BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg922933
Length=2857
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G44900.1 | Symbols: MCM2, ATMCM2 | minichromosome maintenanc... 4462 0.0
> AT1G44900.1 | Symbols: MCM2, ATMCM2 | minichromosome maintenance
(MCM2/3/5) family protein | chr1:16970259-16974641 FORWARD
LENGTH=3027
Length=3027
Score = 4462 bits (2416), Expect = 0.0
Identities = 2705/2847 (95%), Gaps = 10/2847 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 agagagagatagagaAATGGCGGGAGAAAATTCCGATAACGAGCCGTCGTCACCAACTTC 70
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 17 AGATAGAGCGAGAGAAATGGCGGGAGAAAATTCCGATAACGAGCCGTCTTCACCAGCTTC 76
Query 71 ACCTTCTTCCGCTGGATTCAACACAGATCAGTTACCAATCAGTACAAGCCAAAACTCCGA 130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 ACCTTCTTCCGCTGGATTCAACACAGATCAGTTACCAATCAGTACAAGCCAAAACTCCGA 136
Query 131 GAATTTCTCCGAT---GAAGAAGCCGCCGTCGATACCCAAATCATTAGAGATGAGCCTGA 187
|||||||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 137 AAATTTCTCCGATGAAGAAGAAGCAGCTGTAGATACCCAAGTCATTAGAGATGAGCCTGA 196
Query 188 GGAAGCGGAGgaagaagaagaagaagacggagaagaTCTCTTCGCCGAGAATTACT-TGG 246
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || | || | ||
Sbjct 197 CGAAGCGGAGGATGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGATCTCTTCAATGATACTT-TTATGA 255
Query 247 ACGATTATCGGAAGATGGATGAGAATGATCAGTATGAGTCTAATGGATTAGATGATTCCG 306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 256 ACGATTATCGGAAGATGGATGAGAATGATCAGTATGAGTCTAATGGAATAGATGATTCCG 315
Query 307 TTGATGATGAAAGAGATTTAGGTCAGGTTATGCTTGACCGTCGTGCTGCTGATGCTGTA- 365
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 316 TCGATGATGAAAGAGATTTAGGTCAGGCTATGCTTGACCGTCGTGCTGCTGACGCTG-AT 374
Query 366 CTCGATGCTCGAGAGACTCGAGC-CGCGAATCGCAAGCTTCCTCATCTTCTTCATGATAA 424
|| |||||||| || | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 375 CTTGATGCTCGTGAAAATCGA-CTTGCGAATCGCAAGCTTCCTCATCTTCTTCACGATAA 433
Query 425 CGATTCAGATGATTGGAACTATAGACCTTCGAAGAGGTCTCGAACTACGGTTCCACCGAG 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 CGATTCAGATGATTGGAACTATAGACCTTCGAAGAGGTCTCGAACTACGGTTCCACCGAG 493
Query 485 AGGTAATGGTGGTGATCCTGATGGTAATCCTCCAAGTTCTCCAGGAGGGTCACAGCCAGA 544
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 494 AGGTAATGGTGGTGATCCTGATGGGAATCCTCCAAGTTCGCCAGGAGTGTCACAGCCAGA 553
Query 545 TATCTCTATGACTGATCAAACTGATGATTATCAAGATGAGGATGATAATGAAGATGAAGC 604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 554 TATCTCTATGACTGATCAAACTGATGATTATCAAGATGAGGATGATAATGATGATGAAGC 613
Query 605 AGAGTTTGAGATGTATAGGATTCAAGGAACTTTGAGGGAATGGGTTATGAGAGATGAAGT 664
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 AGAGTTTGAGATGTATAGGATTCAAGGAACTCTGAGGGAATGGGTTATGAGAGATGAAGT 673
Query 665 GCGACGATTTATCGCGAAGAAGTTCAAAGACTTTTTGCTTACATATGTGAAACCGAAGAA 724
| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 674 GAGACGGTTTATTGCTAAGAAGTTTAAAGACTTTTTGCTTACGTATGTTAAACCAAAGAA 733
Query 725 TGAGAATGGAGATATTGAATATGTTCGTTTAATAAACGAAATGGTTTCAGCTAATAAGTG 784
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 TGAGAATGGAGATATTGAATATGTTCGTTTAATTAACGAAATGGTTTCAGCTAATAAGTG 793
Query 785 CAGTCTGGAAATTGATTATAAAGAATTCATACACGTTCACCCGAATATTGCTATCTGGCT 844
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 794 CAGTCTGGAAATTGATTACAAAGAATTCATACACGTCCACCCGAATATTGCAATCTGGCT 853
Query 845 GGCCGATGCTCCACAACCTGTTCTTGAAGTCATGGAGGAAGTTAGTGAAAAGGTCATCTT 904
|| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 854 TGCGGATGCTCCACAACCTGTGCTTGAAGTAATGGAGGAAGTTTCTGAAAAGGTCATCTT 913
Query 905 TGATCTGCATCCAAACTACAAGAATATTCACACGAAGATATATGTTCGTGTTACCAATCT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 914 TGATCTGCATCCAAACTACAAGAATATTCACACGAAGATATATGTTCGTGTTACCAACCT 973
Query 965 ACCAGTTAATGATCAGATTCGGAACATAAGGCAGATTCATCTTAACACCATGATCCGTAT 1024
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 974 ACCAGTTAATGATCAGATTCGGAACATCAGGCAGATTCATCTTAACACGATGATCCGTAT 1033
Query 1025 TGGTGGAGTTGTCACTAGGCGTTCTGGGGTCTTTCCTCAGCTGCAGCAGGTGAAATATGA 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1034 CGGTGGAGTTGTCACTAGGCGTTCTGGGGTCTTTCCTCAGCTGCAGCAAGTGAAATATGA 1093
Query 1085 TTGTAACAAGTGTGGAGCAATTTTGGGGCCTTTCTTCCAAAATTCTTATTCAGAAGTCAA 1144
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1094 TTGTAACAAGTGTGGAGCAGTTTTGGGGCCTTTCTTCCAAAACTCTTATTCAGAAGTCAA 1153
Query 1145 GGTCGGTTCTTGTTCTGAGTGCCAGTCGAAAGGACCGTTTACTGTTAATGTCGAACAGAC 1204
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 GGTCGGTTCTTGTTCTGAATGCCAGTCAAAAGGACCGTTTACTGTTAATGTCGAACAGAC 1213
Query 1205 AATATACAGGAACTATCAGAAGCTTACAATCCAAGAGAGTCCAGGAACAGTGCCTGCTGG 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AATATACAGGAACTATCAGAAGCTTACAATCCAAGAGAGTCCAGGAACAGTGCCTGCTGG 1273
Query 1265 ACGACTTCCAAGACACAAAGAAGTTATCCTGTTGAATGACCTTATTGATTGCGCTCGTCC 1324
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 ACGACTTCCAAGACACAAAGAAGTTATCCTGCTGAATGACCTTATTGATTGCGCTCGTCC 1333
Query 1325 TGGAGAAGAAATTGAGGTTACTGGCATATATACCAACAATTTTGATTTATCTTTGAACAC 1384
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1334 TGGGGAAGAAATTGAGGTTACTGGCATATATACCAACAACTTTGACCTATCTTTGAACAC 1393
Query 1385 AAAGAATGGGTTTCCTGTCTTTGCCACTGTGGTGGAAGCTAACTATGTTACAAAGAAGCA 1444
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1394 AAAGAATGGGTTTCCAGTCTTTGCCACTGTGGTGGAAGCTAACTATGTTACAAAGAAACA 1453
Query 1445 AGACCTCTTCTCTGCATACAAGCTAACCCAGGAAGACAAGACACAAATCGAAGAGCTATC 1504
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 AGACCTCTTCTCTGCGTACAAGCTAACCCAAGAAGACAAGACACAAATCGAAGAGCTATC 1513
Query 1505 CAAGGACCCACGTATAGTTGAACGTATCATTAAGTCGATTGCTCCATCAATATATGGCCA 1564
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1514 CAAGGATCCACGAATAGTTGAACGTATCATTAAGTCAATTGCTCCGTCAATATATGGCCA 1573
Query 1565 CGAAGATATCAAAACAGCTCTTGCTCTTGCTATGTTTGGAGGTCAAGAGAAAAACATTAA 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||
Sbjct 1574 CGAAGATATCAAAACAGCTCTTGCTCTTGCTATGTTTGGTGGCCAAGAGAAAAATATCAA 1633
Query 1625 AGGGAAACACAGATTGCGTGGAGATATTAATGTACTTCTACTAGGTGATCCAGGAACAGC 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634 AGGGAAACACAGATTGCGTGGAGATATTAATGTACTTTTACTAGGTGATCCAGGAACAGC 1693
Query 1685 AAAATCACAATTTCTGAAGTATGTTGAAAAAACTGGTCAAAGAGCTGTGTACACGACTGG 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1694 AAAATCACAATTTCTGAAGTATGTTGAAAAAACTGGTCAAAGAGCTGTCTACACGACTGG 1753
Query 1745 AAAGGGAGCTTCTGCTGTTGGTCTAACTGCAGCAGTACACAAGGATCCAGTTACGAGGGA 1804
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1754 AAAGGGAGCTTCTGCTGTTGGTCTAACCGCAGCAGTACACAAAGATCCAGTTACAAGGGA 1813
Query 1805 GTGGACGCTTGAAGGAGGGGCTCTTGTACTTGCTGACCGAGGAATTTGTCTTATCGATGA 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 GTGGACGCTTGAAGGAGGGGCTCTTGTACTTGCTGACCGAGGAATTTGTCTTATCGATGA 1873
Query 1865 GTTTGACAAGATGAATGACCAGGACAGGGTGAGTATCCATGAAGCCATGGAACAACAGAG 1924
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 GTTTGACAAGATGAACGACCAGGACAGGGTGAGTATCCATGAAGCCATGGAACAACAGAG 1933
Query 1925 TATTAGTATATCGAAGGCAGGAATAGTTACTTCTCTTCAAGCTCGTTGCTCCGTGATTGC 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1934 TATTAGTATATCGAAGGCAGGAATAGTTACTTCTCTTCAAGCTCGTTGCTCTGTTATTGC 1993
Query 1985 CGCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGATATGATTCATCAAAATCATTTGCACAAAATGTCGA 2044
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 TGCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGGTATGATTCATCGAAATCATTTGCACAAAATGTCGA 2053
Query 2045 GTTGACAGATCCGATCCTTTCTCGTTTTGATATCTTGTGTGTTGTCAAGGATATTGTTGA 2104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2054 GTTGACAGATCCGATCCTTTCTCGTTTTGATATCTTGTGTGTTGTCAAGGATGTGGTTGA 2113
Query 2105 TCCTGTTACAGATGAAATGCTTGCTGAATTTGTTGTCAATAGCCACTTCAAATCACAACC 2164
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2114 CCCAGTTACAGATGAAATGCTAGCTGAATTTGTTGTCAATAGCCACTTCAAGTCACAACC 2173
Query 2165 CAAAGGTGGTAAGATGGATGATAGCGAGCCTGAAGATGGCATTCAGGGATCTAGCGGTTC 2224
|||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2174 CAAAGGTGGTAAGATGGAAGATAGCGATCCCGAAGATGGCATTCAGGGATCTAGCGGGTC 2233
Query 2225 TACTGATCCGGAGGTTCTTCCCCAGAACCTGCTGAGGAAATACTTAACATACTCGAAGTT 2284
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 AACTGATCCGGAGGTCCTTCCTCAGAACCTGCTGAAGAAATACTTAACATACTCGAAGTT 2293
Query 2285 GTATGTATTCCCAAAACTGGGTGAACTAGATGCCAAGAAGTTAGAGACTGTTTATGCTAA 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294 GTATGTATTCCCAAAACTGGGTGAACTAGATGCCAAGAAGTTAGAGACTGTTTATGCTAA 2353
Query 2345 TCTAAGACGAGAATCAATGAACGGACAAGGAGTTTCTATCGCGACAAGACACCTCGAGTC 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 2354 TCTAAGACGAGAATCAATGAACGGACAAGGAGTTTCTATAGCGACAAGGCACCTTGAGTC 2413
Query 2405 TATGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCTAGGATGCACCTGAGGCAGTATGTCACAGAAGA 2464
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2414 CATGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCTAGGATGCACCTTAGGCAATATGTCACAGAAGA 2473
Query 2465 GGATGTTAATATGGCCATTCGAGTCCTACTTGACTCTTTCATCTCAACCCAGAAATTTGG 2524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2474 GGATGTTAATATGGCCATTCGAGTCCTACTTGACTCTTTCATATCAACCCAGAAATTTGG 2533
Query 2525 AGTCCAGCGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGATACATTACCTATAAAAAGGACTTCAA 2584
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2534 TGTCCAGAGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGGTACATTACATACAAAAAGGACTTCAA 2593
Query 2585 CTCATTGCTGCTCGTTCTTCTCAAAGAGCTCGTTAAGAACGCCTTGAAGTTTGAAGAAAT 2644
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 CTCATTGCTGCTCGTTCTTCTCAAAGAGCTCGTAAAGAACGCCTTGAAGTTTGAAGAAAT 2653
Query 2645 CATTTCGGGATCAAACTCAGGATTACCTACGATCGAGGTTAAGATAGAGGAACTGCAGAC 2704
|||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2654 CATTTCAGGATCGAACTCAGGACTACCTACAATCGAGGTTAAGATAGAGGAACTGCAGAC 2713
Query 2705 AAAGGCCAAGGAATACGACATTGCAGATCTACGGCCATTCTTTTCAAGCACAAATTTTTC 2764
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2714 AAAGGCCAAGGAATACGACATTGCAGATCTACGACCCTTCTTTTCAAGCACAGATTTTTC 2773
Query 2765 CAAAGCACATTTCGAGTTGGACCATGTTCGAGGAATGATCAGGTGTCCAAAAAGGCTGAT 2824
|||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2774 CAAAGCTCACTTCGAGTTGGATCATGGCCGAGGAATGATCAAGTGTCCAAAAAGGCTGAT 2833
Query 2825 CACTTGGTAAA-CAAGAAGGCGTGCTT 2850
||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 2834 CACTTGGTAAAACAAGAAGACGAGCTT 2860
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141972448690
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5