BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg923403
Length=2051
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G49760.1 | Symbols: PAB8, PABP8 | poly(A) binding protein 8 ... 3304 0.0
> AT1G49760.1 | Symbols: PAB8, PABP8 | poly(A) binding protein
8 | chr1:18416480-18420047 FORWARD LENGTH=2570
Length=2570
Score = 3304 bits (1789), Expect = 0.0
Identities = 1976/2062 (96%), Gaps = 30/2062 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 TGATTTCTTGAAAAATGGCTCAGATTCAGCATCAGGGTCAGAATGCCAATGGTGGAGTAG 67
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 247 TGATATCTCGAAAAATGGCTCAGATTCAGCATCAGGGTCAAAATGCCAATGGTGGTGTAG 306
Query 68 CTGTTCCc---g--g-t---gct---gct---gc-g--gcggctggagctgcggcggcgg 109
|||||||| | | | ||| ||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 CTGTTCCCGGTGCTGCTGCGGCTGAAGCTGCGGCGGCTGCGGCTGGAGCTGCGGCGGCGG 366
Query 110 ctgccggagcggcgCAGCAAGGGACGACGTCTTTGTATGTCGGCGATCTGGATGCGACAG 169
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 367 CTGCCGGAGCTGCGCAGCAAGGGACGACGTCTTTATATGTCGGTGATCTGGATGCGACCG 426
Query 170 TGACGGATTCACAGCTGTTTGAGGCGTTTAGCCAAGCGGGTCAGGTGGTTTCTGTTCGTG 229
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 427 TGACGGATTCACAGCTGTTTGAGGCGTTTACCCAAGCGGGTCAGGTGGTTTCTGTCCGTG 486
Query 230 TCTGCAGAGACATGACGACTCGGAGATCTCTTGGTTACGGCTACGTTAACTATGCCACTC 289
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 487 TCTGCAGAGACATGACGACTCGGAGATCTCTAGGCTATGGCTACGTTAACTATGCAACTC 546
Query 290 CTCAAGATGCTTCCAGGGCACTGAATGAGCTGAATTTCATGGCTCTCAATGGAAGGGCTA 349
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 547 CTCAAGATGCTTCCAGGGCACTGAATGAGCTGAATTTCATGGCTCTTAATGGAAGGGCTA 606
Query 350 TAAGAGTTATGTATTCTGTTCGTGATCCAAGTCTCCGTAAGAGCGGAGTTGGTAATATAT 409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 TAAGAGTTATGTATTCTGTTCGTGATCCAAGTCTCCGTAAGAGCGGAGTTGGTAATATAT 666
Query 410 TTATTAAGAATCTTGACAAATCGATTGATCACAAAGCACTCCACGAGACATTTTCAGCCT 469
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 667 TTATTAAGAATCTTGACAAATCAATTGATCACAAAGCACTTCACGAGACATTTTCAGCCT 726
Query 470 TTGGTCCCATTCTATCTTGCAAAGTGGCTGTTGATCCCTCTGGTCAGTCGAAAGGCTATG 529
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 TTGGTCCCATTCTATCTTGCAAAGTGGCCGTTGATCCCTCTGGTCAGTCGAAAGGCTATG 786
Query 530 GGTTTGTGCAGTACGACACTGATGAAGCAGCTCAGAGAGCCATTGATAAACTGAATGGAA 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 GGTTTGTGCAGTACGACACTGATGAAGCAGCTCAGGGAGCCATTGATAAACTGAATGGAA 846
Query 590 TGCTTCTTAACGATAAGCAAGTATATGTTGGACCTTTTGTTCACAAGCTGCAGAGAGATC 649
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 TGCTTCTTAACGATAAGCAAGTTTATGTTGGACCCTTTGTTCACAAGCTGCAGAGAGATC 906
Query 650 CTTCGGGTGAGAAAGTGAAGTTCACTAATGTTTATGTCAAAAACCTCTCCGAGTCCTTGA 709
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 907 CTTCGGGTGAGAAAGTTAAGTTCACTAATGTTTATGTCAAAAATCTCTCCGAGTCCTTGA 966
Query 710 GTGATGAAGAGCTGAACAAAGTTTTTGGGGAGTTCGGAGTGACTACTAGTTGTGTTATCA 769
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GTGATGAAGAGCTTAACAAAGTTTTTGGAGAGTTCGGAGTGACTACTAGTTGTGTTATCA 1026
Query 770 TGAGAGATGGTGAAGGCAAGTCTAAAGGCTTTGGATTTGTTAATTTTGAGAATTCGGATG 829
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1027 TGAGAGATGGTGAAGGAAAGTCTAAAGGCTTTGGATTTGTCAATTTTGAGAATTCTGATG 1086
Query 830 ATGCAGCCAGAGCGGTTGACGCTCTAAATGGAAAGACCTTTGACGACAAGGAGTGGTTTG 889
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 ATGCAGCCAGAGCTGTTGACGCTCTAAATGGAAAGACCTTTGACGACAAGGAGTGGTTTG 1146
Query 890 TTGGGAAAGCCCAAAAGAAGTCCGAGAGGGAAACTGAACTCAAACAAAAGTTTGAGCAAA 949
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TTGGGAAGGCCCAAAAGAAGTCCGAGAGGGAAACTGAACTCAAACAAAAGTTTGAGCAAA 1206
Query 950 GTTTGAAGGAGGCTGCAGACAAGTCTCAGGGGTCGAACTTGTATGTTAAGAACTTGGATG 1009
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1207 GTTTGAAGGAGGCTGCAGACAAGTCTCAGGGGTCGAACTTATATGTTAAGAACTTGGATG 1266
Query 1010 AGAGCGTCACAGATGATAAGCTTAGAGAACATTTTGCTCCCTTTGGAACGATTACATCAT 1069
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1267 AGAGCGTCACAGATGATAAGCTCAGAGAACATTTTGCTCCCTTTGGAACTATTACATCAT 1326
Query 1070 GCAAGGTGATGCGTGACCCCACTGGAGTGAGTAGAGGATCTGGGTTTGTCGCATTTTCAA 1129
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1327 GCAAGGTGATGCGTGACCCCAGTGGAGTGAGTAGAGGATCTGGATTTGTCGCATTTTCAA 1386
Query 1130 CTCCTGAGGAAGCATCTAGAGCTATTACGGAGATGAATGGAAAAATGATTGTTACCAAAC 1189
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1387 CTCCTGAGGAAGCAACTAGAGCTATTACAGAGATGAATGGAAAAATGATCGTTACCAAAC 1446
Query 1190 CTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGAAAGAAGACCGCAAAGCTAGGTTACAGGCTCAAT 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 CTCTATATGTTGCTCTTGCGCAGCGGAAAGAAGACCGCAAAGCTAGGTTACAGGCTCAAT 1506
Query 1250 TTTCACAGATGAGGCCGGTCAATATGCCACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATC 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TTTCACAGATGAGGCCGGTCAATATGCCACCTGCGGTTGGTCCTAGGATGCAAATGTATC 1566
Query 1310 CACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGCAACTCTTCTATGGTCAAGGACCTCCTGCTATGA 1369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1567 CACCAGGTGGTCCACCAATGGGTCAGCAACTCTTCTATGGTCAAGGGCCTCCTGCTATGA 1626
Query 1370 TTCCTCCTCAGCCTGGATTCGGATATCAACAACAGCTTGTACCGGGTATGAGACCTGGTG 1429
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 TTCCTC---AGCCTGGATTCGGATATCAACAACAGCTTGTACCGGGTATGAGACCTGGTG 1683
Query 1430 GGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGCCTATGATgcaacaaggccaacaacaacaacagc 1489
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1684 GGTCTCCAATGCCAAACTTCTTCATGCCTATGATGCAACAAGGCCAGCAACAGCAACAGC 1743
Query 1490 agcagcaacagcagcagcagcagcGACCTGGTGGTGGTAGAAGAGGAGGAGCTCTTCCAC 1549
|||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1744 AGCA--A-CAGCAGCAGCAGC-G--ACCTGGTGGTGGTAGAAGAGGAG---CTCTTCCAC 1794
Query 1550 AACCGCAACAACCTTCTCCTATGATGCAGCAGCAGATGCATCCAAGAGGTCGGATGTATC 1609
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1795 AACCACAACAACCTTCTCCTATGATGCAGCAGCAGATGCATCCAAGAGGTCGAATGTATC 1854
Query 1610 GGTATCCTCAGCGAGATGTAAACACAATGCCTGGTCTTACTCCAAACATGCTTTCTGTTC 1669
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1855 GGTATCCTCAGCGAGATGTAAACACAATGCCTGGTCCTACTCAAAACATGCTTTCTGTTC 1914
Query 1670 CATATGACGTGTCAAGTGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTGCTTCTCAATCTG 1729
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1915 CATATGACGTCTCAAGTGGTGGTGGTGTGCATCATCGTGACTCGCCTACTTCTCAACCTG 1974
Query 1730 TTCCTATTGGAGCTTTGGCTACACAACTTGCAAACGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGA 1789
||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 TTCCTATTGTAGCTTTGGCTACACGGCTTGCGAATGCAGCTCCAGAGCAACAGAGAACGA 2034
Query 1790 TGCTTGGTGAGAATCTATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAG 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TGCTTGGTGAGAATCTATACCCGCTTGTGGAGCAGCTGGAGCCAGAATCCGCAGCTAAAG 2094
Query 1850 TCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCTG 1909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2095 TCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCACCAG 2154
Query 1910 AGGCACTTAAAGCTAAAGTTACAGAAGCAATGGATGTTTTGAGGAGTGTAGCACAGCAGC 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 AGGCACTTAAAGCTAAAGTTACAGAAGCAATGGATGTTCTGAGGAGTGTAGCACAGCAGC 2214
Query 1970 AAGCTGGTGGTGCAGCTGATCAGTTAGCTTCTCTGTCTCTTGGAGACAACATCGTACCTT 2029
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 AAGCGGGTGGTGCAGCTGATCAGTTAGCTTCTCTGTCTCTTGGAGACAACATCGTACCTT 2274
Query 2030 GAGAGTTCTAAGTTATATCTGA 2051
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GAGAGTTCTAAGTTATATCTGA 2296
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101656103625
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5