BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg922878
Length=2653
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G43850.1 | Symbols: SEU | SEUSS transcriptional co-regulator... 4010 0.0
> AT1G43850.1 | Symbols: SEU | SEUSS transcriptional co-regulator
| chr1:16617152-16622049 FORWARD LENGTH=3688
Length=3688
Score = 4010 bits (2171), Expect = 0.0
Identities = 2522/2686 (94%), Gaps = 46/2686 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AGTTGTGAATT-GTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGTAGTGGCG 60
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 582 AGTTGTGAATTAGTAAGAGTATGGTACCATCAGAGCCGCCTAATCCTGTTGGGGGTGGTG 641
Query 61 AAAACGTTCCGCCTTCGATTTTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCTG 120
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 642 AAAATGTTCCGCCTTCGATATTAGGAGGACAAGGAGGAGCTCCTCTTCCTTCTCAACCAG 701
Query 121 CATTTCCTTCACTTGTTTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAACATGAGTATGAGTATGC 180
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 702 CATTTCCTTCACTTGTCTCTCCGCGTACTCAGTTTGGTAACAATATGAGTATGAGTATGC 761
Query 181 TTGGGAATGCCCCAAACATATCTTCACTCCTGAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTATTC 240
|||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 762 TTGGGAATGCTCCAAATATATCTTCTCTTCTCAATAATCAGTCTTTTGTAAATGGTA-TC 820
Query 241 CC-GGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGGCAGACCCGCTGTCTAATGTC 299
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||
Sbjct 821 CCTGGTTCTATGATTTCTATGGATACAAGTGGTGCTGAGTCTGACCCGATGTCTAACGTC 880
Query 300 GGGTTTAGTGGTTTGTCATCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCCCCGCGCTCATCAGGT 359
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 881 GGGTTTAGTGGTTTGTCGTCTTTTAATGCGTCGAGTATGGTGTCTCCGCGCTCATCAGGT 940
Query 360 CAA-TTACAGGGTCAGCAATTCTCGAATGTTTCGTCTAACCAGTTGTTGGCAGAGCAACA 418
||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 941 CAAGTT-CAGGGTCAGCAGTTTTCGAATGTTTCGGCTAACCAGTTGTTGGCTGAGCAACA 999
Query 419 ACGGAATAAGAAATTGGAGCCTCAGAATTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATGCAACA 478
||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1000 ACGGAATAAGAAAATGGAGACGCAGAGTTTTCAACATGGTCAGCAGCAGTCAATG---CA 1056
Query 479 GCAGCAGTTTTCAACAGTGCGTGGAGGCGGGTTACCAGGTGTGGGATCTGTCAAGATGGA 538
|||||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1057 GCAGCAGTTTTCGACAGTGCGTGGTGGTGGATTAGCAGGTGTGGGACCTGTTAAGATGGA 1116
Query 539 ACCTGGTCAGGTTTCGAACGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 598
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 GCCTGGTCAGGTTTCGAATGATCAGCAGCATGGTCAAGTACAACAGCAGCAACAGAAAAT 1176
Query 599 GTTAAGAAACCTAGGATCAGTAAAGTTGGAACCGCAACAACA-TCAGGCCATGAGGAACT 657
||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||| || |
Sbjct 1177 GTTGAGAAACCTAGGGTCAGTTAAGTTGGAACCGCAGCAA-ATTCAGGCCATGAGAAATT 1235
Query 658 TGTCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCAGAGCAGTCATTGTTTCTCcaacagcagc 717
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1236 TGGCCCAAGTGAAAATGGAACCTCAACATTCTGAGCAGTCATTGTTTCTCCAACAACAGC 1295
Query 718 agaggcaacaacag---caacaacaacaacaaTTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCTC 774
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1296 AGAGGCAACAACAGCAACAACAACAACAACAATTTCTTCAAATGCCGGGGCAATCTCCGC 1355
Query 775 AGGCTCAAATGAACATATTTCACCAGCAGAGACTTATGCAACTGCAACAACAGCAACTTC 834
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1356 AGGCTCAAATGAACATATTTCAGCAGCAGAGACTTATGCAACTTCAACAACAGCAAC-TC 1414
Query 835 -TGAAATCAATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAGTTTA 893
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1415 TTGAAATCTATGCCTCAACAGCGTCCTCAATTACCACAGCAGTTCCAACAGCAGAATTTA 1474
Query 894 CCTCTGAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 953
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 CCTCTAAGGCCACCTCTGAAACCAGTGTATGAACCTGGCATGGGTGCTCAGCGTCTTACA 1534
Query 954 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAACATCGAGTTCTGGAGAAAA 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1535 CAGTATATGTACAGACAACAACATAGGCCTGAAGACAATAATATCGAGTTCTGGAGAAAA 1594
Query 1014 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTTTCTATGTATGGC 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1595 TTTGTAGCTGAGTACTTTGCTCCTAATGCCAAAAAGAGATGGTGCGTCTCTATGTATGGC 1654
Query 1074 AGTGGCCGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1133
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655 AGTGGCAGGCAAACAACAGGCGTTTTCCCTCAGGATGTGTGGCACTGTGAGATATGTAAC 1714
Query 1134 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCGACCGCCGAAGTCCTCCCGCGGCT-TTTCAAGAT 1192
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||
Sbjct 1715 CGAAAGCCTGGACGTGGTTTTGAGGCAACCGCCGAAGTCCTTCCGCGGCTGTTT-AAGAT 1773
Query 1193 TAAGTATGAGAGTGGCAC-TCTAGAGGAGCTGCTATATGTTGATATGCCAAGGGAATCCC 1251
||||||||||||||| || | |||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1774 TAAGTATGAGAGTGGGACGT-TAGAAGAACTGTTATATGTAGATATGCCAAGGGAGTCCC 1832
Query 1252 AGAATTCCTCGGGACAAATTGTTTTGGAGTACGCCAAAGCAACACAAGAGAGTGTGTTTG 1311
||||||| || || |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1833 AGAATTCATCTGGCCAAATTGTCCTGGAGTATGCAAAAGCAACACAAGAGAGTGTCTTTG 1892
Query 1312 AGCATCTTCGAGTTGTTCGTGATGGCCAGCTTCGAATAGTCTTCTCTCCAGATCTTAAGA 1371
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1893 AGCATCTTCGGGTTGTTCGTGATGGCCAACTTCGAATAGTCTTCTCGCCAGATCTTAAGA 1952
Query 1372 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGGCTTTTGA 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1953 TATTCTCCTGGGAATTTTGTGCTCGGCGGCATGAAGAGCTTATTCCACGAAGACTTTTGA 2012
Query 1432 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGGTCGGCAGCTCAGAAATATCAGCAAGCCGCTCAAAATG 1491
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2013 TACCGCAGGTTAGTCAGCTTGGATCGGCAGCTCAGAAATATCAACAAGCTGCTCAAAATG 2072
Query 1492 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCCGAGTTACAAAATAATTGCAACATGTTTGTTGCATCTG 1551
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2073 CAACAACAGATTCTGCTCTTCCGGAGCTACAAAATAATTGCAATATGTTTGTTGCATCTG 2132
Query 1552 CTAGACAATTGGCAAAAGCTCTGGAAGTACCACTCGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 1611
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 CTAGACAATTGGCAAAGGCCCTGGAAGTACCACTTGTGAATGATTTGGGATACACAAAGA 2192
Query 1612 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCGGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACTTGATTGATT 1671
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2193 GATATGTTCGGTGTTTGCAGATCTCAGAGGTGGTAAATAGTATGAAGGACCTGATAGATT 2252
Query 1672 ACAGCAGAGAAACAAGAACAGGACCGATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 1731
| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 ATAGCAGAGAAACACGAACAGGACCAATCGAGAGTTTAGCCAAGTTTCCTCGGAGAACAG 2312
Query 1732 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTcagcaagccagcgaccaggtaaggctgc 1791
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 2313 GCCCTTCATCTGCACTGCCTGGTCCTTCTCCTCAGCAAGCCAGCGACCAGCTTAGGCAGC 2372
Query 1792 agca--a-ca------gcagcagcagcaaca--a-cagcagcaacagcaacagca--a-c 1836
|||| | || ||||||||||||||| | || || ||||| ||||| || | |
Sbjct 2373 AGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAACAACAACAACAACAACAGCAGC 2432
Query 1837 agcagcaaacagTTTCCCAGAATACAAACAGCGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 1896
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 AGCAGCAAACAGTTTCCCAGAATACAAACAGTGATCAAAGTAGTAGGCAAGTTGCACTAA 2492
Query 1897 TGCAGGGTAATCCCAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACCT 1956
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2493 TGCAGGGTAATCCAAGCAATGGTGTAAATTATGCCTTTAATGCAGCCTCTGCATCCACTT 2552
Query 1957 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGCAAGACATCAGAATG 2016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2553 CCACCAGCAGCATCGCAGGGCTCATCCACCAGAATTCAATGAAGGGAAGACATCAGAATG 2612
Query 2017 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2613 CTGCTTACAATCCTCCAAACAGCCCCTATGGAGGAAACTCTGTTCAGATGCAATCACCTA 2672
Query 2077 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATC---GCAGCAACAACACAACTTGCCAACATTTC 2133
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2673 GTTCCTCGGGTACCATGGTGCCATCATCATCGCAGCAACAACACAACCTGCCAACATTTC 2732
Query 2134 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2733 AGTCTCCAACATCCTCATCTAATAACAATAATCCCTCTCAAAACGGGATACCATCTGTTA 2792
Query 2194 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCGGGTGAGGTTGATGGAAACG 2253
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2793 ATCACATGGGTTCCACAAACTCACCAGCAATGCAACAGGCAGGTGAGGTTGATGGAAACG 2852
Query 2254 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2853 AGTCTAGCTCGGTGCAGAAGATACTGAATGAAATCCTGATGAACAACCAAGCTCATAATA 2912
Query 2314 ---GCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2913 ATAGCTCAGGAGGAAGCATGGTTGGGCATGGGTCTTTCGGGAATGATGGGAAGGGTCAAG 2972
Query 2371 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTGCTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAAC--C- 2427
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2973 CTAATGTAAATAGTTCTGGTGTTTTACTGATGAATGGCCAAGTGAACAACAACAACAACA 3032
Query 2428 CAAGTATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATGGGTCAGTCCATGGCAGCTAACG 2487
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3033 CAAATATTGGAGGTGCTGGTGGGTTTGGTGGTGGGATTGGTCAATCCATGGCAGCAAACG 3092
Query 2488 GAATCAATAATTTAAACGGTAACAATGGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 2547
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3093 GAATCAATAATATAAACGGTAACAATAGTCTCATGAACGGAAGAGTTGGGATGATGGTGC 3152
Query 2548 GGGATCCAAACAGTCAACAGGATCTGGGAAACCAACTCTTAGGGGCAGTGAATGGTTTTA 2607
||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 3153 GGGATCCAAACGGTCAACAGGATTTAGGAAACCAACTTTTAGGAGCAGTGAATGGTTTCA 3212
Query 2608 ACAATTTTCAAGATTGGAATGCGTGAAATGAAGATGAAGAAGAAGA 2653
|||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3213 ACAATTTT---GATTGGAACGCGTGAAATGAAGAAGAGGAAGAAGA 3255
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131738392318
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5