BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923125
Length=2083
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G48050.1 | Symbols: KU80, ATKU80 | Ku80 family protein | chr... 3341 0.0
> AT1G48050.1 | Symbols: KU80, ATKU80 | Ku80 family protein | chr1:17723452-17727043
FORWARD LENGTH=2273
Length=2273
Score = 3341 bits (1809), Expect = 0.0
Identities = 1992/2081 (96%), Gaps = 10/2081 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 CTTCCAGCACAAGTTGTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 61
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 CTTCCAGCACAACTCCTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 87
Query 62 AGGTCCTGCGATGCATAGTGTTCTCCCAGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTGCA 121
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 88 AGGTCCTGCGATGCGTAGTGTTCTCCCTGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTTCA 147
Query 122 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTATTTGGAACTGAAGA 181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 148 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTCTTTGGAACTGAAGA 207
Query 182 AACCGGAAACGAGCTTGCTAGGGAAATAGGTGGATATGAGAATGTTACGGTTTTAAGGAA 241
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 208 AACTGGAAACGAGCTTGCTAGGGAGATAGGTGGATATGAGAATGTTACAGTTTTAAGGAA 267
Query 242 TATCAGAGTTGTTGATGAAGTAGTGGCTGAGCATGTAAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 301
||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 TATCAGAGTTGTTGATGAATTAGCGGCAGAGCATGTGAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 327
Query 302 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTGATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 361
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTAATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 387
Query 362 TAATGCACAAAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTGATCACGAATGCAGCTTGTCCTACCAA 421
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 388 TAATGCACACAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTCATCACGAACGCAGCTTGTCCTACCAA 447
Query 422 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGACCAAGTCAGTACTATCGCTATGAAAATGGCTGC 481
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 448 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGATCAAGTCAGCACTATTGCTATGAAAATGGCTGC 507
Query 482 AGAGGGTATTAAGATGGAAAGCATTGTTATGAGGTCCAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 541
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 GGAGGGAATTAAGATGGAGAGCATTGTTATGAGGTCTAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 567
Query 542 GAAAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGAATTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 601
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 GAGAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGACTTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 627
Query 602 AACAGTGAATGTTGAGAGTCCACTCTCTCTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTTGC 661
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 628 AACAGTGAATGTTGATAGTCCACTCTCACTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTGGC 687
Query 662 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 747
Query 722 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 807
Query 782 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGTGAAAA-TTGATTATGATTACAAAGTTA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 808 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGT-AAAAGTTGATTATGATTACAAAGTTA 866
Query 841 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 926
Query 901 GTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 CTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 986
Query 961 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAACATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAATATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1046
Query 1021 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGACCCGAGCAAAGAAAAATCTGTTCTTGCCGTCTCAGCCA 1080
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || |
Sbjct 1047 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGATCCAAGCAAAGAAAAATCTGTACTTGCCGTATCTGCTA 1106
Query 1081 TTGCCAGAGAAATGAA-GCAAATAAACATGGTAGCAATTGTACGTTGTGTCTGGAGAAAT 1139
|||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1107 TTGCAAGAGAAATGAAAG-AAACAAACAAGGTAGCAATTGTACGATGTGTCTGGAGAAAT 1165
Query 1140 GGACAAGGCAATGCTG-TTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1198
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 GGACAAGGCAATG-TGGTTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1224
Query 1199 CCCTGATTCATTTTACTTCAACGTGCTTCCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1258
|||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 TCCTGATTCGTTTTACTTCAATGTGCTACCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1284
Query 1259 TCCTTCTTTTAACAAACTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAGCAAGCAGTAGC 1318
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1285 TCCTTCTTTCAACAAGCTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAACAAGCAGTAGC 1344
Query 1319 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGAAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1345 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGGAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1404
Query 1379 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGGTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1438
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGCTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1464
Query 1439 ATCCACGGATGCTGCTTTACCTCCAATGGATGAAACTTTCAAAAGACTTATGGAGCAAGA 1498
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1465 ATCCACGGATGCTACTTTACCTCCAATGGATGGAACTTTCAAGAGACTTATGGAGCAGGA 1524
Query 1499 TCCTGAACTCAT-TTCCAACAATAAATCCATAATGGATTCGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1557
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CCCTGAACTC-TCTTCCAACAATAAATCCATAATGGACACGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1583
Query 1558 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTACGAGATAAACCATCGG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1584 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTGCGGGATAAACCATCGG 1643
Query 1618 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGAAC-CCAATGAGAACAAAATTGAT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1644 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGA-CGCCAAAGAGAACAAAATTGAT 1702
Query 1677 GTAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ATAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1762
Query 1737 ACTGATTGGACAGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTCGTAGAA 1796
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1763 ACTGACTGGACCGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTTGTAGAA 1822
Query 1797 AATTGTACCGATGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGT 1856
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 AATTGTACCGACGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGC 1882
Query 1857 GTCTTGGAACAGGAACCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAATCATCTATTCAAGGTATGC 1916
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1883 GTCTTGGAGCAGGAGCCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAACCATCTATTCAAGTTATGC 1942
Query 1917 CAAGAAAGAAAATTATCTCATCTTCTCGAACATTTCACGTCAAAGAAGATCACGTTGATT 1976
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1943 CAAGAAAGAAACTTATCTCATCTTCTCGAACATTTCATGTCAAAGAAGATCACTTTGATT 2002
Query 1977 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATGTGGTAGACGAGAACTCTGGGGATTTCATCGTT 2036
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2003 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATATAGTAGACGAGAACGCTGGGGATTTCATCGTT 2062
Query 2037 AAACAAGAGCCAATGATCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2077
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 AAACAAGAGTCAATGCTCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2103
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103262521065
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5