BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg923125 Length=2083 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G48050.1 | Symbols: KU80, ATKU80 | Ku80 family protein | chr... 3341 0.0 > AT1G48050.1 | Symbols: KU80, ATKU80 | Ku80 family protein | chr1:17723452-17727043 FORWARD LENGTH=2273 Length=2273 Score = 3341 bits (1809), Expect = 0.0 Identities = 1992/2081 (96%), Gaps = 10/2081 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2 CTTCCAGCACAAGTTGTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 61 |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 28 CTTCCAGCACAACTCCTCAATGGCACGAAATCGGGAGGGTTTGGTTTTGGTGCTCGATGT 87 Query 62 AGGTCCTGCGATGCATAGTGTTCTCCCAGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTGCA 121 |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 88 AGGTCCTGCGATGCGTAGTGTTCTCCCTGATGTTGAAAAGGCATGTTCAATGCTACTTCA 147 Query 122 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTATTTGGAACTGAAGA 181 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 148 GAAGAAGTTGATTTACAACAAGTATGATGAAGTTGGAATTGTTGTCTTTGGAACTGAAGA 207 Query 182 AACCGGAAACGAGCTTGCTAGGGAAATAGGTGGATATGAGAATGTTACGGTTTTAAGGAA 241 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 208 AACTGGAAACGAGCTTGCTAGGGAGATAGGTGGATATGAGAATGTTACAGTTTTAAGGAA 267 Query 242 TATCAGAGTTGTTGATGAAGTAGTGGCTGAGCATGTAAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 301 ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 268 TATCAGAGTTGTTGATGAATTAGCGGCAGAGCATGTGAAGCAGCTTCCTCGAGGAACTGT 327 Query 302 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTGATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 361 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 328 AGCTGGAGACTTTCTTGATGCTTTAATTGTTGGGATGGATATGCTTATAAAGATGTATGG 387 Query 362 TAATGCACAAAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTGATCACGAATGCAGCTTGTCCTACCAA 421 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 388 TAATGCACACAAGGGGAAAAAACGGATGTGTCTCATCACGAACGCAGCTTGTCCTACCAA 447 Query 422 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGACCAAGTCAGTACTATCGCTATGAAAATGGCTGC 481 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 448 AGATCCATTTGAAGGGACGAAAGATGATCAAGTCAGCACTATTGCTATGAAAATGGCTGC 507 Query 482 AGAGGGTATTAAGATGGAAAGCATTGTTATGAGGTCCAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 541 ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 508 GGAGGGAATTAAGATGGAGAGCATTGTTATGAGGTCTAATTTAAGTGGTGATGCTCATGA 567 Query 542 GAAAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGAATTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 601 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 568 GAGAGTAATAGAGGAGAATGATCATCTGTTGACTTTATTCTCCAGCAACGCGATTGCCAA 627 Query 602 AACAGTGAATGTTGAGAGTCCACTCTCTCTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTTGC 661 ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 628 AACAGTGAATGTTGATAGTCCACTCTCACTGCTTGGTTCCTTAAAGACCCGGAGGGTGGC 687 Query 662 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 721 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 688 TCCAGTTACTTTGTTCAGGGGTGACCTTGAAATTAACCCAACAATGAAGATTAAGGTGTG 747 Query 722 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 781 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 748 GGTTTATAAGAAAGTGGCTGAGGAGAGACTTCCCACTCTAAAAATGTATTCTGACAAAGC 807 Query 782 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGTGAAAA-TTGATTATGATTACAAAGTTA 840 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 808 GCCTCCAACTGACAAGTTTGCCAAACATGAAGT-AAAAGTTGATTATGATTACAAAGTTA 866 Query 841 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 867 CTGCAGAATCTACTGAGGTTATTGCTCCAGAAGAAAGGATCAAGGGCTTTCGCTATGGAC 926 Query 901 GTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 960 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 927 CTCAGGTTATTCCTATATCACCAGATCAGATAGAAACACTCAAGTTTAAAACTGACAAAG 986 Query 961 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAACATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 987 GCATGAAGCTTCTGGGATTTACTGAGGCGTCAAATATACTGCGACATTATTACATGAAAG 1046 Query 1021 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGACCCGAGCAAAGAAAAATCTGTTCTTGCCGTCTCAGCCA 1080 |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || | Sbjct 1047 ACGTGAATATAGTTGTTCCTGATCCAAGCAAAGAAAAATCTGTACTTGCCGTATCTGCTA 1106 Query 1081 TTGCCAGAGAAATGAA-GCAAATAAACATGGTAGCAATTGTACGTTGTGTCTGGAGAAAT 1139 |||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1107 TTGCAAGAGAAATGAAAG-AAACAAACAAGGTAGCAATTGTACGATGTGTCTGGAGAAAT 1165 Query 1140 GGACAAGGCAATGCTG-TTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1198 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1166 GGACAAGGCAATG-TGGTTGTTGGGGTCCTGACTCCAAATGTGTCTGAAAGAGATGATAC 1224 Query 1199 CCCTGATTCATTTTACTTCAACGTGCTTCCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1258 |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1225 TCCTGATTCGTTTTACTTCAATGTGCTACCTTTCGCCGAGGATGTCCGCGAGTTTCCATT 1284 Query 1259 TCCTTCTTTTAACAAACTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAGCAAGCAGTAGC 1318 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1285 TCCTTCTTTCAACAAGCTTCCTTCATCATGGAAGCCAGATGAACAACAACAAGCAGTAGC 1344 Query 1319 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGAAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1345 AGATAATTTGGTTAAGATGCTTGACCTTGCACCTTCTGCGGAAGAGGAAGTACTAAAGCC 1404 Query 1379 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGGTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1438 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1405 TGATCTTACTCCTAACCCGGTTTTGCAGCGCTTTTATGAATACCTTGAGTTGAAATCGAA 1464 Query 1439 ATCCACGGATGCTGCTTTACCTCCAATGGATGAAACTTTCAAAAGACTTATGGAGCAAGA 1498 ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1465 ATCCACGGATGCTACTTTACCTCCAATGGATGGAACTTTCAAGAGACTTATGGAGCAGGA 1524 Query 1499 TCCTGAACTCAT-TTCCAACAATAAATCCATAATGGATTCGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1557 ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1525 CCCTGAACTC-TCTTCCAACAATAAATCCATAATGGACACGTTTCGTGGAAGTTTTGAAG 1583 Query 1558 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTACGAGATAAACCATCGG 1617 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 1584 TCAAGGAGAATCCAAAGTTGAAGAAGGCTTCTAAGAGATTGTTGCGGGATAAACCATCGG 1643 Query 1618 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGAAC-CCAATGAGAACAAAATTGAT 1676 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| Sbjct 1644 GTTCAGATGATGAAGACAATCGCATGATTACTTATGA-CGCCAAAGAGAACAAAATTGAT 1702 Query 1677 GTAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1736 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1703 ATAGTCGGAGATGCAAACCCAATTCAAGATTTTGAAGCCATGATATCCCGCAGAGATAAA 1762 Query 1737 ACTGATTGGACAGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTCGTAGAA 1796 ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1763 ACTGACTGGACCGAGAAAGCAATCACACAAATGAAAAACCTAATAATGAAGCTTGTAGAA 1822 Query 1797 AATTGTACCGATGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGT 1856 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1823 AATTGTACCGACGAGGGTGACAAAGCATTGGAATGTGTACTCGCTCTTCGTAAAGGCTGC 1882 Query 1857 GTCTTGGAACAGGAACCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAATCATCTATTCAAGGTATGC 1916 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| Sbjct 1883 GTCTTGGAGCAGGAGCCAAAGCAATTCAATGAGTTCTTGAACCATCTATTCAAGTTATGC 1942 Query 1917 CAAGAAAGAAAATTATCTCATCTTCTCGAACATTTCACGTCAAAGAAGATCACGTTGATT 1976 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| Sbjct 1943 CAAGAAAGAAACTTATCTCATCTTCTCGAACATTTCATGTCAAAGAAGATCACTTTGATT 2002 Query 1977 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATGTGGTAGACGAGAACTCTGGGGATTTCATCGTT 2036 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2003 CCCAAATCCGAAGCAGCGGACAGTGATATAGTAGACGAGAACGCTGGGGATTTCATCGTT 2062 Query 2037 AAACAAGAGCCAATGATCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2077 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2063 AAACAAGAGTCAATGCTCGAGAGCTAACAAAGTCTTCGCTA 2103 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 103262521065 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5