BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923366
Length=2561
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G49540.2 | Symbols: ELP2, AtELP2 | elongator protein 2 | chr... 3984 0.0
> AT1G49540.2 | Symbols: ELP2, AtELP2 | elongator protein 2 | chr1:18333623-18337489
REVERSE LENGTH=2774
Length=2774
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2432/2565 (95%), Gaps = 18/2565 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TCTCCTTCTGAT-AAAAGATGTCATTAGAAAACACAAAAGTCGAAGCGAAGAGAGTGTTC 62
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 TCTCCTTCTGATAAAAAGATGTC---AGAAAACACAAAAGTCGAAGCGAAGAGAGTGTTC 146
Query 63 ATAGGAGCAGGATGCAACAGAGTCGTCAATAACGTCTCTTGGGGAGCTTCTGGTCTTGTC 122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 147 ATAGGAGCAGGATGCAACAGAGTCGTCAATAACGTCTCTTGGGGAGCTTCTGGTCTTGTC 206
Query 123 TCCTTT-GGTGCCCAAAACGCCGTTGCTGTTTTCTGCCCTAAGACTGCCCAGATTCTTAC 181
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 T-CTTTCGGTGCCCAAAACGCCGTTGCTGTTTTCTGCCCTAAGACTGCCCAGATTCTTAC 265
Query 182 TACTCTTCCGGGGCACAAAGCTTCTGTGAATTGCACTCATTGGTTACCCACTTCCAAGTT 241
|| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AACGCTCCCAGGTCATAAAGCTTCTGTGAATTGCACTCATTGGTTACCCACTTCCAAGTT 325
Query 242 TGCTTTCAAAGCCAAGAATTTGGACCGGCATTATCTGCTCTCAGGTGATTCAGATGGTAT 301
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 326 TGCCTTCAAAGCCAAGAAATTGGACCGGCAATATCTGCTATCAGGTGATTCAGATGGTAT 385
Query 302 CATCATCCTCTGGGAACTATCTGCTCTTCAT-A--A-C-A-ATTGGAGACATGTGCTACA 355
|||||||||||||||||||||| ||||| || | | | | | ||||||||||| |||||
Sbjct 386 CATCATCCTCTGGGAACTATCTACTCTTAATAACGATCAACAGTGGAGACATGTACTACA 445
Query 356 ACTACCACTGTCTCACAAGAAAGGTGTTACTTGCATCACCGCTTATATGGTTTCTGAAAC 415
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 ACTACCACTGTCTCACAAGAAAGGTGTAACTTGTATCACCGCTTATATGGTTTCTGAAAC 505
Query 416 CGATGCAATGTTTGCTTCTGCTTCTTCTGATGGAGTTGTTAATGTCTGGGATGTTTCTTT 475
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 506 CGATGCAATGTTTGCTTCAGCTTCTTCTGATGGAGTTGTGAATGTCTGGGATGTTTCTTT 565
Query 476 TCCGTTTCAGTCC-AGTGAGGAATGTAAAGTGGTGTGTCTGGACTCTATCTGTGTTGACA 534
||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 TCCGTCTCAG-CCTAGTGAGGAATGTAAAGTGGTGTGTCTGGACTCTATCTGTGTTGACA 624
Query 535 CTAAAGCAATTGTAACGCTTTCATTAGCGGAATTGCCTCAAAATCCTGGTCGATTTGCCC 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 CTAAAGCAATTGTAACGCTTTCATTAGCGGAATTGCCTCAAAATCCTGGTCGATTTGCCC 684
Query 595 TTGCGTTGGGCGGATTGGACAATAAAATCAAACTTTACTGTGGAGAAAGAACAGGAAAGT 654
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 685 TTGCTTTGGGCGGATTGGACAACAAAATCAAACTTTACTCTGGAGAAAGAACAGGAAAGT 744
Query 655 TTACTTCTGTTTGTGAGCTTAAAGGCCACACGGACTGGATTCGAAGTTTGGACTTCTCAT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 745 TTACTTCTGTTTGTGAGCTTAAAGGCCACACGGACTGGATTCGGAGTTTGGACTTCTCAT 804
Query 715 TACCATTACACTCAACAGAAGAAACAGCCAATAGTATTATGCTTGTGAGTTCTTCACAGG 774
|||| |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 805 TACCGTTACACACAACAGAAGAAATACCCAATAGTATTATGCTTGTGAGTTCTTCCCAGG 864
Query 775 ACAAAGTTATTCGGATCTGGAAACTTGTGTTAGTTGGTGATGTTGGCTCGTGGCGAAGAG 834
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 ACAAAGTTATTCGGATCTGGAAACTAGTGTTAGTCGGTGATGTTGGCTCGTGGCGAAGAG 924
Query 835 AAATCACTCTAGCTTCCTACATTGAAGGCCCAGTTTTTGTCTCAGGGACATTTACATATC 894
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 AAATCACTCTAGCTTCTTACATTGAAGGCCCAGTTTTCGTCTCAGGGACATTTACATATC 984
Query 895 AGATTTCAGTTGAATCTGTTCTGATTGGACATGAAGATTGGGTCTATTCTGTGGAATGGC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 AGATTTCAGTTGAATCTGTTCTGATTGGACATGAAGATTGGGTCTATTCTGTGGAATGGC 1044
Query 955 AACCTCCAGTCATTGATTCCATTGATGGGCTGTTAGTTAACCACCAACCGCTGAGCATTT 1014
||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 AACCTCCAGTCATCGATTTCATTGATGGGCGGCTAGTTAACCACCAACCGCTGAGCATTT 1104
Query 1015 TATCAGCTTCAATGGACAAAACAATGATGATTTGGCGACCTGAGAAGAAAACGGGTGTGT 1074
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TATCGGCTTCGATGGACAAAACGATGATGATTTGGCGGCCTGAGAAGAAAACGGGTGTGT 1164
Query 1075 GGGTGAACGTTGTATGTGTTGGAGAGCTAAGTCACTGTGCTCTTGGTTTCTACGGTGGCC 1134
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1165 GGGTGAACGTTGTCTGTGTTGGAGAGCTAAGTCACTGTGCTCTTGGTTTCTACGGTGGTC 1224
Query 1135 ATTGGAGCCACAA-TGGTCAGTCGATTCTGGCTCATGGATACGGCGGATCTTTTCATCTC 1193
||||||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1225 ATTGGAGCC-CAAATAGTCTGTCTATTCTGGCTCATGGATATGGCGGAGCTTTTCATCTC 1283
Query 1194 TGGAGAAATGTCAGTAGCAGCGAAGAGTCTGAGAATTGGCAGATGCAGAAAGTTCCTTCG 1253
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 TGGAGAAATGTTAGTAGCAGCAAAGAGTCTGAGAATTGGCAGATGCAGAAAGTTCCTTCG 1343
Query 1254 GGTCACTTTGCTGCCGTGACTGATGTCACATGGGCTAGAACCGGCGAGTATTTGTTATCC 1313
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1344 GGTCACTTTGCTGCTGTGACTGATGTCACATGGGCTAGAACCGGCGAGTACTTGCTATCC 1403
Query 1314 GTGAGCCACGATCAGACCACTCGTGTGTTCTCATCATGGAAGAATGATGAGGGGAATGAA 1373
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 GTGAGCCAAGATCAGACCACTCGTGTGTTCTCAGCATGGAAGAATGATGAGGGGAATGAA 1463
Query 1374 GCAGAGGATGAGCATTGGCATGAACTGGCTCGTCCTCAGGTTCACGGGCATGACATTAAC 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1464 GCAGAGGATGAGCATTGGCATGAACTGGCTCGTCCTCAGGTTCACGGGCATGATATTAAC 1523
Query 1434 TGTGTGGCTATGGTTCAAGGTAAAGGCAACCACCGTTTTGTTAGTGGAGCAGAGGAGAAA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 TGTGTGGCTATGGTTCAAGGTAAAGGCAACCACCGTTTTGTTAGTGGAGCAGAGGAGAAA 1583
Query 1494 GTTGTCAGAGTGTTTGAGGCTCCTCTGTCGTTCTTGAAGACTCTGAACCACACTTATGCG 1553
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1584 GTTGTGAGAGTGTTTGAGGCTCCTCTGTCGTTCTTGAAGACTCTGAACCACACTTGTGCG 1643
Query 1554 GGAGGAGAAGGAAGCTTCCCTGAGGATTTACAAGCAGATGTGCAGGTTCTTGGAGCGAAT 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 GGAGGAGAAGGAAGCTTCCCTGAGGATTTACAAGCAGACGTGCAGGTTCTTGGAGCGAAT 1703
Query 1614 ATGTCTGCTCTTGGTTTATCACAGAAACCTATCTACTTGCACTCTTCGAGTGAACCGCTG 1673
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 1704 ATGTCTGCTCTTGGATTATCACAGAAACCTATCTACTTACACTCTTCTAGTGAACCACTG 1763
Query 1674 GAGAGAAATGGCGGAGGAGAAGGTTTGGATACATTTGAGACAGTTCCAGAGGCGGCTCCA 1733
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 GAGAGAAATGGCGGAGGCGAAGGTTTGGATACATTTGAGACAGTTCCAGAGGCGGCTCCA 1823
Query 1734 GCGGAGTTGAAGGAGCCTCCGATCGAAGATCAGCTTGCGTTTCATACTTTATGGCCGGAG 1793
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 GCAGAGTTGAAAGAGCCTCCAATCGAAGATCAGCTTGCGTTTCATACTTTATGGCCGGAA 1883
Query 1794 TCTCATAAACTCTATGGTCATGGTAATGAACTATTTTCTCTCTGCTGTGACCACAAGGGA 1853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1884 TCTCATAAACTCTATGGTCATGGTAATGAACTATTTTCTCTCTGCTCTGACCACAAGGGA 1943
Query 1854 AAACTTGTTGCTTCATCGTGTAAGGCTCAATCTGCATCCATGGCGGAGATATGGCTATGG 1913
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1944 AACCTTGTTGCTTCATCGTGTAAGGCTCAATCTGCATCCATGGCAGAGATATGGCTATGG 2003
Query 1914 GAGGTTGGGACATGGAAAGTTGTTGGTCGTTTGCAATCTCACAGCTTGACAGTGACACAC 1973
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2004 GAGGTTGGGACATGGAAAGCTGTTGGTCGTTTGCAATCTCACAGCTTGACGGTGACGCAC 2063
Query 1974 TTGGAGTTCTCTTACGATGACACTCTGCTCTTGTCTGTCTCAAGAGATCGTCACTTCTCC 2033
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 TTGGAGTTCTCTTATGATGACACTCTGCTCTTGTCTGTCTCAAGAGATCGTCACTTCTCC 2123
Query 2034 GTTTTCTCGATCCAAAGGACAGACAATGGCGATGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTT 2093
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2124 GTTTTCTCTATCCAAAGGACAGACAATGGTGAGGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTT 2183
Query 2094 GAAGCACACAAGAGGATCATATGGGCATGTTCATGGAACCCGTTTGGCCACCAATTTGCA 2153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 GAAGCACACAAGAGGATCATATGGGCATGTTCATGGAACCCGTTTGGCCACCAATTTGCA 2243
Query 2154 ACTTCATCAAGGGACAAGACTGTGAAGATCTGGTCCA-TTGAGAATGACGCGAGCATCAA 2212
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 2244 ACTTCATCAAGGGACAAGACTGTCAAGATCTGGTC-AGTTGAGAACGACGCTCGCATTAA 2302
Query 2213 ACAGATTCTTGCCTTGCCTCAATTTGGGAGCAGTGTCACAGCTGTGGCTTGGACGGGACT 2272
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||
Sbjct 2303 ACAGATTCTTGTCTTGCCTCCGTTTGGAAGCAGTGTAACGGCCGTGGCTTGGACTGGACT 2362
Query 2273 AGACCACAAGGAGAAGAGCGGGTGTGTGGCGGTTGGGATGGAAAGCGGACTGATAGAGCT 2332
||||| ||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2363 AGACCGCAACGAGAAGAGTGGGTGCGTGGCAGTGGGGATGGAAAGCGGGCTAATAGAGCT 2422
Query 2333 GTGGAACATAAAGATTATAGACATAGAGGAAGGTACGACTGCAACAGCAGCTCTTGCTCT 2392
|| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 GTCGAACGTAAAGATTATAGAAACAGAGGAAGGTACGACTGCAACAGCAGCTCTTGCTCT 2482
Query 2393 GCGGCTGGAACCATTCATGTGTCATGTCTCGGCCGTGAACCGGTTAGCTTGGAGACCAAC 2452
||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2483 TCGGCTCGAACCGTTCATGTGTCATGTCTCGGCTGTGAACAGGTTAGCTTGGAGACCAAC 2542
Query 2453 TGAGAAGTGCGAGTCTAATCAGCGCTTGCTAACATTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTG 2512
|||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 CGAGAAGTGTGAGTCTAATCAGAGCTTGCGATGGTTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTG 2602
Query 2513 TGTGAGAGTTTTTAACTTCAAATTTTGAGTTTACAACACAAAACA 2557
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 TGTGAGAGTTTTTAACTTCAAGTTTTGAGTTTACAACACAAAACA 2647
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127123033562
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5