BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg922806
Length=2610
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 4752 0.0
ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 4752 0.0
> ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:145291-152175 REVERSE LENGTH=6885
Length=6885
Score = 4752 bits (2573), Expect = 0.0
Identities = 2583/2588 (99%), Gaps = 0/2588 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TACGGGGTTCTGGCGGCAACATGCTATGGGGTGGTGATCCCGCTTATGGGGTCAAATCAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4298 TACGGGGTTCTGGCGGCAACATGCTATGGGGTGGTGATCCCGCTTATGGGGTCAAATCAA 4357
Query 61 TACGTTCTAAGAAGAAAGATTTGAAAATAAATTTCATCGATATCATCGCTCTCATAAGTA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4358 TACGTTCTAAGAAGAAAGATTTGAAAATAAATTTCATCGATATCATCGATCTCATAAGTA 4417
Query 121 TCATACCAAATCCCATCAATCGAATCACTTTTTCGAGAAATACGAGACATCTAAGTCATA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4418 TCATACCAAATCCCATCAATCGAATCACTTTTTCGAGAAATACGAGACATCTAAGTCATA 4477
Query 181 CAAGTAAAGAGATCTATTCATTGATAAGaaaaagaaaaaaCGTGAGCGGTGATTGGATTG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4478 CAAGTAAAGAGATCTATTCATTGATAAGAAAAAGAAAAAACGTGAGCGGTGATTGGATTG 4537
Query 241 ATGATAAAATAGAATCCTGGGTCGCGAACAGTGATTCGATTGATGATAAAGAAAGAGAAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4538 ATGATAAAATAGAATCCTGGGTCGCGAACAGTGATTCGATTGATGATAAAGAAAGAGAAT 4597
Query 301 TCTTGGTTCAGTTCTCCACCTTAAGGGCAGAAAAAAGGATTGATCAAATTCTATTGAGTC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4598 TCTTGGTTCAGTTCTCCACCTTAAGGGCAGAAAAAAGGATTGATCAAATTCTATTGAGTC 4657
Query 361 TGACTCATAGTGATCATTTATCAAAGAATGACTCTGGTTATCAAATGATTGAACAACCGG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4658 TGACTCATAGTGATCATTTATCAAAGAATGACTCTGGTTATCAAATGATTGAACAACCGG 4717
Query 421 GAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTATCTAATGAATTATGAGT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4718 GAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTATCTAATGAATTATGAGT 4777
Query 481 TCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4778 TCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTT 4837
Query 541 ATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCTCATGGAAAACCCTTTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4838 ATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCTCATGGAAAACCCTTTT 4897
Query 601 CGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATAGGTTCTATAGGAACTG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4898 CGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATAGGTTCTATAGGAACTG 4957
Query 661 GACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTTCCTTTCATTACAGTAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4958 GACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTTCCTTTCATTACAGTAT 5017
Query 721 TTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGtttttttATTGATGATATCGATATTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5018 TTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGTTTTTTTATTGATGATATCGATATTG 5077
Query 781 ATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAACTTGATACGGAGCTGG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5078 ATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAACTTGATACGGAGCTGG 5137
Query 841 AGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCGGAAATAGACCGATTTT 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5138 AGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTTGGAAATAGACCGATTTT 5197
Query 901 ATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGCATAATATGGATTCCAA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5198 ATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGCATAATATGGATTCCAA 5257
Query 961 ACATTCATGATCTTGATGTGAATGAGTCGAGTTACTTAGCCCTCGGTCTATTGGTGAACT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5258 ACATTCATGATCTTGATGTGAATGAGTCGAGTTACTTAGCCCTCGGTCTATTGGTGAACT 5317
Query 1021 CTCTCTCCAGGGATTATGAAAGATGTTCCACTAGAAATATTCTTGTTATTGCTTCGACTC 1080
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5318 CTCTCTCCAGGGATTGTGAAAGATGTTCCACTAGAAATATTCTTGTTATTGCTTCGACTC 5377
Query 1081 ATATTCCCCAAAAAGTGGATCCCGCTCTAATAGCCCCGAATAAATTAAATACATGCATTA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5378 ATATTCCCCAAAAAGTGGATCCCGCTCTAATAGCCCCGAATAAATTAAATACATGCATTA 5437
Query 1141 AAATACGAAGGCTTCTTATTCCACAACAACGAAAGCACTTTTTCACTCTTTCCTATACTA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5438 AAATACGAAGGCTTCTTATTCCACAACAACGAAAGCACTTTTTCACTCTTTCCTATACTA 5497
Query 1201 GGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACTAATGGATTCGAGTCTATAACCATGG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5498 GGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACTAATGGATTCGAGTCTATAACCATGG 5557
Query 1261 GTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAATGAGGCCCTATCAATTAGTATTACAC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5558 GTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAATGAGGCCCTATCAATTAGTATTACAC 5617
Query 1321 AGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGATCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5618 AGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGATCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGG 5677
Query 1381 ATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCATGGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5678 ATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCATGGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAA 5737
Query 1441 GGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGCCCCATAGATCCTATATCTATCTATA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5738 GGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGCCCCATAGATCCTATATCTATCTATA 5797
Query 1501 TGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTATTTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTG 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5798 TGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTATTTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTG 5857
Query 1561 GAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTATCTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5858 GAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTATCTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGG 5917
Query 1621 TCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGATGaaaaaaaTAGGATCACTTCTTATG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5918 TCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGATGAAAAAAATAGGATCACTTCTTATG 5977
Query 1681 GATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGCCTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5978 GATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGCCTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGG 6037
Query 1741 TGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAGTTTGATAATGATCGAGTGACATTGC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6038 TGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAGTTTGATAATGATCGAGTGACATTGC 6097
Query 1801 TTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATGATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6098 TTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATGATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCG 6157
Query 1861 TTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCGGAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAG 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6158 TTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCGGAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAG 6217
Query 1921 GAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTATTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6218 GAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTATTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTA 6277
Query 1981 GAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGTATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGAT 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6278 GAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGTATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGAT 6337
Query 2041 TTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGGATCATTTATGATGAAAAGTATGAGC 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6338 TTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGGATCATTTATGATGAAAAGTATGAGC 6397
Query 2101 TTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGAACCATGCAGTACCAGAGACGAGATA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6398 TTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGAACCATGCAGTACCAGAGACGAGATA 6457
Query 2161 GGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGCCAATTCATTTGGGACCCCGCAGATC 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6458 GGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGCCAATTCATTTGGGACCCCGCAGATC 6517
Query 2221 CACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTCTCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6518 CACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTCTCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCT 6577
Query 2281 TTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACTTCCCAAACGGATCCTCCTACATCTA 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6578 TTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACTTCCCAAACGGATCCTCCTACATCTA 6637
Query 2341 TATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAAAAGCACTTCGAATTGTTGATTCAGC 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6638 TATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAAAAGCACTTCGAATTGTTGATTCAGC 6697
Query 2401 GCCAGAGATGGCTTAGAACCAATAGTTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTC 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6698 GCCAGAGATGGCTTAGAACCAATAGTTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTC 6757
Query 2461 GATCCGAGAGTTATCAGTATTTATCAAATCTGTTCCTATCTAATGGAACGCTATTGGATC 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 6758 GATCCGAGAGTTATCAGTATTTATCAAATCTGTTCATATCTAACGGAACGCTATTGGATC 6817
Query 2521 GAATGACAAAGACATTGTTGaaaaaaaGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGAT 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6818 GAATGACAAAGACATTGTTGAAAAAAAGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGAT 6877
Query 2581 TCATGTAA 2588
||||||||
Sbjct 6878 TCATGTAA 6885
> ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:86474-93358 FORWARD LENGTH=6885
Length=6885
Score = 4752 bits (2573), Expect = 0.0
Identities = 2583/2588 (99%), Gaps = 0/2588 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TACGGGGTTCTGGCGGCAACATGCTATGGGGTGGTGATCCCGCTTATGGGGTCAAATCAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4298 TACGGGGTTCTGGCGGCAACATGCTATGGGGTGGTGATCCCGCTTATGGGGTCAAATCAA 4357
Query 61 TACGTTCTAAGAAGAAAGATTTGAAAATAAATTTCATCGATATCATCGCTCTCATAAGTA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4358 TACGTTCTAAGAAGAAAGATTTGAAAATAAATTTCATCGATATCATCGATCTCATAAGTA 4417
Query 121 TCATACCAAATCCCATCAATCGAATCACTTTTTCGAGAAATACGAGACATCTAAGTCATA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4418 TCATACCAAATCCCATCAATCGAATCACTTTTTCGAGAAATACGAGACATCTAAGTCATA 4477
Query 181 CAAGTAAAGAGATCTATTCATTGATAAGaaaaagaaaaaaCGTGAGCGGTGATTGGATTG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4478 CAAGTAAAGAGATCTATTCATTGATAAGAAAAAGAAAAAACGTGAGCGGTGATTGGATTG 4537
Query 241 ATGATAAAATAGAATCCTGGGTCGCGAACAGTGATTCGATTGATGATAAAGAAAGAGAAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4538 ATGATAAAATAGAATCCTGGGTCGCGAACAGTGATTCGATTGATGATAAAGAAAGAGAAT 4597
Query 301 TCTTGGTTCAGTTCTCCACCTTAAGGGCAGAAAAAAGGATTGATCAAATTCTATTGAGTC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4598 TCTTGGTTCAGTTCTCCACCTTAAGGGCAGAAAAAAGGATTGATCAAATTCTATTGAGTC 4657
Query 361 TGACTCATAGTGATCATTTATCAAAGAATGACTCTGGTTATCAAATGATTGAACAACCGG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4658 TGACTCATAGTGATCATTTATCAAAGAATGACTCTGGTTATCAAATGATTGAACAACCGG 4717
Query 421 GAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTATCTAATGAATTATGAGT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4718 GAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTATCTAATGAATTATGAGT 4777
Query 481 TCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4778 TCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTT 4837
Query 541 ATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCTCATGGAAAACCCTTTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4838 ATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCTCATGGAAAACCCTTTT 4897
Query 601 CGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATAGGTTCTATAGGAACTG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4898 CGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATAGGTTCTATAGGAACTG 4957
Query 661 GACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTTCCTTTCATTACAGTAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4958 GACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTTCCTTTCATTACAGTAT 5017
Query 721 TTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGtttttttATTGATGATATCGATATTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5018 TTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGTTTTTTTATTGATGATATCGATATTG 5077
Query 781 ATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAACTTGATACGGAGCTGG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5078 ATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAACTTGATACGGAGCTGG 5137
Query 841 AGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCGGAAATAGACCGATTTT 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5138 AGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTTGGAAATAGACCGATTTT 5197
Query 901 ATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGCATAATATGGATTCCAA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5198 ATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGCATAATATGGATTCCAA 5257
Query 961 ACATTCATGATCTTGATGTGAATGAGTCGAGTTACTTAGCCCTCGGTCTATTGGTGAACT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5258 ACATTCATGATCTTGATGTGAATGAGTCGAGTTACTTAGCCCTCGGTCTATTGGTGAACT 5317
Query 1021 CTCTCTCCAGGGATTATGAAAGATGTTCCACTAGAAATATTCTTGTTATTGCTTCGACTC 1080
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5318 CTCTCTCCAGGGATTGTGAAAGATGTTCCACTAGAAATATTCTTGTTATTGCTTCGACTC 5377
Query 1081 ATATTCCCCAAAAAGTGGATCCCGCTCTAATAGCCCCGAATAAATTAAATACATGCATTA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5378 ATATTCCCCAAAAAGTGGATCCCGCTCTAATAGCCCCGAATAAATTAAATACATGCATTA 5437
Query 1141 AAATACGAAGGCTTCTTATTCCACAACAACGAAAGCACTTTTTCACTCTTTCCTATACTA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5438 AAATACGAAGGCTTCTTATTCCACAACAACGAAAGCACTTTTTCACTCTTTCCTATACTA 5497
Query 1201 GGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACTAATGGATTCGAGTCTATAACCATGG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5498 GGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACTAATGGATTCGAGTCTATAACCATGG 5557
Query 1261 GTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAATGAGGCCCTATCAATTAGTATTACAC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5558 GTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAATGAGGCCCTATCAATTAGTATTACAC 5617
Query 1321 AGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGATCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5618 AGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGATCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGG 5677
Query 1381 ATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCATGGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5678 ATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCATGGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAA 5737
Query 1441 GGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGCCCCATAGATCCTATATCTATCTATA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5738 GGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGCCCCATAGATCCTATATCTATCTATA 5797
Query 1501 TGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTATTTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTG 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5798 TGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTATTTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTG 5857
Query 1561 GAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTATCTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5858 GAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTATCTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGG 5917
Query 1621 TCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGATGaaaaaaaTAGGATCACTTCTTATG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5918 TCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGATGAAAAAAATAGGATCACTTCTTATG 5977
Query 1681 GATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGCCTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5978 GATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGCCTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGG 6037
Query 1741 TGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAGTTTGATAATGATCGAGTGACATTGC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6038 TGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAGTTTGATAATGATCGAGTGACATTGC 6097
Query 1801 TTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATGATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6098 TTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATGATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCG 6157
Query 1861 TTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCGGAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAG 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6158 TTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCGGAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAG 6217
Query 1921 GAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTATTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6218 GAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTATTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTA 6277
Query 1981 GAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGTATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGAT 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6278 GAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGTATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGAT 6337
Query 2041 TTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGGATCATTTATGATGAAAAGTATGAGC 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6338 TTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGGATCATTTATGATGAAAAGTATGAGC 6397
Query 2101 TTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGAACCATGCAGTACCAGAGACGAGATA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6398 TTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGAACCATGCAGTACCAGAGACGAGATA 6457
Query 2161 GGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGCCAATTCATTTGGGACCCCGCAGATC 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6458 GGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGCCAATTCATTTGGGACCCCGCAGATC 6517
Query 2221 CACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTCTCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCT 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6518 CACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTCTCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCT 6577
Query 2281 TTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACTTCCCAAACGGATCCTCCTACATCTA 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6578 TTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACTTCCCAAACGGATCCTCCTACATCTA 6637
Query 2341 TATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAAAAGCACTTCGAATTGTTGATTCAGC 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6638 TATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAAAAGCACTTCGAATTGTTGATTCAGC 6697
Query 2401 GCCAGAGATGGCTTAGAACCAATAGTTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTC 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6698 GCCAGAGATGGCTTAGAACCAATAGTTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTC 6757
Query 2461 GATCCGAGAGTTATCAGTATTTATCAAATCTGTTCCTATCTAATGGAACGCTATTGGATC 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 6758 GATCCGAGAGTTATCAGTATTTATCAAATCTGTTCATATCTAACGGAACGCTATTGGATC 6817
Query 2521 GAATGACAAAGACATTGTTGaaaaaaaGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGAT 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6818 GAATGACAAAGACATTGTTGAAAAAAAGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGAT 6877
Query 2581 TCATGTAA 2588
||||||||
Sbjct 6878 TCATGTAA 6885
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129581213769
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5