAATGGAAAGTGAAGCGATCCAAGAGGAGCTTCAGAATTTA 60
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 70 TTGATTCAGCCGGAG-AATCAATGGAAAGTGAAGCAATTCAAGAGGATCTTCAGAATTTA 128
Query 61 GACGTCGAGTTAAAAGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGA 120
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 GACGTCGAGTTAAAGGATGTTCAAGGTCAGATAAGTGCTTTGATTGAGCATCAAGATAGG 188
Query 121 TTATACGAGAGGAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTGAAAGCATTAGCTA-CATCAGGAAG 179
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 189 TTATACGAGAGAAAGTCTGAGTTAAAGACATTGTTAAAAGCATTAGC-AGCATCAGGAAG 247
Query 180 TCCTGTTG---CATCTAGTGGCTCTAATGCTATAGAGAATTGGTCTGAGGCATTTGAGTG 236
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 248 TCCTGTTGCATCATCTGGTGGCTCTAGTGCTATAGAGAATTGGTCTGAGACATTTGAGTG 307
Query 237 GGATTCTCGGGCTGACGATGTTCGGTTCAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 296
||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 GGATTCTCGTGCTGACGATGTTAGGTTTAACGTTTTTGGTATATCCAAGTATAGGGCTAA 367
Query 297 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGGCGGGAAGAGATGTTCTGGTGATCATGGCAGC 356
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 368 CCAGAAGGAAATTATTAACGCTATAATGACGGGAAGAGATGTCCTGGTGATCATGGCAGC 427
Query 357 TGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTACCAACTTCCCGCTATACTTCGTGGTGGGACAACTCT 416
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 428 AGGTGGTGGGAAGAGTCTTTGCTATCAACTTCCAGCTATGCTTCGTGGTGGGACAACTCT 487
Query 417 TGTTGTCAGTCCTTTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGATTGGCTGCTCTAGG 476
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 488 TGTTGTCAGTCCTCTACTTTCACTGATTCAGGATCAGGTTATGGGTTTGGCTGCTCTAGG 547
Query 477 AATTTCAGCATACATGCTTACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 536
||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 AATCTCAGCCTACATGCTGACTTCTACTTCTGGCAAGGAAAATGAGAAATTTGTGTACAA 607
Query 537 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCAGAGAAGGTATC 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 608 GGCACTTGAAAAGGGTGAAGATGACCTCAAGATACTTTATGTAACACCCGAGAAGGTATC 667
Query 597 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGTCGCCTCTCTCT 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 668 AAAGAGCAAAAGATTCATGTCGAAGCTTGAAAAGTGTCACAATGCTGGCCGCCTCTCTCT 727
Query 657 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 TATATCAATTGATGAGGCTCATTGTTGTAGTCAGTGGGGTCATGATTTTCGCCCTGATTA 787
Query 717 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 CAAGAACTTAAGCATTCTGAAAACCCAGTTTCCCAAAGTTCCCATGGTGGCTTTAACTGC 847
Query 777 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 AACTGCTACACAGAAAGTTCAAAATGATCTGATAGAGATGCTGCATATTCCTAAATGCGT 907
Query 837 CAAATTTGTTAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 896
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 CAAATTTGTGAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGGTCCGAGAAAAGTCGGC 967
Query 897 AGTTGGTAAAGTGGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTTTAACAA 956
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 968 AGTTGGTAAATTAGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTCTAACAA 1027
Query 957 TGAATCTGGAATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGAATT 1016
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1028 TGAATCTGGGATAGTCTATTGTTTCTCCCGGAAGGAGTGTGAACAGATTGCAGGTGATTT 1087
Query 1017 ACGAGAGAGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1076
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 ACGAGAGCGAGGGATTTCTGCTGATTATTACCACGCAGACATGGATGCAAATATGCGCGA 1147
Query 1077 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCCTT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1148 AAAAGTTCATATGCGATGGAGCAAGAACAAGTTGCAGGTCATTGTTGGAACAGTTGCGTT 1207
Query 1137 TGGCATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGATTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1196
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 TGGTATGGGAATCAACAAGCCTGATGTCAGGTTTGTCATCCACCACAGTTTGAGCAAATC 1267
Query 1197 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGCGCTGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAGTG 1256
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1268 AATGGAGACTTACTACCAGGAGAGTGGCCGTGCCGGTCGTGATGGCCTCCCATCCGAATG 1327
Query 1257 CATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 TATCCTCTTTTTTCGTTCGGCTGATGTTCCCAGGCAGAGTTCCATGGTCTTCTACGAGTA 1387
Query 1317 TTCTGGTCTGCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATATTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1376
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 TTCTGGTCTCCAAAATCTCTACGATATAGTAAGATACTGTCAGTCTAAAACAAAATGTCG 1447
Query 1377 TCGAAGCGCATTTTTTCGTCATTTTGGGGAACCATCCCAAGATTGCAATGGAATATGTGA 1436
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1448 TCGAAGCGCATTTTTCCGTCATTTTGGGGAACCATCACAAGATTGCAATGGAATGTGTGA 1507
Query 1437 CAACTGTGCCTTATCAAGTGAGGTAAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1496
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 CAACTGTGCCTTGTCAAGTGAGGTCAAGGAAGTTGATGTATCGGACCTGTCTAAGCTCGT 1567
Query 1497 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTGACAATGTTACAGTTGGG 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1568 GGTTTCTATGGTGCAAGAAACGCAAGCCAAGGATCAAAGAGTAACGATGTTACAGTTGGG 1627
Query 1557 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAAGTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGATAGA 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1628 TGACAAACTCAGAAATAAGCACAAGGATCTAATTGCTGAGTTAAAGAGAGACGAGGTAGA 1687
Query 1617 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCAGTATTGAAAGAAGAATTCCAGCACACACC 1676
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1688 ACATCTCGTGATAAAACTGATTGTTGACTCGGTATTGAAAGAAGAATTTCAGCACACACC 1747
Query 1677 ATACTCGACAAATGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1736
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 ATATTCGACAAACGCTTATGTAACAATGGGACCATTGGCCAACCAATTGTTGCAAGGAAG 1807
Query 1737 AAAGACGATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAACCGAAAAGAAGTCTTTC 1796
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 1808 AAAGACAATCAAAATGGAAACCTCTAGCAGGCAAACCAAGAAATTGAAAAGAAGTATTAC 1867
Query 1797 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTTGACGAGCTACGTAAAGAGATATCCGCAGCTGATGG 1856
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1868 ATTTTCCGGGTTGGAACTCAAGCTCGACGAGCTACGGAAAGAGATATCTGCAGCTGATGG 1927
Query 1857 AAGCATACTCCCTCACACGGTTCTCTCAACTCAGCAGATTAGCTTGATAAGTTCCCAAAA 1916
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1928 AAGCATACTCCCTCACACAGTCCTCTCAACCCAGCAGATTGGCTCGATAAGTTCCCAAAA 1987
Query 1917 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAACTGAAAACAGAAAAGTATGG 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1988 ACCAGTTTCATTACAAGAGTTGGAGAGTATTATAGGAAAATTGAAAACAGAAAAGTATGG 2047
Query 1977 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGACGAGACACGAAGTAGTGTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2036
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 AGACAGGATTCTAGAAGAAGTGATGAGACACGAAGCAGTCTCTGAACAACTTGTTGAAGA 2107
Query 2037 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATCAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 TCCAACAAAGGAAGAGACATGTAAAAGCAGATTAAGAAAGAGAGCTAAGACACAGAAGGA 2167
Query 2097 TGCTATATTGGTAGAGAGCAGTGGAGAAGAAGAAGCTTGATGAATCAATTATCTTCTAAT 2156
|| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2168 TGTTGTATTGGTAGAGAGCAGCGGAGAAGAAGAAGCTTGATGGATCAATTATCTTCTAAT 2227
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106977361395
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5